|
|
Studium funkce rodiny hybridních prolinem bohatých proteinů
Dvořáková, Lenka ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Vágner, Martin (oponent) ; Havel, Ladislav (oponent)
Lenka Dvořríková SrnNurÍoIsmreÓ.ú pnÁcB 4. ZAVERY Předkem HyPRPs byl dejmě protein z rodiny LTPs, ktenýzískalďouhou N-tenrriná|níprolinem bohatoudoménu.Vzrik HyPRPs mohl bý jednou z událostísměřujícíchk vývoji semennýchrostlin. Pro tvorbu funkčníterciárnístrrrktury8 CM doményHyPRPs neníďejmě důležitajejí konkrétrísekvence, ale pouze zachověni charakteristického uspořádráníosmi rysteinoých zbytk{ kteréjsou důležitépro její utvríření a stabilizaci. HyPRPs s dlouhými N.terminá|nÍmi prolinem bohatými doménami (nawámy,,C.ýpe.,)jsou pravděpodobněýlogeneticky původní,zatímco HyPRPs s aýpiclcými N-terminálními doménami(velrni krátké,glycinem bohaté)se vyvinuly ňejmě relativně recentrě a neávisle u jednotliých 13sJlinnÝchdrutrůzkrácením,ztrátoupopř. přestavbamipůvodníchdelších p*.tlinembohaýchdomén. Glycinem bohatédoményHyPRPs by mohly vzrikat inverzí v kódující sekvenci prolinem bohafých domén.Tentp mechanismus by se mohl uplatňovatobecněv evoluci strrrkturrríchproteinůbuněčnéstěny. N-terminálnídomény',C.t5y'pe..HyPRPs zustaly u krýosemennýchrostlin poměmě dobře konzervované(dlouhé a hydrofobni), zatímco ostahrí HyPRPs se rychle vyvíjely. U nahosemennýchrostlin všakdošlok hlavní diversifikaci naopak v rámci skupiny ',C-Bpe... Koexistence konzervovanýcha rychle se vyvíjecíHyPRPs by tak mohla být evoluční...
|
|
|
Změny prostorového vzorce využití ploch v České republice a jejích příčiny
Kabrda, Jan ; Bičík, Ivan (vedoucí práce) ; Kubeš, Jan (oponent) ; Spišiak, Peter (oponent)
iíiiiágiiiišiiiitgiá*giáái.. :Eáá- Ěígši;iiá*iii.g:itagl;;i ;ĚfiiÉgg!iĚigiĚg:iiiiggíc.| Ěáál g ší$iíšIáišBĚ;iá;Ěiáilgá$šigi -+ * ; * i e ; ý E. ; 1' cE ÉÉE E i ž?E,É? EzE?=z 7E,.*E$ í:r?Eiei;=áa ?=?iB i;i'í;ii íe ?7' iĚ g :iai.Éi l;'€ =. :; =e ; á F g íT:. ře ícg$' = íTEÉa = v?E$H,€E ť9;Ě H €;::'E.aíi E ťř i u ííi=z iaa;i = =' E:ižíi;; 3- = =š? - !1Eu'ž;€Ť;=i Et íiiiq*:šííár*; ;lx tĚ5 á íÉřiÉ;i á i ř í* aÉíi íía ?i,* € e = ígííiÍiiá: íía=1;E:!z !ě3 !.: i z-ir? ?íi+:?11íi íi íi í$ i ; * ; i á ít. ?i?e iat í=:";z+i ;a: *áE íi= ;É.tí: ! íÉt ÍÉrřŤĚ.€ =É ; *Ea eiÉE€ u, [ ;.EB F r:==P9.! FHT3řE rĚířEÉEříÉEíÉěÍř.Etg í6E í5.l ai g íE*; ;$! eĚ:5ÉíErĚíí[Ělg:E'3 gÉ. íšEi ř Íř;íg:řs* ír 3 íi:ÍĚ13 ííílg ř i _ ; a ] 8 .š ř e í? +? >3 E =. í* a Í; i ř Ě ííg É: ígíÍli.-íá::: Zplt gi1t l *;:Ž*zi* !+1íiáš. Ž t;iÉŤ iFíÍíÉgš+*i +:. 1 rÉ.iaí:šÉ;EEiiii;;Ěa;š:a!Í.* ;E. =. * * ííi E šaÉíil?i =. P šč.ř. g íiB $ :H* iíi Éš:i.řííiáií!. íi?i1í;iiíÉíěi.L iE:.=E.le E-ř;,+3aÉ*;1pí:í**si? u':+t l.g:. í':ťB .?TiiíígŠ;i í.:I = |J +í:.gě] íeĚí;íE3ra;*íři**a3*; t ees"ecĚĚi$gt=5E. gg ti:gag*aaĚi.s.ĚEEtE :řgáíĚáEa$*. gg*í[arř*tgĚ-ggg EĚĚi'$g*glgga:: ítggšE*ĚiÉgea*
|
|
|
Identifikace a studium exprese genů účastnících se kvetení u modelové rostliny merlík červený (Chenopodium rebrum)
Cháb, David ; Štorchová, Helena (vedoucí práce) ; Kovařík, Aleš (oponent) ; Smýkal, Petr (oponent)
Souhrn Tatoprácesezabýá studiemmolekulrímíchzákladůfotoperiodickéindukcekveteníu modelovékátkodennírostlinymerlíkučerveného(Chenopodiumrubrum).Zaměřili jsme se na hledríLrria studiumexpresea fi.rrrkcehomologůgenůCoil,S77N,S(Co), FL)WERNG LoCUs r (FT) a LEAFY (LFY), klíčoýchregulátorůúčinkujícíchv signáni drázeindukce kvetenízávislénafotoperíoděu dlotltúenniArabidopsisthaliana. VtetraploidnímC' rubrwnjsme identifikovali dvaFT-lilre (FTL) geny_ CrFTL| a CrFTL2, lišícíse svými expresnímiprofily. CrFTL| by|o transkribovánoryÍnicky s maxímemuprostředdne.Za induktivníchfotoperiodiclcýchpodmínekkorelovalazr"ýšená expreseCrFTL| s míroukvetení'za neinduktivnichpodmínekneby|CrFTLI exprimován. ExpreseCrFTL2 byla za všechstudovanýchfotoperiodiclqýchrežimůkonstitutivn.CrFTL| je velmi pravděpodobněaktivátor kvďert, CzFTL2 se neúěastríkveteníza studovaných podmínekajehofunkcezůstrívánejasná. Dva Co-Iile (CoL) geny CrCoLL a CrCoL2 zC. rubrnt podléhajídosud nepopsanémutypu altemativníhosestřihua produkujídva t}py transkiptů.Jednaforma Íanskiptu ďpovídá standardnímusesřihu prvníhoajedinéhointronuv konzervovanépozici V druhéforměje navícvysťiŽena90 bp dlouhásekvenceodpovídajícíčástiprvníhoexonu' Všechnyět5rřiformy transkiptůvykazují stejnéřanskipční profily (ryErrickí exprese smaximemnakoncinoci)lišícísejenýškou...
|
|
| |
|
|
CSL proteins of Schizosaccharomyces pombe
Převorovský, Martin ; Půta, František (vedoucí práce) ; Dvořák, Michal (oponent) ; Kořínek, Vladimír (oponent)
Souhrn Transkripčnífaktory rodiny cSL jsou esenciální pro ontogenetickývyvoj mnohobuněěnýchživočichů,zejména díkysvéúlozev signálnídrázeNotch' Nalezli jsme dvě nové třídy genůCSL u několika druhůhub (Fungi), což jsou organizny, kterédráúruNotch nemají.Abychom objasnili funkci rodiny CSL u houbovýchorganizmů,experimenúí|ně jsme charakterizovalicbfll* a cbfl2*, geny CSL zkvasinky Schizosaccharomycespombe. Naše rnýsledkyukazuji, že se jedná o skutečnéčleny rodiny CsL. oba geny jsou neesenciální;nají odlišnéexpresníprofily a kódujíjademé proteinyseschopnostíaktivovattranskripci.Prokazalijsme,že cbfl l specifickyrozeznáváin vitro kanonickýcíloý element zněmý pro metazoá|níhomology (GTGryGGAA)' Delece cbfll- rnáza následekrůstovédefektya změnyv morfologii kvasinkoých kolonií.Dále jsme zjistili, žeCbfl | a Cbf12 hrajíopaěnérole v buněčnéadhezia v jadernéma buněčném dělení a jejich vzájemnékoordinaci. Narušenírovnováhy těchto dvou proteinůvede k defektůmv separacibuněk po dělení,k fenoýpu ,,c|It,,a abnormálnídiploidizaci.Našedata dokládají,Že proteiny CSL fungujív organimru, kteý je evolučněstaršínež dráha Notch, coŽ by mělo přispět k pochopenífunkcerodinyCSL v metazoích. 4
|
|
|
Molecular mechanisms involved in genotoxicity of industrially important monomers (styrene, 1,3-butadiene)
Kuricová, Miroslava ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Černá, Marie (oponent) ; Machala, Miroslav (oponent)
2 Contents ABSTRACT........................................................................................................... 2 1. INTRODUCTION............................................................................................. 4 2. AIMS OF THE PROJECT:.............................................................................. 8 2. MATERIAL AND METHODS:....................................................................... 9 3. RESULTS: ....................................................................................................... 10 4. CONCLUSIONS.............................................................................................. 16 5. REFERENCES................................................................................................ 18 INDEX OF PUBLICATIONS:........................................................................... 21 Publications in extenso, which are the base of PhD. thesis .............................. 21 Publications in extenso, without relationship to the PhD thesis...................... 22 ABSTRACT The evaluation of individual health risk in workers occupationally exposed to industrial xenobiotics requires the use of a large number of parameters reflecting external exposure, internal exposure, biological effects and individual susceptibility....
|
|
|
Ellipsometry and fluorescence microscopy applied to model membranes
Miszta, Adam ; Hof, Martin (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent) ; Dejneka, Alexander (oponent)
(in Czech): Nasledujícídisertačnípníce představuje dvě optické experimentá|ní techniky: elipsometrii a konfokáIní fluorescenčnímikroskopii, a zaměňlje se na jejich aplikace ve studiu podporovaných fosfolipidových dvojwstev (ang. Supported Phospholipid Bilayers - SPBr). Práce představuje dvě studie. První z nich ukazuje v reálném časeelipsometricky měřené účinkyethanolu na podporované fosfolipidové dvojwstvy vytvořené adsorpcí fosfotipidových váčkůna pevném povrchu. Tato sfudie poprvé prokráaala, ž.s v podporovaných membránach nedochází k ethanolem vyvolanému prolínáníhydrofobních ěástí obou vrstev membrány, pozorÓvanému u volně stojícíchdvojvrstev. Zjištěru naznačuje, žemembrány vytvořené na podložkách' byť spojené do souvislé dvojvrstvy, se mohou lišit od volně stojícíchdvojwstev ve vesikulách. Druhá studie je zaLoŽena na kombinaci technik elipsometrie a fluorescenění mikroskopie (laserová řádkovací mikroskopie (ang. Laser Scanning Microscopy - LSW a fluorescenčníkorelačníspektroskopie se skenováním v ose Z (ang. Z. scan Fluorescencje Correlation Spectroscopy Z.scan FCů)k získání informací o interakcí antimilaobiá|ních peptidů s SPBs. Tyto techniky byly používány k porovnání mechanismů interakce dvou různých antimikrobiálních peptidů cr-helikálního Magaininu 2 a Cryptdinu-4 (Crp-4) v konformaci...
|
|
|
Taxonomy of species of the genus Lachnum s.I. in Central Europe
Chlebická, Markéta ; Holec, Jan (vedoucí práce) ; Pažoutová, Sylva (oponent) ; Baral, Hans-Otto (oponent)
CíIeprúce Hlavnímpředmětemméprácebylo taxonomickyzhodnotitbohabý materiálLachnums. l. uloženýv českychherbařícha vlastnísběry. V případětaxonomickýchnebonomenklatorickýchproblémůstudovat určitouskupinu podrobně' Byly použiý rŮznémetody k řešení taxonomickýchproblémů. Nústinproblematilcyřešenév dizertačnípróci Problematickéskupiny v rámci rodl Lachnum. Yěnovalajsem pozornostlignikolním a herbikolnímdruhůmr' Lachnum a skupině Lachnum pygmaeum 1ČtrenetIII, VII) z taxonomickéhohlediska. Novějšíterénnísběryz těchtosubstrátujsou v článkuI. Druhový koncept v rodu Capitotricha.Druhy t, Capitotricha ve středníEvropě s vřecky vyrustajícímiz jednoduchýchseptse od sebe lišíjen v kvantitativníchzrracícha substrátu,protobyly sekvenovány. K dříve známéjediné sekvenci z tohoto rodu bylo získano a analyzovánovětšímnožstvídat. Ana|ýzapřinesla zajímavévysledky ýkající se druhu Capitotricha na větvičkáchNothofagus z jiŽní polokoule.Tropickéa subtropickélignikolní druhy r. Erioscyphella Kirschst.b|i7kérodůmLachnuma Capitotrichaby|y takézahrnutydo ana|ýzy. Taxonomierodu Trichopeziza.Na odumřelýchčástechbylin bylo rozlišeno7 druhůrodu. JménoPeziza sulphureaPers. bylo po velmi dlouhoudobupouŽívánopro druhs fialovoureakcív KoH odlišněod originálního pojetí tohoto jména.Druhá vrstva konfuze vznikla synonymizacíjménas Erinella...
|
|
|
Computer Modeling of Tissue Development
Bednář, Vojtěch ; Hedrlín, Zdeněk (vedoucí práce) ; Loebl, Martin (oponent) ; Klika, Václav (oponent)
Název práce: Počítačové modelování vývoje tkání Autor: Vojtěch Bednář Katedra: Katedra aplikované matematiky Vedoucí: Doc. RNDr. Zdeněk Hedrlín, CSc. Abstrakt: Tato práce popisuje hybridní na individuální buňce založený přístup k modelování soustav biologických buněk. V první části je zaveden reakčně-difúzní model prostředí, vaxové ekvilibrium a model buňky postavený na zygotickém grafu a kumulačních stavech. Dále jsou představeny simulace modelující tři biologicky motivované situace: Vznik dutiny, růst nádoru a buněčnou migraci v chronickém zánětu. První model ukazuje scénář formování duté struktury založený na směrovém dělení a buněčné migraci. Druhý model se zabývá růstem potomstva mírně poškozené buňky. Výsledný nádor vykazuje tři stádia maligní transformace. Dále je pozorován jak vznik agresivního nádoru bez detekovatelného prekurzoru na jedné straně tak postupná transformace benigního útvaru na maligní na druhé, každý jako důsledek jiné parametrizace modelové situace. Poslední model se zabývá analýzou role membránové enzymatické aktivity na migrujících buňkách imunitního systému v chronickém zánětu. V tomto modelu je pozorováno, že absence této aktivity je zodpovědná za výskyt chronického zánětu namísto fyziologicky relevantní imunitní odpovědi. Klíčová slova: hybridní model, agentně založené...
|
|
|
Vytipování genetické predispozice ovlivňující sportovní výkon se zaměřením na anaerobní aktivitu kosterní svalové činnosti
Balkó, Iva ; Kohlíková, Eva (vedoucí práce) ; Šimonek, Jaromír (oponent) ; Zvonař, Martin (oponent)
Název práce Vytipování genetické predispozice ovlivňující sportovní výkon se zaměřením na anaerobní aktivitu kosterní svalové činnosti Problém Vrozené dispozice každého jedince jsou ovlivněny především zděděnou genetickou informací v podobě DNA a určitým vlivem vnějšího prostředí. Na základě vysoké variability vrozených předpokladů v podobě fenotypických odlišností v anatomii či fyziologii jedince lze usuzovat na spojitosti genetické výbavy a určitého sportovního talentu. Podle současných vědeckých poznatků jsou více geneticky podmíněny sportovní výkony spojené s anaerobní aktivitou kosterní svaloviny. Anatomické a funkční vlastnosti kosterní svaloviny jsou ovlivněny geny, které mají vliv na strukturu svalových vláken, krevní zásobení, látkovou přeměnu, neurotransmisi, regeneraci svalu aj. Sportovní šerm je komplexní sportovní disciplína, kde významnou úlohu hrají rychlostní předpoklady a dynamická síla. Sportovní výkon v šermu, bez ohledu na typ zbraně, je závislý na interakcích mezi reakcí šermíře na podněty z okolního prostředí (vizuální, taktilní), přesností, taktickými a technickými dovednostmi, úrovní anticipace a celkovou fyzickou a psychickou připraveností šermíře. Práce vychází z předpokladu, že u sledovaných proměnných v anaerobním Wingate testu (maximální výkon, maximální výkon vztažený...
|
host ::
RSS.