|
|
Characterisation of the Physical Chemical Processes Using the Fractal and Harmonic Analysis
Haderka, Jan ; Nešpůrek, Stanislav (referee) ; Mikula,, Milan (referee) ; Zmeškal, Oldřich (advisor)
Existuje mnoho různých způsobů jak analyzovat disperzní systémy a fyzikálně chemické processy ke kterým v takových systémech dochází. Tato práce byla zaměřena na charakterizaci těchto procesů pomocí metod harmonické fraktální analýzy. Obrazová data sledovaných systémů byly analyzovány pomocí waveletové analýzy. V průběhu práce byly navrženy různé optimalizace samotné analýzy, převážně zaměřené na odstranění manuálních operací během analýzy a tyto optimalizace byly také inkorporovány do softérového vybavení pro Harmonickou Fraktální Analýzu HarFA, který je vyvíjen na Fakultě chemické, VUT Brno.
|
|
|
Scanning Electron Microscopy and its Applications for Sensitive Samples
Hrubanová, Kamila ; Nováček, Jiří (referee) ; Schröfel,, Adam (referee) ; Krzyžánek, Vladislav (advisor)
Předložená dizertační práce s názvem “Rastrovací elektronová mikroskopie a její aplikace pro senzitivní vzorky” pojednává o problematice rastrovací elektronové mikroskopie v kontextu instrumentálního a metodologického vývoje vedoucího k inovativnímu řešení, které je dobře aplikovatelné zejména v mikrobiologickém výzkumu. Součástí práce je rozprava o historii a současném stavu elektronové mikroskopie (EM) jakožto vědecké zobrazovací a analytické techniky, tato část se nachází v úvodních kapitolách. Nepopiratelný přínos EM v biologických a lékařských oborech je dokazován mnoha citovanými vědeckými publikacemi. Předložená dizertační práce přináší novinky z oblasti přípravy preparátů a kryogenní rastrovací elektronové mikroskopie (cryo-SEM) vyvinuté na pracovišti Ústavu přístrojové techniky AV ČR, v.v.i. v Brně. Jedná se především o návrhy a výrobu speciálních držáků vzorků a vývoj nových metodik v oblasti přípravy mikrobiologických preparátů vedoucích k nalezení optimálních parametrů jednotlivých procesů. V experimentální části se nachází ověření metodologických postupů při studiu hydratovaných a na elektronový svazek senzitivních preparátů. Následné srovnání různých přístupů na definovaném biologickém systému z oblasti mikrobiologie přispívá k rozšíření interpretace doposud známých výsledků. Mezi zkoumanými mikrobiologickými kmeny byly biofilm-pozitivní bakterie Staphylococcus epidermidis a kvasinky jako Candida albicans a Candida parapsilosis, jež jsou považovány za klinicky významné, protože se podílejí na vzniku závažných infekcí zejména u imunokompromitovaných pacientů. Dále byl studován vliv růstu biofilmu bakterie Bacillus subtilis na biodeteriorizaci a biodegradaci poly--kaprolaktonových fólií. Vývoj v oblasti cryo-SEM byl aplikován ve výzkumu mikrobů s biotechnologickým potenciálem, jako jsou např. Cupriavidus necator a Sporobolomyces shibatanus.
|
|
|
Radiators and microbial microclimate
Raputa, Pavel ; Rubinová, Olga (referee) ; Počinková, Marcela (advisor)
This master thesis describes the design of heating in a new one-storey nursery school in Kuřim. The heating systém is designed as a low-temperature systém with a forced circulation of water and a horizontal piping. Three kinds of radiators are used in the design. The panel radiators, tube radiators and free-standing convectors. In this project there are two varinats of the heat source for buliding. The first variant is two gas condensing boilers and the second variant is two heat pumps of an air/water split design. The disign includes air heating in the unit of air conditioning and hot water preparation. The experimental part of the master thesis is focused on microbial microclimate in buildings and radiators contamination by microorganisms. It contains four different experiments, their realization, results and evaluation.
|
|
|
Processing of Images of Petri Dishes
Adámek, Jakub ; Hradiš, Michal (referee) ; Zemčík, Pavel (advisor)
This master thesis deals with image processing of Petri dishes. The first part is about terms and procedures in laboratory practice. The following part is about devices and algorithms for image analysis of Petri dishes. The second part is about draft and implementation of own colony counting application, which was developed in cooperation with the microbiological laboratory. The application is developed for mobile devices running Android OS. The master thesis also includes the design and creation of two lighting units, which uses as an accessory for better results in the analysis of Petri dishes. In conclusion are presented results, compared lighting units and various types of mobile devices, on which the application was tested.
|
|
|
Analysis of secondary metabolites from Streptomyces by Raman spectroscopy in vivo
Mikulová, Adéla ; Petříčková, K. ; Bobek, J. ; Chroňáková, Alica ; Samek, Ota ; Pilát, Zdeněk
The work deals with the study of Raman spectra of secondary metabolites of bacteria of the genus Streptomyces, especially polyene antifungal agents. Purified isolates and commercial standards of these compounds were used to obtain reference spectra from which spectral markers characterizing specific details of the chemical structure were derived. Verification of the observed markers was performed using in silico Raman spectra predictions. Subsequently, these findings were used for the spectroscopic characterization of the composition of secondary metabolites in vivo, directly in bacteria growing on a solid medium. The developed methodologies will help to optimize the conditions for the biotechnological production of antibiotics.
|
|
|
The History of Yersinia Pestis in Europe from the Perspective of Ancient DNA
Nováková, Veronika ; Ehler, Edvard (advisor) ; Vojíř, Karel (referee)
je gramnegativní bakterie, která byla na konci devatenáctého století odhalena jako původce moru. je blízce příbuzná , od níž se liší přítomností určitých virulentních faktorů. Právě virulentní faktory umožňují efektivní přežití hmyzích vektoru, kterým je blecha. Blecha poté zajišťuje úspěšný přenos bakterie na obratlovce, což je nejčastěji hlodavec, případně člověk. Bakterie je geneticky vybavena tak, aby unikla imunitnímu systému. Během lidské historie proběhly tři morové pandemie, Justiniánský mor, Černá smrt a moderní pandemie, u všech z nich byla pomocí aDNA z kosterních pozůstatků potvrzena přítomnost . Mor způ době bronzové. Sekvenace aDNA a zdokonalování molekulárních metod při studiu historických pandemií se jeví jako vhodná strategie pro pochopení možných budoucích pandemií. Pomocí aDNA lze zjistit nejen fylogenezi patogenů, ale je možné i sledovat změny genofondu populace napříč historií a jak v migracemi, tak i možnými změnami způsobenými samotným KLÍČOVÁ SLOVA mor, bakterie, migrace, populace, mikrobiologie, starodávná DNA
|
|
|
Hodnocení mikrobiologických rizik jedlého hmyzu
Hedvičáková, Adéla
Eating edible insects is an activity that has recently become increasingly important. In order to use edible insects safely, it is necessary to carry out, among other things, an assessment of the risks associated with consumption. This work focused on the microbiological risk assessment of edible insects. The theoretical part of the thesis provides information on the nutritional properties of edible insects and the risks associated with insect consumption. It also mentions legislation related to the inclusion of insects in food. The thesis describes the impact of insects and their consumption on the environment and presents factors that need to be further addressed in the future. The thesis provides a list of important pathogenic microorganisms. In the practical part it is possible to find a statistical evaluation of the measured values of the pathogens present in the insects and in the feed. Total counts of microorganisms, Escherichia coli, Enterobacteriaceae, moulds, Staphylococcus aureus and lactic acid bacteria were determined. The results were compared with those of studies on similar topics.
|
|
|
Vliv vybraných leguminóz na mikrobiální aktivity půdy
HODAN, Lukáš
The presented diploma thesis presents an evaluation of the results of the influence of selected legumes on soil microbial activity. The literature review includes a description of legumes in sowing procedures, a description of the spectrum and representatives of the soil microbial community, the main features of soil microbial activity and methods of measuring this activity. The conclusions were preceded by a small-plot experiment on a plot of land managed in an organic farming regime, from which soil basal respiration, as the main parameter of soil microbial activity, was investigated in the laboratory with mixed samples, and further quantification of the total number of microorganisms by the cultivation method.
|
|
|
Ecology of yeasts in forest soils
Mašínová, Tereza ; Baldrian, Petr (advisor) ; Marečková, Markéta (referee) ; Kolařík, Miroslav (referee)
Microbial communities inhabiting upper soil horizons represent an important component of forest ecosystems. However, despite the evidence that yeasts represent an integral part of topsoil fungal communities, their role in forest ecosystems received so far little attention. The aims of my PhD thesis were to describe yeast communities in soil and litter of a temperate forest using high- throughput sequencing of environmental DNA, identify dominant yeast species and to explore how the composition of yeast communities reflects the biotic and abiotic factors of the environment. I also aimed to isolate yeasts from forest topsoil, describe novel yeast taxa abundant according to the environmental DNA survey and screen representative isolates for the traits relevant to their involvement in organic matter transformation. I have demonstrated that in forest topsoil, yeasts represent a substantial proportion of fungal communities with higher relative abundance in soil than in litter. In litter, yeast communities differ significantly among beech, oak and spruce-dominated stands. Drivers of community assembly are probably more complex in soils and comprise the effects of soil chemistry and vegetation. Even though there are similarities in the response of the communities of yeasts and filamentous fungi to...
|
|
|
Biochemical markers of soil microbial community and functioning and antropogenic stress
Kukla, Jaroslav ; Frouz, Jan (advisor) ; Hruška, Jakub (referee) ; Novotný, Čeněk (referee)
The soil microbial community has a major impact on ecosystem processes on a global scale. Anthropogenic stress has a significant effect on the composition, biomass and activity of the microbial community. In addition, this effect depends not only on the anthropogenic activity, but also on the environmental conditions. Modern analytical and molecular methods, including the use of biochemical markers, can be well used to monitor changes in the microbial community. These methods do not monitor the community directly, but detect the substances that are secreted and transformed by microbes and, last but not least, those that are part of them. The amount of these biochemical markers reflects the biomass, condition and taxonomic composition of a particular microbial community. In the presented work, these markers were used to monitor the response of microorganisms in various ecosystems which are affected directly or indirectly by human activity. The results of the dissertation are presented in four articles. Three of them have been published in international journals with IF and one is prepared in the form of a manuscript for publication. The first publication presents the results of research exploring the impact of traditional agriculture in Papua New Guinea on the soil microbial communities, soil...
|
guest ::
