|
|
The Role of oncogenic microRNA - 155 and proto - oncogen MYB in chronic lymphocytic leukemia
Vargová, Karina
(CZ) B-buněčná lymfocytární chronická lymfatická leukémie (B-CLL) představuje nádorové onemocnění, pro které je význačná akumulace B-buněk v periferní krvi, kostní dřeni, lymfatických uzlinách a slezině v důsledku poruchy programované smrti. Klinický průběh B- CLL je značně heterogenní, což dokazuje i fakt, že u některých pacientů toto onemocnění rychle progreduje, zatímco jiní pacienti přežívají několik let bez nutnosti léčby. I když se onemocnění charakterizuje stanovováním několika prognostických parametrů, jež jsou typické pro B-CLL, chybí spolehlivá indikace začátku včasné terapie. Z popsaného důvodu je v současnosti velice intenzivně studována nejenom biologická role malých nekódujících RNA (tzv. mikroRNA), ale také spojitost těchto molekul se vznikem a průběhem leukemických onemocnění včetne B-CLL. Proto jsme se zaměřili na studium miR-155, která reguluje diferenciaci buněk krvetvorby, zánětlivých reakcí a produkci protilátek. Zvýšená exprese miR- 155 se objevuje v leukemogenezi, kde se předpokládá, že má vliv na zástavu buněčné diferenciace a narušení normální funkce B-buněk. Naše výsledky potvrdily zvýšenou expresi jejího primárního transkriptu miR-155 a také maturované formy u pacientů s B-CLL. Analýza expresních dat kohorty 239 pacientů s B-CLL naznačuje, že vzorky pacientů s nepříznivou...
|
|
|
Analýza genové exprese metodami sekvenace nové generace
Bláhová, Monika ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Žárský, Vojtěch (oponent)
1 Abstrakt Cílem práce je vytvořit přehled dnes dostupných metod analýzy genové exprese, uvést výhody a nevýhody daných metod a porovnat je. Sekvenování je dnes jedna z nejpoužívanějších molekulárních metod. Sekvenovací metody se dají rozdělit na tři skupiny, sekvenování první generace, druhé generace a třetí generace. Nejvíce využívanými jsou metody sekvenování druhé generace. Avšak velký potenciál má i třetí generace, u které se ztrácí důležitost amplifikace vzorku pomocí PCR. Díky klesajícím nákladům a stoupající efektivitě se ale rapidně zvyšuje i množství dat. Rostou tak nároky na datová úložiště, výkon počítačů a důmyslnost softwarů, které velmi usnadňují zpracování získaných informací.
|
|
|
Profil lakasové aktivity v kulturách houby Trametes versicolor během degradace endokrinně disruptivní látky Delor 103
Plačková, Martina
V této práci byl studován endokrinně disruptivní potenciál Deloru 103 (směs kongenerů PCB) a jeho vliv na produkci a vlastnosti ligninolytického enzymu lakasy u houbové kultury Trametes versicolor. Byla prokázána androgenní aktivita Deloru 103 (EC50 = 2,29. 10-2 mg/l). Potenciální metabolity vznikající mikrobiální degradací této látky (chlorbenzoové kyseliny) vykazovaly estrogenní aktivitu, což naznačuje možné změny v hormonální aktivitě Deloru 103 v průběhu jeho mikrobiální degradace. Přítomnost Deloru 103 v kulturách T. versicolor v minerálním médiu stimulovala u houby vyšší produkci lakasy (až 257 krát), která vykazovala zároveň jiné izoformové složení než enzymy z kontrolních kultur. V komplexním médiu s Delorem 103 byla pozorovaná indukce produkce aktivního enzymu 64x nižší než u kultur rostlých v minerálním médiu. Dále bylo prokázáno, že indukce lakasy a produkce jejích různých forem závisela na stavu kultury v době přidání polutantu. Exponenciálně rostoucí kultury T. versicolor po přidání Deloru 103 produkovaly 7 různých pI forem lakasy, kdežto kultury v stacionární fázi růstu produkovaly pouze 4 formy o vyšším pI. Indukce lakasové aktivity u T. versicolor však nekorelovala s degradačním potenciálem kultur. Vyšší degradace (přibližně o 21 %) byla pozorována v kulturách rostlých v komplexním...
|
|
|
Studium vlivu kancerogenního benzo[a]pyrenu na expresi cytochromů P450 a cytochromu b5 v orgánech laboratorního potkana
Blecha, Tomáš ; Moserová, Michaela (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Polycyklické aromatické uhlovodíky jsou velkou skupinou organických látek, které jsou tvořeny pouze atomy uhlíku a vodíku, dvěma a více kondenzovanými aromatickými jádry. Představují skupinu perzistentních organických polutantů (POPs) přítomných ve všech složkách a oblastech životního prostředí. Typickým zástupcem polycyklických aromatických uhlovodíků je benzo[a]pyren, který je tvořen pěti kondenzovanými aromatickými jádry. Benzo[a]pyren je prokarcinogen s genotoxickými účinky, který je aktivován řadou enzymových systémů, jako jsou cytochromy P450 a epoxidhydrolasa, na reaktivní metabolit BaP-7,8-diol-9,10-epoxid (BPDE) a 9-hydroxy-4,5-epoxy-BaP. Tyto reaktivní metabolity interagují s DNA a vytváří kovalentní adukty. V předkládané bakalářské práci byl studován vliv karcinogenního benzo[a]pyrenu (BaP) na expresi cytochromu P450 (CYP)1A1, 1A2 a cytochromu b5 v játrech, ledvinách a plicích laboratorního potkana. Byla provedena izolace celkové RNA, která byla převedena do cDNA za účasti náhodných primerů ("random primers"). Pomocí metody polymerasové řetězové reakce v reálném čase (RT-PCR) byla kvantifikována relativní exprese genů pro CYP1A1, CYP1A2 a cytochrom b5 v orgánech potkanů premedikovaných BaP a kontrolních (nepremedikovaných) zvířat vůči referenčnímu genu (β-actin). Bylo zjištěno, že...
|
|
|
Kontrola genové exprese vedoucí k pluripotenci buněk
Křtěnová, Petra ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Láníková, Lucie (oponent)
Od derivace embryonálních kmenových buněk (ESC - embryonic stem cells) z myší blastocysty uběhlo více než 30 let, během kterých se tyto buňky staly předmětem zájmu mnoha výzkumných týmů. Hlavním důvodem studia ESC je jejich schopnost diferenciace do téměř všech buněčných typů. Tato vlastnost se označuje jako pluripotence. Pluripotentní stav je v buňkách udržován prostřednictvím kontroly genové exprese. Pro zachování nediferencovaného stavu ESC je třeba reprimovat diferenciační geny. Tento proces je řízen především pluripotentními transkripčními faktory, z nichž nejdůležitější jsou OCT4, SOX2 a NANOG. Na umlčení diferenciačních genů mají vliv také chromatin remodelující komplexy. Regulace genové exprese vedoucí k pluripotenci ale probíhá i na posttranskripční úrovni prostřednictvím miRNA, lncRNA, hnRNP nebo proteinů stabilizujících pluripotentní faktory a znemožňujících jejich degradaci. Cílem této práce je shrnout mechanismy, které vedou v ESC k udržení pluripotence.
|
|
|
Localization matters: function of paxillin and phopholipids in the cell nucleus
Marášek, Pavel ; Hozák, Pavel (vedoucí práce) ; Půta, František (oponent) ; Žárský, Viktor (oponent)
(Czech) Paxillin i PIP2 jsou dobře známé součásti každé buňky, i když odlišné povahy. Paxillin, protein fokálních adhezí, šíří signál z extracelulární matrix prostřednictvím integrinů a receptory růstových faktorů, a tak reguluje buněčnou motilitu a migraci buněk (Schaller, 2001). PIP2, hlavní stavební kámen buněčných membrán, který je fosfolipasou C štěpen na tzv. druhé posly (Hokin and Hokin 1953; Streb et al. 1983). V nedávné době bylo prokázáno, že obě molekuly jsou také lokalizovány v jádře. Jejich dosud známé funkce jsou detailně prozkoumány, ale my nyní odhalujeme zcela odlišné funkce těchto biologických složek, a to navíc v úplně odlišných částech buňky, než kde se jejich lokalizace předpokládá. V této práci ukazujeme, že paxillin je důležitým faktorem buněčného jádra, kde kontroluje expresi dvou důležitých genů IGF2 a H19, které řídí růst buňky. Paxillin nemění alelickou expresi těchto imprintovaných genů, ale reguluje chromosomální interakce mezi promotory IGF2/H19 a jejich společným enhancerem na aktivní alele. Přesněji řečeno, paxillin stimuluje interakci mezi enahncerem a promotorem genu IGF2, čímž zesiluje transkripci IGF2, zároveň paxillin brání interakci mezi enhancerem a promotorem H19, a tím snižuje transkripci H19. Nalezli jsme paxillin v komplexu s kohesiny a také Mediatorem RNA...
|
|
|
Regulatory mechanisms of ornithin transcarbamylase and beta-glucocerebrosidase gene expression and their relevance to diagnostics
Lukšan, Ondřej ; Jirsa, Milan (vedoucí práce) ; Kožich, Viktor (oponent) ; Kříž, Vítězslav (oponent)
4 Abstrakt Konečná diagnóza d dičných metabolických poruch je obvykle určena na základ vyšet ení enzymové aktivity (což je mnohdy komplikované) a/nebo za pomoci molekulárn genetického vyšet ení. Výsledky standardní mutační analýzy však mohou být n kdy zavád jící, zejména v p ípad rozsáhlých reorganizací na úrovni chromozomu či u mutací v regulačních oblastech. P edkládaná práce je zam ena na charakterizaci komplexních mutací v genu pro ornitin transkarbamylázu (OTC), studium regulačních oblastí OTC a genu pro β-galaktozidázu (GBA). V rámci studie provedené na souboru čítajícím 37 pacient s kongenitální hyperamonémií II. typu (OTCD) bylo identifikováno a charakterizováno 14 nových mutací včetn t í rozsáhlých delecí. Byl zaznamenán i p ípad symptomatické heterozygotky pro hypomorfní mutaci p.R129H, u níž byl fenotyp OTCD z ejm podmín n posunem v X-inaktivaci ve prosp ch mutované alely. Nález byl podložen sledováním nevýhodné X-inaktivace ve t ech r zných periferních tkáních. Za účelem prov ení patogenity promotorové variace c.-366A>G v OTC nalezené v jedné rodin s mírným fenotypem OTCD byly identifikovány t i alternativní počátky transkripce (PT) a vymezen promotor lidského OTC. Transkripční aktivita promotoru, stejn tak jako aktivita nov nalezeného distálního enhanceru, byla ov ena funkční esejí. Výsledky...
|
|
|
Exprese WT1 a jeho sestřihových variant v myeloidních leukémiích
Lopotová, Tereza ; Moravcová, Jana (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Rázga, Filip (oponent)
Myeloidní leukémie představují maligní onemocnění charakterizovaná expanzí myeloidní krevní řady. Zatímco v případě chronické myeloidní leukémie (CML) je hlavní příčina onemocnění známa - t(9;22) a aktivita fuzního produktu BCR-ABL, s akutní myeloidní leukémií (AML) je spojena řada translokací a mutací. Cílem této práce je přispět ke zlepšení monitorování pacientů s myeloidními leukémiemi cestou detailního poznání exprese panleukemického markeru, genu Wilmsova tumoru (wt1). Prognostický význam celkové exprese wt1 je znám u pacientů s AML, nebyl ale jednoznačně potvrzen pro pacienty s CML. O expresi jednotlivých izoforem (celkem více než 36 proteinových produktů) existují velmi kusé informace v případě obou diagnóz i zdravé hematopoézy. Většina této práce je soustředěna na CML, AML je věnována pouze omezená část. V rámci první části jsme prokázali vysoký prognostický význam celkové exprese mRNA wt1 pro pacienty s CML. Statistická hodnocení ukázala kritické hladiny wt1, které umožňují v porovnání s rutinně používaným markerem, hladinou transkriptu bcr-abl, upřesnit prognózu pacientů, kteří neodpovídají optimálně na léčbu. Dále jsme navrhli a optimalizovali reverzně transkriptázové PCR v reálném čase pro kvantifikaci vybraných variant wt1 (kombinace sestřihu exonu 5 a KTS sekvence, swt1 vs. wt1 plné...
|
|
|
Katabolická dráha hemu u chronické hepatitidy C
Subhanová, Iva ; Zima, Tomáš (vedoucí práce) ; Průša, Richard (oponent) ; Kráslová, Ivana (oponent)
Předkládaná práce se zabývá významem katabolické dráhy hemu u chronické hepatitidy C. Je zaměřena na objasnění možné asociace exprese/aktivity klíčových enzymů katabolické dráhy hemu, hemoxygenázy (HMOX) a biliverdinreduktázy (BLVRA) v jaterní tkáni a krvi (studie A) a polymorfismů HMOX1 a UDP-glukuronosyltransferázy (UGT1A1) (studie B) s rozdílnými histologickými nálezy a rozdílnou účinností protivirové terapie. Cílem práce bylo nalézt faktory, které by u pacientů s chronickou HCV infekcí mohly predikovat progresi jaterního poškožení a efekt protivirové terapie před jejím zahájením. Pro účely této studie jsme zavedli vysoce citlivou metodiku na stanovení aktivity HMOX v mononukleárech periferní krve (PBMC), která dosud nebyla k dispozici. Zavedli jsme a zvalidovali RealTime PCR metodiku na stanovení exprese HMOX a BLVRA v jaterní tkáni a v periferních leukocytech (PBL). (GT)n a (TA)n varianty promotoru genu pro HMOX1 a UGT1A1 jsme stanovili simultánní fragmentační analýzou, jejíž metodika byla v naší laboratoři nedávno vyvinuta a rovněž publikována. Pomocí uvedených metod jsme neprokázali asociaci exprese/aktivity enzymů katabolické dráhy hemu a polymorfismů HMOX1 a UGT1A1 s histologickou aktivitou v jaterní tkáni. Prokázali jsme však významné rozdíly v expresi BLVRA v PBL mezi pacienty se...
|
|
|
Role onkogenní mikroRNA-155 a proto-onkogenu MYB u chronické lymfatické leukémie
Vargová, Karina ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Móciková, Heidi (oponent) ; Trka, Jan (oponent)
(CZ) B-buněčná lymfocytární chronická lymfatická leukémie (B-CLL) představuje nádorové onemocnění, pro které je význačná akumulace B-buněk v periferní krvi, kostní dřeni, lymfatických uzlinách a slezině v důsledku poruchy programované smrti. Klinický průběh B-CLL je značně heterogenní, což dokazuje i fakt, že u některých pacientů toto onemocnění rychle progreduje, zatímco jiní pacienti přežívají několik let bez nutnosti léčby. I když se onemocnění charakterizuje stanovováním několika prognostických parametrů, jež jsou typické pro B-CLL, chybí spolehlivá indikace začátku včasné terapie. Z popsaného důvodu je v současnosti velice intenzivně studována nejenom biologická role malých nekódujících RNA (tzv. mikroRNA), ale také spojitost těchto molekul se vznikem a průběhem leukemických onemocnění včetne B-CLL. Proto jsme se zaměřili na studium miR-155, která reguluje diferenciaci buněk krvetvorby, zánětlivých reakcí a produkci protilátek. Zvýšená exprese miR-155 se objevuje v leukemogenezi, kde se předpokládá, že má vliv na zástavu buněčné diferenciace a narušení normální funkce B-buněk. Naše výsledky potvrdily zvýšenou expresi jejího primárního transkriptu miR-155 a také maturované formy u pacientů s B- CLL. Analýza expresních dat kohorty 239 pacientů s B-CLL naznačuje, že vzorky pacientů s nepříznivou...
|
host ::
RSS.