|
|
Evoluce eukaryotických ABC transportérů
Žárský, Vojtěch ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Doležal, Pavel (oponent)
V posledních dvaceti letech probíhal intenzivní výzkum v oblasti ABC transportérů. Zájem o tyto membránové transportéry je zapříčiněn především tím, že některé ABC transportéry hrají roli v rezistenci rakovinných buněk a patogenů vůči používaným léčivům. Tento lékařský aspekt ABC transportérů byl ve výzkumu pochopitelně výrazně upřednostňován. Z pohledu obecných fyziologických funkcí a evoluce byly pak ABC transportéry přehlíženy. V této práci se proto zaměřuji na evoluci eukaryotických ABC transportérů, přehled ABC transportérů parazitických protist a na mitochondriální ABC transportéry, které jsou nejkonzervativnějšími eukaryotickými ABC transportéry.
|
|
|
Analysis of the genome of a free-living amoeba Mastigamoeba balamuthi and its comparison with pathogenic Entamoeba histolytica
Žárský, Vojtěch ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Bruchhaus, Iris (oponent) ; Beneš, Vladimír (oponent)
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta Katedra parazitologie Doktorský studijní program: Parazitologie Abstrakt (cz) Analýza genomu volně žijící améby Mastigamoeba balamuthi a porovnání s patogenní amébou Entamoeba histolytica Mgr. Vojtěch Žárský Školitel: prof. RNDr. Jan Tachezy, Ph.D. Praha, 2020 Abstrakt Výzkum a srovnávání organismů byly nesmírně významné pro studium historie života na Zemi. Pokrok v porozumění genetickému základu dědičnosti a nebývalý rozvoj sekvenačních technologií nám umožňuje pokračovat na tomto vzrušujícím poli výzkumu z perspektivy genů a genomů. V této práci se zaměřuji na studium anaerobní améby Mastigamoeba balamuthi, která je příbuzná významnému lidskému parazitu Entamoeba histolytica. Srovnávací analýza nám umožnila učinit některé závěry o vlastnostech společného předka M. balamuthi a E. histolytica, jak se přizpůsobil životu bez kyslíku, a jak se linie Entamoeba vyvinula v úspěšného parazita. Zjistili jsme přitom překvapivě, že vedle hydrogenosomů (odvozené mitochondrie produkující vodík) má M. balamuthi také peroxisomy - organely o kterých se soudilo, že je anaerobní organismy ztratily. Tento objev nás podnítil ke studiu distribuce peroxisomů u dalších eukaryotických linií. Zjistili jsme, že i u některých druhů Entamoeba nalézáme redukovaný soubor proteinů typických pro...
|
|
|
Analýza genové exprese metodami sekvenace nové generace
Bláhová, Monika ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Žárský, Vojtěch (oponent)
1 Abstrakt Cílem práce je vytvořit přehled dnes dostupných metod analýzy genové exprese, uvést výhody a nevýhody daných metod a porovnat je. Sekvenování je dnes jedna z nejpoužívanějších molekulárních metod. Sekvenovací metody se dají rozdělit na tři skupiny, sekvenování první generace, druhé generace a třetí generace. Nejvíce využívanými jsou metody sekvenování druhé generace. Avšak velký potenciál má i třetí generace, u které se ztrácí důležitost amplifikace vzorku pomocí PCR. Díky klesajícím nákladům a stoupající efektivitě se ale rapidně zvyšuje i množství dat. Rostou tak nároky na datová úložiště, výkon počítačů a důmyslnost softwarů, které velmi usnadňují zpracování získaných informací.
|
|
|
Fosforylace a její vliv na vznik rakoviny - bioinformatický pohled
Nováková, Martina ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Žárský, Vojtěch (oponent)
Nádorová onemocnění jsou častou příčinou smrti a jen v České republice ročně onemocní přes 70 tisíc lidí a více než 25 tisíc zemře. Tato onemocnění způsobují změnu buněčného metabolismu a jedním ze způsobů, jak se toto děje, je změna posttranslačních modifikací, zejména fosforylací. Fosforylace jsou důležitý regulační mechanismus, který má přímý vliv na aktivitu enzymů. Fosforylované zbytky jsou zpravidla serin, threonin a tyrosin, fosforylacemi na těchto aminokyselinách se budu v bakalářské práci zabývat. Na problematiku fosforylací ve spojitosti s nádorovými onemocněními se snažím nahlédnout z bioinformatické pozice, zejména se soustřeďuji na databáze shromažďující data o fosforylacích spojených s nádorovými onemocněními. Data týkající se fosforylace proteinů se získávají pomocí experimentálních metod, jako je hmotnostní spektrometrie, ale také in silico, jako výsledky složitých výpočtů počítačů. Databáze se mezi sebou liší typem dat, který shromažďují, velikostí, způsobem anotování a kontrolou obsahu. V práci podávám přehled nejdůležitějších databází a představuji práce, které bioinformatickými přístupy analyzují data o fosforylacích a nádorech. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Protein import into mitochondria and peroxisomes of parasitic protists
Žárský, Vojtěch ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Předkládaná práce vychází ze tří projektů, kterým je společný zájem o evoluci eukaryotických organel a molekulárních systémů importu proteinů. První projekt poukazuje na možnost, že se peroxisomy (typické organely aerobních eukaryot) zachovaly u anaerobní skupiny Archamoebae, která zahrnuje parazita Entamoeba histolytica a volně žijícího prvoka Mastigamoeba balamuthi. Nejsilnějším vodítkem byl nález proteinů homologních ke známým komponentám peroxisomálního importu proteinů. Cílem druhého projektu je charakterizovat neznámou proteinovou translokázu vnitřní membrány mitosomů (redukovaných mitochondrií) u anaerobního prvoka Giardia intestinalis, kde se podařilo objevit podjednotku Tim44 této translokázy. Poslední projekt ukazuje, že translokáza vnější mitochondriální membrány trypanosomatid je příbuzná typické eukaryotické translokáze Tom40. Toto zjištění je důležité, neboť nepřítomnost Tom40 byla dříve považována za jeden z ancestrálních znaků trypanosomatid.
|
|
|
Evoluce eukaryotických ABC transportérů
Žárský, Vojtěch ; Doležal, Pavel (oponent) ; Tachezy, Jan (vedoucí práce)
V posledních dvaceti letech probíhal intenzivní výzkum v oblasti ABC transportérů. Zájem o tyto membránové transportéry je zapříčiněn především tím, že některé ABC transportéry hrají roli v rezistenci rakovinných buněk a patogenů vůči používaným léčivům. Tento lékařský aspekt ABC transportérů byl ve výzkumu pochopitelně výrazně upřednostňován. Z pohledu obecných fyziologických funkcí a evoluce byly pak ABC transportéry přehlíženy. V této práci se proto zaměřuji na evoluci eukaryotických ABC transportérů, přehled ABC transportérů parazitických protist a na mitochondriální ABC transportéry, které jsou nejkonzervativnějšími eukaryotickými ABC transportéry.
|
|
| |
host ::
RSS.