|
|
Vliv diabetes mellitus na reprodukční parametry a expresi vybraných testikulárních genů na myším modelu
Valášková, Eliška ; Pěknicová, Jana (vedoucí práce) ; Kaňka, Jiří (oponent)
Podle Světové zdravotnické organizace (WHO, 2014), 15% párů v reprodukčním věku trpí neplodností, z toho více než 60% případů je způsobeno mužskou neplodností. Tento stav může být zapříčiněn genetickým pozadím jedince, podmínkami životního prostředí nebo například různými chorobami, zahrnující i diabetes mellitus (DM). Cílem této studie bylo proto určit vliv DM na reprodukční parametry a expresi vybraných testikulárních genů na myším modelu (FVB myší kmen). Ke studiu byl vybrán FVB inbrední myší kmen, u kterého byl DM (typ 1) uměle navozen látkou streptozotocin, která způsobuje destrukci buněk β slinivky břišní. Po 6 týdnech v diabetické prostředí byli dospělí samci usmrceni a podrobeni analýze. Naše výsledky ukázaly, že diabetické prostředí mělo vliv na váhu těla a reprodukčních orgánů stejně tak jako na ledviny a játra. Dále byla pozorována snížená koncentrace a viabilita u diabetických spermií porovnávaných s kontrolními. Stejně tak zvýšené značení apototického markeru annexinu V bylo zaznamenáno u ovlivněné skupiny. Dále byly porovnávány změny u jaderných proteinů spermií - protaminů. U diabetických zvířat byl sledován vyšší počet spermií s nedostatečnou protaminací. Nicméně, poměr mezi protaminem 1 a protaminem 2 (P1/P2) nebyl pozměněn u diabetických samců porovnávaných s kontrolními. V...
|
|
|
MicroRNA u lidských zhoubných nádorů spojených s virovou infekcí
Dvořáková, Lucie ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Drda Morávková, Alena (oponent)
MikroRNA (miRNA) jsou krátké jednořetězcové RNA, které nekódují proteiny. Jejich hlavním cílem je regulace genové exprese na úrovni translace. Tato regulace je způsobena vazbou miRNA na částečně komplementární úsek mRNA, jež může být jak buněčná, tak virová. Předpokládá se, že miRNA ovlivňují expresi až jedné třetiny lidských genů, čímž regulují růst, diferenciaci a apoptózu buněk. V poslední době byly také identifikovány miRNA kódované převážně DNA viry. Tyto miRNA podporují perzistenci virové infekce v hostiteli a mohou přispívat ke vzniku nádorových transformací. Onkogenezi významně ovlivňují také buněčné miRNA, jejichž exprese je regulována virovými proteiny. V současné době je výzkum miRNA velmi aktuální. Uvažuje se o nich jako o potenciálních biomarkerech a v běhu jsou klinické zkoušky použití miRNA pro terapii nádorových onemocnění. V této práci popisuji biogenezi a regulační funkce miRNA. Dále uvádím přehled virových miRNA a následně se zaměřuji na lidské nádorové viry, které nejenže kódují vlastní miRNA, ale také ovlivňují expresi hostitelských miRNA. V neposlední řadě informuji o současném klinickém využití miRNA. Klíčová slova: virová miRNA, buněčná miRNA, onkogeneze, virové infekce, nádorová transformace, genová exprese
|
|
|
Genová exprese vybraných genů v srdci potkana dlouhodobě adaptovaného na chlad v mírných podmínkách.
Marvanová, Aneta ; Žurmanová, Jitka (vedoucí práce) ; Nováková, Olga (oponent)
Otužování neboli adaptace na chlad má pozitivní vliv na lidský organismus, který je znám již po desetiletí. Příznivé a negativní účinky závisí na režimu a intenzitě chladové adaptace, a proto je třeba jim věnovat pozornost. U chladové adaptace s nízkými teplotami 0-4 žC u zvířat, bylo prokázáno poškození ledvin a dehydratace organismu. Podle dostupných informací se až do současné doby ještě nikdo nezabýval chladovou adaptací s mírnějšími teplotami a jejím vlivem na molekulární mechanismy srdce. Prvním cílem této práce bylo vytvořit model chladové adaptace, který by nevykazoval negativní vliv nažorganismus. Druhým cílem bylo stanovit hladiny mRNA vybraných genů v levé komoře myokardu z oblasti důležitých mechanismů spojených s energetickým metabolismem a kadioprotektivními signálním drahami. Výsledky získané na novém modelu chladové adaptace při 102 řC neprokázaly negativní změny ani v krvi ani v moči a potvrdily zachování fyziologické bilance tělních tekutin. Ze screeningu mRNA vyplývá, že chronická adaptace může ovlivnit fenotyp srdce, transkripční aktivitu antioxidačního systému a pro-apoptotických genů, tlumí adrenergní signalizaci a moduluje glukózový metabolismus. Klíčová slova: chladová adaptace, srdce, genová exprese, krev, moč, pitný režim
|
|
|
Kompletizace genomu Burkholderia cenocepacia ST32 a identifikace prognostického markeru infekce způsobené kmenem ST32 u pacientů s cystickou fibrózou
Vavrová, Jolana ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Wiedermannová, Jana (oponent)
Bakteriální druh Burkholderia cenocepacia patří mezi závažné původce infekcí dýchacích cest u pacientů s cystickou fibrózou. Problematický je výskyt kmenů šířících se mezi pacienty epidemicky. V ČR byla v minulosti zaznamenána epidemie způsobená kmenem ST32. V této práci byla ve spolupráci s bioinformatickým týmem stanovena kompletní genomová sekvence referenčního izolátu 1232 epidemického kmene ST32 B. cenocepacia pomocí sekvenačních metod nové generace a řešením problematických úseků kombinací Sangerova sekvenování, bioinformatických postupů a manuálního skládání sekvenčních čtení lokalizovaných v těchto úsecích. Finální verze genomu byla anotována pomocí PGAAP a v současnosti je finalizována. Cílem této diplomové práce bylo také najít prognostický marker infekce kmenem ST32 u pacientů s cystickou fibrózou. Na základě výsledků transkriptomového experimentu s tímto kmenem bylo v této práci vybráno 19 genů, jejichž genová exprese se zdála být v souvislosti s rozvinutím cepacia syndromu - závažného, většinou fatálního stavu infekce. Pomocí PCR v reálném čase byla srovnávána jejich exprese mezi izoláty z doby cepacia syndromu a měsíc před cepacia syndromem od 4 pacientů. Byla ověřena i možnost analyzovat změny v expresi těchto genů přímo v klinickém materiálu. Identifikovali jsme geny pro sekreční systém typu...
|
|
|
Vztah nádorového genotypu a fenotypu k diagnostice, prognóze a predikci kolorektálního karcinomu
Pitule, Pavel ; Králíčková, Milena (vedoucí práce) ; Vožeh, František (oponent) ; Slabý, Ondřej (oponent)
Kolorektální karcinom je jedním z nejvíce rozšířených typů maligních onemocnění. V jeho biologii a léčbě je stále velké množství otazníků a v této práci jsme se pokusili identifikovat nové prognostické znaky, které by mohly podat nové informace o vývoji tohoto nádoru a pomoci rozpoznat pacienty s těžším průběhem nemoci. V první části práce jsme se zaměřili na imunohistochemické značení dvou proteinů spojovaných s nádorovými kmenovými buňkami na vzorcích nádoru tlustého střeva a jeho jaterních metastáz. Cílem bylo vyhodnotit vztah mezi hladinou sledovaných proteinů CD44 a CD133 a celkovým a bezpříznakovým přežitím u studovaného souboru pacientů. Pozorovali jsme korelaci mezi zvýšeným množstvím CD133 pozitivních nádorových žlázek a prodloužením bezpříznakového přežití. Tento výsledek je v rozporu s obecným názorem ohledně vlivu CD133 na vývoj nádoru. Možným vysvětlením je použití vysoce specifikovaného souboru pacientů a odlišný metodický přístup, kdy jsme sledovali poměr CD133 pozitivních žlázek ke všem nádorovým žlázkám v zorném poli, nikoli absolutní intenzitu značení. Následně jsme se zaměřili na studium intenzity transkripce vybraného setu genů v zamražených vzorcích od pacientů s kolorektálním karcinomem. Hlavním cílem bylo detekovat rozdílnou hladinu odpovídajících mRNA mezi zdravou a...
|
|
|
Regulace bakteriální transkripce alternativními faktory sigma.
Benda, Martin ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Roučová, Kristina (oponent)
Důležitou vlastností bakterií je jejich schopnost reagovat na rozličné životní podmínky pomocí regulace na úrovni transkripce. Tato práce je zaměřena na regulaci iniciace transkripce pomocí využití různých faktorů sigma. Faktory sigma jsou specifické podjednotky RNA polymerázy, které zajišťují její správné nasednutí na promotorovou oblast genu či operonu. Při exponenciální fázi růstu v ideálních podmínkách buňka přepisuje většinu genů pod kontrolou tzv. housekeeping faktoru. Při přechodu do stacionární fáze, sporulaci či při odpovědi na stresové podmínky jsou však přepisovány geny pod kontrolou alternativních faktorů. Tato práce přináší výčet těchto alternativních faktorů u Bacillus subtilis, zaměřuje se na podmínky, při nichž jsou jednotlivé faktory sigma využívány, metody aktivace a represe aktivity těchto faktorů a jimi kontrolované regulony.
|
|
|
The Role of oncogenic microRNA - 155 and proto - oncogen MYB in chronic lymphocytic leukemia
Vargová, Karina
(CZ) B-buněčná lymfocytární chronická lymfatická leukémie (B-CLL) představuje nádorové onemocnění, pro které je význačná akumulace B-buněk v periferní krvi, kostní dřeni, lymfatických uzlinách a slezině v důsledku poruchy programované smrti. Klinický průběh B- CLL je značně heterogenní, což dokazuje i fakt, že u některých pacientů toto onemocnění rychle progreduje, zatímco jiní pacienti přežívají několik let bez nutnosti léčby. I když se onemocnění charakterizuje stanovováním několika prognostických parametrů, jež jsou typické pro B-CLL, chybí spolehlivá indikace začátku včasné terapie. Z popsaného důvodu je v současnosti velice intenzivně studována nejenom biologická role malých nekódujících RNA (tzv. mikroRNA), ale také spojitost těchto molekul se vznikem a průběhem leukemických onemocnění včetne B-CLL. Proto jsme se zaměřili na studium miR-155, která reguluje diferenciaci buněk krvetvorby, zánětlivých reakcí a produkci protilátek. Zvýšená exprese miR- 155 se objevuje v leukemogenezi, kde se předpokládá, že má vliv na zástavu buněčné diferenciace a narušení normální funkce B-buněk. Naše výsledky potvrdily zvýšenou expresi jejího primárního transkriptu miR-155 a také maturované formy u pacientů s B-CLL. Analýza expresních dat kohorty 239 pacientů s B-CLL naznačuje, že vzorky pacientů s nepříznivou...
|
|
|
Analýza genové exprese metodami sekvenace nové generace
Bláhová, Monika ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Žárský, Vojtěch (oponent)
1 Abstrakt Cílem práce je vytvořit přehled dnes dostupných metod analýzy genové exprese, uvést výhody a nevýhody daných metod a porovnat je. Sekvenování je dnes jedna z nejpoužívanějších molekulárních metod. Sekvenovací metody se dají rozdělit na tři skupiny, sekvenování první generace, druhé generace a třetí generace. Nejvíce využívanými jsou metody sekvenování druhé generace. Avšak velký potenciál má i třetí generace, u které se ztrácí důležitost amplifikace vzorku pomocí PCR. Díky klesajícím nákladům a stoupající efektivitě se ale rapidně zvyšuje i množství dat. Rostou tak nároky na datová úložiště, výkon počítačů a důmyslnost softwarů, které velmi usnadňují zpracování získaných informací.
|
|
|
Profil lakasové aktivity v kulturách houby Trametes versicolor během degradace endokrinně disruptivní látky Delor 103
Plačková, Martina
V této práci byl studován endokrinně disruptivní potenciál Deloru 103 (směs kongenerů PCB) a jeho vliv na produkci a vlastnosti ligninolytického enzymu lakasy u houbové kultury Trametes versicolor. Byla prokázána androgenní aktivita Deloru 103 (EC50 = 2,29. 10-2 mg/l). Potenciální metabolity vznikající mikrobiální degradací této látky (chlorbenzoové kyseliny) vykazovaly estrogenní aktivitu, což naznačuje možné změny v hormonální aktivitě Deloru 103 v průběhu jeho mikrobiální degradace. Přítomnost Deloru 103 v kulturách T. versicolor v minerálním médiu stimulovala u houby vyšší produkci lakasy (až 257 krát), která vykazovala zároveň jiné izoformové složení než enzymy z kontrolních kultur. V komplexním médiu s Delorem 103 byla pozorovaná indukce produkce aktivního enzymu 64x nižší než u kultur rostlých v minerálním médiu. Dále bylo prokázáno, že indukce lakasy a produkce jejích různých forem závisela na stavu kultury v době přidání polutantu. Exponenciálně rostoucí kultury T. versicolor po přidání Deloru 103 produkovaly 7 různých pI forem lakasy, kdežto kultury v stacionární fázi růstu produkovaly pouze 4 formy o vyšším pI. Indukce lakasové aktivity u T. versicolor však nekorelovala s degradačním potenciálem kultur. Vyšší degradace (přibližně o 21 %) byla pozorována v kulturách rostlých v komplexním...
|
|
|
Studium vlivu kancerogenního benzo[a]pyrenu na expresi cytochromů P450 a cytochromu b5 v orgánech laboratorního potkana
Blecha, Tomáš ; Moserová, Michaela (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Polycyklické aromatické uhlovodíky jsou velkou skupinou organických látek, které jsou tvořeny pouze atomy uhlíku a vodíku, dvěma a více kondenzovanými aromatickými jádry. Představují skupinu perzistentních organických polutantů (POPs) přítomných ve všech složkách a oblastech životního prostředí. Typickým zástupcem polycyklických aromatických uhlovodíků je benzo[a]pyren, který je tvořen pěti kondenzovanými aromatickými jádry. Benzo[a]pyren je prokarcinogen s genotoxickými účinky, který je aktivován řadou enzymových systémů, jako jsou cytochromy P450 a epoxidhydrolasa, na reaktivní metabolit BaP-7,8-diol-9,10-epoxid (BPDE) a 9-hydroxy-4,5-epoxy-BaP. Tyto reaktivní metabolity interagují s DNA a vytváří kovalentní adukty. V předkládané bakalářské práci byl studován vliv karcinogenního benzo[a]pyrenu (BaP) na expresi cytochromu P450 (CYP)1A1, 1A2 a cytochromu b5 v játrech, ledvinách a plicích laboratorního potkana. Byla provedena izolace celkové RNA, která byla převedena do cDNA za účasti náhodných primerů ("random primers"). Pomocí metody polymerasové řetězové reakce v reálném čase (RT-PCR) byla kvantifikována relativní exprese genů pro CYP1A1, CYP1A2 a cytochrom b5 v orgánech potkanů premedikovaných BaP a kontrolních (nepremedikovaných) zvířat vůči referenčnímu genu (β-actin). Bylo zjištěno, že...
|
host ::
RSS.