|
|
Taxonomic classification of yeasts associated with meadow plants
Čurillová, Natália ; Ing.Hana Dudášová, Ph.D. (oponent) ; Horváthová, Ágnes (vedoucí práce)
In total 60 yeast strains isolated from meadow flowers were selected for identification using MALDI-TOF biotyping. Selected yeast strains were prepared according to standard (Bruker) method and method developed at Institute of Chemistry SAS in Bratislava for MALDI-TOF yeast identification. To acquire valuable data two cultivating media were used. The principle of identification embody in comparing obtained mass spectra according to the score of selected yeast strain isolated from meadow plants, formerly identified by physicobiochemical properties (verification of their taxonomic classification) or the new isolates (their identification) with mass spectra of the reference yeast cultures. Reference yeast cultures were identified by sequencing the D1/D2 of 26S rRNA domain. In total 53 yeast strains were identified by biotyping at species level. The remaining 7 yeast strains were designed to be identified by sequencing the D1/D2 26S rRNA domain as the reference mass spectra were not available. The highest abundance of yeast species was as follows Metschnikowia pulcherrima (12 %), Rhodotorula spp. (12 %), Cystofilobasidium infirmominiatum (10 %), Metschnikowia reukaufii (7 %), Metschnikowia fructicola (7 %), Sporobolomyces metaroseus (7 %), Hanseniospora uvarum (5 %), Rhodotorula mucilaginosa (5 %), Meyerozyma guillermondii (5 %), Cystofilobasidium macerans (3 %) a Rhodotorula dairenensis (3 %), and yeast strains of species Candida bombi, Pichia kudravzievii, Cystofilobasidium capitatum, Cystofilobasidium macerans, Solicoccozyma aeria, Sporidiobolus salmonicolor, Papiliotrema flavescens, Sporidiobolus metaroseus, Sporidiobolus pararoseus and Cryptococcus wieringae were identified as well. In general, the most diverse abundance of yeast species were isolated from meadow plants comparing to the older studies.
|
|
|
Detekce CNV v bakteriálních genomech
Lacinová, Michaela ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá rozborem strukturní variability genomu a metodami jeho sekvenování napříč všemi generacemi. Součástí rozboru je popis variability počtu kopií a možnosti její detekce. Praktická část práce je zaměřena na návrh algoritmu pro detekci CNV na základě analýzy a testování simulovaných genomických dat podle nerovnoměrného pokrytí v genomovém sestavení, proměnlivého zastoupení GC obsahu a vzdálenosti sekvenčních čtení. Tento algoritmus je následně otestován na genomických datech bakterie Klebsiella pneumoniae.
|
|
|
Metody pro vylepšení genomového sestavení založené na signálovém zpracování
Jugas, Robin ; Provazník, Ivo (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá sekvenačními metodami a metodami sestavení genomu s využitím numerických reprezentací. Teoretická část práce popisuje historii objevu DNA, jednotlivé generace sekvenačních metod, samotné metody sestavení genomu a definici numerických reprezentací. Numerické reprezentace slouží pro převod znakové podoby DNA do numerické podoby a umožňují tak využití metod digitálního zpracování signálu. V práci je navržen algoritmus pro sestavení genomu s využitím numerické reprezentace, který je dále otestován na datech sekvencí.
|
|
|
Detekce patogenů lilku bramboru přežívajících v půdě
Valkovičová, Nikola
Bakalářská práce se zabývala detekcí a sekvenací patogenů lilku bramboru přežívajících v půdě. Pozornost je věnována především patogenům rodu Fusarium. Tyto patogeny způsobu-jí suchou hnilobu brambor, která vytváří povlaky bílého mycelia a hlíza následně mumifikuje, není vhodná ke konzumaci a snižuje se výnos. Pro detekci patogenů byla zvolena jedna z nejpřesnějších metod – PCR. Pro detekci pato-genů rodu Fusarium z infikovaných bramborových hlíz byla použita konvenční PCR s nespecifickými primery ITS4 a ITS5 nasedající do oblasti mezi geny, které kódují RNA ITS4 a ITS5. Pro detekci patogenů z půdy byla zvolena real–time PCR s primery ITS1F a AFP346 nasedající do oblasti, které kódující nRNA a mezerníky ITS1 a ITS2. Testovaná půda byla uměle inokulována neznámým izolátem rodu Fusarium získaným z bramborové hlízy a sbírkovým izolátem Fusarium solani var. coeruleum. Sekvenace potvrdi-la infekci hlízy bramboru patogenem Fusarium culmorum a objasnila tak obtížnost kvantifika-ce.
|
|
|
Vliv léčby inhibitory TNF-α na složení mikrobioty a imunitní odpověď u pacientů s nespecifickými střevními záněty
Mihula, Martin ; Jirásková Zákostelská, Zuzana (vedoucí práce) ; Grobárová, Valéria (oponent)
Inhibitory TNF-α jsou jednou z nejčastěji používaných terapií v léčbě nespecifických střevních zánětů (IBD). Avšak až jedna třetina pacientů s IBD na tuto terapii po nějakém čase z neznámých důvodů přestane odpovídat. Doposud neexistuje ideální biomarker, který by byl schopný předpovědět dlouhodobou odpověď pacienta na tuto terapii. Vzhledem k tomu, že změna ve složení střevní mikrobioty je úzce spjata s patogenezí IBD, tak jsem se v rámci této studie pokusil zjistit, zda dochází ke změnám v jejím složení i v důsledku terapie inhibitory TNF-α. Dále jsem se pokusil popsat, zda v průběhu terapie dochází ke změnám v produkci sérových biomarkerů spojených s poškozením střevní bariéry a imunitní odpovědí v důsledku mikrobiální translokace. Také jsem se zaměřil na imunitní odpověď pacientů s IBD na antigeny běžně se vyskytujících střevních komenzálních bakterií během terapie inhibitory TNF-α. Za tímto účelem jsme v průběhu naší studie odebrali vzorky krve či stolice od 46 pacientů v době před začátkem terapie a v 38. týdnu od zahájení terapie a 39 zdravých kontrol. Zjistil jsem, že v 38. týdnu terapie TNF-α inhibitory u pacientů s IBD dochází ke zvýšení bakteriální druhové rozmanitosti (α-diverzity) i ke změnám v druhovém složení mezi sledovanými skupinami pacientů (β-diverzity) ve srovnání se vzorky...
|
|
|
Gene expression analysis on a subgene level
Kloda, František ; Fišer, Karel (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
RNA sekvenování nám umožňuje zkoumat expresi jednotlivých genů v buňkách. Vzniklá data je možné interpretovat na více úrovních, kde každá úroveň poskytuje rozdílný typ informace. Kromě měření exprese celých genů je možné kvantifikovat expresi jednolivých exonů, nebo transkriptů (isoforem genů), což umožňuje podrobnější stadium regulačních mechanizmů. Hlavní rozdíl mezi přístupy je při určování původu krátkých readů. Tento krok je především složitější při analýze exprese jednotlivých transkriptů kvůli velké míře sekvenční podobnosti mezi transkripty pocházejícími ze stejného genu. V této práci jsme popsali jedenáct nástrojů pro analýzu exprese na subgenové úrovni a pro porovnání jsme tři z těchto nástrojů spustili na reálných pacientských datech. Výsledky poskytnuté všemi třemi nástroji byli velmi podobné, nejvýraznější rozdíl byl v čase analýzy.
|
|
|
Typing of bacterial populations based on methylation site detection
Hlavatá, Kristína ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes.
|
|
|
Antibiotic resistance profile determination in hybrid assembled bacterial genomes
Dzurčaninová, Natália ; Škutková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Antibiotic resistance is a severe problem largely caused by changes in bacteria's genomes. The acquisition and storage of reliable bacterial genomic data is, therefore, vital for the study of mechanisms and transfer of antibiotic resistance. This thesis describes bacterial genome, antibiotic resistance and tools for its identification along with processes necessary for genome acquisition, sequencing and assembly. It focuses on hybrid assembly of genomes of generally highly resistant bacteria Klebsiella pneumoniae and subsequent analysis of this genomes. The purpose of the analysis is construction of antibiotic resistance profiles and determination of phylogenetic relatedness between the genomes.
|
|
|
Typing of bacterial populations based on methylation site detection
Hlavatá, Kristína ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes.
|
|
|
Antibiotic resistance profile determination in hybrid assembled bacterial genomes
Dzurčaninová, Natália ; Škutková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Antibiotic resistance is a severe problem largely caused by changes in bacterial genome. The acquisition and storage of reliable bacterial genomic data is, therefore, vital for the study of mechanisms and transfer of antibiotic resistance. This thesis describes bacterial genome, antibiotic resistance and tools for its identification along with processes necessary for genome acquisition, sequencing and assembly. It focuses on hybrid assembly of genomes of generally highly resistant bacteria Klebsiella pneumoniae and subsequent analysis of this genomes. The purpose of the analysis is construction of antibiotic resistance profiles and determination of phylogenetic relatedness between the genomes.
|
host ::
RSS.