Název: Vliv sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu blízce příbuzných bakteriálních kmenů.
Překlad názvu: Influence of second and third generation sequencers on cgMLST analysis of closely-related bacterial strains.
Autoři: Slavíček, David ; Sedlář, Karel (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok: 2021
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce se zabývá vlivem sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu bakteriálního genomu. V teoretické části byly popsány některé sekvenátory druhéa třetí generace a principy sestavování genomu. V praktické části pak byly použity nasekvenované genomy bakterií z FN Brno. Jedná se o genomy šesti bakterií Klebsiella pneumoniae, které byly nasekvenovány na dvou různých sekvenátorech, Illumina Miseqa Oxford Nanopore Technologies Minion. Tyto genomy byly sestaveny. Pro cgMLST analýzu byly vybrány vhodné geny a vyřazeny genomy, které se nepodařilo sestavit vdostatečné kvalitě. Následně byla cgMLST analýza provedena a výsledky graficky zobrazeny. This bachelor thesis is about influence of sequncers of second and third generationon cgMLST analysis of bacterial genome. In the theoretical section were described selected sequencers of second and third generation and genome assembly principles. In the practical part were assembled six genomes of Klebsiella pneumoniae bacteria from University Hospital Brno. The genomes were sequenced each on two different sequencers, Illumina Miseq and Oxford Nanopore Technologies Minion. The genomes were assembled. Suitable genes were selected and insufficient quality genomes removed for the cgMLST analysis. The cgMLST analysis was performed and the results are shownin graphs.
Klíčová slova: cgMLST; Illumina; Oxford Nanopore Technologies; sekvenace; sestavení genomu; SPAdes; cgMLST; genome assembly; Illumina; Oxford Nanopore Technologies; sequencing; SPAdes

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/198167

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-604406


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce