|
|
Genetické algoritmy – Multi-core CPU implementace
Studnička, Vladimír ; Kuba, Martin (oponent) ; Matoušek, Radomil (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce je vytvořit co možná nejuniverzálnější knihovnu pro genetické algoritmy v jazyce C++, s určitým počtem implementovaných univerzálních operátorů a následně vytvořenou knihovnu otestovat na příkladech. Musí být implementována podpora více-jádrových procesorů pomocí OpenMP. Knihovna bude testována celkově na třech příkladech. První dva příklady jsou matematické funkce, které se používají právě k testování genetických algoritmů. Dalším testovacím příkladem je problém rozložení n-dam na šachovnici, aby se vzájemně neohrožovali. Nakonec se pokusíme pomocí navrhnutých algoritmů zjistit řešení puzzle s názvem Eternity II, za jehož vyřešení je vypsána odměna 2 milióny dolarů.
|
|
|
Towards the Automatic Design of Image Filters Based on Cartesian Genetic Programming
Kečkéš, Miroslav ; Uher, Václav (oponent) ; Karásek, Jan (vedoucí práce)
The aim of this diploma thesis is using cartesian genetic programming on design image filters and creating basic structure for implement diferent type of problems. Genetic programming is rapidly growing method, which often using for solve dificult problems. This thesis analyze basic principle, way of application and implementing this method to design filters. Result of this thesis is program realize design filters define by specific parameters, overview of implementig method and achieve summary from this sphere.
|
|
|
Obrazová analýza mitotických chromosomů
Danielová, Tereza ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na obrazovou analýzu mitotických chromosomů. Zabývá se návrhem celého procesu zpracování digitálních snímků – od předzpracování snímků, až ke klasifikaci jednotlivých chromosomů, včetně jeho testování na sadě obrázků. V teoretické části práce jsou popsány cytogenetické metody, které se používají pro vizualizaci chromosomů. Tato práce se v praktické části zabývá morfologickými operacemi a klasifikačními postupy. Klasifikace chromosomu byla do 5 skupin (A - G). Všechny algoritmy jsou realizovány v prostředí MATLAB.
|
|
|
Karyotypová evoluce u vybraných čeledí entelegynních pavouků
Kotz, Matěj ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Nguyen, Petr (oponent)
Araneoidea je nadčeledí entelegynních pavouků s obrovskou druhovou diverzitou. Celá nadčeleď je však velmi konzervativní, co se pozorovaného karyotypu týče. Pravděpodobně ancestrálním stavem celé skupiny je v případě samců 24 akrocentrických chromozomů s chromozomovým systémem určení pohlaví X1X20. Cílem této práce bylo zmapovat karyotypovou diverzitu dvou čeledí - Araneidae a Mimetidae. Většina studovaných druhů odpovídá svým karyotypem ancestrálnímu stavu. V rámci těchto čeledí bylo však u některých zástupců pozorováno skokové zvýšení počtu chromozomů, u Araneidae až 2n♂ = 52, v případě Mimetidae až na 2n♂ = 57. Což představuje vůbec nejvyšší pozorovaný počet u Entelegynae. Zvýšené 2n je doprovázeno i zvyšováním počtu pohlavních chromozomů, vedoucí až k X1X2X3X40 u Araneidae, respektive k X1X2X3X4X5X6X70 u Mimetidae. Jako možný mechanismus zvyšování počtu chromozomů navrhuji polyploidii. Tato hypotéza je v práci testována pomocí měření velikosti genomu za použití průtokové cytometrie a fluorescenční in situ hybridizace se sondami pro 18S rRNA a 5S rRNA geny. Pro jeden druh byla optimalizována sonda také pro U2 snRNA gen. U velké části studovaných druhů byly tyto techniky použity vůbec poprvé. V případě čeledi Mimetidae se podařilo odhalit zatím největší genomy v rámci Entelegynae. Všechny...
|
|
|
Karyotypová evoluce u astrildovitých pěvců rodu Lonchura
Janáková, Šárka ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Augstenová, Barbora (oponent)
Karyotyp, čili soubor všech chromosomů v buňce, je důležitou charakteristikou jednotlivých druhů jak živočichů, tak rostlin. Karyotyp ptáků je typický svou stabilitou co do počtu chromozomů i jejich velikosti a přestavby mezi různými chromozomy jsou vzácné. Změny, které se mezi karyotypy ptačích druhů projevují, jsou častěji intrachromozomální, jako například inverze či duplikace a delece. Stále není jasné, jak často se takové změny vyskytují mezi blízce příbuznými druhy a zda mohou přispět ke speciaci. Tato práce si klade za cíl srovnání karyotypů celkem pěti druhů pěvců rodu Lonchura (panenka), které jsou si blízce příbuzné, a srovnávání chromozomálních změn tak umožňuje pozorovat změny, které by mohly ke speciaci přispívat. Studie je založena na analýze karyotypu metodou imunofluorescenčního barvení synapsovaných pachytenních chromozomů a následného určení a srovnání typů chromozomů. Tato metoda umožnuje dobře určit změny, kterými se projevují pericentrické inverze, kdy dochází ke změně pozice centromery. Výsledky potvrzují všeobecnou představu o ptačích karyotypech jakožto velmi konzervativních co se týká počtu chromozomů a jejich velikosti. Nicméně, u některých chromozomů se mezi zkoumanými druhy lišila pozice centromery, což by mohlo být způsobeno pericentrickými inverzemi. U čtyř z pěti...
|
|
| |
|
|
Karyotypy Giardia intestinalis
Hudosová, Lenka ; Nohýnková, Eva (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Giardia intestinalis je parazitický prvok způsobující jedno z nejrozšířenějších průjmových onemocnění parazitárního původu. Buňka giardií obsahuje dvě jádra, u kterých donedávna nebyl znám počet chromozomů. Použitím klasické cytogenetické metody byl karyotyp určen před pěti lety Tůmovou a kol. V mé práci byl pomocí této metody, určen karyotyp čtyř izolátů, šesti linií a tří klonálních populací. Bylo potvrzeno, že jádra jedné buňky mohou být aneuploidní a mohou se navzájem v počtu chromozomů lišit. Mezi jádry byl zjištěn rozdíl v počtu o 1, 2 a 6 chromozomů. Pokud byl v obou jádrech jedné buňky zjištěn stejný počet chromozomů, každé jádro obsahovalo 10 chromozomů. Bylo také zjištěno, že asambláže (v této práci A a E) není možné charakterizovat pomocí karyotypu. Karyotypy se mohou lišit i mezi liniemi a klonálními populacemi odvozených od stejného izolátu. U tří kultur byla zjištěna změna karyotypu během kultivace in vitro. Výsledky práce jsou diskutovány ve vztahu k výsledkům dosud publikovaných prací.
|
|
|
Analýza karyotypu u vybraných bičovců řádů Amblypygi a Uropygi
Sember, Alexandr ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Ráb, Petr (oponent)
Karyotype analysis of selected species from arachnid orders Amblypygi and Uropygi Whip spiders (Amblypygi) and whip scorpions (Uropygi) represent relict arachnid orders which has been found already at Upper Carboniferous strata. Although cytogenetic data from amblypygids and uropygids might be important to reconstruct karyotype evolution of arachnids, cytogenetics of these orders is almost unknown. Presented study is aimed in analysis of karyotype and meiosis in 16 species of Amblypygi and 4 species of Uropygi. Both groups are characterized by considerable range of diploid chromosome numbers (2n = 24 - 86 in Amblypygi and 36 - 66 in Uropygi). Analysed species does not exhibit morfologically differentiated sex chromosomes. Differentiation of sex chromosomes on molecular level was revealed in amblypygid Paraphrynus mexicanus by comparative genome hybridization. Obtained data indicate XY/XX sex chromosome system in this species. Comparison of karyotype data indicates reduction of chromosome numbers during evolution of both orders. In Amblypygi, this reduction was accompanied by increase of number of biarmed chromosomes. This trend is not apparent in Uropygi. Karyotypes of most analysed amblypygids and uropygids are also characterized by low amount of heterochromatin. Most studied species exhibit two pairs...
|
|
| |
|
|
Karyotype analysis of mesothelid spiders
Prokopcová, Lenka ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Zrzavá, Magda (oponent)
Podrad mesothelidných pavúkov je z cytogenetického hľadiska veľmi málo prebádaný. Predkladaná diplomová práca je zameraná na karyotypovú evolúciu týchto pavúkov. Vzhľadom k tomu, že sa jedná o najbazálnejšiu skupinu pavúkov, môže analýza ich cytogenetiky priniesť dôležité údaje o ancestrálnom karyotype pavúkov. U jednotlivých zástupcov sú v práci popísané diploidné počty a morfológia chromozómov, meiotické delenie, pohlavné chromozómy a tiež vzor vybraných molekulárnych markerov, ktoré boli detekované pomocou techniky fluorescenčnej in situ hybridizácie. Podľa mojich výsledkov, mesothelidné pavúky disponujú vysokým počtom chromozómov a prevahou jednoramenných chromozómov. Na rozdiel od ostatných pavúkov majú málo diferencované pohlavné chomozómy. Kľúčové slová: evolúcia, pavúk, chromozóm, karyotyp, fluorescenčná in situ hybridizácia, nukleolárny organizátor, pohlavné chromozómy
|
host ::
RSS.