|
|
Společenství parazitoidů dvou druhů drobných motýlů žijících na chmelu otáčivém
Hovorka, Tomáš ; Janšta, Petr (vedoucí práce) ; Libra, Martin (oponent)
Interakce mezi parazitoidy, fytofágním hmyzem a jejich hostitelskými rostlinami hrají jednu z hlavních rolí v trofických vztazích suchozemských potravních sítí. Dle současného poznání je více jak polovina všech známých suchozemských druhů součástí právě této potravní sítě (parazitoidi-herbivoři-rostliny). U mnoha druhů hostitelů herbivorů vedly interakce s parazitoidy k evoluci a diverzifikaci různých obranných strategií. Příkladem primární obranné strategie proti predátorům a parazitoidům je tvorba různých úkrytů, jako jsou listové miny, listové zámotky nebo hálky. Tyto strategie jsou klíčovým faktorem, který ovlivňuje složení společenstva parazitoidů. V diplomové práci bylo sledováno spektrum parazitoidů u dvou druhů drobných motýlů s rozdílnými životními strategiemi žijících na chmelu otáčivém (Humulus lupulus). Housenky Caloptilia fidella (Lepidoptera: Gracillaridae) nejprve minují listy chmelu, později, kdy se začnou živit exofágně, si na vnější ploše listu vytváří listové zámotky s kokony. Housenky druhu Cosmopterix zieglerella (Lepidoptera: Cosmopterigidae) zůstávají po celý svůj larvální vývoj v mině. Získaní parazitoidi byli identifikovaní jak na základě morfologie, tak pomocí dvou fragmentů genů, konrétně CO1 a ITS2 (pouze u Chalcidoidea). Ke genetickému vymezení druhů byly využity metody...
|
|
|
Genetická diverzita zástupců čeledi sezamovitých Pedaliaceae R.Br.
Šlampa, Vojtěch
Čeleď Pedaliaceae řadící se do řádu Lamiales, popsána v roce 1810 Robertem Brownem, je významnou součástí tropické flóry, které nalezneme především v Africe, jihovýchodní Asii a Austrálií. Čeleď samotná, čítá na 50 druhů a dosud není příliš blízce prozkoumaná, vyjma rod Sesamum a jeho zástupce Sesamum Indicum L., který patří mezi nejvýznamnější plodiny pro potravinové účely. V této práci bylo analyzováno pět zástupců čeledi Pedaliaceae, pomo-cí metody DNA barcoding, s využítím jaderných a chloroplastových oblastí DNA, jež sloužili jako marker pro jejich následnou fylogenetickou analýzu a taxonomické zařazení. Pro získání rostlinné DNA a potřebných výsledků byla provedena izolace DNA z rostlinných vzorků, PCR a sekvenování DNA.
|
|
|
Genetické markery pro druhovou identifikaci a studium genetické variability forenzně významných druhů masařek (Sarcophagidae).
JÁNOVÁ, Nicole
Cílem této bakalářské práce bylo vybrat a otestovat molekulární markery pro druhovou identifikaci a detekci genetické variability forenzně významných druhů masařek (Sarcophagidae), nejčastěji se vyskytujících v České republice (Sarcophaga variegata, africa, noverca, carnaria, albiceps, incisilobata, lehmanni, argyrostoma, caerulescens). Pro tento účel byly úspěšně amplifikovány a osekvenovány jak mitochondriální (COI), tak i jaderné markery (ITS, EPIC). Bakterie Wolbachia byla detekována pomocí markeru 16S.
|
|
|
Metoda DNA barcodingu a její využití u protist
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
DNA barcoding je molekulární metoda identifikace druhů založená na krátkých úsecích sekvence DNA, které by měly být co nejvíce podobné u jedinců stejného druhu, a naopak se musí co nejvíce lišit mezi druhy. Tyto DNA barcody se pak mohou porovnávat se sekvencemi známých druhů v globální barcodové databázi. Metoda vznikla jako návrh pro zjednodušení tradiční taxonomie, eliminaci jejích problémů a zrychlení jejích postupů. DNA barcoding ovšem také podléhá různým omezením, která znemožňují uskutečnění jeho původních cílů a dodržení rámce konceptu. Cílem této práce je vyložit dosavadní vývoj a význam této metody, obzvláště u protist, u kterých jsou identifikace druhů některých skupin z mnoha různých důvodů složité. Ohodnotit tuto metodu jako celek je obtížné, jelikož tvorba databáze sekvencí zatím není dokončena a pro mnohé skupiny organismů zatím ani nebyly vybrány vhodné DNA barcodové sekvence. Zda se toto podaří, se ukáže až v průběhu času, v této práci se proto zaměřím pouze na faktory, které již nyní úspěšnost metody DNA barcodingu ovlivňují.
|
|
|
Druhová identifikace páskovek (Cepaea) pomocí molekulárně-genetických metod
Dratvová, Lenka
Tato diplomová práce se zabývá výběrem a ověřením vhodných mitochondriálních markerů pro druhovou identifikaci měkkýšů rodu Cepaea. Byla provedena optimalizace metody izolace genomové DNA, PCR amplifikace s použitím mitochondriálních markerů 12S a 16S a metoda automatického sekvenování PCR produktů. Data získaná sekvenací byla vyhodnocena pomocí programů a SeqScape Software v2.7, Sequence Scanner Software v1.0, MEGA7 a databáze BLAST. Cílem práce je pomocí molekulárně-genetických metod ověřit, zda jsou pro rozlišení jednotlivých druhů páskovek vhodné mitochondriální markery 12S a 16S.
|
|
|
Forenzně významní zástupci řádu brouci (Coleoptera) vyskytující se na území České republiky
Wrzecionková, Nicole Elizabeth
Proces postupného osídlování mrtvého těla nekrofágním hmyzem hraje důležitou roli ve forenzní praxi, zejména při určování doby smrti. Tato práce se zabývá rozkladem mrtvého těla obratlovců, forenzně významnými zástupci z řádu Coleoptera na území ČR. Experimentálním objektem pro naše účely bylo zvoleno prase domácí a kur domácí. Výzkum byl prováděn od prosince 2017 do března 2019. Během výzkumu byly z mrtvých těl odebírány vzorky larev a dospělých jedinců, kteří byli následně identifikováni pomocí anatomicko-morfologických a molekulárně-genetických metod. Tyto metody byly následně mezi sebou porovnány. Pro účely výzkumu bylo potřebné izolovat mitochondriální DNA, amplifikovat úsek genu cytochrom c oxidasy I (COI) metodou PCR a následně tento úsek sekvenovat. Databáze BLAST a BOLD vykazovaly shodné výstupy a na základě výsledku byli jedinci zařazeni do jednotlivých čeledí řádu Coleoptera.
|
|
|
Variabilita mitochondriální DNA ve vztahu k druhové identifikaci živočichů
Suchá, Františka
Mezi významné nástroje pro identifikaci živočichů patří molekulárně-genetické metody, zejména DNA barcoding. Tato práce si kladla za cíl popsat metody DNA barcodingu, zejména metody amplifikace genu cytochromoxidázy I (COI). Tyto metody byly poté využity pro identifikaci a sledování rozdílů mezi konkrétními příklady druhů z jednotlivých taxonomických skupin. K tomuto účelu byly shromážděny vzorky hmyzu z Brna a okolí a také vzorky chlupů z několika vybraných druhů domácích zvířat. Z těchto vzorků se izolovala DNA, ze které byl následně amplifikován úsek genu pro cytochromoxidázu I (COI) metodou PCR. Pro tyto účely byly použity primery LCO1490/HCO2198. Poté následovalo sekvenování a srovnání výsledků sekvenování s referenčními sekvencemi v databázích. Ze všech 40 vzorků se podařilo amplifikovat 32 vzorků, amplifikace selhala pouze u vzorků koňských žíní. Amplifikované fragmenty byly úspěšně sekvenovány a všechny sekvence se podařilo přiřadit k referenčním sekvencím v databázích.
|
|
|
Metodika správy a evidence tkáňové zoologické sbírky a determinace zoologického sbírkového materiálu na základě analýzy DNA
Aghová, Tatiana ; Benda, Petr ; Brejcha, Jindřich ; Dolejš, Petr ; Kyralová, Eva ; Mlíkovský, Jiří ; Moravec, Jiří ; Šanda, Radek ; Štundl, Jan ; Tkoč, Michal ; Vondráček, Dominik
Plný text:  PDF; PDF; PDF; PDF
|
|
|
Druhová identifikace u Lepidopter pomocí jaderných genů CAD a EF-1?
Wijacki, Jan
Biologická rozmanitost je důležitý prvek pro zachování života na Zemi. Může se jednat o rozmanitost v rámci genů, druhů nebo celých ekosystémů. Na světě existuje odhadem asi 10 milionu rostlinných a živočišných druhů, ale popsaných jich je asi pouze okolo 1,5 milionů. DNA barcoding je molekulární metoda napomáhající k druhové identifikaci na základě porovnávání sekvencí mitochondriálních nebo jaderných genů. V rámci druhu nočního motýla lišaje lipového (Mimas tiliae) by mohly existovat čtyři různé poddruhy. Cílem této práce je ověřit pomocí metody DNA barcodingu, zda jsou pro rozlišení těchto poddruhů vhodné jaderné geny CAD a EF-1a a porovnat tyto výsledky s analýzou mitochondriálního genu COI.
|
|
|
Aplikace molekulárních metod na identifikaci nekrofágních zástupců řádu Diptera, typických pro Jihomoravský kraj
Mifková, Tamara
Nekrofágní hmyz hraje významnou roli především v kriminalistické praxi, a to hlavně při určování doby smrti. Tato práce si kladla za cíl monitorovat zástupce řádu Diptera na vybraných lokalitách Jihomoravského kraje - Sokolnice a Rakvice. Dále byli tito zástupci identifikováni anatomicko-morfologickými a molekulárně-genetickými metodami, které byly mezi sebou porovnány. K tomuto účelu bylo nutné izolovat DNA, amplifikovat úsek genu cytochromoxidázy I (COI) pomocí metody PCR a dalším zpracováním získat sekvence vybraných jedinců z mitochondriálního genomu. Ve výsledcích pokusu se více shodovaly s morfologickou identifikací výstupy databáze BOLD, než výstupy z databáze BLAST. Anatomicko-morfologickým sledováním nelze vždy přesně určit rod a druh nekrofága, je totiž závislé nejen od vývojového stádia hmyzu a jeho stavu, ale i od odborné znalosti determinátora. Proto je vhodnější využít kombinaci anatomicko-morfologických a molekulárně-genetických metod determinace, což potvrzují výsledky této diplomové práce.
|
host ::
RSS.