|
|
Studium volných klastrů a nanočástic v molekulových paprscích
Profant, Václav ; Dian, Juraj (vedoucí práce)
V předložené práci studujeme vlastnosti malých heteroatomových biologicky významných molekul prostřednictvím několika experimentů, které jsou založené na metodě molekulových paprsků. V prvním experimentu je pomocí rozptylu molekulárních paprsků studována struktura a dynamika velikostně selektovaných nabitých klastrů pyrrolu. Malé neutrální klastry Pyn jsou připraveny v Py/He expanzi a větší smíšené PynArm klastry v expanzi Py/Ar. Výběr neutrálních klastrů různé velikosti se uskutečňuje pomocí rozptylu se sekundárním paprskem He atomů. Na základě měření úhlových a rychlostních rozdělení pro různé hmoty fragmentů byla určena fragmentace pro dimery až tetramery pyrrolu po ionizaci nárazem elektronu o energii 70 eV. V druhém experimentu je studována fotolýza klastrů pyrrolu, imidazolu a pyrrazolu v závislosti na jejich velikosti. Výsledky byly porovnány s fotolýzou izolovaných molekul a pro studované systémy mezi sebou. Klastry byly fotolyzovány laserovým zářením o vlnové délce 243 a 193 nm a byla měřena rozdělení kinetické energie vznikajících vodíkových fotofragmentů. Kromě toho byla měřena i hmotnostní spektra fragmentů po vícefotonové ionizaci na uvedených vlnových délkách. Pozorovali jsme významný vliv klastrového prostředí na fotolytické chování molekul a provedli jeho diskusi.
|
|
|
Charakterizace sekundární struktury polyproline I pomocí metod vibrační a chiroptické spektroskopie a kvantově mechanických simulací
Vančura, Martin ; Profant, Václav (vedoucí práce) ; Hudecová, Jana (oponent)
Předmětem našeho studia byla sekundární struktura proteinů nazývaná polyprolin I. Tato helikální struktura je sice již dlouho známá, ale její výskyt a význam v přírodě dosud nejsou úplně známy. V této práci využíváme Ramanovu spektroskopii a chirální Ramanovu optickou aktivitu. Tyto metody jsou citlivé k sekundární struktuře proteinů, ale narozdíl od běžně užívaných ECD a UV absorpce vypovídají spíše o lokálním uspořádání. Podařilo se nám získat Ramanova a ROA spektra polyprolinu I, která dosud nebyla publikována. Popsali jsme důležité rozdíly mezi spektry polyprolinu I a II a pozorovali proces mutarotace. Experimentální část práce je doplněna výpočty spekter s využitím přenosu tenzoru molekulových vlastností. Shoda takto vypočtených spekter se spektry experimentálními byla velice dobrá.
|
|
|
Vibrační spektroskopie farmakologicky významných molekul: Studium L-DOPA a jeho deuterovaných derivátů
Spasovová, Monika ; Profant, Václav (vedoucí práce) ; Kaminský, Jakub (oponent)
se používá jako léčba choroby. V poslední době bylo zjištěno, že některé z deuterovaných analogů vykazují při léčbě vyšší účinnost a mohly by léčbě Předmětem této práce bylo studium deuterovaných derivátů pomocí vibrační spektroskopie (Raman, ROA, IR a VCD) a porovnání experimentálních výsledků s kvantově mechanickými simulacemi spekter ROA a VCD jsou chiroptické metody, proto jsou vhodné pro měření chirálních molekul, mezi které L DOPA skutečně patří. Díky kvantově chemickým výpočtům, které poskytly spektra s velmi dobrou shodou s experimentem, jsme dokázali přiřadit experimentální spektrální pásy jednotlivým vibračním módům levodopy. Použití chiroptických metod (hlavně ROA) umožnilo určení absolutní konfigurace dvakrát deuterovaného derivátu α,β-D2 -L -DOPA. Bylo prokázáno, že se vyskytuje ve formě -α β)
|
|
|
Elektron-fononová vazba ve finitních systémech s více chromofory
Herman, Daniel ; Mančal, Tomáš (vedoucí práce) ; Profant, Václav (oponent)
Kvantové systémy v prírode interagujú s ostatnými kvantovými systémami a sú príkladmi otvorených kvantových systémov. V tejto práci poskytujeme úvod do teórie otvorených kvantových systémov s dôrazom na dynamiku molekulárnych systémov v proteínovom prostredí. Ďalej sa budeme venovať technikám potrebných na konštrukciu pohybových rovníc pre dynamiku vybraných kvantových systémov s vplyvom lázne, kde pracujeme s konečným počtom stupňov voľnosti. Porovnávame exaktný výpočet dynamiky konečného systému s výsledkami obdržanými pomocou aproximatývnych pohybových rovníc za po- užitia ansatzu pre stupne voľnosti lázne. Tiež preformulujeme exaktné rovnice do časovo nelokálnej riadiacej rovnice pomocou projektívnej tehniky a porovnáme kvalitu výsledkov z tejto riadiacej rovnice. Časový vývoj študovaných systémov je tiež porovnaný s časovým vývojom určeného pomocou Schrödigerovej a Liouville-von Neumannovej rovnice. 1
|
|
|
Studium elektronových přeskoků v systému heterocyklických molekul metodami kvantové mechaniky. Simulace absorpčních a emisních spekter.
Tichý, Ondřej ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Profant, Václav (oponent)
Tato práce pojednává o výpočtu dob života excitovaných stavů molekul za použití semiempirických metod v simulacích kvantové molekulové dynamiky. Jako referenční molekuly byly zvoleny pyrimidinové nukleové báze a tři azaderiváty. Na těchto molekulách byly provedeny simulace molekulových dynamik v programu MNDO99 a byla spočtena jejich statická spektra v programech Gaussian a Orca. Všechny zkoumané molekuly vykazují femtosekundové doby života druhých excitovaných stavů, pyrimidinové báze vykazují krátké doby života i u prvních excitovaných stavů v řádu stovek femtosekund. Spočtené první excitované stavy azaderivátů dosahují desítek až stovek pikosekund a naznačují souvislost mezi stabilitou stavu a menším počtem aminoskupin navázaných na cyklu molekuly.
|
|
|
Konformační přechody a stabilita kvadruplexů nukleových kyselin
Johanovská, Zuzana ; Mojzeš, Peter (vedoucí práce) ; Profant, Václav (oponent)
Práce se zabývá studiem guaninových kvadruplexů, tj. nekanonickými čtyřvláknovými strukturami nukleových kyselin bohatých na repetitivně guaninové sekvence s potenciálně biologickým a nanotechnologickým významem. První část shrnuje základní informace o struktuře a topologii kvadruplexů, ve druhé části jsou pak uvedené poznatky o kvadruplexech in vivo. Třetí část je věnována metodám, užitým při vlastním měření, konkrétně Ramanově spektroskopii, cirkulárnímu dichroismu a absorpční spektroskopii. Následující části se věnují měření a zpracování vlastních experimentálních výsledků. V rámci práce bylo zkoumáno pět sekvenčně blízkých oligonukleotidů odlišujícími se pouze bázemi v jednočlenných smyčkách. Byl zkoumán vliv koncentrace oligonukleotidu a draselných iontů K+ na stabilitu těchto kvadruplexů pomocí Ramanovy spektroskopie, přičemž byla pozorována neobvykle vysoká termální stabilita. Další experimenty zahrnovaly měření CD a absorpčních spekter za nižších koncentrací oligonukleotidů, dvou různých koncentrací draselných iontů a porovnání stability jednotlivých modifikací s publikovanými výsledky. Dále byla studována možná interakce s kationickým porfyrinem CuTMPyP4, podobná interakci s antiparalelním kvadruplexem TBA. Interakce s paralelnímu kvadruplexy však prokázána nebyla, potvrzen byl naopak vliv...
|
|
|
Vibrační optická aktivita 3-aminoquinuclidinu
Jílek, Štěpán ; Profant, Václav (vedoucí práce) ; Kaminský, Jakub (oponent)
1 Práce se zabývá studiem chirální molekuly 3-aminochinuklidinu (AQN), která je významným farmakoforem. Deriváty této molekuly tvoří základ pro řadu biologicky významných látek a léčiv: modulátorů aktivity serotoninových receptorů, látek pro zobrazení neuronální aktivity a léků potlačujících vedlejší účinky při chemoterapii (antiemetika). Molekula AQN je chirální a informace o její absolutní konfiguraci a enantiomerní čistotě je proto velmi významná pro její využití ve farmaceutickém průmyslu. Struktura AQN obsahuje primární a terciární aminovou skupinu a v závislosti na pH se může vyskytovat ve třech nábojových stavech. V této práci jsme se zaměřili na charakterizaci AQN pomocí metod vibrační spektroskopie - infračervené absorpce a Ramanova rozptylu, včetně jejich chirálních variant - vibrační cirkulární dichroismus (VCD) a Ramanova optická aktivita (ROA), ty všechny v kombinaci s kvantově chemickými simulacemi. Značná pozornost byla věnována výběru vhodného rozpouštědla a nastavení ideálních experimentálních podmínek. Na základě pH závislosti Ramanových spekter jsme určili pKA disociační konstanty charakterizující přechody mezi jednotlivými nábojovými stavy AQN, které byly dále charakterizovány pomocí ROA a VCD. Zkoumány byly i vlastnosti AQN v různých fázích (vodní roztok, krystalická a skelná fáze)....
|
|
|
Termodynamika tvorby DNA vlásenek
Sgallová, Ráchel ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Profant, Václav (oponent)
Serum response factor (SRF) je transkripèní faktor vá¾ící se na vysoce konzer- vovanou sekvenci DNA, tzv. CArG box. Vzhledem k sekvenci nukleotidù CArG boxu by mohlo docházet k tvorbì vlásenek, resp. kruciformy. V rámci této di- plomové práce byla pomocí jaderné magnetické rezonance studována struktura CArG boxu v lidském genu c-fos. Byla zmìøena 1 H spektra v teplotním rozsahu 274{356 K a dvourozmìrná spektra 1 H{1 H NOESY a 1 H{13 C HMBC sekvencí DNA o délce 12, 14 a 16 nukleotidù. Z namìøených teplotních závislostí byly zís- kány termodynamické parametry tvorby sekundárních struktur ve zkoumaných vzorcích. Na základì spekter NOESY a nezávislosti teploty tání na koncentraci byla potvrzena tvorba vlásenek ve zkoumaných vzorcích. Odli¹nost sekundární struktury od B{DNA by mohla být vysvìtlením vysoké a nity SRF k CArG boxu. 1
|
|
|
Structure and dynamics of peptides and proteins in solution: application of Raman optical activity
Profant, Václav ; Baumruk, Vladimír (vedoucí práce) ; Kapitán, Josef (oponent) ; Setnička, Vladimír (oponent)
Práce se zabývá vysoce specifickými a pokročilými aplikacemi Ramanovy optické aktivity (ROA) v široké škále strukturálních a konformačních studií biomolekul a dalších biologicky významných molekul. Náš výzkum byl zaměřen na řadu vzájemně propojených témat zahrnujících oblasti metodiky, základního a aplikovaného výzkumu. Kombinace experimentálního a teoretického přístupu vedla k hlubšímu porozumění studovaných jevů včetně charakterizace účinků interakcí rozpuštěných látek a rozpouštědel. Vysoce kvalitní ROA spektra modelových molekul v oblasti C-H valenčních vibrací, získaná jako důsledek úspěšného rozšíření ROA měření na spektrální oblast zahrnující všechny fundamentálních molekulární vibrace, nám umožnila ověření a další vývoj simulačních metod zahrnujících anharmonické korekce. Na příkladu modelových spirodilaktamů s vysoce neplanárními amidovými skupinami jsme vysledovali specifické ROA spektrální projevy amidové neplanarity. Úspěšně jsme simulovali ROA signál S-S valenčních vibrací antimikrobiálního peptidu lasiocepsinu a zjistili, že navzdory současnému přesvědčení neodrážejí smysl torze S-S skupiny. Ve studiích věnovaných větším molekulárním systémům jsme lépe porozuměli procesu formování stabilní konformace polyprolin II a ukázali jsme, že ROA může pomoci odhalit změny indukované různou sulfatací v...
|
|
|
Osudy pankráckých vězňů v poválečném období - Věznice Pankrác květen 1945 - 1946
Profant, Vladimír ; Štemberk, Jan (vedoucí práce) ; Šalanda, Bohuslav (oponent)
Nosným tématem diplomové práce je osud lidí v zn ných ve v znici Pankrác v pr b hu zhruba jednoho roku po skončení druhé sv tové války. Podkladem práce jsou shromážd ná sv dectví, informace o okolnostech tehdejších událostí ze současné, ale i dostupné dobové literatury a periodik, jejich analýza a komparace za dopln ní dalších souvisejících údaj z archiv či jiných pramen . Po úvodu a metodologické části následuje historický exkurs p ipomínající události konce druhé sv tové války v evropském kontextu, historii pankrácké v znice od doby jejího vzniku v roce 1889, ale i česko-n mecký st et v p edmnichovském období a v období protektorátu, až do okamžiku p evzetí kontroly nad v znicí českou správou v kv tnu roku 1945. V části v nované p edm tnému poválečnému období jsou rozpracována jednotlivá témata, p ibližující podmínky, které v té dob v pankrácké v znici panovaly. Kapitoly v nující se charakteristice v z a p edstavení získaných sv dectví uvozují další části popisující okolnosti zadržení osob, jejich p íchod na Pankrác, pom ry a vztahy na celách, stravu a hygienu, práce mimo v znici, chování dozorc včetn výslech , pom ry panující ve v ze ské nemocnici, úmrtí pankráckých v z , popravy odehrávající se v pankrácké v znici a zp soby, jakými v zni pankráckou v znici opoušt li. Samostatné kapitoly jsou...
|
host ::
RSS.