Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 15 záznamů.  1 - 10další  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.02 vteřin. 
Studium vlastností nových kontrastních látek pro zobrazování magnetickou rezonancí
Plšek, Martin ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Březina, Václav (oponent)
Abstrakt: Kontrastní látky pro zobrazování magnetickou rezonancí využívají organické kom- plexy paramagnetických iontů. Tato práce se zabývá studiem rotace fosfonátové skupiny komplexů LnIII s monoetylesterem-P kyseliny 1,4,7,10-tetrazacyklododekán-4,7,10-tris(kar- boxymetyl)-1-metyfosfonové (Lndo3apOEt ), a to konkrétně Lado3apOEt a Cedo3apOEt . Byla změřena 1 H a 31 P NMR spektra obou komplexů v závislosti na teplotě. Byly odhadnuty příčné relaxační doby a chemické posuvy dvou spektrálních čar 31 P, mezi kterými probíhá chemické výměna. Spektra 31 P byla následně fitována analytickou funkcí popisující tvar spektra s dvou- stavovou chemickou výměnou, čímž byly získány závislosti rychlosti výměny a relativních populací obou diastereoizomerů na teplotě. Z těchto závislostí byly určeny termodynamické veličiny charakterizující fosfonátovou rotaci. Byly diskutovány nejistoty získaných veličin a bylo provedeno porovnání rotace fosfonátu s podobnými komplexy. Provedená charakterizace může být následně využita k vývoji nových efektivních kontrastních látek. Klíčová slova: jaderná magnetická rezonance, kontrastní látka pro MRI, kinetika konformační výměny
Termodynamika tvorby DNA vlásenek
Sgallová, Ráchel ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Profant, Václav (oponent)
Serum response factor (SRF) je transkripèní faktor vá¾ící se na vysoce konzer- vovanou sekvenci DNA, tzv. CArG box. Vzhledem k sekvenci nukleotidù CArG boxu by mohlo docházet k tvorbì vlásenek, resp. kruciformy. V rámci této di- plomové práce byla pomocí jaderné magnetické rezonance studována struktura CArG boxu v lidském genu c-fos. Byla zmìøena 1 H spektra v teplotním rozsahu 274{356 K a dvourozmìrná spektra 1 H{1 H NOESY a 1 H{13 C HMBC sekvencí DNA o délce 12, 14 a 16 nukleotidù. Z namìøených teplotních závislostí byly zís- kány termodynamické parametry tvorby sekundárních struktur ve zkoumaných vzorcích. Na základì spekter NOESY a nezávislosti teploty tání na koncentraci byla potvrzena tvorba vlásenek ve zkoumaných vzorcích. Odli¹nost sekundární struktury od B{DNA by mohla být vysvìtlením vysoké a nity SRF k CArG boxu. 1
Charakterizace strukturních vlastností a stability DNA vlásenek pomocí NMR spektroskopie
Socha, Ondřej ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Srb, Pavel (oponent)
CArG box je velmi konzervovaná DNA sekvence nacházející se v Serum Response Elementu (SRE) regulujícím expresi genu c-fos. V této práci byly pomocí jaderné magnetické rezonance zkoumány krátké oligodeoxynukleotidy obsahující CArG box, za účelem ověření jeho schopnosti tvořit vlásenku. Byla změřena 1H spektra v rozsahu teplot (274-360) K. Fitováním teplotních závislostí chemických posuvů byly určeny termodynamické parametry popisující tvorbu a rozpad vlásenky. Vlásenková struktura vzorků byla potvrzena na základě anomálií v NOESY spektru a nezávislosti teploty tání na koncentraci. Je tedy pravděpodobné, že CArG box skutečně tvoří neobvyklou konformaci, možná i kruciformy. To může být příčinou vysoké afinity mezi SRE a jeho transkripčním faktorem. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
The presence and stability of DNA mini-hairpins
Bušková, Hana ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Srb, Pavel (oponent)
Sekundární struktura DNA je různorodá, a závisí na pořadí bází v řetězci. DNA tvoří dvoušroubovice, ale byly pozorovány také útvary ze tří, čtyř, nebo i jediného řetězce in vivo a in vitro. V této práci je studován efekt malých změn sekvence oligonukleotidu na stabilitu vlásenek tvořených DNA heptamery pomocí jaderné magnetické rezonance (NMR). Vhodné sekvence DNA byly vybrány na základě symetrie a předpovědi sta- bility pomocí modelu nejbližších sousedů (nearest neighbor model). Pro přiřazení re- zonancí aromatických vodíků byla použita 2D H1 -1 H NOESY spektra. Ze sérií 1D spekter se změnou teploty byly získány závislosti chemického posuvu na teplotě, ze kterých byly vypočítány termodynamické vlastnosti vlásenek. Přítomnost vlásenek v roztoku byla potvrzena charakterem NOESY spekter, nezávislostí teploty tání na kon- centraci oligonukleotidu, a srovnáním mezi modely předpokládajícími tvorbu vlásenky nebo dvoušroubovice. Výsledky demonstrují důležitost pořadí bázových párů ve stonku vlásenky a přispívají k popisu mimořádně stabilních minivlásenek DNA. 1
Concentration-dependent topology of telomere DNA quadruplexes
Bokach, Anton ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Štěpánek, Josef (oponent)
Telomery obsahují opakující se sekvence DNA a hrají klíčovou roli při stárnutí buněk a rakovině. Lidská telomerní DNA obsahuje sekvence bohaté na guanin, jako je (GGGTTA) n, které jsou schopné sestavit čtyřvláknové kvadruplexní struktury. Kvadruplexy mohou zaujimat různé topologie v závislosti na iontovém prostředí, koncentraci, teplotní historii a dalších faktorech. Tyto topologie zahrnují paralelní, antiparalelní a hybridní (3 + 1) typy. Zkoumali jsme účinek ředění a annealingu dvou lidských telomerních sekvencí (21 a 22 nukleotidů dlouhých) v roztoku obsahujícím draselné kationty metodami nukleární mag- netické rezonance (NMR) a Ramanovy spektroskopie. Zjistili jsme, že multimolekulární komplexy s paralelní orientací řetězců DNA, které vzníkají při vysoké koncentraci DNA (≈ 10 mM), přetrvávají i po silném zředění. Jsou narušeny pouze tepelným annealingem. Navíc annealing vedl k vytvoření unimolekulárního G-kvadruplexu, který zaujímal hy- bridní (3 + 1) konformaci. Hybridní (3 + 1) konformace G-kvadruplexu je nejpop- ulovanější monomolekulární kvadruplexní struktura přítomná v roztoku, bez ohledu na koncentraci oligonukleotidů. Pozorovali jsme rozdíly mezi strukturami kvadruplexů v koncentrovaných a zředěných roztocích a také před a po anealingu. Předkládaná práce přináší nový pohled na závislost typu...
Termodynamika tvorby DNA vlásenek
Sgallová, Ráchel ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Profant, Václav (oponent)
Serum response factor (SRF) je transkripèní faktor vá¾ící se na vysoce konzer- vovanou sekvenci DNA, tzv. CArG box. Vzhledem k sekvenci nukleotidù CArG boxu by mohlo docházet k tvorbì vlásenek, resp. kruciformy. V rámci této di- plomové práce byla pomocí jaderné magnetické rezonance studována struktura CArG boxu v lidském genu c-fos. Byla zmìøena 1 H spektra v teplotním rozsahu 274{356 K a dvourozmìrná spektra 1 H{1 H NOESY a 1 H{13 C HMBC sekvencí DNA o délce 12, 14 a 16 nukleotidù. Z namìøených teplotních závislostí byly zís- kány termodynamické parametry tvorby sekundárních struktur ve zkoumaných vzorcích. Na základì spekter NOESY a nezávislosti teploty tání na koncentraci byla potvrzena tvorba vlásenek ve zkoumaných vzorcích. Odli¹nost sekundární struktury od B{DNA by mohla být vysvìtlením vysoké a nity SRF k CArG boxu. 1
Komplexy miRNA s cílovou RNA sekvencí
Homolka, Radim ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Římal, Václav (oponent)
miRNA jsou krátké molekuly RNA post-transkripčně regulující genovou expresi prostřednictvím vazby na cílovou mRNA. Z toho pak plyne vztah miRNA k řadě fyziologických dějů a nejrůznějším onemocněním, např. některým nádorům či virovým infekcím. V této diplomové práci byly studovány teplotně indukované rozpady oligonukleotidových duplexů simulujících vazbu miRNA na příslušnou mRNA. Pro tyto účely byly využity techniky UV absorpční spektroskopie a spektroskopie Ramanova rozptylu. Měřeny byly teplotně závislé série spekter, které pak dále byly zpracovány pomocí faktorové analýzy. Záměrem bylo interpretovat stanovené hodnoty termodynamických parametrů ve vztahu ke stabilitě duplexů a vlivu vnitřních struktur v těchto komplexech. Také byla testována vhodnost použitého přístupu pro studium komplexů oligonukleotidů. Ukázalo se, že na základě faktorové analýzy teplotně závislých sérií UV spekter lze dobře určit termodynamické parametry rozpadu duplexů. Ramanova spektra jsou zatížena velkou chybou, přesto na nich lze pozorovat některé strukturní změny spojené s přechodem. Bylo zjištěno, že výduť přítomná ve studovaném komplexu snižuje flexibilitu tohoto duplexu i energetickou výhodnost jeho vzniku.
Melting of a methylated CpG-containing DNA double helix
Bušková, Hana ; Římal, Václav (vedoucí práce) ; Hanyková, Lenka (oponent)
Rozpad dvoušroubovice DNA na dvě samostatná vlákna je klíčovým procesem pro život na Zemi. Předchozí experimenty na selfkomplementární sekvenci CTTm5CGAAG, obsahující 5-methylcytosin, naznačují odchylky od dvoustavového tání duplexu. V této práci byla měřena 1H spektra jaderné magnetické rezo- nance tohoto oligonukleotidu při několika koncentracích v rozsahu teplot od 274 K do 366 K. Analýzou chemických posuvů aromatických vodíků podléhajících rychlé chemické výměně jsme dospěli k závěru, že nejpravděpodobnějším mezistavem při tání DNA je blíže neurčená struktura sestávající se ze dvou molekul oligonukleotidu.
NMR Study of Oligonucleotide Structures
Římal, Václav ; Štěpánková, Helena (vedoucí práce) ; Spěváček, Jiří (oponent) ; Sychrovský, Vladimír (oponent)
Název práce: NMR studium oligonukleotidových struktur Autor: Václav Římal Katedra: Katedra fyziky nízkých teplot Vedoucí disertační práce: Prof. RNDr. Helena Štěpánková, CSc., Katedra fyziky nízkých teplot Abstrakt: Dynamika nukleových kyselin hraje zásadní roli při jejich inter- akcích s proteiny. Změny ve stabilitě a flexibilitě DNA vyvolané obměnou sekvence či chemickou modifikací ovlivňují řadu procesů i bez podstat- ného dopadu na prostorovou strukturu. Přechod spojený s táním DNA jsme podrobně studovali pomocí ana- lýzy rezonančních křivek v teplotně závislých spektrech 1H NMR. Po- zorovali jsme, že chemické posuvy a termodynamiku dvoušroubovice značně ovlivňuje sekvence bází, a to nejen nejbližších sousedů. Zvláště citlivý na vzdálenější okolí je CpG motif, u něhož v případě jednoho oligonukleotidu dokonce dochází k neočekávanému strukturnímu pře- chodu. Rovnovážné i kinetické parametry tání a daleký dosah efektu methylace cytosinu svědčí o vysoké kooperativitě při rozpadu duplexu. Dvoustavový model tání lze aplikovat i na část transkripčního elementu, která dle našich výsledků prokazatelně tvoří vlásenku se šestičetnou smyčkou. Dále jsou v práci popsány vlastnosti shlukování riboguanosin- a deoxyriboguanosin-5'-monofosfátů do vícemolekulárních komplexů. Tato...

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 15 záznamů.   1 - 10další  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.