|
|
PCR identifikace nepatogenních bakterií izolovaných ze sýrů
Jurečková, Nela ; Doušková, Dagmar (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Různé druhy rodu Bifidobacterium jsou součástí běžné střevní flóry lidí i zvířat. Jsou známé pro svůj prospěšný vliv na zdraví a proto je lze využít v potravinách a farmaceutických produktech jako probiotika. Mimo jogurty a fermentovaná mléka lze nyní využít i sýr jako potravinový nosič probiotických bakterií. Tato diplomová práce byla zaměřena na optimalizaci izolace bakterií rodu Bifidobacterium. K izolaci DNA byly použity magnetického částice (P(HEMA-co¬-GMA)) v přítomnosti 8% polyethylenglykolu PEG 6000 a 5 M chloridu sodného a metoda fenolové extrakce s následným přesrážením ethanolem. Izolovaná DNA pak byla použita v doménově, rodově i druhově specifických PCR. Metoda optimalizovaná pro průkaz bakterií rodu Bifidobacterium v tvrdých sýrech byla testována na experimentálně připravených probiotických sýrech, které obsahovaly potenciální probiotické bakterie ze sbírky Laktoflóra. Tyto bakterie byly zařazeny do druhu pomocí PCR s druhově specifickými primery. Ve všech vzorcích probiotických sýrů byla prokázána přítomnost bakterií druhu Bifidobacterium animalis.
|
|
|
Identification of probiotic Bifidobacterium strains in dairy products
Zovčáková, Monika ; Horák, Daniel (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Lactobacilli are dominant bacteria of the vaginal flora. Lactobacillus-containing probiotics products are used for the treatement and profylaxis of bacterial urogenital infections. This work is focused on DNA identification and species identification of probiotic bacteria in 5 different vaginal tablets using molecular-genetic methods. Total DNA isolated from complex matrix of vaginal tablets was used for amplification in polymerase chain reaction. DNA was isolated from crude cell lysates by magnetic particles P(HEMA-co-GMA) and by method of phenol extraction. Identification of species of probiotic bacteria was verified using genus-specific and species-specific PCRs. Results of bacterial identification obtained by PCR were compared with declared specification given by producers. Bacteria of genus Lactobacillus were proved in all tablets whereus species identification was in accordance with the stated composition in 1 tablet only.
|
|
|
Identification of selected genes in lactic acid bacteria
Kristová, Mária ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Lactic acid bacteria are natural habitants of human gastrointectinal tract. Among the most important are bacteria of genus Lactobacillus and genus Bifidobacterium that contain a lot of probiotic species. Probiotic species are used as food supplements. This work was focused on DNA separation from crude cell lysates of 4 food supplements using magnetic carrier P(HEMA-co-GMA) covered by carboxyl groups. DNA was reversible adsorbed to the carriers in the presence of PEG 6000 (16%) and NaCl (2 M) (final concentrations) and eluted into TE buffer. Lysis of cells from food supplements was performed by lysozyme, SDS and proteinase K. The amount of lysozyme was optimalized. Concentration of separated DNA was measured by spectrophotometric method. The amount of isolated DNA was suitable for PCR. Isolated DNA was used for PCR with universal primers, PCR specific for genus Lactobacillus and genus Bifidobacterium and for 9 different species-specific PCRs: Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus fermentum, Lactobacillus casei/paracasei, Streptococcus thermophilus, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum and Bifidobacterium infantis. Amplicons were detected by agarose gel electrophoresis (1,8%). It was shown that DNA amplification methods are quick and precise for identification of studied species. The results of bacteria identification were compared with data provided by the manufacturer. In all food supplements, bacteria of genus Lactobacillus and Bifidobacterium were detected. However, only some species provided by manufacturer were identified by PCR in each tablet.
|
|
|
Reverzibilní imobilizace DNA na nově syntetizovaných magnetických nosičích
Kubisz, Petr ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce byla optimalizace izolace deoxyribonukleové kyseliny (DNA) s využitím reversibilní adsorpce nukleových kyselin na povrch magnetických nosičů pokrytých funkčními skupinami. K izolaci DNA bylo ověřováno použítí 6 nosičů: P(HEMA-co-GMA) ox, F-kol B 30 ox, F-kol 77 ox, F-kol B100 ox, F-kol 135 ox, pokrytých karboxylovými skupinami a Perovskit 439 (pokrytý silikagelem). Bakteriální DNA byla izolována metodou fenolové extrakce. DNA byla ze vzorků na magnetický nosič reversibilně navázána v prostředí vysoké koncentrace NaCl (5 M) a poly (etylenglykolu) (PEG 6000) o konečné koncentraci 16 % v separační směsi. DNA byla eluována do TE pufru. Kvalita izolované DNA magnetickými částicemi byla ověřená pomocí amplifikace v PCR. Bylo zjištěno, že i když magnetickými nosiči bylo izolováno různé množství DNA, kvalita izolované DNA byla vždy v kvalitě vhodné pro PCR. Nanočástice Perovskit 439 měly proti ostatním magnetickým nosičům nejlepší separační vlastnosti a bylo jimi izolováno největší množství DNA. Pro jejich další využití při analýze reálných vzorků je však třeba tyto částice i metodu izolace dále optimalizovat.
|
|
|
PCR identification of selected bacteria in cheeses
Gregušová, Barbora ; Burdychová, Radka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
This work is focused on identification and species specification of a collection of 44 clostridial strains using molecular-genetic methods. DNA of bacteria isolated from late-blowing defected cheeses was used. The purified DNA was diluted to 10 ng/µl and its ability to be amplified was verified by PCR with universal primers. By genus-specific PCR was proved that DNA of all samples belongs to Clostridium genus. Based on species-specific PCR reactions, it was determined that 7 strains belong to C. butyricum and 12 strains belong to C. tyrobutyricum. 15 strains were positively detected in both species-specific PCRs and therefore identified as mixed cultures. Another 10 strains were not classified into tested species. Strains with the gene encoding the enzyme hydrogenase hydA were searched using PCR. Specific PCR products for this gene were detected in 30 strains of the analysed collection. Especially intense were the amplicons by all strains belonging to C. butyricum species.
|
|
|
Izolace DNA z probiotických druhů baktérií mléčného kvašení v potravinových doplňcích
Tvrdíková, Jana ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
V této práci byly testovány magnetické nosiče funkcionalizované streptavidinem při selektivní izolaci DNA. Metoda selektivní izolace DNA byla testována s využitím DNA probiotického kmene Lactobacillus paracasei subsp. paracasei CCDM 211/06. Na nosiče s navázaným streptavidinem byl imobilizován biotinylovaný oligonukleotid a využit jako DNA sonda pro izolaci komplementárního řetězce DNA pomocí DNA/DNA hybridizace. Jako DNA sonda byl testován primer R 5´ bio a biotinylovaný denaturovaný PCR produkt specifický pro druh Lb. paracasei. Byly optimalizovány následující experimentální podmínky selektivní izolace DNA: teplota a doba hybridizace, množství DNA, eluce DNA z mikročástic. Izolace DNA byla ověřena pomocí PCR s rodově specifickými primery. Byl amplifikován rodově specifický PCR produkt o velikosti 250 bp, který byl prokázán pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Použitý postup byl úspěšně použit při selektivní izolaci DNA Lactobacillus z komplexního vzorku doplňku stravy (BIFI pangamin).
|
|
|
Fermentation of different cereals by the probiotic bacteria Lactobacillus plantarum 299v
Hamalová, Sabina ; Španová, Alena (oponent) ; Prof.Siv Ahrne (vedoucí práce)
The number of humans suffering from various infectious, inflammatory and allergic diseases as well as the occurence of lactose intolerance and high blood cholesterol levels has an increasing tendency. Some of those health disorders are caused by a disbalanced intestinal microbial flora. Probiotics are though to contribute to intestinal microbial balance (Parker, 1974) between the beneficial and adverse bacteria. Therefore, the therapy based on administrating probiotics to humans has attracted research interest. Depending on what desired effect-health disorder should be aimed to leads to the choice of an appropriate probiotic bacterium. Lactobacillus plantarum 299v has proved its beneficial effects on a man and also has met the safety requirements to be recognized as a probiotic bacteria (Probi AB, Sweden). Therefore Lactobacillus plantarum 299v is sold on a marketplace as probiotics in many functional foods, probiotic drink ProViva is one example of them. The aim of this work was to study the fermentation process in oats, barley and soya-based gruels by the strain Lactobacillus plantarum 299v with the focus on the soya and barley substrates. The objectives were to investigate the growth and metabolic activity of Lactobacillus plantarum 299v in association with cereal substrates and further in the mixture of the fermented cereal component with commercial fruit juices. To optimise the fermentation process, several aspects have to be considered. The major role in the designing of the novel fermented food product belongs to the processing and composition of the raw material, the growth capacity and productivity of the bacterial culture and the stability of the final product during storage (De Vuyst, 2000). These parametres are important from the producers point of view. Apart from that, there are also consumers whose product acceptance is based mainly on the sensory characteristics of the final probiotic product, i.e. aroma and taste. The presence and accessibility of different nutrients, which were present in the fermentation media as an outcome of different cereals used, probably resulted in variations of the metabolic pathways which in turn might lead to the distinct differences in the organoleptic properties of the final product.
|
|
|
Vývoj protokolu pro transientní transfekci buněčné linie HEK293 EBNA1
Šmíd, Jiří ; Španová, Alena (oponent) ; Ševčík, Mojmír (vedoucí práce)
Rekombinantní proteiny patří mezi důležité biofarmaceutické produkty používané v biomedicínském výzkumu a při léčbě lidských nemocí. Rekombinantní proteiny lze produkovat ve velkém množství stabilní transfekcí nebo rychlejší cestou přechodné transfekce s menšímy výtěžky. Pro zajištění správné biologické aktivity musí protein být náležitě poskládán a posttranslačně modifikován. Jelikož může být těchto modifikací dosaženo pouze expresí v savčích buňkách, staly se hlavním hostitelem expresí komplexních rekombinantních proteinů. V této diplomové práci je popsána přechodná transfekce buněk HEK 293 EBNA1 za použití lineárních polyethyleniminů (PEI). Tyto buňky byly předem adaptované na suspenzní kultivaci v médiu bez séra. Buňky byly transfekovány plasmidy pcDNA3.1, pCI, pEBSV1, pCEP4, pEAK8 a pcDNA5/FRT/TO, všechny nesly reporterový gen SEAP. K porovnání účinností jednotlivých transfekcí byly měřeny koncentrace exprimované alkalické fosfatázy (SEAP) v buněčném supernatantu. Dalším faktorem, který byl optimalizován, byl použitý poměr DNA:PEI; rovněž byly vzájemně srovnány účinnosti transfekcí při použití dvou různých polyethyleniminů. Nejvyšší dosažená exprese byla 50 mg/l SEAPu při transfekci ve 24 jamkových deskách za poměru DNA:PEI 1:5. Při porovnání všech šesti plasmidů měl nejvyšší expresi plasmid pCEP4/SEAP a to i při převedení transfekčního systému do většího objemu.
|
|
|
Identifikace bakterií mléčného kvašení v tvrdých sýrech s využitím amplifikačních metod
Herzogová, Jitka ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Diplomová práce byla zaměřena na identifikaci bakterií mléčného kvašení druhu Lactococcus lactis a poddruhů Lactococcus lactis ssp. lactis a Lactococcus lactis ssp. cremoris pomocí druhově a subdruhově specifické polymerázové řetězové reakce (PCR). Metoda PCR byla použita k identifikaci bakterií druhu Lactococcus lactis v 10 vzorcích tvrdých sýrů. Byl vypracován postup přípravy vzorků tvrdých sýrů pro získání dostatečného množství buněk a přípravu hrubých lyzátů buněk. Celková DNA v kvalitě vhodné pro PCR byla izolována použitím magnetických částic P(HEMA-co-GMA) v přítomnosti polyethylenglykolu (PEG 6000) a chloridu sodného. Jako kontrola izolace byla použita DNA izolovaná metodou fenolové extrakce. PCR byla rovněž použita k analýze 7 kmenů Sbírky mlékařských mikroorganismů Laktoflora (CCDM). U těchto kmenů bylo subdruhově specifickou PCR prokázáno zařazení 5 kmenů do poddruhu Lactococcus lactis ssp. lactis a 2 kmenů do poddruhu Lactococcus lactis ssp. cremoris.
|
|
|
Identifikace bakterií mléčného kvašení v kysaných mléčných výrobcích s využitím amplifikačních metod
Tycová, Martina ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Polymerázová řetěžová reakce (PCR) je molekulární diagnostická metoda, která umožňuje identifikaci bakterií mléčného kvašení používaných v potravinářském průmyslu. V této práci byla použita PCR pro identifikaci bakterií druhu Streptococcus thermophilus v 10-ti náhodně vybraných komerčně dostupných kysaných mléčných výrobcích a pro identifikaci druhu Streptococcus thermophilus v 25 lyofilizátech kmenů získaných ze Sbírky mlékařských kultur Laktoflóra (CCDM, Tábor, CZ). Druhově specifické PCR primery byly cíleně vybrány z oblastí 16S rDNA. PCR produkty (968bp) byly detekovány použitím elektroforézy na 1,2 % agarózovém gelu. Bakteriální DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk magnetickými nosiči P(HEMA-co-GMA) obsahujícími karboxylové skupiny. DNA byla vratně navázána na jejich povrch v přítomnosti vysoce koncentrovaného polyethylenglykolu (PEG 6000) a chloridu sodného. Metoda fenolové extrakce DNA byla použita jako kontrolní. Pomocí metody PCR byly identifikovány bakterie druhu Streptococcus thermophilus ve v všech analyzovaných vzorcích.
|
host ::
RSS.