|
|
Polyphenols in nutritions and their effect on DNA
Osorio, Juan ; Černayová, Diana (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Epidemiological studies have shown the effect of plant-derived food consumption in the prevention of a wide range of diseases. The natural antioxidants present in these foods, among which polyphenols are very relevant, may be responsible for this health-promoting activity. The aim of this bachelor thesis is to submit evidence in the interaction of certain polyphenols with the genetic material through different signaling mechanisms, especially regarding the stabilization of the non-canonical DNA structure G-quadruplex and therefore point out the most selective substance to inhibit biochemical processes. Furthermore, the thesis includes detailed information that might help understand how polyphenol compounds can be attached to the DNA through epigenetic mechanisms and G4 structures, and which factors may affect the efficiency of these. Different experiments, by biological and experimental repetition, were used to corroborate the interaction between the compounds and DNA.
|
|
|
Lokalizace metylačních míst transposonů
Kmeť, Miroslav ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Vogel, Ivan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá realizací nástroje na extrakci metylační úrovně transpozonových sekvencí. Transpozony jsou prvky DNA schopné množení nebo přemístňování a jejich aktivita je regulována mechanismem metylace DNA. Informace o metylovaných pozicích jednotlivých sekvencí je uložená v bisulfitových datech a pro jejich zpracování jsou využívány části existujících nástrojů v kombinaci s vytvořenými moduly. Vzniklý nástroj zohledňuje unikátní výzvy, které transpozónové sekvence přináší do procesu analýzy metylace a jeho funkcionalita je prezentováná na sadě experimentů se simulačními a reálnými daty.
|
|
|
Příprava a purifikace plasmidových DNA
Němeček, Milan ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
S rozvojem terapeutických metod v lékařství, jako jsou DNA vakcíny a genová terapie, se zvyšuje poptávka po nových postupech izolace a purifikace vysoce čisté plazmidové DNA. Nejčastěji využívanými metodami purifikace plazmidové DNA jsou metody chromatografické. V experimentální části byla provedena izolace plazmidové DNA pUC 19 metodou alkalické lýze. A následně byla provedena purifikace plazmidové DNA agarózovou gelovou elektroforézou a kapalinovou chromatografií.
|
|
|
Optimalizace metody PCR-RFLP pro taxonomické zařazení kvasinek
Olivová, Radana ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá optimalizací metody PCR – RFLP pro taxonomické zařazení kvasinek. Konvenční metody pro identifikaci kvasinek jsou časově náročné. Molekulárně biologické metody založené na PCR slouží k rychlé a precizní identifikaci v porovnání s tradičními fenotypovými metodami. V této práci byla použita molekulárně biologická metoda PCR – RFLP, která bere v úvahu , že v ribozomální DNA kvasinek se opakují konzervativní nekódující oblasti(tzv. spacery), jež jsou charakteristické pro každý druh i kmen. Pomocí PCR se amplifikovaly specifické úseky DNA, které byly štěpeny restrikčními endonukleázami a získané fragmenty jsou identifikovány pomocí horizontální elektroforézy. V literární rešerši jsou zpracovány informace o kvasinkách, jejich taxonomii a molekulárně biologických metodách.
|
|
|
Vizualizace genomických rysů transposonů
Nétková, Barbora ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Vogel, Ivan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá vizualizací genomických rysů transposonů. Vstupní soubor k vizualizaci je typu GFF. Tento typ souboru má pevnou definici a v dnešní době je tento typ souboru běžně používaný k popisu genomů. Přestože již existuje několik nástrojů, které vizualizaci z GFF souborů umožňují, volně dostupný nástroj s různými možnostmi vizualizace a snadným ovládáním chybí. Aplikace prezentovaná v této práci má za úkol spojit výhody existujících komerčních produktů s volnou dostupností. K ovládání aplikace slouží grafické uživatelské rozhraní. Aplikace umožňuje snadno nahrát vstupní soubor, vytvořit hierarchicky strukturovaný strom z jednotlivých prvků a následně umožní vizualizaci jednotlivých prvků a jejich vnitřní struktury v pravé části okna aplikace.
|
|
|
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
|
|
|
Hledání guaninových kvadruplexů v DNA pomocí rozhodovacích stromů
Kotrys, Kryštof ; Šťastný, Jiří (oponent) ; Kaura, Patrik (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zaměřuje na vytvoření funkčního modelu rozhodovacího stromu pro detekci guaninových kvadruplexů v DNA. První část práce se věnuje shrnutí poznatků z oblasti lokálních struktur DNA, výpočetní predikce guaninových kvadruplexů a teorie rozhodovacích stromů. Druhá část práce se zabývá tvorbou modelu rozhodovacího stromu pro detekci kvadruplexů a následně statistickým porovnáním výsledků této metody s algoritmem G4Hunter.
|
|
|
Využití biomateriálů pro optoelektronické aplikace v polovodičové technice
Čuboň, Tomáš ; Salyk, Ota (oponent) ; Zmeškal, Oldřich (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá měřením optických vlastností tenkých vrstev biomateriálů, které by mohly najít potenciální využití v optoelektronice a polovodičové technice. Jako zástupce biomateriálů, za účelem jejich studia, byly vybrány DNA a BSA. Teoretická část práce měla za cíl popsat způsoby příprav tenkých vrstev a dále částečně charakterizovat základní pojmy a vlastnosti některých biomateriálů. V praktické části byly popsány přípravy tenkých vrstev metodou rotačního nanášení a následného měření jejich optických vlastností. Vybrané materiály byly studovány optickou mikroskopií, UV-VIS spektrofotometrií a spektroskopickou elipsometrií. Tloušťky nanesených vrstev se měřily mechanickou profilometrií. V posledním bloku této práce byl kladen důraz na diskuzi a vyhodnocení získaných výsledků.
|
|
|
Optoelektronické vlastnosti organických polovodičů
Navrátil, Jiří ; Boušek, Jaroslav (oponent) ; Kratochvílová, Irena (oponent) ; Weiter, Martin (vedoucí práce)
Hlavním cílem této práce je studium a charakterizace optických a optoelektronických vlastností organických polovodičových materiálů. V úvodu této práce je ukázán rostoucí zájem o tyto materiály a jejich praktické využití. V teoretické části je prezentován současný stav poznání studované problematiky se zaměřením na optické jevy a transport nosičů náboje v organických polovodičích, fotochromní jevy v molekulárním reversibilním spínači a přenos náboje v biopolymerní matrici DNA. Experimentální část, která je tvořena vybranými publikovanými pracemi autora, zahrnuje studium transportu náboje, fotochromního reversibilního spínání a vlivu dopantu na transport v pi-konjugovaném organickém polymerním systému. K charakterizaci organických polovodičů bylo využito vodivostních a fotovodivostních technik a měření optických charakteristik doplňující samotná elektrická měření.
|
|
|
Prostorové uspořádání molekul proteinů
Novotný, Jan ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Cílem této práce bylo seznámit se s prostorovým uspořádáním molekul proteinů, s jejich získáváním, způsoby zápisu a veličinami sloužícími k jejich popisu. Predikce proteinových struktur je velice důležitá pro zjištění funkce budoucích proteinů. Dalším cílem bylo vytvoření funkce v prostředí MATLAB, která bude graficky reprezentovat prostorové uspořádání páteřní struktury proteinu formou Ramachandranova diagramu. Společně s touto funkcí vytvořit další funkci k vykreslení postraních řetězců aminokyselin a funkci k výpočtu stereochemické kvality. Nakonec vytvořit program pro kompletní vyhodnocení prostorového uspořádání molekuly proteinu a výpočtu stereochemické kvality a otestování programu na proteinových strukturách z veřejné databáze RSCB PDB.
|
host ::
RSS.