|
|
Příprava a studium lidského NK buněčného receptoru AICL
Nový, Jiří ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent)
Přirozené zabíječské buňky neboli NK buňky jsou nedílnou součástí přirozené imunity a plní funkci rozpoznání a usmrcení nádorových a virem infikovaných buněk. Jejich funkce je regulována signály produkovanými díky interakci inhibičních a stimulačních receptorů na svém povrchu se svými specifickými ligandy na povrchu cílové buňky. Aktivačním receptorem je také NK receptor NKp80, který tvoří velmi specifický komplex s buněčným receptorem AICL, přičemž oba tyto receptory spadají do rodiny receptorů podobným lektinům C-typu. Zvýšená exprese receptoru AICL je přednostně specifická pro nádorové buňky myeloidního charakteru. Tato diplomová práce popisuje produkci mutované formy AICL expresí v bakteriích Escherichia coli BL21 Gold (DE3) a následnou izolaci a in vitro renaturaci cílového proteinu. V předchozí studii bylo zjištěno, že lichý počet cysteinů v extracelulární lektinové doméně AICL způsobuje špatné sbalení proteinu. Záměnou lichého cysteinu za serin v poloze 87 bylo dosaženo zisku stabilní rozpustné formy AICL se sudým počtem cysteinů v konzervovaných pozicích, charakteristickým pro receptory C-lektinového typu. Správnost tvorby disulfidových můstků mezi cysteiny byla ověřena hmotnostní spektrometrií. Zisk značného množství proteinu umožnil nasazení krystalizačních pokusů v širokém spektru...
|
|
|
Studium interakce lektinových receptorů přirozených zabíječů s jejich proteinovými ligandy.
Hernychová, Lucie ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
NK buňky jsou přirozené lymfocyty, které tvoří díky svému receptorovému systému první linii obrany organismu před infekcemi. Jsou důležitou součástí protivirové, ale také protinádorové imunity, hrají roli v transplantační imunitě, autoimunitě nebo reprodukci. Tato diplomová práce se zabývá studiem struktury membránového receptoru NKR-P1B myších NK buněk a jeho interakcí s ligandem Clr-b. Cílem bylo připravit expresní vektor kódující ligand-vazebnou a celou extracelulární část receptoru NKR-P1B a optimalizovat jeho produkci a renaturaci in vitro. Připravené proteiny byly analyzovány gelovou filtrací, elektroforeticky a hmotnostní spektrometrií. Poté byla sledována jejich interakce s proteinem Clr-b biofyzikálními (gelová filtrace a povrchová plazmonová rezonance) a biologickými metodami (značení buněčných preparátů proteiny NKR-P1B s navázanou fluorescenční sondou). In vitro vazebné pokusy nepotvrdily vzájemnou intarakci NKR-P1B a Clr-b, přestože se připravené proteiny vázaly na buňky z kostní dřeně.
|
|
|
Studium vlivu kofaktoru na strukturu proteinu pomocí hmotnostní spektrometrie
Rosůlek, Michal ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Bakteriální protein WrbA z E. coli je zakládajícím členem nové rodiny FMN dependentních NAD(P)H oxidoreduktas, tvořící funkční i strukturní vývojový stupeň mezi bakteriálními flavodoxiny a některými savčími NAD(P)H:chinon oxidoreduktasami. Z těchto důvodů je protein WrbA v poslední době intenzivně studován pomocí různých analytických metod i počítačových simulací. Protein WrbA participuje na ochraně buněk před oxidativním stresem, přesná funkce proteinu WrbA in vivo je však stále neznámá. Protein WrbA tvoří v roztocích multimery, v μM koncentracích se při nízkých teplotách (4 řC) nachází ve formě dimeru, s rostoucí teplotou tetramerizuje. Dostupné trojrozměrné krystalové struktury obsahují informace pouze o tetramerní formě proteinu, dimerní forma dosud nebyla strukturně charakterizována. Tato práce byla zaměřena na studium dynamického chování proteinu v roztoku metodami vodík-deuteriové výměny a chemického síťování s následnou analýzou hmotnostním spektrometrem s vysokým rozlišením (FT-ICR). Sledováno bylo chování proteinu v závislosti na vazbě kofaktoru FMN nebo změnách teploty a koncentrace. Analýzou dat z vodík-deuteriové výměny byly získány informace o přístupnosti rozpouštědla a dynamice pro kompletní sekvenci proteinu. Popsán byl stabilizační vliv kofaktoru na tetramerní strukturu proteinu,...
|
|
|
Detekce krup pomocí dat z meteorologických radarů
Skripniková, Kateřina ; Řezáčová, Daniela (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent) ; Müller, Miloslav (oponent)
Disertační práce se zabývá testováním metod pro detekci krup pomocí dat z meteorologických radarů a využitím výsledných algoritmů pro účely klimatologie krupobití na území Česka. Byla použita data z Dopplerovských radarů pracujících v pásmu C. V první části práce je popsáno testování několika algoritmů zvolených na základě dostupnosti vstupních dat. Pomocí 25 dobře dokumentovaných událostí s krupobitím jsou nalezeny prahové hodnoty, které vytvořily kritéria vhodná pro detekci krup na území Česka. Vzhledem k hodnoceným událostem se práce zabývá detekcí silných krupobití s kroupami o průměru 2 cm a více. Testování bylo provedeno také pro oblast Bádenska-Württemberska, kde byly dostupné podrobnější informace o výskytu silných krupobití. Na základě jednotlivých testovaných kritérií bylo vytvořeno kombinované kritérium (COMBI) pro detekci krup. Druhá část práce se věnuje použití kroupových kritérií, zejména COMBI kritéria. Ve čtyřech případových studiích silného krupobití je ukázáno fungování COMBI kritéria. Dále je COMBI kritérium aplikováno na radarová data z šestiletého období 2007 až 2012. Byly vyhodnoceny všechny dny vždy pro květen až srpen. Průměrná roční bodová četnost silného krupobití dosahuje na území Česka hodnot do jednoho dne. Na většině území však hodnoty nepřesahují čtvrtinu dne za rok. V...
|
|
|
Konstrukce modulárního atomizátoru pro prekoncentraci hydridotvorných prvků s AAS detekcí
Novák, Petr ; Kratzer, Jan (vedoucí práce) ; Korunová, Vlasta (oponent)
Práce se zabývá konstrukcí a ověřením funkčnosti modulárního prekoncentračního zařízení a atomizátoru pro hydridotvorné prvky s AAS detekcí. Účelem této konstrukce je umožnit snadné testování různých prekoncentračních povrchů v rámci optimalizace podmínek stanovení ultrastopových koncentrací hydridotvorných prvků. Bismut a arsen byly vybrány jako modelové analyty, přičemž byla studována prekoncentrační účinnost na křemenném a safírovém povrchu v modulární konstrukci prekoncentračního zařízení. Dosažené výsledky byly porovnány s dříve používanou kompaktní konstrukcí křemenného prekoncentračního a atomizačního zařízení. Funkčnost modulární konstrukce je stejná jako kompaktního uspořádání. Modulární uspořádání je proto vhodným uspořádáním pro testování nových prekoncentračních povrchů.
|
|
|
Sovětská hospodářská a vojenská pomoc Egyptu v 60. a 70. letech 20. století
Čáp, Jiří ; Litera, Bohuslav (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent)
Diplomová práce pojednává o vztazích Sovětského svazu a Egypta v 60. a 70. letech 20. století se zaměřením na sovětskou hospodářskou a vojenskou pomoc této arabské zemi. Sovětský svaz je zde vnímán jako protektorská supervelmoc, zatímco Egypt je jejím klientským státem přijímajícím štědrou finanční a materiální pomoc. Práce mapuje jednotlivé etapy sovětské ekonomické pomoci od počátku 60. let, kdy byly postupně realizovány velké hospodářské projekty (Asuánská přehrada, hutní kombinát v Helwánu), pozornost je věnována i zbrojním dodávkám a modernizaci egyptské armády. Prvním zlomový okamžikem ve vzájemných vztazích je porážka Egypta v Šestidenní válce v roce 1967, po níž byl president Násir ochoten prohloubit styky s Moskvou a dokonce garantovat i stálou sovětskou vojenskou přítomnost na egyptském teritoriu. Po nástupu nového presidenta Anvara Sadata v roce 1970 však dochází k postupnému rozvolňování vzájemných vztahů. Cílem práce je popsat jednotlivé aspekty sovětské pomoci a zhodnotit ji v rámci širších politických a strategických zájmů SSSR.
|
|
|
Molekulární mechanismy indukce programované buněčné smrti v nádorových buňkách.
Fenclová, Tereza ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Milichovský, Jan (oponent)
Nádorová onemocnění jsou v dnešní době třetí nejčastější příčinou úmrtí (20 % všech úmrtí). Proto je důležité najít nové způsoby jak nádorové buňky účinně a specificky likvidovat a nejslibnější cestou je cílená terapie. Jedním z nejčastěji deregulovaných protoonkogenů v nádorových buňkách je C-MYC, což ho předurčuje jako efektivní cíl léčby. Vývoj takovýchto cílených účinných látek je ale velmi nákladný, proto jsou v této práci zkoumány přírodní látky, které byly používány pro léčbu nádorových onemocnění už ve starověké Číně. V této práci jsou zkoumány látky shikonin, cnicin a artemisinin. Výsledky ukazují, že shikonin indukuje apoptosu nádorových buněk cestou snížení exprese C-MYC a aktivací tumor supresorové MST1 kinasy. Cnicin také snižuje expresi C-MYC, ale MST1 aktivuje pouze slabě. Artemisinin, na druhou stranu, expresi C-MYC zvyšuje a MST1 neaktivuje, indukuje tedy apoptosu nádorových buněk zcela jiným mechanismem.
|
|
|
Odhady funkce přežití v analýze spolehlivosti
Vojtěch, Jonáš ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Hurt, Jan (oponent)
Předložená bakalářská práce se zabývá základními pojmy a meto- dami, které se používají v analýze přežití. Popsán je jak neparametrický, tak parametrický přistup odhadu funkce přežití. Uvádíme neparametrickou Kaplan- Meierovu metodu pro odhad funkce přežití a odvodíme její základní vlastnosti. Z pravděpodobnostních rozdělení užívajících se v analýze spolehlivosti se věnujeme exponenciálnímu, Weibullovu a logaritmicko-normálnímu rozdělení. V paramet- rickém přístupu odhadu funkce přežití stanovíme parametry pomocí modifikace metody maximální věrohodnosti pro cenzorovaná data. Z testů vhodných pro po- rovnání rozdělení doby přežití více skupin zmíníme neparametrický logrankový test a parametrický test poměrem věrohodností. V poslední části práce ilustru- jeme teoretické poznatky na simulovaných a reálných datech pomocí programu Mathematica 9. Klíčová slova: funkce přežití, Kaplan-Meierův odhad, logrankový test, metoda maximální věrohodnosti, test poměrem věrohodností 1 Literatura 2 Seznam obrázků 3 Seznam tabulek 4
|
|
|
Poisson process
Kráľová, Veronika ; Beneš, Viktor (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent)
Poissonův proces je náhodná množina, která analyzuje výskyt nezávislých náhodných bodů v určité množině. Předmětem zkoumání jsou vlastnosti této náhodné množiny. Základní definice a věty jsou uvedeny pro euklidovské prostory libovolné dimenze a později použité při simulování různých typů Poissonových procesů. K jednotlivým simulacím jsou uvedeny algoritmy postupů a naprogramované zdrojové kódy. Statistickým testem úplné prostorové náhodnosti v závěru ověříme, zda vybrané simulované procesy jsou opravdu homogenní Poissonovy procesy s uvedenými vlastnostmi.
|
|
|
Mass Spectrometry-Based Identification of a Potential Binding Partner of Glutamate Carboxypetidase II
Tužil, Jan ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent)
Český abstrakt Systémová biologie bude vyžadovat použití nových metod s vysokou propustností dat pro studium protein-proteinových interakcí. Proteomika založená na hmotnostní spektrometrii prošla v posledních letech rychlým vývojem a stala se nepostradatelným nástrojem studia makromolekul v základním i klinickém výzkumu. Glutamátkarboxypeptidasa II (GCPII; EC 3.5.17.21) je transmembránový protein se dvěma známými enzymovými aktivitami. Tento enzym je exprimován ve větším množství v buňkách některých pevných nádorů a také obecně v neovaskulatuře pevných nádorů, nehraje zde však fyziologickou roli. Některé skutečnosti mohou poukazovat na potenciální receptorovou funkci GCPII, přirozený ligand tohoto proteinu však nebyl doposud identifikován. Pro hledání možných vazebných partnerů a/nebo ligandů GCPII byly použity metody afinitní chromatografie, imunoprecipitace a hmotnostní spektrometrie. Byla optimalizována metodika přípravy vzorků pro hmotnostní spektrometrii a analýza získaných dat s cílem nalézt možné vazebné partnery. Jeden z identifikovaných proteinů- β-podjednotka F1 ATP-syntasy, byl vybrán pro důkladnější analýzu možné interakce s GCPII.
|
host ::
RSS.