|
|
Terapeutické využití alternativních vazebných proteinů cílící nádorové biomarkery v klinickém testování onkologických pacientů
Tauš, Petr ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Lepšík, Martin (oponent)
Téměř až do konce minulého století byly protilátky (imunoglobuliny) považovány za jediné vazebné proteiny schopné specifické vazby. Objev hybridomové technologie v roce 1975 umožnil vytváření monoklonálních protilátek, které po dvaceti letech vstoupily do klinické praxe. V této době byly objeveny první neimunoglobulinové proteinové struktury vhodné pro vytvoření specifického vazebného místa. Do dnešní doby bylo popsáno mnoho odlišných struktur, ale pouze několik z nich je dále vyvíjeno jako diagnostika, terapeutika nebo jako nástroje ve výzkumu. Tyto struktury nejsou zatíženy nedostatky imunoglobulinů, jako je velikost, drahá výroba a obtížný racionální návrh, a proto mají potenciál nahradit a překonat současné využití protilátek. V této bakalářské práci jsou shrnuty veškeré struktury, které jsou ve vývoji a jsou popsány zástupci v klinickém testování v oblasti nádorových terapeutik v porovnání s některými schválenými imunoglobulinovými bioléčivy.
|
|
| |
|
|
Vliv chemoterapie a genotoxického stresu na imunologické vlastnosti nádorových buněk.
Horňáková, Michaela ; Reiniš, Milan (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
Léčba rakoviny stále zahrnuje užívání chemoterapeutických agens, které mají různé účinky na rakovinné buňky. K těmto patří například přímá toxicita k rakovinným buňkám, indukce imunologické smrti a změny ve fenotypu rakovinných buněk. V posledním desetiletí se mnoho výzkumných týmu zabývalo indukcí genotoxického stresu a buněčné senescence, kterou chemoterapie může navodit. Přestože vyvolání senescence v rakovinných buňkách je důležitým mechanismem pro potlačení nádorů, je neustále poskytováno více a více důkazů, že indukce senescence chemoterapií není vždy pro pacienty výhodná. Senescentní buňky jsou spojeny se specifickým sekrečním fenotypem, který jim umožňuje měnit jejich mikroprostředí, ovlivňovat protinádorovou imunitu, vyvolat potlačení nádorů a dokonce podporovat růst nádorů. Díky tomu eliminace senescentních buněk vrozenou či specifickou imunitou, což lze umocnit imunoterapií, může být důležitou překážkou pro růst nádorů. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Studium interakce lektinových receptorů přirozených zabíječů s jejich proteinovými ligandy.
Hernychová, Lucie ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
NK buňky jsou přirozené lymfocyty, které tvoří díky svému receptorovému systému první linii obrany organismu před infekcemi. Jsou důležitou součástí protivirové, ale také protinádorové imunity, hrají roli v transplantační imunitě, autoimunitě nebo reprodukci. Tato diplomová práce se zabývá studiem struktury membránového receptoru NKR-P1B myších NK buněk a jeho interakcí s ligandem Clr-b. Cílem bylo připravit expresní vektor kódující ligand-vazebnou a celou extracelulární část receptoru NKR-P1B a optimalizovat jeho produkci a renaturaci in vitro. Připravené proteiny byly analyzovány gelovou filtrací, elektroforeticky a hmotnostní spektrometrií. Poté byla sledována jejich interakce s proteinem Clr-b biofyzikálními (gelová filtrace a povrchová plazmonová rezonance) a biologickými metodami (značení buněčných preparátů proteiny NKR-P1B s navázanou fluorescenční sondou). In vitro vazebné pokusy nepotvrdily vzájemnou intarakci NKR-P1B a Clr-b, přestože se připravené proteiny vázaly na buňky z kostní dřeně.
|
|
|
Úloha prionových proteinů u diferencujících buněk
Kučerová, Johanka ; Holada, Karel (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
Buněčný prionový protein (PrPC) je známý především svou patologickou izoformou PrPSc, označovanou jako infekční agens prionových onemocnění, mezi které patří bovinní spongiformní encefalopatie (BSE), klusavka či Creutzfeldt-Jakobova nemoc (CJD). Fyziologická úloha PrPC nebyla doposud objasněna, ale byla popsána jeho účast v regulaci apoptózy, funkci adhezivní molekuly, antioxidantu, či signální molekuly. Navzdory tomu nebylo prokázáno, že by u myší tento protein byl nezbytný pro jejich správný vývoj. Ukázal se však jako esenciální pro regeneraci hematopoetických kmenových buněk po expozici letálním zátěžovým podmínkám. Exprese PrPC může ovlivňovat proliferaci a diferenciaci tím, že pomáhá buňkám udržovat proliferační aktivitu, či zpomalovat spontánní diferenciaci. Množství proteinu pozitivně či negativně koreluje s expresí transkripční faktorů jako je např. Oct4 či Nestin, které jsou zásadní pro vývoj v embryogenezi. Exprese PrPC také reguluje přechod buňky z G1 fáze do S fáze buněčného cyklu. Tato bakalářská práce se zaměřuje na publikované výsledky, které zkoumají vliv PrPC na buněčnou proliferaci a diferenciaci.
|
|
|
Molecular mechanisms and components controlling the Wnt signaling pathway output
Krausová, Michaela ; Kořínek, Vladimír (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent) ; Bryja, Vítězslav (oponent)
Souhrn Signální dráha spouštěná proteiny Wnt se významně podílí na kontrole procesů zárodečného vývoje. V dospělém organismu pak tato kaskáda řídí zejména homeostázu tkání. Ve výstelce trávicího traktu udržují fyziologickou hladinu signalizace Wnt různé regulační děje, které zároveň vyvažují protichůdné procesy proliferace, sebeobnovy kmenových buněk či jejich diferenciace do jednotlivých buněčných střevních linií. Bylo jednoznačně prokázáno, že nekontrolovaná aktivace kaskády Wnt vede k vývinu rakoviny trávicího traktu. Předkládaná práce se zaměřuje na popis nových způsobů regulace dráhy Wnt, týkajících se nejen všeobecně platných aspektů přenosu signálu Wnt, ale i kontextově specifických mechanismů. Výsledky jsou předloženy ve třech výzkumných publikacích a dále v jednom přehledovém článku. První článek se věnuje účasti posttranslačních modifikací proteinů Wnt na jejich správném průchodu buněčnou sekreční drahou a také jejich vlivu na následnou signální aktivitu ligandů Wnt. Nejprve byla podrobně studována časová posloupnost a vzájemná provázanost procesů, které jsou spojeny s přídavkem mastných kyselin na postranní řetězce cysteinových a serinových zbytků v myších proteinech Wnt1 a Wnt3a. Tento výzkum se také současně zabýval vazbou cukerných komplexů, které jsou kovalentně připojovány k molekulám...
|
|
|
Možnosti využití kmenových buněk pro léčbu poškození povrchu oka
Kössl, Jan ; Holáň, Vladimír (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
Poškození očního povrchu představuje jednu z nejčastějších příčin zhoršené kvality nebo ztráty zraku. Transplantace rohovky je dodnes první volbou v léčbě těchto defektů. Pokud je poškození rozsáhlé, zasahuje oblast limbu a narušuje tak niku limbálních kmenových buněk (LSCs), dochází k deficienci LSCs a reparace společně s regenerací rohovky je narušena. Jedinou zatím vhodnou léčbou je transplantace limbu nebo autologních LSCs z nepoškozeného oka. Pokud je LSC deficience oboustranná, nelze použít autologní LSCs. Léčba alogenními LSCs zahrnuje podávání systémových a lokálních imunosupresivních léků, které mají negativní vedlejší účinky u pacientů a nejsou často účinné. Alternativou pro léčbu poškození povrchu oka a LSC deficience je tak nalezení vhodné autologní náhrady, kterou jsou např. mezenchymální kmenové buňky (MSCs). Tyto kmenové buňky mohou být poměrně snadno získány z kostní dřeně nebo tukové tkáně daného pacienta. MSCs lze snadno kultivovat in vitro a mohou být přeneseny na poškozený oční povrch pomocí vhodného nosiče. Tam je využito jejich schopnosti diferenciace v buňky rohovkového epitelu, imunomodulačních vlastností a produkce různých trofických a růstových faktorů. Pokusy s MSCs na zvířecích modelech s mechanicky nebo chemicky poškozenou rohovkou mají dobré výsledky. Po transplantaci...
|
|
|
Studies on structure and biological functions of NKR-P1 receptors
Rozbeský, Daniel ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Konvalinka, Jan (oponent) ; Drbal, Karel (oponent)
Významnou součástí imunitního systému jsou NK buňky, které jsou schopny rozpoznávat a zabíjet některé nádorové a virem infikované buňky. Rozpoznávání abnormálních buněk je zprostředkováno sofistikovaným repertoárem aktivačních a inhibičních receptorů, které se nachází na povrchu NK buněk. Mezi nejznámější receptory patří rodina C-lektinových receptorů NKR-P1, o kterých se předpokládá, že jsou transmembránové proteiny II. typu vyskytující se na membráně v podobě disulfidicky vázaných homodimerů. Ačkoliv od jejich objevu uplynulo více než 20 let, jejich struktura a funkce je stále zahalená rouškou tajemství. Cílem disertační práce byl strukturní výzkum myších NKR-P1 receptorů za účelem poznat jejich funkce. V první části jsme vyvinuli metodu pro přípravu rekombinantních receptorů myší rodiny NKR-P1. Dále jsme se detailně zabývali receptorem NKR-P1A, jehož struktura byla vyřešena pomocí rentgenové strukturní analýzy s rozlišením 1,7 A. Unikátní vlastností struktury byla smyčka extendovaná z konzervované C-lektinové domény, která v krystalu interagovala se symetricky sdruženou molekulou. Konformace a flexibilita smyčky byla dále studována v roztoku pomocí vodík/deuteriové výměny a chemického síťování ve spojení s hmotnostní spektrometrií. Jednotlivé analýzy potvrdily, že struktura NKR-P1A se v roztoku liší od...
|
|
|
The use of RNA affinity tags in RNA biology
Vaškovičová, Michaela ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
Molekuly RNA hrajú podstatnú úlohu v mnohých dôležitých procesoch v živých organizmoch. Mediátorové RNA nesú genetickú informáciu z DNA do miesta syntézy proteínov. RNA, ktoré nekódujú proteíny, majú mnoho špecializovaných funkcií v regulácii génovej expresie, zostrihu, transporte, lokalizácii, translácii a stabilite RNA. Ribozomálne a transferové RNA sú nevyhnutné pre transláciu proteínov, malé jadrové RNA sa podieľajú na zostrihu a malé jadierkové RNA modifikujú iné molekuly RNA. MikroRNA a malé interferujúce RNA sú nevyhnutnými regulátormi génovej expresie. Ďalšie nekódujúce RNA regulujú chromatín a transkripciu. RNA sa obvykle vyskytuje v ribonukleoproteínových (RNP) komplexoch, obsahujúcich rôzne proteíny, ktorých prítomnosť je nevyhnutná pre funkciu daného komplexu. Pochopenie interakcií medzi RNA a proteínmi a tiež zloženie RNP komplexu je kritickým bodom pri charakterizácii ich funkcií. Bežne používanou stratégiou štúdia RNP komplexov je značenie RNA tak, aby bolo možné izolovať, čistiť a analyzovať značené RNA spoločne s ich väzbovými partnermi. Značené RNP komplexy môžu byť následne podrobené ďalšiemu výskumu. V prvej časti svojej práce popisujem štyri základné stratégie značenia RNA, ktoré môžu byť použité na štúdium RNA a RNP komplexov. V druhej časti bližšie popisujem vlastnosti,...
|
|
|
Localisation of CD4 coreceptor and its variants in human T cells
Glatzová, Daniela ; Cebecauer, Marek (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
CD4 je koreceptorem T receptoru nacházejícího se na povrchu T lymfocytů. Jedná se o glykoprotein z rodiny transmembránových proteinů. Jeho přítomnost je nezbytná jak pro vývoj T lymfocytů, tak i pro jejich správnou funkci. Předpokládá se, že CD4 stabilizuje interakci T receptoru s jeho ligandem, MHC-peptidovým komplexem, a tím přispívá k imunitní odpovědi založené na T buňkách. Vnitrobuněčná část CD4 obsahuje řadu strukturních motivů, které většinou neovlivňují umístění proteinu v plasmatické membráně, ale mohou významně ovlivnit jeho umístění v rámci domén, které se v plazmatické membráně T lymfocytů tvoří. Ukázalo se, že se CD4 přechodně hromadí v místech interakce T buňky a antigen-prezentující buňky, nazvaných imunologická synapse. Krátce po nahromadění CD4 koreceptoru v imunologické synapsi je buď vyloučen z místa, kde se imunologická synapse vytvořila, nebo úplně odstraněn z plasmatické membrány. Tento jev je v nesouladu s chováním T receptoru, který se po vzniku imunologické synapse hromadí v její centrální části. Z tohoto důvodu zůstává nejasné, jakým způsobem CD4 koreceptor a T receptor spolupracují při vazbě MHC-peptidového komplexu během zahájení T buněčné signalizace. Naším cílem je studium umístění CD4 koreceptoru na plasmatické membráně s použitím pokročilých mikroskopických metod,...
|
host ::
