|
|
Transport náboje po řetězci DNA
Drevený, Lukáš ; Mravec, Filip (oponent) ; Vala, Martin (vedoucí práce)
V této bakalářské práci byl studován transport náboje (CT) po řetězci DNA spektroskopickou metodou stacionární fluorescence s využitím fluorescenčního analogu adeninu - 2-aminopurinu (Ap), jako fluroescenční značky. Byl studován vliv změny struktury v duplexu DNA:DNA nebo DNA:RNA a vliv přítomnosti Hg(II) v dvoušroubovici DNA:DNA obsahující mutaci tymin-tymin, na účinnost CT po řetězci DNA. V experimentální části byla z excitačních spekter sledována míra zavedení Ap do řetězce deoxyribonukleové kyseliny (DNA), z integrálů emisních spekter byl vypočten faktor zhášení fluorescence. Bylo zjištěno, že Ap se lépe váže do bází v řetězeci DNA:RNA, který není tak rigidní jako řetězec DNA:DNA a tak může být lépe přijat mezi ostatní báze; dále bylo zjištěno, že fotoindukovaný přenos náboje (PET) po řetezci DNA prudce klesá po překročení teploty odpovídající teplotě tání řetezce, při které se řetezec rozplétá;přítomnost Hg(II) v řetězci DNA:DNA přenos náboje negatívně neovlivňuje, právě naopak, řetězec s mutací T-T je po začlenění Hg(II) stabilnější a teplota tání se posouvá k vyšším teplotám. V této práci bylo prokázáno že fotoindukovaný přenos náboje je velice citlivý proces a může být použit pro detekci i velmi malých změn ve struktuře nukleových kyselin.
|
|
|
Příprava a charakterizace quatsomů
Havlíčková, Anna ; Szabová, Jana (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá přípravou a charakterizací quatsomů a jim podobných vezikulárních systémů. Příprava spočívala v navážení ekvimolárního množství sterolu a tenzidu, hydrataci deionizovanou vodou a následné sonifikaci ultrazvukovou sondou s energií 5, 10 a 15 kJ. V této práci byly připraveny dva typy quatsomů, první obsahovaly cholesterol a cetyltrimethylamonium bromid (CTAB) a druhé se skládaly z cholesterolu a karbethopendecinium bromidu (Septonex). Pro oba typy byla na základě měření turbidity, vizuálního pozorování a analýzy dynamického i elektroforetického rozptylu světla vybrána optimální dispergační energie 10 kJ. Dále bylo zjištěno, že pozorované vlastnosti byly konstantní od 7. dne od sonifikace. Kromě quatsomů byly připraveny také jim podobné vezikuly, které obsahovaly tenzid ve formě sulfátové soli. Opět byly připraveny dva typy, kdy první obsahoval dodecylsulfát sodný (SDS) a cholesterol, druhý tetradecylsulfát sodný (STS) a cholesterol. Na základě stejného měření jako u quatsomů byla vybrána optimální dispergační energie 10 kJ pro oba typy vezikul. Dále byly připraveny směsi s různým poměrem cholesterolu a daného tenzidu, u kterých byl sledován vliv přídavku cholesterolu. Analýza těchto směsí byla provedena stejnými metodami jako analýza quatsomů.
|
|
|
Interakce záporně nabitých vezikulárních systémů na bázi iontových amfifilních párů s polykationty
Fardová, Lucie ; Venerová, Tereza (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato práce je zaměřena na přípravu záporně nabitých vezikulárních systémů z amfifilních párů zbavených protiiontů a jejich interakce s polykationtem. Nejprve byly připraveny vezikulární systémy z povrchově aktivních látek dodecylsíranu sodného a cetyltrimethylamonium bromidu. Přídavkem cholesterolu a kyseliny fosfatidové došlo ke stabilizaci a zároveň získání záporného náboje. Následně proběhla interakce s polykationtem hydrochloridu diethylaminoethyl-dextranu. Systémy byly zkoumány měřením velikosti částic, zeta potenciálu, generalizované polarizace a anizotropie. Měření generalizované polarizace bylo umožněno pomocí sondy laurdan a měření anizotropie bylo uskutečněno zavedením sondy 1,6-difenyl-1,3,5-hexatrien. Výsledky ukazují na úspěšnou přípravu stabilních systémů se záporným nábojem, které interagovaly s kladným hydrochloridem diethylaminoethyl-dextranem, ten ovlivnil chování vnější membrány, ale vnitřní nikoli. Systémy se stále držely ve stabilní oblasti.
|
|
|
Studium stability vezikulárních systémů pomocí technik fluorescenční spektroskopie
Máčala, Jakub ; Venerová, Tereza (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá studiem stability a fúze kataniontových vezikulárních systémů na bázi CTA-DS pomocí Försterova rezonančního přenosu energie (FRET). Pro měření bylo použito metody Time-Correlated Single Photon Counting. Nejprve byly změřeny excitační a emisní spektra sond z prostředí kataniontových vezikul a byly navrhnuty donor-akceptorní páry: 5-hexadecanoylaminofluorescein s Oktadecyl Rhodaminem B, Bodipy 493/503 s Oktadecyl Rhodaminem B nebo DiI, Perylen s 5-hexadecanoylaminofluoresceinem a DiO s DiI. Poté byla provedena měření dob života vybraných párů z prostředí vezikul o různém obsahu cholesterolu za účelem sledování FRET umožněného fúzí vezikul. Bylo zjištěno, že není možné použít DiO jako donor, jelikož dochází k jeho nízké solubilizaci do vezikul. Také nebylo možné použít Bodipy, jelikož byla prokázána tvorba jeho excimerů. Při použití fluoresceinu jako donoru bylo zjištěno, že mezi jeho molekulami dochází k homo-fret, proto do systému byly přidány pouze neznačené vezikuly a tímto způsobem bylo možné fúzi detekovat, a to až na výjimky i v delším období. Také u páru perylen-fluorescein byla prokázána schopnost sledovat fúzi vezikul, ale s výjimkou systému s obsahem cholesterolu 43 mol. % pouze v krátkém časovém úseku.
|
|
|
Studium systémů založených na fosfolipidech pro sonografické aplikace.
Überall, Martin ; Krouská, Jitka (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
V bakalářské práci byly pomocí metody UV-VIS spektrofotometrie studovány solubilizační schopnosti povrchově aktivních látek a fosfolipidů. Byla zjišťována koncentrace látek solubilizovaných uvnitř zmíněných systémů. Zástupcem povrchově aktivních látek byl zvolen cetyltrimethylamonium bromid (CTAB), sodium dodecylbenzensulfonát (SDBS) a Triton X-100. Zástupcem fosfolipidů byl zvolen lecithin a komerčně dostupný přípravek SonoVue®. Solubilizační schopnosti byly zkoumány pomocí hydrofobních solutů Sudan Red G (SRG), Oil Red O (ORO) a 1-naphtolu z důvodu získání modelového systému solubilizovaných léčiv, popřípadě vitaminů, které jsou taktéž hydrofobního charakteru. Chování jednotlivých solutů v tenzidech bylo zkoumáno v mírně polárním prostředí fyziologického roztoku (0,15 M roztok NaCl), chování solutů v lecithinu bylo naopak zkoumáno v prostředí Mili-Q vody. Bylo zjištěno, že koncentrace solubilizovaných hydrofobních solutů uvnitř micel tenzidů odpovídá řádově desítkám až stovkám mikromolů na litr. S rostoucí koncentrací tenzidů roste koncentrace solubilizovaných solutů. Výsledky získané během této práce mohou být využity k dalším experimentům či výzkumu v oblasti zaměřené na solubilizaci léčiv v kontrastních látkách využívaných v ultrasonografii.
|
|
|
Využití fluorescenční spektroskopie ve studiu látek tvořících aerosol
Lippay, Josef ; Jedelský, Jan (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Pro studium spektrální charakteristiky látky DEHS bylo navrženo několik experimentů. Bylo provedeno bližší zkoumání vlivu různých prostředí na spektrální vlastnosti látky DEHS. Bylo zjištěno, že nejvyšší pozitivní vliv na fluorescenci látky DEHS mají prostředí s hydroxylovými skupinami. Jako nejvhodnější prostředí pro následné experimenty byl vyhodnocen IPA. Bylo prokázáno, že prostředí xylenu utlumuje fluorescenci DEHS na detekční minimum. Byla provedena spektrální charakterizace nedegradovaného a degradovaného DEHS. Bylo zjištěno, že u degradovaného DEHS dochází vlivem degradace k posunu k vyšším vlnovým délkám. Možná kontaminace DEHS látkami způsobujícími luminiscenci nebyla prokázána.
|
|
|
Studium agregace v systému biopolymer-tenzid za nízkých koncentrací tenzidu
Stiborský, Filip ; Vojtová, Lucy (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
V této bakalářské práci byla studována interakce v systému hyaluronan-tenzid za použití fluorescenční spektroskopie a pyrenu jako fluorescenční sondy. Jako tenzid byl použit kationaktivní cetyltrimethylamonium bromid s nativním hyaluronanem o různých molekulových hmotnostech. Při měření ve fosfátovém pufru nebyly pozorovány žádné interakce před zjištěnou hodnotou CMC pro samotný tenzid. Při měření ve vodném prostředí však k interakcím docházelo. Při nízké koncentraci tenzidu (mezi kritickou agregační koncentrací a kritickou micelární koncentrací) docházelo ke tvorbě gelové fáze.
|
|
|
Studium fyzikálních gelů s hydrofobními doménami
Kovářová, Lenka ; Márová, Ivana (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na studium fyzikálních hyaluronových gelů. Předmětem studia je interakce hyaluronanu (HyA) s opačně nabitými tenzidy ve fyziologickém roztoku (0,15 M NaCl) vedoucí k tvorbě gelu. V první části práce byl stanovován obsah sušiny v procentech (X) u připravených gelů a jejich příslušných supernatantů v závislosti na molekulové hmotnosti HyA, koncentraci roztoku HyA a tenzidu CTAB (poměr vazných míst na řetězci HyA a CTAB). Souhrnem lze říci, že snížení koncentrace HyA způsobuje navýšení hodnoty X a opačně. Na druhou stranu nárůst hodnoty X s rostoucí molekulovou hmotností HyA není tak patrný. U příslušných supernatantů byly učiněny analogické závěry jako u měření procentuálního obsahu sušiny v gelu. Průběh procesu sušení byl zaznamenáván pomocí sušinových křivek. Dále byly charakterizovány gely pomocí procesu botnání – určováno množství vody, jež je vysušený gel schopen pojmout zpět. Výsledky se shodují s měřením obsahu sušiny v gelu. V další části práce byly stanovovány reologické vlastnosti gelů pomocí oscilačního a tokového testu v závislosti na zvolené koncentraci, molekulové hmotnosti HyA a koncentraci CTAB. Velmi zajímavý fakt vyplývá z porovnání výsledků zásobních roztoků HyA s měřením vzorků gelů – u zásobních roztoků HyA je hodnota viskozity (při nízké smykové rychlosti) vyšší s rostoucí koncentrací HyA, kdežto u gelů je trend přesně opačný. Byla zjištěna analogie těchto výsledků s měřením frekvenčních testů i s pozorováním charakteru gelů.
|
|
|
Influence of particle size on microreology experiments using fluorescence correlation spectroscopy
Valovič, Stela ; Sedláček, Petr (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
This diploma thesis deals with microrheology measured via the fluorescence correlation spectroscopy. As microrheological probes, fluorescently marked nanoparticles of 5 sizes in the range of 10-100 nm, were used. The particles had been immersed in a variety of concentrated glycerol solutions and agarose gels of different concentrations, and the FCS measurement revealed a diffusion coefficient of individual particles in each environment. Based on the coefficient, the viscosity of the glycerol needed to stop the particles could be determined. Particles of 10 nm size were not stopped even by the 100 wt% glycerol. In the case of the agarose gels, a combination of higher agarose concentration and larger particles resulted in an increase in the diffusion coefficient to an unlikely high value. This was caused probably by an agarose autofluorescence and the value indicates stopping of the particles in the given agarose gel. Later, the data acquired by the FCS measurement were converted to MSD curves using MATLAB software. The thesis discusses the influence of the experimental parameters on the shape of the MSD curve. The results showed that the number of particles and autocorrelation function have the most significant effect.
|
|
|
Pokročilé mikroreologické techniky ve výzkumu hydrogelů
Kábrtová, Petra ; Smilek, Jiří (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá využitím techniky fluorescenční korelační spektroskopie pro mikroreologickou charakterizaci hydrogelu v systému hyaluronan-cetyltrimethylamonium bromid. Pro mikroreologické FCS analýzy byly použity fluorescenčně značené částice. V rámci optimalizace metody byla nejdříve na základě analýzy newtonských roztoků glycerolu vybrána nejvhodnější velikost těchto částic. Diskuse byla rovněž zaměřena na vliv změny indexu lomu měřeného roztoku na výsledky analýz. Na základě měření roztoků hyaluronanu bylo následně možné zhodnotit vliv koncentrace a molekulové hmotnosti tohoto biopolymeru na výsledky FCS mikroreologie a porovnat je s výsledky analýz modelových hydrogelů hyaluronanu a CTAB. Na závěr byla diskutována použitelnost a omezení FCS mikroreologie.
|
host ::
RSS.