|
|
Vliv malých DNA virů na regulaci tvorby interferónu
Hofman, Tomáš ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Elleder, Daniel (oponent)
Plasmacytoidní dendritické buňky (pDC) jsou buňky vrozené imunity, schopné rozpoznat viry pomocí jejich endosomálních Toll-like receptorů 7 a 9 (TLR7/9). Po rozpoznání virové nukleové kyseliny dochází k masivní produkci interferonu typu I (IFN I) a navození antivirového stavu v neinfikovaných buňkách. Aktivace regulačních povrchových receptorů pDC, jako je BDCA-2, pomocí monoklonální protilátky nebo jejich ligace některými viry vede k aktivaci MEK1/2-ERK signalizace a inhibici produkce IFN I. V této práci byla vyzdvihnuta role MEK1/2 kinázy, jejíž inhibice zvrátí inhibiční účinek ligace BDCA-2 a jejíž cílená aktivace pomocí PMA vede k inhibici produkce IFN-α. Hlavním cílem této práce bylo objasnění vlivu BK polyomaviru (BKV), zodpovědného za odhojování transplantovaných jater, na pDC. Experimenty s pDC liní Gen2.2 a primární linií buněk ledvin HRPTEC ukázaly, že pDC nejsou schopny přímé detekce BKV částic, avšak BKV inokulum dramaticky potenciuje produkci IFN-α v aktivovaných buňkách Gen2.2. Kokultivace buněk Gen2.2 s BKV infikovanými buňkami HRPTEC vedla k produkci IFN-α a ve větší míře TNF-α, které bylo zabráněno užitím Bafilomycinu. V souhrnu bylo zjištěno, že detekce BKV infikovaných buněk HRPTEC buňkami Gen2.2 vede k produkci cytokinů, která je závislá na buněčném kontaktu a je pravděpodobně...
|
|
|
Effects of heme arginate in HIV-1 acute infection and in latency reversal
Prakash, Shankaran ; Mělková, Zora (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
V současnosti dostupná antiretrovirotika efektivně potlačují replikaci HIV-1 a blokují progresi onemocnění. Virus však není možné eliminovat z organismu, neboť HIV-1 integrovaný do genomu není existujícími antiretrovirotiky ovlivňován. Aktivně se proto vyvíjejí nové látky schopné reaktivovat provirus a zlikvidovat latentní rezervoár, tzv. terapie "shock and kill". Normosang (hem arginát; HA) je preparát obsahující lidský hemin využívaný k léčbě akutní porfyrie. Hem je fyziologicky degradován hem oxygenasami na železo (Fe2+ ), oxid uhelnatý (CO) a biliverdin, který je dále přeměňován biliverdin reduktasou na bilirubin. V této práci jsme prokázali, že HA inhibuje replikaci HIV-1 při akutní infekci, což bylo doprovázeno inhibicí reversní transkripce. Naproti tomu HA působil synergicky s forbol myristyl acetátem (PMA) a reaktivoval HIV-1 provirus v buňkách ACH-2 a HIV-1 "minivirus" v klonech buněk Jurkat A2 a H12. HIV-1 "minivirus" byl reaktivován i samotným HA. Dále jsme studovali efekty degradačních produktů hemu na reaktivaci latentního HIV-1 přidaných jednotlivě. K tvorbě Fe2+ jsme využili askorbát, jehož přidání zvyšovalo expresi HIV-1 proviru i "miniviru". Další dva degradační produkty hemu, CO a bilirubin, expresi proviru inhibovaly. Antioxidans N- acetylcystein stejně jako chelátor železa...
|
|
|
Retroviral variants and their relationship to nonpermisive cells
Přikryl, David ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Rumlová, Michaela (oponent)
Ve své doktorské práci jsem se zaměřil na studium obalových glykoproteinů ALV (ptačích leukósových virů), skupiny retrovirů infikující hrabavé ptáky a vyvolávající řadu onemocnění. Informace o způsobech šíření viru, především o jejich receptorech, jsou nezbytné vzhledem k probíhající snaze o eradikaci těchto virů. Navíc, mnoho variant retrovirů infikuje buňky nezávisle na přítomnosti receptoru; pochopení tohoto jevu je rovněž nanejvýš důležité. Analyzovali jsme nově objevenou podskupinu ALV, označenou K pro její sekvenční odlišnost od ostatních podskupin a určili její hostitelský rozsah a interferenci, abychom potvrdili, že si tato skupina zaslouží nové písmeno. Identifikovali jsme receptor pro ALV-K, kterým se ukázal být Tva, receptor využívaný také ALV-A. Vzhledem k rozdílům v hostitelském rozsahu a rozdílné inhibici rozpustnou formou Tva ovšem předpokládáme, že tyto dvě podskupiny využívají rozdílné epitopy Tva receptoru. Také jsme analyzovali variantu ALV-C, vykazující rozšířený hostitelský rozsah, který se projevil její schopnosti infikovat křeččí buňky. Zjistili jsme, že rozšířený hostitelský rozsah koreluje se schopností obalového glykoproteinu přejít do aktivovaného předfúzního stavu předčasně, bez interakce s receptorem, což bylo demonstrováno stejnou citlivostí na teplotu, pH a selektivní...
|
|
|
Genová exprese v kuřecím embryu: mikromanipulační a vizualizační metody
Bendová, Michaela ; Dvořák, Michal (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Krylov, Vladimír (oponent)
Cílem této dizertační práce bylo získat lepší vhled do principů vývoje buněčných struktur a orgánů v kuřecím embryu. K tomuto účelu byly zavedeny a k daným procedurám upraveny různé pokročilé metody manipulace a vizualizace in vitro, ex vivo, ex ovo a in ovo. Tyto specializované metody byly využity zejména ke studiu genové exprese ve vývoji neurální lišty a vývoji oka. Během dlouhodobého výzkumu v naší laboratoři byl pozorován vliv onkoproteinu v-Myb na vývoj neurální lišty a jeho schopnost měnit přirozený buněčný osud. Studovali jsme vliv proteinu v-Myb na změny v diferenciaci buněk neurální lišty, zejména jejich vývoj do melanocytární linie, a jeho vliv na expresi genů v neurální liště. Středem našeho zájmu se stal protein Gremlin 2, označovaný také jako PRDC (protein related to Dan and Cerberus), jehož expresi v-Myb v neurální liště zvyšuje. Zavedené postupy elektroporace neurální lišty in ovo byly upraveny pro transfekci buněk vyvíjejícího se oka a využity ke studiu genové regulace při indukci čočky. Výsledky získané na kuřecím modelu podpořily studii provedenou na myších embryích. Technika elektroporace do embryonálního oka byla také upravena pro mikromanipulace s retinou in ovo, která byla dále zpracována metodami ex vivo a in vitro pro studii zabývající se lokalizací snRNP ve...
|
|
|
Vliv proteinu HBx viru hepatitidy B na aktivaci MEK1/2-ERK signalizace a inhibici IFN typu I v hepatocelulární linii Huh7
Berehovska, Olena ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Zábranský, Aleš (oponent)
Infekce virem hepatitidy B (HBV) je jednou z hlavních příčin chronického a nádorového onemocnění jater. Eliminace HBV z chronicky infikovaných pacientů monoterapií založené na rekombinantním interferonu α (IFNα) ukazuje, že mechanizmy přirozené imunity hrají důležitou roli při potlačení virové infekce. Mechanismy rozpoznávání genomu HBV a jeho úniku před mechanismy přirozené imunity jsou však stále málo známy. Jedním z principiálních faktorů umožňujících viru uniknout před buněčnými restrikčními mechanizmy je virový protein HBx. HBx je pleiotropní multifunkční protein složený ze 154 aminokyselin ovlivňující transkripci, přenos signálu, buněčný cyklus, degradaci proteinů, apoptózu a chromozomální stabilitu v hostitelské buňce. Předchozí výsledky z naší laboratoře ukázaly, že aktivace signální dráhy MEK1/2-ERK v plasmacytoidních dendritických buňkách vede k inhibici produkce IFNα. Cílem mojí práce bylo zjistit, zdali HBx aktivuje dráhu MEK1/2-ERK a inhibuje tím produkci IFN typu I rovněž v hepatocytech. K tomu účelu jsem sledovala tvorbu HBx v hepatomové linii Huh7 pomocí transfekce bicistronického plasmidu pHBx-IRES-EGFP a metody Western blot. Stejnou metodou jsem sledovala aktivaci signální dráhy MEK1/2-ERK pomocí fosforylace kinázy ERK. Moje výsledky ukazují, že maximum exprese HBx v buňkách Huh7...
|
|
|
Mývalí polyomavirus: příklad nebo výjimka při onkogenezi způsobené polyomavirem?
Schreiberová, Lucie ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent)
Polyomaviry (PyV) jsou široce rozšířené jak v lidské tak zvířecí populaci a jsou spojené s asymptomatickou perzistentní infekcí. Ve výjimečných případech může infekce PyV způsobovat nádorovou transformaci. V indukovaných nádorech se genom PyV často vyskytuje integrovaný v genomu hostitele. V posledních pár letech byl u mývalů monitorován zvýšený počet velmi agresivních mozkových nádorů a nádorů čichového ústrojí. Tyto nádory jsou spojené s infekcí nově objeveným mývalím polyomavirem, který se v buňkách hostitele vyskytuje v episomální formě. Tato práce se proto soustředila na porovnání dostupných poznatků o mývalím polyomaviru s dosud popsanými mechanismy tumorogeneze u PyV. Na rozdíl od ostatních PyV může u mývalího polyomaviru hrát klíčovou roli fakt, že s velkou pravděpodobností dochází k primární infekci nervových kmenových buněk. V nádorech dochází také k nebývale vysoké expresi virem kódované mikro RNA, která se zdá být zapojena do indukce tumorů. Stejně jako u ostatních nádorů způsobených PyV je v nádorech nalézáno velké množství časných virových proteinů s onkogenním potenciálem. Odhalení dosud neznámých faktorů zodpovědných za rozvoj nádorů způsobených mývalím polyomavirem může přispět k pochopení mechanismů onkogeneze. Klíčová slova Polyomavirus, onkogeneze, mýval severní, nádory mozku
|
|
|
Vliv malých DNA virů na regulaci tvorby interferónu
Hofman, Tomáš ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Elleder, Daniel (oponent)
Plasmacytoidní dendritické buňky (pDC) jsou buňky vrozené imunity, schopné rozpoznat viry pomocí jejich endosomálních Toll-like receptorů 7 a 9 (TLR7/9). Po rozpoznání virové nukleové kyseliny dochází k masivní produkci interferonu typu I (IFN I) a navození antivirového stavu v neinfikovaných buňkách. Aktivace regulačních povrchových receptorů pDC, jako je BDCA-2, pomocí monoklonální protilátky nebo jejich ligace některými viry vede k aktivaci MEK1/2-ERK signalizace a inhibici produkce IFN I. V této práci byla vyzdvihnuta role MEK1/2 kinázy, jejíž inhibice zvrátí inhibiční účinek ligace BDCA-2 a jejíž cílená aktivace pomocí PMA vede k inhibici produkce IFN-α. Hlavním cílem této práce bylo objasnění vlivu BK polyomaviru (BKV), zodpovědného za odhojování transplantovaných jater, na pDC. Experimenty s pDC liní Gen2.2 a primární linií buněk ledvin HRPTEC ukázaly, že pDC nejsou schopny přímé detekce BKV částic, avšak BKV inokulum dramaticky potenciuje produkci IFN-α v aktivovaných buňkách Gen2.2. Kokultivace buněk Gen2.2 s BKV infikovanými buňkami HRPTEC vedla k produkci IFN-α a ve větší míře TNF-α, které bylo zabráněno užitím Bafilomycinu. V souhrnu bylo zjištěno, že detekce BKV infikovaných buněk HRPTEC buňkami Gen2.2 vede k produkci cytokinů, která je závislá na buněčném kontaktu a je pravděpodobně...
|
|
|
Study of endogenous retroviruses: Insight into the retroviral evolution and virus-host interactions
Hron, Tomáš ; Elleder, Daniel (vedoucí práce) ; Kejnovský, Eduard (oponent) ; Hirsch, Ivan (oponent)
V rámci mé doktorské práce jsem se věnoval evoluci retrovirů a jejich vztahů s hostitelem. Retroviry jsou skupinou RNA virů schopných infikovat širokou škálu druhů včetně pravděpodobně všech obratlovců. Jejich jedinečnost tkví mimo jiné ve schopnosti účinně tvořit endogenní retroviry (ERVs) - virové kopie, které jsou po integraci do genomu hostitele děděny dalšími generacemi jako součást jejich genofondu. ERVs zastupují velkou část genomu obratlovců a hrají důležitou úlohu v mnoha buněčných procesech a patologiích. Velké množství těchto sekvencí zůstává nicméně stále neprozkoumáno. Výsledky mého hlavního projektu disertační práce odkrývají dávnou evoluční historii retrovirů. K tomu mi dopomohla analýza sekvencí ERVs, které představují jakési "genetické fosílie" virových infekcí, jež probíhaly po celou dobu retrovirové evoluce. Odhalení a následná analýza dávných linií ERVs mi pomohla nahlédnout do hluboké historie retrovirů a prozkoumat, jak virové infekce v minulosti pomáhaly utvářet antivirovou obranu jejich hostitelů. Mimo studium dávné evoluce retrovirů se má práce soustředila také na samotný proces vzniku nových kopií ERVs a jejich fixace v hostitelské populaci. K tomu jsem využil jedinečný model endogenního retroviru, k jehož endogenizaci v současné době dochází u jelence.
|
|
|
Interakce proteinů viru hepatitidy B s mechanizmy přirozené imunity
Vávrová, Petra ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Cílem práce je provedení literární rešerše interakce proteinů viru hepatitidy B s mechanismy přirozené imunity. Důraz bude kladen na srovnání role virových proteinů před a po exportu z infikované buňky. Vzhledem ke klíčové roli cccDNA pro udržení HBV v lidském organizmu, bude studován vliv restrikčních faktorů na možnosti její destrukce a eradikace. V práci bude zohledněn vliv virových proteinů během akutní, chronické a okultní infekce.
|
|
|
Využití metody RNA interference (RNAi) ke studiu onkogenních vlastností viru Kaposiho sarkomu (KSHV).
Riegerová, Petra ; Lubyová, Barbora (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Pávová, Marcela (oponent)
Souhrn Virus Kaposiho sarkomu (KSHV) je onkogenní DNA virus, jenž je spojován se všemi epidemiologickými formami Kaposiho sarkomu, primárního efuzního lymfomu (PEL) a s Castlemanovou chorobou (MDC). Stejně jako ostatní herpesviry prochází KSHV dvěma fázemi životního cyklu (latentní a lytická replikace). Během latentní fáze persistuje virový genom ve formě cirkulárního epizómu v jádře infikovaných buněk, kdy se exprimuje pouze několik latetních genů: LANA (latency-associated nuclear antigen), Kaposin, vFLIP (viral FLICE inhibitory protein), vCyklin a vIRF3/LANA2 (viral interferon regulatory factor 3). Tyto geny jsou pak zodpovědné za regulaci proliferace hostitelské buňky, prevenci apoptózy, únik před imunitním systémem a udržení extrachromozomálního virového genomu během dělení. vIRF3 je multifunkční jaderný protein konstitutivně exprimovaný u KSHV pozitivních PEL buněk a u nádorů Castlemanovy choroby, jehož exprese působí dramatické změny v kritických hostitelských drahách zahrnutých při regulaci apoptózy, buněčného cyklu, protivirové imunitě či onkogenní transformaci. V naší práci se nám podařilo prokázat a lépe dokumentovat předpokládaný mechanizmus, kterým vIRF3 zvyšuje transkripční aktivitu c-Myc a objasnit dříve nedefinovanou roli, jíž vIRF3 hraje při stimulaci ubiquitinace c-Myc a při regulaci jeho...
|
host ::
RSS.