|
|
Selektivní izolace bakterií rodu Lactobacillus z potravin
Novotná, Eva ; Šárka, Havlíková (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Probiotické druhy bakterií mléčného kvašení rodu Lactobacillus hrají důležitou roli v trávicím traktu člověka. Používají se v potravinářském průmyslu a jsou rovněž součástí stravy. K identifikaci baktérií mléčného kvašení rodu Lactobacillus lze použít polymerázovou řetězovou reakci (PCR). V experimentální části práce byla izolována DNA z hrubých lyzátů buněk 4 synbiotických doplňků stravy pomocí magnetických částic P(HEMA-co-GMA). Izolovaná DNA byla amplifikována v PCR pomocí rodově a druhově specifických primerů. V další části práce byly testovány magnetické nosiče s imobilizovanou protilátkou proti bakteriím rodu Lactobacillus. Uvedené částice byly použity k izolaci cílových buněk z výrobků následně identifikovaných pomocí rodově specifické PCR.
|
|
|
Využití magnetických mikročástic pro izolaci bakteriální DNA
Hrudíková, Radka ; Horák, Daniel (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na testování dvou typů magnetických mikročástic funkcionalizovaných –COOH skupinami pro izolaci bakteriální DNA. Izolace byla provedena z hrubých lyzátů buněk připravených z čisté kultury Lactobacillus paracassei RL-10, v prostředí 2 M NaCl a 16% PEG 6000. Dále byl sledován vliv degradace RNA enzymem RNasa A na množství izolované DNA. Bylo zjištěno, že degradace RNA v hrubých lyzátech buněk měla vliv na množství izolované DNA. Množství izolované DNA záleželo na použitých mikročásticích. Větší množství DNA bylo izolováno pomocí částic s větším obsahem –COOH skupin. Nosiči byla izolována DNA amplifikovatelná v PCR. V další části práce byly testovány nosiče funkcionalizované –NH2 skupinami při izolaci DNA s využitím elektrostatických sil. Bylo prokázáno, že pro vazbu DNA na nosič je vhodné prostředí s nižším pH.
|
|
|
Sledování populace bakterií mléčného kvašení v moravských vínech
Valicová, Markéta ; Španová, Alena (oponent) ; Omelková, Jiřina (vedoucí práce)
Cílem práce bylo monitorování celkového počtu bakterií mléčného kvašení vyskytujících se v hroznovém moštu během výroby vína. Studie byla provedena u odrůdy červeného vína Cabernet Moravia z ekologické vinice a odrůdy bílého vína Sauvignon jak z ekologické tak i integrované vinice. Součástí práce byla také izolace čistých kultur bakterií mléčného kvašení z kultur směsných a následně jejich identifikace pomocí rodově a druhově specifické PCR. Z experimentálních výsledků vyplývá, že na celkový počet kolonietvorných buněk bakterií mléčného kvašení má vliv nejen odrůda vína, zda se jedná o odrůdu červeného či bílého vína, ale také způsob pěstování vinné révy. Způsob pěstování vinné révy měl vliv i na druhové zastoupení bakterií mléčného kvašení u jednotlivých odrůd.
|
|
|
Use of DGGE to analysis and identification of selected microorganisms
Jankeje, Kristína ; Čarnecká, Martina (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Presented diploma thesis is focused on use of DGGE to analysis and identification of selected microorganisms. PCR-DGGE is a method that allows direct characterization of the microbial community in the natural environment without necessity of cultivation. A literature review is devoted to the principle of the method, current applications and its limitations too. In experimental part microbial DNA was isolated and used as a template for PCR reaction. Microbial DNA was then amplified using the universal eukaryotic primers that target the D1/D2 domain of the 26S subunit of ribosomal DNA. To improve specificity and sensitivity of detection nested PCR was chosen using outer and inner primer pairs. Generated amplicons (250 bp) were consequently separated by DGGE. The analysis of selected microorganisms by DGGE technique was performed after optimization of electrophoresis conditions (in particular the denaturing gradient extent and separation time). Despite the optimization, mutual differentiation among individual yeast strains was not possible since each reference strain was represented by several bands in the same positions. In conclusion DGGE profile obtained from wine musts is discussed. Present bands suggest the major presence of non-Saccharomyces yeasts, yeast-like strain A. pullulans is present in the minority and Saccharomyces yeasts are probably present too. The technique remains open for further optimization, particularly as regards the conditions of polymerase chain reaction.
|
|
|
Identifikace bakterií mléčného kvašení v tvrdých sýrech s využitím amplifikačních metod
Herzogová, Jitka ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Diplomová práce byla zaměřena na identifikaci bakterií mléčného kvašení druhu Lactococcus lactis a poddruhů Lactococcus lactis ssp. lactis a Lactococcus lactis ssp. cremoris pomocí druhově a subdruhově specifické polymerázové řetězové reakce (PCR). Metoda PCR byla použita k identifikaci bakterií druhu Lactococcus lactis v 10 vzorcích tvrdých sýrů. Byl vypracován postup přípravy vzorků tvrdých sýrů pro získání dostatečného množství buněk a přípravu hrubých lyzátů buněk. Celková DNA v kvalitě vhodné pro PCR byla izolována použitím magnetických částic P(HEMA-co-GMA) v přítomnosti polyethylenglykolu (PEG 6000) a chloridu sodného. Jako kontrola izolace byla použita DNA izolovaná metodou fenolové extrakce. PCR byla rovněž použita k analýze 7 kmenů Sbírky mlékařských mikroorganismů Laktoflora (CCDM). U těchto kmenů bylo subdruhově specifickou PCR prokázáno zařazení 5 kmenů do poddruhu Lactococcus lactis ssp. lactis a 2 kmenů do poddruhu Lactococcus lactis ssp. cremoris.
|
|
|
Probiotika a jejich využití v potravinářství
Diado, Aleksandra ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Probiotické bakterie jsou definovány jako živé mikroorganismy, které, pokud jsou konzumované ve stanoveném množství, mají zdraví prospěšné účinky. Většina probiotik patří k bakteriím rodu Lactobacillus a Bifidobacteria. Tyto a řada jiných mikroorganismů se v současnosti úspěšně využívají v průmyslu, včetně potravinářského. V potravinářství se probiotika využívají v první řadě v mléčných výrobcích a doplňcích stravy. Probiotické bakterie, lze stejně jako ostatní mikroorganismy, idenfikovat metodou PCR, která umožňuje amplifikovat specifické úseky DNA. Polymerázová řetězová reakce byla provedena po izolaci DNA z bakteriálních kulturních kmenů metodou fenolové extrakce. PCR pro doménu Bakteria byla použita pro ověření amplifikovatelnosti DNA a rodově specifická PCR pro důkaz přítomnosti bakterií rodu Lactobacillus.
|
|
|
Characterization of selected yeast strains from food
Ostrihoňová, Katarína ; Vítová, Eva (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
This bachelor´s thesis is focused on identification of yeasts of the cheeses by PCR-RFLP method and verifying the lipolytic activity of the yeast. In the theoretical part are processed basic information about yeast, their possible positive and negative effects on the quality of cheeses, the technology of production of cheeses, lipolysis and proteolysis in the cheese and of course of PCR-RFLP (The polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism). Experimental section shows the isolation of DNA, identification of DNA by PCR made by amplification 5,8S-ITS sections of DNA using primers ITS1 and ITS4. The amplified DNA was purified by ethanol and then was subjected to restriction analysis with the enzymes HaeIII, HinfI, HhaI, TaqI. Then there is listed detection of the PCR product and the restriction fragments by gel electrophoresis. Lengths of the fragments obtained after electrophoresis will be used to identify yeast species isolated from cheeses. In the second part of the thesis in the experimental part we have dealt with evidence of lipolytic activity of the yeast by test on Spirit blue agar.
|
|
|
DNA analýza nepatogenních klostridií izolovaných ze sýrů
Chroboková, Maria ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Polymerázová řetězová reakce (PCR) je molekulárně genetická metoda, která umožňuje replikaci nukleových kyselin in vitro. Umožňuje identifikaci mikroorganismů nebo prokazování přítomnosti specifických genů v různých matricích biologického původu. Některé nepatogenní druhy rodu Clostridium způsobují vážná poškození sýrů, proto jejich identifikace a kvantifikace je tak důležitá v sýrařství. V této práci byly testovány specifické primery pro rod Clostridium. Byla zde použita bakteriální DNA sbírkových kmenů a kmenů vyizolovaných z poškozených sýrů. Pomocí specifických primerů byly metodou PCR amplifikovány charakteristické úseky DNA pro klostridie. PCR produkty (619 bp) byly detekovány použitím elektroforézy na 1,8% agarózovém gelu. Byla potvrzena rodová specifita testovaných primerů specifických pro rod Clostridium. Pro negativní kontrolu byla použita bakteriální DNA rodu Lactobacillus.
|
|
|
Detekce fytoplazem pomocí DNA-mikročipu
MARKOVÁ, Jaroslava
Cílem práce bylo optimalizovat metodu detekce fytoplazem pomocí DNA-mikročipu. To zahrnovalo vhodnou metodu izolace genetického materiálu fytoplazmy, vývoj a optimalizaci PCR k namnožení různých skupin fytoplazem, optimalizaci detekce DNA na mikročipu a analýzu sekvencí fytoplazem k návrhu potenciálních lepších prób. PCR byla optimalizována pro sbírkové izoláty, poté i pro přírodní vzorky. Od všech zástupců 16Sr skupin sbírkových izolátů se podařilo získat sekvence a detekovat v nich fytoplazmu pomocí hybridizace. U přírodních vzorků se podařilo detekovat fytoplazmu ve vzorcích řepky olejky (Brassica napus), jetele lučního (Trifolium pretense), třapatky nachové (Echinacea purpurea) a jabloně domácí (Malus domestica). V DNA z hmyzích vektorů to bylo pouze u jediného vzorku s označením 202/6 ze skupiny 16Sr-XII. Sekvence jetele lučního a řepky olejky se shodují s databázovými vzorky skupiny 16Sr-I "Aster yellows".
|
|
|
Detekce fytoplazem pomocí PCR amplifikace vybraných fragmentů fytoplazmového genomu
MARKOVÁ, Jaroslava
Fytoplazmy jsou bakteriálními patogeny rostlin. Mohou způsobit zničující ztráty výnosu u různých plodin. Pro rychlé odhalení fytoplazmových nákaz je potřeba nalézt spolehlivou detekční techniku. Nejsnazší a nejlevnější technikou je PCR (polymerase chain reaction ? polymerázová řetězová reakce), která slouží k selektivní amplifikaci vybraných oblastí molekuly DNA. Cílem této práce bylo nalezení optimálních primerů k amplifikaci vybraných fragmentů fytoplazmového genomu v jednokrokové PCR a využití této techniky k detekci fytoplazem. Pro tuto studii bylo použito 37 vzorků fytoplazem ze sbírky od prof. Bertaccini. Pomocí optimalizovaných primerů bylo testováno 16 přírodních vzorků. Fytoplazmu se podařilo detekovat v kořenu jahodníku. Výzkum byl umožněn díky podpoře z grantu Grantové agentury ČR, číslo GP 522/09/P545.
|
host ::
RSS.