|
|
MikroRNA kódované polyomaviry.
Zachovalová, Veronika ; Bruštíková, Kateřina (vedoucí práce) ; Malík, Radek (oponent)
MicroRNA jsou malé regulační molekuly RNA kódované v genomu organismu. Biogeneze mikroRNA probíhá částečně v jádře a částečně v cytoplazmě. Výsledkem je funkční, 22 nt dlouhá molekula mikroRNA. MikroRNA jsou schopné umlčovat geny za pomoci sekvenčně specifické degradace cílové mRNA, nebo za pomoci represe translace cílových, komplementárních mRNA. U savců je běžnější mechanismus represe translace, kdy je mikroRNA neúplně komplementární k 3'UTR cílové mRNA. Polyomaviry jsou malé, neobalené DNA viry s cirkulárním dsDNA genomem a ikosahedrální kapsidou tvořenou pentamerami VP1 proteinu. Tyto viry se řadí mezi tzv. onkogenní viry, neboť mohou přispět k transformaci buněk a rozvoji vážných onemocnění jako je například karcinom Merkelových buněk. Ve svém genomu kódují regulační proteiny nazývané T antigeny, strukturní geny kapsidy, ale také mikroRNA. Právě na mikroRNA kódované genomem SV40, MPyV, MCPyV, BKPyV a JCPyV bude zaměřená tato práce. Klíčová slova: polyomaviry, malé interferující RNA, mikroRNA, siRNA, RNA interference, myší polyomavirus, BK virus, JC virus, SV40
|
|
|
The Role of oncogenic microRNA - 155 and proto - oncogen MYB in chronic lymphocytic leukemia
Vargová, Karina
(CZ) B-buněčná lymfocytární chronická lymfatická leukémie (B-CLL) představuje nádorové onemocnění, pro které je význačná akumulace B-buněk v periferní krvi, kostní dřeni, lymfatických uzlinách a slezině v důsledku poruchy programované smrti. Klinický průběh B- CLL je značně heterogenní, což dokazuje i fakt, že u některých pacientů toto onemocnění rychle progreduje, zatímco jiní pacienti přežívají několik let bez nutnosti léčby. I když se onemocnění charakterizuje stanovováním několika prognostických parametrů, jež jsou typické pro B-CLL, chybí spolehlivá indikace začátku včasné terapie. Z popsaného důvodu je v současnosti velice intenzivně studována nejenom biologická role malých nekódujících RNA (tzv. mikroRNA), ale také spojitost těchto molekul se vznikem a průběhem leukemických onemocnění včetne B-CLL. Proto jsme se zaměřili na studium miR-155, která reguluje diferenciaci buněk krvetvorby, zánětlivých reakcí a produkci protilátek. Zvýšená exprese miR- 155 se objevuje v leukemogenezi, kde se předpokládá, že má vliv na zástavu buněčné diferenciace a narušení normální funkce B-buněk. Naše výsledky potvrdily zvýšenou expresi jejího primárního transkriptu miR-155 a také maturované formy u pacientů s B-CLL. Analýza expresních dat kohorty 239 pacientů s B-CLL naznačuje, že vzorky pacientů s nepříznivou...
|
|
|
Studium mechanismů agresivity akutní myeloidní leukemie v myším modelu nesoucím mutace genů Spil (PU.1) a Trp53.
Bašová, Petra
Snížení hladiny PU.1 v hematopoetických kmenových a progenitorových buňkách (HSPCs) je primárním mechanismem pro rozvoj akutní myeloidní leukémie (AML) u myší s homozygotní delecí "upstream regulatory element" (URE) genu PU.1. p53 je tumor supresorový gen, který je často mutovaný u lidských hematologických malignit (včetně AML) a přispívá k jejich agresivitě; navzdory tomu jeho genetická delece nezpůsobuje u myší AML. Delece p53 u myší PU.1ure/ure (PU.1ure/ure p53-/- ) způsobuje agresivní formu AML se zkrácenou dobou celkového přežití. PU.1ure/ure p53-/- progenitory exprimují signifikantně nižší hladinu PU.1. Zaměřili jsme se proto na mechanismy, jež za nepřítomnosti p53 přispívají ke snižování hladiny PU.1 v PU.1ure/ure p53-/- progenitorech. Nalezli jsme vliv onkogenů: Myb a jeho cíle mikroRNA miR-155 na downregulaci PU.1 u agresivní myší AML. Inhibicí onkogenů Myb nebo miR-155 in vitro dochází u AML progenitorů k znovuobnovení hladin PU.1 a ztrátě leukemického buněčného růstu podobně jako při obnově exprese PU.1. Transientní potlačení exprese p53 ukázalo, že dráha MYB/miR-155/PU.1 je cílem p53, která se aktivuje brzy po ztrátě p53. Deregulace MYB a miR-155 spojená s poklesem hladiny PU.1 byla také pozorováná v lidské AML, což naznačuje, že nově objevená onkogenní dráha p53/MYB/miR- 155/PU.1 může...
|
|
|
Messenger RNA stability and microRNA activity in mouse oocytes
Flemr, Matyáš ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Motlík, Jan (oponent) ; Hampl, Aleš (oponent)
SOUHRN Přerod oocytu v zygotu představuje jediný fyziologický děj během životního cyklu savců, při kterém se z diferenciované buňky stává buňka pluripotentní. Toto buněčné přeprogramování je z velké většiny závislé na bezchybné post-transkripční regulaci maternálních mRNA. Porozumění mechanismům post-transkripční regulace v oocytech proto povede k významnému rozšíření našeho poznání v otázce buněčného přeprogramování. Mezi důležité post-transkripční regulátory v širokém spektru buněčných a vývojových procesů patří nedávno objevené krátké nekódující mikroRNA. Jejich funkce spočívá v represi cílených mRNA za pomoci proteinových komplexů, které spouštějí deadenylaci a odstranění ochranné čepičky z 5'-konce. Zmíněné komplexy se za normálních okolností sdružují v tzv. procesních tělískách (P-tělíska) v cytoplasmě. Tato práce přináší nečekané zjištění, že mikroRNA dráha je umlčená v plně dorostlých myších oocytech i během přerodu oocytu do zygoty. Toto zjištění je v souladu s pozorovaným rozpadem P-tělísek závislých na funkci mikroRNA během růstu oocytu a jejich absenci v plně dorostlých oocytech. Některé proteiny běžně obsažené v P-tělískách lokalizují v plně dorostlých oocytech do kortikální oblasti. Spolu s dalšími RNA-vazebnými faktory vytvářejí tyto proteiny ve finální fázi oocytárního růstu sub- kortikální...
|
|
|
Diagnostické a prognostické markery v éře cílené léčby CRC.
Veškrňová, Veronika ; Büchler, Tomáš (vedoucí práce) ; Mohelníková Duchoňová, Beatrice (oponent) ; Valík, Dalibor (oponent)
Východiska: Kolorektální karcinom (CRC) je nejčastějším zhoubným nádorem v součtu u obou pohlaví v ČR. Prognostické faktory můžeme rozdělit na klinické (stadium v době diagnózy, histologický typ nádoru), genetické (RAS, BRAF), imunologické (Immunoscore) a biochemické (CEA, CA 19-9, mikroRNA). MikroRNA (miRNA) regulují expresi onkogenů a nádorových supresorů. Regulační funkce miRNA je významně ovlivňována polymorfismy (single nucleotide polymorphisms, SNP) cílových míst vážících miRNA (miRSNP). Cíle: Vyhodnotit v současnosti používané prognostické faktory pro CRC v kontextu cílené léčby a posoudit roli nových faktorů, včetně miRNA. Metody: Vlastní výsledky a soubor publikovaných prací je rozdělěn do 4 okruhů: klinické práce zaměřené na cílenou léčbu kolorektálního karcinomu, původní práce zaměřené na roli miRNA v patogenezi kolorektálního karcinomu a zejména jako prognostického a prediktivního markeru, práce zaměřené na funkční polymorfismy genů opravujících chyby DNA ve vztahu ke CRC a přehledový článek shrnující biochemické faktory ovlivňující efekt cytostatik ze skupiny fluoropyrimidinů v léčbě CRC. Výsledky: V pracích a publikacích jsme identifikovali miRNA z klastru miR-17/92, které představují neinvazivní biomarker pro predikci prognózy po léčbě u pacientů s nádory rekta s vyšším rizikem...
|
|
|
Biomarkery zánětlivého postižení subchondrální kosti při axiální spondyloartritidě.
Bubová, Kristýna ; Pavelka, Karel (vedoucí práce) ; Horák, Pavel (oponent) ; Hrnčíř, Zbyněk (oponent)
Úvod: Axiální spondyloartritidy (axSpA) patří mezi chronická zánětlivá revmatická onemocnění postihující primárně páteř a její přilehlé struktury. Pro onemocnění jsou charakteristické nejen destruktivní kloubní změny ale zejména nadměrná osteoprodukce, která může vézt k postupné ankylóze páteře, a tím významně omezit mobilitu a kvalitu života pacientů. Patogeneze onemocnění není dosud plně objasněna, avšak předpokládá se silný genetický podklad spolu s dysregulací tkáňového metabolismu vznikající na podkladě nerovnováhy pro a protizánětlivých imunitních mechanismů. Doposud nebyl identifikován biomarker, který by pomohl při časné diagnostice, monitoraci aktivity subchondrálního postižení a diferenciaci rychleji progredujících pacientů. Cílem práce bylo zjistit hladiny potenciálních biomarkerů vycházejících z metabolismu pojivových tkání, tukového metabolismu a nových slibných biomarkerů a to pro oba podtypy onemocnění, jejich vztah k aktivitě nemoci a progresivním radiografickým změnám. Výsledky: Prokázali jsme zvýšené sérové (případě plasmatické) hladiny biomarkerů metabolismu pojiva, konkrétně degradačních produktů metaloproteináz, které byly schopny diferencovat pacienty s časnou i pozdní formou nemoci od zdravých jedinců, měly vztah k aktivitě a radiografické progresi nemoci. Dále jsme prokázali...
|
|
|
Patofyziologie kolorektálního karcinomu. Efekt screeningu kolorektálního karcinomu a role microRNA v patofyziologii kolorektálního karcinomu.
Král, Jan ; Špičák, Julius (vedoucí práce) ; Keil, Radan (oponent) ; Mohelníková Duchoňová, Beatrice (oponent)
Kolorektální karcinom (KRK) je závažné zhoubné nádorové onemocnění tlustého střeva, kterým celosvětově onemocní téměř dva miliony pacientů za rok. V České republice (ČR) je diagnostikován ročně u okolo osmi tisíc pacientů a přes tři a půl tisíce pacientů ročně na toto onemocnění umírá. Velká část je stále diagnostikována v pokročilém stadiu onemocnění (stadium IV - 20,1 %; stadium III - 24,5 % v roce 2017), což znamená horší celkovou prognózu. Screeningový program si klade za cíl identifikovat pacienty v časném stadiu KRK (stadium 0, I a II), kteří mají celkově lepší prognózu než ti s již vyvinutými symptomy onemocnění. Současný výzkum je zaměřen na markery, které by sloužily jak k časné diagnóze tohoto onemocnění, tak k predikci účinnosti léčby či časné recidivy nádoru. Prvním cílem naší práce bylo zhodnotit klinicko-patologickou charakteristiku pacientů s KRK diagnostikovaných screeningem v porovnání se symptomatickými pacienty a ověřit efektivitu screeningového programu v ČR. Provedli jsme multicentrickou prospektivní observační studii ve 12 centrech, která měla za cíl lépe charakterizovat jednotlivé parametry pacientů s KRK (lokalizace a stupeň diferenciace tumoru, výskyt metastáz apod). Screening byl definován jako primární screeningová koloskopie, nebo koloskopie po pozitivním testu na...
|
|
|
Úloha mikroRNA při poranění a regeneraci míšní tkáně
Šprincl, Vojtěch ; Romanyuk, Natalyia (vedoucí práce) ; Mrózková, Petra (oponent)
MikroRNA jsou malé nekódující molekuly RNA o délce zhruba 20-24 nukleotidů, které post-transkripčně regulují genovou expresi. Interferují s mRNA přes párování bází v komplementárních sekvencích. V posledních letech se ukazuje jejich významná role při poranění a regeneraci nervové tkáně. Cílem této bakalářské práce je popsat možnou úlohu miRNA při poranění centrální nervové soustavy se zaměřením na poranění míchy.
|
|
|
Entropically driven cascade hybridization reactions for detection of microRNA
Runová, Alžbeta ; Cígler, Petr (vedoucí práce) ; Kožíšek, Milan (oponent)
Rostoucí význam miRNA molekul jakožto diagnostických biomarkerů vyvolává poptávku po vývoji nových kvantifikačních metod. Současné přístupy umoňující její kvantifikaci zpravidla vyžadují časově náročnou a nákladnou izolaci miRNA. V této práci navrhujeme nový detekční systém založený na zlatých nanočásticích modifikovaných oligonukleotidy (AuNP/DNA), který by mohl umožnit detekci a kvantifikaci miRNA v živých buňkách bez potřeby předchozí izolace. Tento kaskádový, entropicky řízený amplifikační systém poskytuje fluorescenční signál díky přítomnosti cílové miRNA. V této práci byla velikost citrátem stabilizovaných zlatých nanočástic stanovena dynamickým rozptylem světla a transmisní elektronovou mikroskopií. Povrchová modifikace AuNP byla provedena podle nedávno publikované "vymrazovací metody" a nanočásticový systém (AuNP/DNA) byl porovnán s analogickým DNA systémem bez přítomnosti AuNP v sérii fluorescenčních měření ukazujících kinetiku reakce a selektivitu k různým miRNA. Dále byly provedeny stabilitní experimenty v prostředí glutathionu a také DNA elektroforéza demonstrující složení vzorku během reakce. 42.31 ± 2.91 nm AuNP/DNA konstrukty průměrně obsahující 25 komplexů DNA na jednu zlatou nanočístici, vykazují v porovnání s analogickým DNA systémem až dvojnásobné reakční výtěžky a vyšší...
|
|
|
Diagnostický a prognostický význam miR-122 a miR-142 u kolorektálního karcinomu
Kalkušová, Kateřina ; Červená, Klára (vedoucí práce) ; Král, Jan (oponent)
Kolorektální karcinom neboli rakovina tlustého střeva a konečníku patří mezi nejčetnější nádorová onemocnění a je jednou z nejčastějších příčin úmrtí spojených s nádory. Často je diagnostikován až v pokročilém stádiu, které je spojeno s horší prognózou. Z tohoto důvodu se usiluje o nalezení nových biomarkerů, které by umožnily časnější diagnostiku nádoru. Tyto biomarkery by mohly pomoci také s předpovědí prognózy onemocnění a odpovědi pacientů na vybranou léčbu. Jako slibní kandidáti se jeví krátké nekódující RNA, tzv. mikroRNA, které se podílejí na mnoha buněčných procesech prostřednictvím procesu RNA interference. Cílem této práce je shrnutí poznatků o možnosti využití miR-122 a miR-142 jako diagnostických a prognostických biomarkerů kolorektálního karcinomu. Klíčová slova:mikroRNA, biomarkery, kolorektální karcinom, diagnostika, prognóza
|
host ::
RSS.