|
|
Korelace mezi měřením stacionární fluorescenční anisotropie na fluorimetru a fluorescenčním mikroskopu
Moslerová, Lenka ; Venerová, Tereza (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá studiem fluorescenční anizotropie na modelovém systému fluorescenční sondy a glycerolu. Fluorescenční látkou je v této práci použito ATTO 488 a jako modelové prostředí byly použity roztoky glycerolu o různých koncentracích k nasimulování různě viskózních prostředí. Měření bylo prováděno na fluorescenčním spektrofluorimetru a na konfokálním fluorescenčním mikroskopu. Byla pozorována lineárně se zvyšující naměřená hodnota anizotropie v závislosti na jednotlivých viskozitách jak u hodnot naměřených na fluorimetru, tak se stejným trendem zvyšující hodnot naměřených na fluorescenčním mikroskopu. Tyto hodnoty byly porovnány a byly stanoveny korekční faktory. Díky Perrinově rovnici bylo výpočtem ověřena správnost měření.
|
|
|
Vnitřní fluorescence bakterií Cupriavidus necator
Marková, Kateřina ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá autofluorescencí flavinů v gram-negativní bakterii Cupriavidus necator H16 a jejím mutantním kmenu PHB-4. Experimenty byly prováděny pomocí fluorescenční mikroskopie a průtokové cytometrie. Pro potvrzení přítomnosti flavinů byla změřena excitační a emisní spektra bakteriální suspenze, která se porovnala s flavinovými standardy. V části věnované testování buněk bez stresové odpovědi se měřila autofluorescence bakterií v PBS pufru a buněčné suspenze obarvené fluorescenční sondou BODIPY 493/503. Byl porovnáván poměr krátké doby života ku dlouhé době života autofluorescence a jeho závislost na přítomnosti fluorescenční sondy. Dále byla měřena autofluorescence supernatantu, kdy bylo zjištěno, že relativní zastoupení dlouhé doby života v extracelulárním prostředí je mnohonásobně vyšší než v intracelulárním. V části věnované stresové odpovědi se práce zaměřila na množství rozpuštěného kyslíku v produkčním médiu. Dále byl použit různě koncentrovaný peroxid vodíku, kdy nejlepší výsledky vykazovala koncentrace 100 mM. Pro porovnání s předchozími podmínkami se využila kombinace se síranem železnato-amonným, kde ale nebyl pozorován žádný rozdíl. Z látek ovlivňujících přímo dýchací řetězec byl použit azid sodný a antimycin A. Obě tyto látky měly vliv na změnu poměru relativního zastoupení dob života autofluorescence, ovšem rozložení těchto dob života a změnu rozložení autofluorescence v průběhu času ovlivňoval pouze azid sodný.
|
|
|
Influence of lipid composition and model peptides on lateral organization of lipid layers
Veľas, Lukáš ; Heřman, Petr (vedoucí práce) ; Malínský, Jan (oponent)
Oxidované fosfolipidy (OxPL) sa nachádzajú v živých organizmoch kvôli oxidatívnemu stresu. Napriek tomu, fyziologická funkcia OxPL nie je doposiaľ úplne známa. Prítomnosť OxPL bola preukázaná v množstve zápalových ochorení akým je ateroskleróza či neurodegeneratívnych ochorení akými sú Parkinsonova a Alzheimerova choroba. V tejto práci prezentujeme vplyv dvoch OxPL na laterálnu heterogenitu modelovej lipidovej membrány. Konkrétne sme skúmali vplyv 1-palmitoyl-2-(5'-oxo-valeroyl)-sn-glycero-3-fosfocholínu (POVPC) a 1-palmitoyl-2-glutaryl-sn-glycero-3-fosfocholínu (PGPC) na formáciu nanodomén prítomných v obrích unilamelárnych vezikulách obsahujúcich 1,2-dioleoyl-sn- glycero-3-fosfocholín (DOPC), cholesterol a sfingomyelín. Len niekoľko málo techník je schopných detegovať nanometrové domény nachádzajúce sa v membráne s vysokým rozlíšením. Časovo rozlíšený Försterov rezonančný prenos energie (TR-FRET) v kombinácii s Monte Carlo (MC) simuláciami poskytuje silný nástroj nie len na detekciu laterálnych heterogenít ale aj ich charakterizáciu s rozlíšením 2 nm. V prítomnosti oboch skúmaných OxPL bol pozorovaný výrazný vplyv na veľkosť nanodomén a v prípade PGPC, ktorý obsahuje karboxylovú skupinu bola detegovaná formácia väčších nanodomén v porovnaní s POVPC, ktorý obsahuje aldehydovú skupinu. MC simulácie boli...
|
|
|
Organizace a mobilita receptorů spřažených s G proteiny v plasmatické membráně
Merta, Ladislav ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Sýkora, Jan (oponent)
Diplomová práce se zabývá analýzou membránové organizace receptoru pro tyreoliberin (TRH-R) a δ- opioidního receptoru (DOR) ve vztahu k membránovým doménám, neboli membránovým raftům. Pro tyto účely jsou využity moderní techniky fluorescenční mikroskopie FLIM, FRAP a RICS. Jedná se o studii na živých buňkách odvozených od buněčné linie HEK293. K výzkumu membránových domén je využívána deplece cholesterolu z plasmatické membrány pomocí β-cyklodextrinu. Práce ukazuje, že naprostá většina TRH-R je v plasmatické membráně lokalizována mimo membránové rafty. Práce rovněž porovnává různé módy měření metodou FRAP a srovnává výsledky získané metodou FRAP s výsledky získanými metodou RICS, protože oba přístupy jsou do jisté míry analogické. Jedná se o jednu z prvních prací, která charakterizuje mobilitu receptorů spřažených s G proteiny v plasmatické membráně s použitím metody RICS. Ve druhé části práce byl vypracován postup pro transientní transfekci buněk HEK293 konstrukty DOR-ECFP a DOR-EYFP a současně byla ověřována funkčnost těchto fúzních bílkovin, tedy jejich schopnost aktivovat příslušný G protein. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Analýza fluorescence organického barviva s využitím konfokální mikroskopie
Mocko, Štefan ; Chmelíková, Larisa (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá dlouhodobou analýzou fluorescence rhodaminu, který je navázán na železité SPIO nanočástice. V první části seznamuje s nutným vědeckým základem pro pochopení fyzikálního jevu fluorescence. Dále se zaměřuje na použité hardwarové a softwarové vybavení pro dlouhodobou analýzu vývoje fluorescence u mezenchymálních kmenových buněk. V neposlední řadě je zde popsán analytický software pro práci s naměřenými daty, který byl vyvinut pro tuto práci.
|
|
|
Možnosti systému FLIM v konfokální mikroskopii
Petrula, Jakub ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá využitím systému FLIM v konfokálnej mikroskopií. Popisuje základné pojmy, ktoré úzko súvisia s danou témou, ako je princíp fluorescencie, fluorescenčné značenie a podstata fluorescenčnej a konfokálnej mikroskopie. Praktická časť sa venuje práci s konfokálnym mikroskopom, na ktorom je zaobstaraná sada intenzitných snímkov rastlinnej a živočíšnej bunky. Konečným produktom praktickej časti bakalárskej práce sú snímky, na ktorých je v pseudofarbách vyobrazená doba života fluorescencie. V práci je tiež popísaný algoritmus k vytvoreniu pseudofarebných snímkov. K algoritmu je vytvorené uživateľské prostredie.
|
|
|
pH citlivé fluorescenční sondy
Marková, Kateřina ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Cílem této práce bylo navrhnout vhodnou metodu pro měření pH bakteriálního cytosolu v bakteriích kmene Cupriavidus necator. Pro získání skenu bakterií byla zvolena fluorescenční mikroskopie a časově rozlišené fluorescence pro získání kalibrační křivky. Nejideálnější sondou, kterou bylo možno využít, byl BCECF-AM. Bylo navrženo, že pro prokaryotický typ buněk je vhodnější použít externí kalibraci než interní. Bakterie s označením H16 vykazují dlouhou dobu života pouze na granulích s obsahem PHB, zatímco u bakterií typu PHB-4 se nejdelší doba života vyskytuje náhodně v celé buňce.
|
|
|
Studium doby života a spektrálních změn fluorescence nanočástic v buněčné biologii
Pelc, Pavel ; Janoušek, Oto (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá studiem doby života a spektrálních změn fluorescence nanočástic v buněčné biologii. Popisuje princip fluorescence, fluorescenční mikroskopii a laserový konfokální mikroskop Leica TCS SP8. Je zde přiblížena klasická metoda FLIM, mapování Lambda Square a rozdělení nanočástic. V praktické části je popsán realizovaný program pro hodnocení doby života fluorescence a spektrálních změn. Program umožňuje zobrazovat excitačně-emisní lambda mapy, dobu života fluorescence a spektrální posun v prostorové oblasti. V závěru práce je proveden experiment s rhodaminovými nanočásticemi, který je pomocí realizovaného programu vyhodnocen a diskutován.
|
|
|
Hodnocení doby života a změn konfokální mikroskopií
Rúbal, Radek ; Janoušek, Oto (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Práce se zabývá technikami pro zobrazení doby života fluorescence. Doba života fluorescence je počítána z dat získaných pomocí sekvenčního snímání konfokálním mikroskopem Leica TCS SP8X . V práci jsou uvedeny algoritmy výpočtu a software pro zobrazení a analýzu doby života fluorescence jak ve 2D tak ve 3D. Na konci jsou postupy použity pro zobrazení doby života fluorescence mezenchymálních buňek a fibroblastů obarvených komplexem SPIO-Rhodamine.
|
|
|
Softwarové řešení systému FLIM s využitím pulsního laditelného laseru v konfokální mikroskopii
Grund, Pavel ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Teoretická část této diplomové práce je zaměřena na rešerši konfokální mikroskopie a na metodu FLIM. Rozvádí principy a druhy konfokální mikroskopie a využití širokospektrálního laseru, jakožto základního zdroje světla u těchto mikroskopů. Přiblíží, co je to metoda FLIM a její využití nejen v buněčné biologii. Praktická část diplomové práce zahrnuje pořízení tří sad fluorescenčních intenzitních snímků s využitím aplikace pulsního laditelného laseru, funkce TimeGate a detekce hybridními detektory. Pro praktické zpracování této diplomové práce je v softwarovém prostředí Fiji vytvořen plugin, což je zdrojový kód v programovacím jazyku Java. Typy pluginů a jejich použití jsou popsány ve třetí kapitole práce. Tento plugin včetně grafického uživatelského prostředí ve formě dialogového okna zpracovává fluorescenční intenzitní snímky a vytváří z nich grafickou reprezentaci dat znázorňující dobu života fluorescence, tzv. pseudobarevnou mapu.
|
host ::
RSS.