|
Normality test of the gene expression data
Shokirov, Bobosharif ; Klebanov, Lev (vedoucí práce) ; Hušková, Marie (oponent) ; Kalina, Jan (oponent)
Tato práce se zabývá testování normality dat genové exprese. Na základě charakterizacni věty normální rozdělení test normalnosti je nahrazen testem sférické stejnoměrnosti. Vzhledem k silné korelace mezi dat genové exprese, test normalnosty se provádí aplikací $ \delta $ sekvencí. Je dokazano nová charakterizacni věta normálního rozdělení, a na základě toho, test normalnosti se provádí pouzitim Kolmogorovuv test. Získané charakterizacni výsledky pro normální rozdělení jsou rozšířeny do kompletneho typu rozdělení, a na zaklade toho testováno, zda že rozdělení dvou datových souborů genové exprese patří do stejného typu. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
| |
|
Studium vlivu subchronického podávání antiretrovirotika emtricitabinu na expresi efluxních lékových transportérů v orgánech matky a plodu
Havlová, Ivana ; Červený, Lukáš (vedoucí práce) ; Hofman, Jakub (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Studentka: Ivana Havlová Školitel: PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Název diplomové práce: Studium vlivu subchronického podávání antiretrovirotika emtricitabinu na expresi efluxních lékových transportérů v orgánech matky a plodu Cílem této diplomové práce bylo zhodnotit vliv dlouhodobého podávání antiretrovirotika emtricitabinu (FTC) na expresi efluxních lékových ATP-vázajících (ABC) transportérů v placentě, orgánech matky a plodu (mozek, játra, ledviny, tenké střevo) samic potkana kmene Wistar. V práci jsme se zaměřili na dva jejich nejvýznamnější zástupce, P-glykoprotein (MDR1) a breast cancer resistance protein (BCRP). Znalost změn v expresi těchto transportérů má klíčový význam zejména při užití FTC v kombinační terapii, tzv. HAART, Highly Active Antiretroviral Therapy, kde by tyto změny mohly zásadně ovlivnit kinetiku současně podávaných léčiv. Nejdříve byla u potkanů sledována biodostupnost FTC (3,5 mg/kg) po i.m. podání, která byla vyhodnocena jako srovnatelná s biodostupností po i.v. podání. Poté byla provedena kvantitativní analýza exprese mRNA potkaních ortologů Mdr1a, Mdr1b a Bcrp pomocí reverzní transkriptázové polymerázové řetězové reakce v reálném čase (qRT-PCR). Celý experiment byl...
|
|
Genová exprese specifických oblastí CNS u krysího modelu transgeneračního přenosu drogové závislosti.
Radilová, Kateřina ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Rothová, Olga (oponent)
Metamfetamin (MA) je droga často zneužívaná těhotnými ženami závislými na drogách a je současně nejčastěji užívanou drogou v České republice. Tato droga snadno prochází placentární bariérou do organismu plodu a může tak negativně ovlivňovat nejen matku, ale i prenatální vývoj jejího potomstva. Přesto, že byla opublikována řada studií ukazujících negativní účinky MA na potomky drogově závislých matek, není známo, které období těhotenství je tím nejkritičtějším. Ve své práci se zabývám strukturami CNS, které jsou přímo ovlivněny působením metamfetaminu. Jejich činnost může vést skrze indukci libých pocitů, jako je například navození pocitu odměny, až k závislosti na podané droze. V následující kapitole jsou rozebrány neurotransmitery a jejich transportéry související s účinkem metamfetaminu. Studie jejich struktury, lokalizace, nebo i vývoje během života, může pomoci přiblížit detailněji působení drogy v různých životních obdobích. Samotný metamfetamin a jeho účinky jsou blíže popsány v posledním úseku. Je zde nastíněna problematika vystavení plodu droze - pre- i postnatální dosud známé rozdíly, tak i závislost působení metamfetaminu na odlišná pohlaví.
|
|
Vliv diabetes mellitus na reprodukční parametry a expresi vybraných testikulárních genů na myším modelu
Valášková, Eliška ; Pěknicová, Jana (vedoucí práce) ; Kaňka, Jiří (oponent)
Podle Světové zdravotnické organizace (WHO, 2014), 15% párů v reprodukčním věku trpí neplodností, z toho více než 60% případů je způsobeno mužskou neplodností. Tento stav může být zapříčiněn genetickým pozadím jedince, podmínkami životního prostředí nebo například různými chorobami, zahrnující i diabetes mellitus (DM). Cílem této studie bylo proto určit vliv DM na reprodukční parametry a expresi vybraných testikulárních genů na myším modelu (FVB myší kmen). Ke studiu byl vybrán FVB inbrední myší kmen, u kterého byl DM (typ 1) uměle navozen látkou streptozotocin, která způsobuje destrukci buněk β slinivky břišní. Po 6 týdnech v diabetické prostředí byli dospělí samci usmrceni a podrobeni analýze. Naše výsledky ukázaly, že diabetické prostředí mělo vliv na váhu těla a reprodukčních orgánů stejně tak jako na ledviny a játra. Dále byla pozorována snížená koncentrace a viabilita u diabetických spermií porovnávaných s kontrolními. Stejně tak zvýšené značení apototického markeru annexinu V bylo zaznamenáno u ovlivněné skupiny. Dále byly porovnávány změny u jaderných proteinů spermií - protaminů. U diabetických zvířat byl sledován vyšší počet spermií s nedostatečnou protaminací. Nicméně, poměr mezi protaminem 1 a protaminem 2 (P1/P2) nebyl pozměněn u diabetických samců porovnávaných s kontrolními. V...
|
|
MicroRNA u lidských zhoubných nádorů spojených s virovou infekcí
Dvořáková, Lucie ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Drda Morávková, Alena (oponent)
MikroRNA (miRNA) jsou krátké jednořetězcové RNA, které nekódují proteiny. Jejich hlavním cílem je regulace genové exprese na úrovni translace. Tato regulace je způsobena vazbou miRNA na částečně komplementární úsek mRNA, jež může být jak buněčná, tak virová. Předpokládá se, že miRNA ovlivňují expresi až jedné třetiny lidských genů, čímž regulují růst, diferenciaci a apoptózu buněk. V poslední době byly také identifikovány miRNA kódované převážně DNA viry. Tyto miRNA podporují perzistenci virové infekce v hostiteli a mohou přispívat ke vzniku nádorových transformací. Onkogenezi významně ovlivňují také buněčné miRNA, jejichž exprese je regulována virovými proteiny. V současné době je výzkum miRNA velmi aktuální. Uvažuje se o nich jako o potenciálních biomarkerech a v běhu jsou klinické zkoušky použití miRNA pro terapii nádorových onemocnění. V této práci popisuji biogenezi a regulační funkce miRNA. Dále uvádím přehled virových miRNA a následně se zaměřuji na lidské nádorové viry, které nejenže kódují vlastní miRNA, ale také ovlivňují expresi hostitelských miRNA. V neposlední řadě informuji o současném klinickém využití miRNA. Klíčová slova: virová miRNA, buněčná miRNA, onkogeneze, virové infekce, nádorová transformace, genová exprese
|
|
Genová exprese vybraných genů v srdci potkana dlouhodobě adaptovaného na chlad v mírných podmínkách.
Marvanová, Aneta ; Žurmanová, Jitka (vedoucí práce) ; Nováková, Olga (oponent)
Otužování neboli adaptace na chlad má pozitivní vliv na lidský organismus, který je znám již po desetiletí. Příznivé a negativní účinky závisí na režimu a intenzitě chladové adaptace, a proto je třeba jim věnovat pozornost. U chladové adaptace s nízkými teplotami 0-4 žC u zvířat, bylo prokázáno poškození ledvin a dehydratace organismu. Podle dostupných informací se až do současné doby ještě nikdo nezabýval chladovou adaptací s mírnějšími teplotami a jejím vlivem na molekulární mechanismy srdce. Prvním cílem této práce bylo vytvořit model chladové adaptace, který by nevykazoval negativní vliv nažorganismus. Druhým cílem bylo stanovit hladiny mRNA vybraných genů v levé komoře myokardu z oblasti důležitých mechanismů spojených s energetickým metabolismem a kadioprotektivními signálním drahami. Výsledky získané na novém modelu chladové adaptace při 102 řC neprokázaly negativní změny ani v krvi ani v moči a potvrdily zachování fyziologické bilance tělních tekutin. Ze screeningu mRNA vyplývá, že chronická adaptace může ovlivnit fenotyp srdce, transkripční aktivitu antioxidačního systému a pro-apoptotických genů, tlumí adrenergní signalizaci a moduluje glukózový metabolismus. Klíčová slova: chladová adaptace, srdce, genová exprese, krev, moč, pitný režim
|
|
Kompletizace genomu Burkholderia cenocepacia ST32 a identifikace prognostického markeru infekce způsobené kmenem ST32 u pacientů s cystickou fibrózou
Vavrová, Jolana ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Wiedermannová, Jana (oponent)
Bakteriální druh Burkholderia cenocepacia patří mezi závažné původce infekcí dýchacích cest u pacientů s cystickou fibrózou. Problematický je výskyt kmenů šířících se mezi pacienty epidemicky. V ČR byla v minulosti zaznamenána epidemie způsobená kmenem ST32. V této práci byla ve spolupráci s bioinformatickým týmem stanovena kompletní genomová sekvence referenčního izolátu 1232 epidemického kmene ST32 B. cenocepacia pomocí sekvenačních metod nové generace a řešením problematických úseků kombinací Sangerova sekvenování, bioinformatických postupů a manuálního skládání sekvenčních čtení lokalizovaných v těchto úsecích. Finální verze genomu byla anotována pomocí PGAAP a v současnosti je finalizována. Cílem této diplomové práce bylo také najít prognostický marker infekce kmenem ST32 u pacientů s cystickou fibrózou. Na základě výsledků transkriptomového experimentu s tímto kmenem bylo v této práci vybráno 19 genů, jejichž genová exprese se zdála být v souvislosti s rozvinutím cepacia syndromu - závažného, většinou fatálního stavu infekce. Pomocí PCR v reálném čase byla srovnávána jejich exprese mezi izoláty z doby cepacia syndromu a měsíc před cepacia syndromem od 4 pacientů. Byla ověřena i možnost analyzovat změny v expresi těchto genů přímo v klinickém materiálu. Identifikovali jsme geny pro sekreční systém typu...
|
|
Vztah nádorového genotypu a fenotypu k diagnostice, prognóze a predikci kolorektálního karcinomu
Pitule, Pavel ; Králíčková, Milena (vedoucí práce) ; Vožeh, František (oponent) ; Slabý, Ondřej (oponent)
Kolorektální karcinom je jedním z nejvíce rozšířených typů maligních onemocnění. V jeho biologii a léčbě je stále velké množství otazníků a v této práci jsme se pokusili identifikovat nové prognostické znaky, které by mohly podat nové informace o vývoji tohoto nádoru a pomoci rozpoznat pacienty s těžším průběhem nemoci. V první části práce jsme se zaměřili na imunohistochemické značení dvou proteinů spojovaných s nádorovými kmenovými buňkami na vzorcích nádoru tlustého střeva a jeho jaterních metastáz. Cílem bylo vyhodnotit vztah mezi hladinou sledovaných proteinů CD44 a CD133 a celkovým a bezpříznakovým přežitím u studovaného souboru pacientů. Pozorovali jsme korelaci mezi zvýšeným množstvím CD133 pozitivních nádorových žlázek a prodloužením bezpříznakového přežití. Tento výsledek je v rozporu s obecným názorem ohledně vlivu CD133 na vývoj nádoru. Možným vysvětlením je použití vysoce specifikovaného souboru pacientů a odlišný metodický přístup, kdy jsme sledovali poměr CD133 pozitivních žlázek ke všem nádorovým žlázkám v zorném poli, nikoli absolutní intenzitu značení. Následně jsme se zaměřili na studium intenzity transkripce vybraného setu genů v zamražených vzorcích od pacientů s kolorektálním karcinomem. Hlavním cílem bylo detekovat rozdílnou hladinu odpovídajících mRNA mezi zdravou a...
|
|
Regulace bakteriální transkripce alternativními faktory sigma.
Benda, Martin ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Roučová, Kristina (oponent)
Důležitou vlastností bakterií je jejich schopnost reagovat na rozličné životní podmínky pomocí regulace na úrovni transkripce. Tato práce je zaměřena na regulaci iniciace transkripce pomocí využití různých faktorů sigma. Faktory sigma jsou specifické podjednotky RNA polymerázy, které zajišťují její správné nasednutí na promotorovou oblast genu či operonu. Při exponenciální fázi růstu v ideálních podmínkách buňka přepisuje většinu genů pod kontrolou tzv. housekeeping faktoru. Při přechodu do stacionární fáze, sporulaci či při odpovědi na stresové podmínky jsou však přepisovány geny pod kontrolou alternativních faktorů. Tato práce přináší výčet těchto alternativních faktorů u Bacillus subtilis, zaměřuje se na podmínky, při nichž jsou jednotlivé faktory sigma využívány, metody aktivace a represe aktivity těchto faktorů a jimi kontrolované regulony.
|