|
|
Studium velikosti genomu u protist
Lukeš, Jiří ; Čertnerová, Dora (vedoucí práce) ; Veselská, Tereza (oponent)
Tato bakalářská práce představuje současné poznání velikosti genomu u protist se zaměřením na popis a srovnání jednotlivých metod, které byly k řešení dané problematiky použité. Velikost genomu je znak charakteristický pro všechny živé organismy a zmíněny jsou i další fyziologické znaky, které s velikostí genomu souvisí. Z metod je největší důraz kladen na průtokovou cytometrii, která je považována za spolehlivou a v současnosti poskytuje nejvíce dat o velikosti protistních genomů. Krom průtokové cytometrie je zmíněn přínos celogenomového sekvenování k poznání velikosti protistních genomů. Problémy se stanovením velikosti protistních genomů pak vyplývají z heterogenity protist jako studované skupiny a z nesjednocených postupů v rámci jednotlivých metod, které ztěžují případné porovnávání. Protista jsou v rámci práce hodnocené jako nedostatečně prostudovaná skupina, v rámci, které variuje velikost genomu přibližně 200 000×. V závěru práce je věnován prostor pro popis současných poznatků o velikosti genomu relativně prostudovaných skupin portist. Klíčová slova: velikost genomu, C-hodnota, protista, průtoková cytometrie, celogenomové sekvenování, pulzní gelová elektroforéza, Feulgenova denzitometrie, mikrospektrofotometrie
|
|
|
Porovnání metabarcodingu a morfologických přístupů pro analýzu diverzity společenstev protist
Tučková, Kateřina ; Škaloud, Pavel (vedoucí práce) ; Steinová, Jana (oponent)
Tato práce popisuje metodu metabarcodingu, její historii, princip a současné využití. Jednou z oblastí, ve které metabarcoding umožnil rozvoj poznání, je výzkum diversity protist. I přestože jsou protista na Zemi hojně rozšířená a zastávají mnoho důležitých rolí v ekosystémech, o jejich diverzitě toho příliš mnoho nevíme. Tradiční mikroskopické techniky založené především na určování druhů podle jejich morfologie nejsou vždy pro studium protist úplně vhodné vzhledem k jejich malé velikosti, nízké koncentraci jedinců v prostředí a konvergentní morfologické evoluci u některých skupin. Stejně jako tradiční mikroskopické techniky, i metoda metabarcodingu má své výhody a nevýhody. Tato práce přináší porovnání výhod a nevýhod metabarcodingu a mikroskopických technik pro určování diverzity protist a snaží se zdůraznit potřebu, proč bychom měli při výzkumu použít obou těchto metod.
|
|
|
Protein composition of the cytoskeleton of protists
Švagr, Eva ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Pánek, Tomáš (oponent)
Zatímco máme jasnou představu o roli aktinu a tubulin v buňce, intermediární filamenta (IF) jsou často přehlížená. Tak je tomu především v buňkách protist, kde nejsou známé funkce ani u členů širších rodin aktinu a tubulinu. Intermediární filamenta stále nejsou u protist vnímána jako součást cytoskeletu, narozdíl od jejich lépe prostudovaných protějšků u metazoí. Proteiny intermediálních filament u protist a metazoí si nejsou sekvenčně podobné, nicméně sdílí podobnou strukturu a schopnost autonomně se uspořádávat do analogických filament. Význam intermediálních filament se stal zřejmým, když byly proteiny podobné složkám IF identifikovány v mnoha protistních buňkách. Přesto že o proteinovém složení žíhaných fibril nevíme mnoho, IF proteiny byly u několika organismů lokalizovány právě do žíhaných fibril nebo jiných unikátních cytoskeletálních útvarů. Toto naznačuje, že IF proteiny by mohly být více univerzálně přítomným komponentem filament, které jsou často pozorovány v buňkách protist. Klíčová slova: Protista, cytoskelet, mikrotubuly, mikrofilamenta, intermediární filamenta, fibrily, proteinové složení
|
|
|
Využití systému CRISPR-CAS9 pro genové manipulace u parazitických prvoků
Ročeň, Milan ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Rada, Petr (oponent)
Systém CRISPR/Cas slouží jako buněčný obranný mechanismus, který chrání bakterie a archea před cizorodou DNA, především bakteriofágy. Jeho produkt utváří ribonukleoproteinový komplex, jehož složkami jsou sgRNA a Cas endonukleasy. Pomocí sgRNA, které jsou komplementární k cizorodé DNA, tuto DNA rozezná a Cas endonukleasy v ní indukují dvojvláknové zlomy. Tato metoda nalézá uplatnění jak v základním výzkumu, kde je aplikovatelná pro funkční analýzu proteinů a studium genové exprese, tak i v aplikovaném výzkumu, kde může uplatnit například v tvorbě geneticky modifikovaných organismů či geneticky atenuovaných vakcín. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky o systému CRISPR/Cas a jeho aplikaci pro genovou manipulaci parazitických prvoků.
|
|
|
Vliv kompetice na strukturu společenstev protist
Škvorová, Marie ; Bestová, Helena (vedoucí práce) ; Svoboda, Pavel (oponent)
Práce se zabývá kompeticí a mechanismy koexistence druhů. V úvodu je popsána koexistenční teorie. Dle ní existují mezi druhy dva typy rozdílů, nikové a fitness. Fitness rozdíly zvyšují mezidruhovou kompetici, převažují-li nad nikovými, vede vyšší rozdílnost druhů k vyšší mezidruhové kompetici. Tento závěr je nový, předchozí teorie předpokládala, že každý rozdíl kompetici snižuje. Ve své práci shrnuji výsledky experimentálních studií, které koexistenční teorii testují. Zaměřuji se především na protista, která jsou důležitou ale opomíjenou skupinou organismů. Všechny studie ukazují kompetici jako významnou sílu při strukturování společenstev, vyvození obecných závěrů je však komplikované. V souladu s competition-relatedness hypothesis u některých linií kompetice klesá spolu s příbuzností. Ve většině případů tento vztah neexistuje, neboť musí být splněny tyto podmínky: funkční vlastnosti musí mít fylogenetický signál a musí být evolučně konzervované. Z protistních studií vyplývá, že k odvození vztahů ve společenstvech je vhodné testovat vyšší počet druhů namísto párových kombinací. Podobný vztah může platit také u funkčních vlastností. Jak bylo prokázáno u rostlin, vliv vlastností na kompetici může vznikat až kombinací jejich vyššího počtu, a jednotlivé vlastnosti mohou přispívat různou měrou k...
|
|
|
Praktické úlohy z biologie jednobuněčných organismů (Protista) pro základní školy s důrazem na využití barvicích technik
Šalounová, Jana ; Mourek, Jan (vedoucí práce) ; Říhová, Dagmar (oponent)
3 Abstrakt Hlavní náplní mé diplomové práce bylo vytvoření vlastních návrhů laboratorních prací z biologie jednobuněčných (Protista). Laboratorní cvičení jsem navrhovala tak, aby je zvládli žáci 6. ročníků základních škol. Vytvoření návrhů laboratorních cvičení předcházela práce v laboratoři na UK v Praze Pedagogické fakultě, na katedře biologie a environmentálních studií. V laboratoři jsem ověřovala metody kultivace vybraných zástupců trepka velká (Paramecium caudatum), měňavka velká (Amoeba proteus) a krásnoočko štíhlé (Euglena gracilis) a vybrané metody barvení jejich organel. Klíčová slova: prvoci, trepka velká (Paramecium caudatum), měňavka velká (Amoeba proteus), krásnoočko štíhlé (Euglena gracilis), kultivace, barvení
|
|
|
Metoda DNA barcodingu a její využití u protist
Rotterová, Johana ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Fiala, Ivan (oponent)
DNA barcoding je molekulární metoda identifikace druhů založená na krátkých úsecích sekvence DNA, které by měly být co nejvíce podobné u jedinců stejného druhu, a naopak se musí co nejvíce lišit mezi druhy. Tyto DNA barcody se pak mohou porovnávat se sekvencemi známých druhů v globální barcodové databázi. Metoda vznikla jako návrh pro zjednodušení tradiční taxonomie, eliminaci jejích problémů a zrychlení jejích postupů. DNA barcoding ovšem také podléhá různým omezením, která znemožňují uskutečnění jeho původních cílů a dodržení rámce konceptu. Cílem této práce je vyložit dosavadní vývoj a význam této metody, obzvláště u protist, u kterých jsou identifikace druhů některých skupin z mnoha různých důvodů složité. Ohodnotit tuto metodu jako celek je obtížné, jelikož tvorba databáze sekvencí zatím není dokončena a pro mnohé skupiny organismů zatím ani nebyly vybrány vhodné DNA barcodové sekvence. Zda se toto podaří, se ukáže až v průběhu času, v této práci se proto zaměřím pouze na faktory, které již nyní úspěšnost metody DNA barcodingu ovlivňují.
|
|
|
Protein import into mitochondria and peroxisomes of parasitic protists
Žárský, Vojtěch ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Předkládaná práce vychází ze tří projektů, kterým je společný zájem o evoluci eukaryotických organel a molekulárních systémů importu proteinů. První projekt poukazuje na možnost, že se peroxisomy (typické organely aerobních eukaryot) zachovaly u anaerobní skupiny Archamoebae, která zahrnuje parazita Entamoeba histolytica a volně žijícího prvoka Mastigamoeba balamuthi. Nejsilnějším vodítkem byl nález proteinů homologních ke známým komponentám peroxisomálního importu proteinů. Cílem druhého projektu je charakterizovat neznámou proteinovou translokázu vnitřní membrány mitosomů (redukovaných mitochondrií) u anaerobního prvoka Giardia intestinalis, kde se podařilo objevit podjednotku Tim44 této translokázy. Poslední projekt ukazuje, že translokáza vnější mitochondriální membrány trypanosomatid je příbuzná typické eukaryotické translokáze Tom40. Toto zjištění je důležité, neboť nepřítomnost Tom40 byla dříve považována za jeden z ancestrálních znaků trypanosomatid.
|
|
|
Sezónní dynamika a diverzita protistních organismů v rašeliništních mikrobiotopech.
Mutinová, Petra ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Šťastný, Jan (oponent)
Tato bakalářská práce shrnuje literaturu týkající se diverzity protist v rašeliništích. Nejdříve je do rešerše zařazena stručná obecná charakteristika rašelinišť pro získání základního povědomí o daném ekosystému. Dále se tato práce blíže zabývá prostorovou dynamikou protist v rašeliništích s důrazem na mikrobiotopy. Závěrečná část je věnována dostupným informacím o sezónní dynamice protistních organismů v rašeliništích a faktorům, které sezonalitu společenstev protist ovlivňují. Z rešerše vyplývá, že se protistní společenstvo v rašeliništích značně liší od těch, které byly pozorovány v jiných ekosystémech. Skladba společenstva protist v rašelinišítch je velice heterogenní, přičemž závisí zejména na typu mikrobiotopu a převládajících fyzikálně-chemických podmínkách. Společenstva protist v rašeliništích podléhají také sezónní dynamice. Nicméně tato problematika je z velké části zatím neprozkoumaná, protože recentních studií o rašeliništích existuje podstatně méně v porovnání např. s jinými vodními ekosystémy, hojně využívanými pro monitoring kvality vod.
|
|
|
Společenstva prvoků a bezobratlých živočichů ve sladkovodních akváriích a možnosti jejich využití ve výuce
Hásková, Barbora ; Mourek, Jan (vedoucí práce) ; Hanel, Lubomír (oponent)
Tato bakalářská práce se věnuje skrytému, ale velmi pestrému, společenstvu prvoků a mikroskopických bezobratlých ve sladkovodních akváriích. Vzorky těchto mikroorganismů byly získány z nárostových sklíček. Hlavním výstupem práce je multimediální didaktický atlas charakteristických prvoků a bezobratlých obývajících sladkovodní akvária. Pomocí vlastních mikrofotografií a videosekvencí je představeno celkem jedenáct zástupců ze dvou kmenů prvoků a šesti kmenů bezobratlých živočichů. Atlas je vytvořen ve dvou verzích - jako textový dokument a jako veřejně přístupná internetová stránka. V diskusi je vyhodnocena využitelnost tohoto atlasu ve výuce přírodopisu a biologie, případně v mimoškolním zájmovém vzdělávání. Klíčová slova: zoologie, prvoci, bezobratlí, výuka, didaktika, společenstva
|
host ::
RSS.