|
|
Studium celogenomové variability lidského cytomegaloviru.
Dvořák, Jan ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Roubalová, Kateřina (oponent)
Tato práce je součástí projektu zabývající se variabilitou HCMV, jejímž dlouhodobým cílem je zmapovat geografické rozložení genotypů, zjistit vliv variability genotypů na průběh HCMV asociovaných onemocnění a vytipovat úseky genomu s potenciálním využitím pro diagnostiku a preventivní terapii. Práce je zaměřena na metodiku přípravy materiálu z klinických izolátů HCMV pro nově vyvinutou metodu celogenomového sekvenování (next-generation sequencing, NGS) a na postupy pro vyhodnocení získaných sekvenačních dat. V práci byly použity vzorky krve a moči od pacientů po transplantaci hematopoetických kmenových buněk a od kongenitálně infikovaných dětí. Vybrané vzorky vhodné pro NGS byly sekvenovány platformou Illumina a sekvence složeny postupem anglicky označovaným jako de novo assembly v kombinaci s mapping assembly. Vzorky moči ve srovnání s krví vykazovaly vyšší výtěžnost materiálu pro NGS. Ze vzorků pozitivních na HCMV DNA (7 z 50) po amplifikaci na tkáňových kulturách měl pouze jeden vysoký podíl virové buněčné DNA (98 %), u 6 vzorků činil tento podíl méně než 7 %. Ze vzorku obsahujícího 98% virové DNA byla vytvořena sekvence celého genomu a srovnána se sekvencemi dalších klinických izolátů z Belgie v 11 polymorfních oblastech. Analýza těchto oblastí ukázala, že pouze 2 izoláty vykazují shodu ve...
|
|
|
Analýza hereditárních genetických variant predisponujících ke vzniku familiární formy karcinomu ovaria.
Lhotová, Klára ; Soukupová, Jana (vedoucí práce) ; Mohelníková Duchoňová, Beatrice (oponent) ; Weinberger, Vít (oponent)
Karcinom ovaria (OC) je závažné nádorové onemocnění s velkým podílem hereditárních forem a častou asociací s karcinomem prsu. Genetické testování umožňuje vytvoření preventivních programů pro nosičky mutací v genech predisponujících ke vzniku karcinomu ovaria a případně dalších malignit. Prevalence dědičných mutací se v jednotlivých predispozičních genech mezi populacemi často liší. V této studii jsme analyzovali 1333 pacientek s karcinomem ovaria a 2278 populačně- specifických kontrol (PSK) pomocí sekvenování nové generace s využitím panelu CZECANCA cílícího na 219 genů. Dohromady byla nalezena patogenní mutace v některém z 18 genů predisponujících k dědičnému karcinomu prsu a/nebo ovaria u 427/1333 (32,0%) OC pacientek a 58/2278 (2,5%) PSK. S vysokým rizikem vzniku karcinomu ovaria (OR>5) byly asociovány mutace v genech BRCA1, BRCA2, RAD51C, RAD51D, BARD1 a v genech účastnících se opravy DNA mechanismem nesprávně spárovaných bazí (MMR). Mutace v genech BRIP1 a NBN byly asociovány se středním rizikem vzniku karcinomu ovaria (OR ≥2- <5). Mutace v genech BRCA1 a BRCA2 byly nejčastější téměř ve všech klinicko-patologických podskupinách, včetně borderline nádorů s nejasným maligním potenciálem (BTO). V rámci dalších 201 analyzovaných genů byly alespoň se středním rizikem vzniku karcinomu ovaria...
|
|
|
Vztah mezi mikrobiální biodiverzitou a biodegradací organických polutantů v půdním prostředí
Adámek, Michael ; Svobodová, Kateřina (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Tato práce shrnuje poznatky o nejčastěji studovaných mikroorganismech schopných degradovat organické látky často kontaminující půdní prostředí a o vztahu biodiverzity a biodegradačního potenciálu mikroorganismů. Podle řady studií lze dosáhnout efektivní bioremediace pomocí směsných konsorcií izolovaných z kontaminovaných půd. Použití těchto kultur pro bioaugmentaci ale vyžaduje podrobnější zkoumání jejich vlivu na biodiverzitu autochtonní půdní mikroflóry. Bioaugmentace prokazatelně ovlivňuje výsledky bioremediace, zatím však nebyl nalezen ideální nosič pro vnášení inokul do půdy, který by zajistil přežití bioaugmentačního agens v kompetitivním prostředí. Samotný výběr vhodného inokula by měl být založen na předchozím zkoumání autochtonních mikrobiálních společenstev ve vzorcích půdy z cílové kontaminované oblasti. Jak dále ukazuje tato práce, přítomnost klíčových druhů se zdá být významnější pro účinnost biodegradace než celková biodiverzita půdní mikroflóry. Biodiverzita jako taková souvisí spíše s funkčností půdního ekosystému, kterou může narušit přítomnost kontaminantu, jež vede k pozitivní selekci taxonů schopných degradace znečištění. Studií zkoumajících souvislost biodiverzity a biodegradace kontaminantů je však pouze několik a pro pochopení zmíněného vztahu je zapotřebí dalšího výzkumu....
|
|
|
Genetically determined progression factors of selected chronic nephropathies
Obeidová, Lena ; Reiterová, Jana (vedoucí práce) ; Skálová, Sylva (oponent) ; Vodička, Radek (oponent)
Polycystická choroba ledvin je závažné geneticky podmíněné onemocnění vyskytující se u dospělých i dětských pacientů. Základní charakteristikou tohoto onemocnění je vznik a postupné zvětšování renálních cyst, které nahrazují funkční tkáň ledvin. U řady pacientů tak dochází k renálnímu selhání. Renální cysty se ovšem mohou vyskytovat i u řady dalších onemocnění, včetně multisystémových syndromů. To u některých pacientů komplikuje diferenciální diagnostiku onemocnění. V naší studii jsme se nejprve soustředili na diagnostiku a charakterizaci genotypově-fenotypových souvislostí u pacientů s polycystickou chorobou vznikající v dětském věku, později jsme naši studii rozšířili i na dospělé pacienty a pacienty s nejasnou klinickou diagnózou. Zároveň jsme zvětšili portfolio analyzovaných onemocnění, a to na řadu nemocí, u nichž se může vyskytnout fenotyp polycystických ledvin, i na onemocnění necystická. Během našeho projektu jsme metodou masivního paralelního sekvenování analyzovali 149 pacientů - 128 s cystickými a 21 s necystickými klinicky diagnostikovanými nefropatiemi. Zároveň byly nálezy ověřeny Sangerovou sekvenací u 176 příbuzných našich probandů. Mutační detekce dosahovala 59% u cystických pacientů a 43% u necystických pacientů. U řady pacientů molekulárně genetická analýza odhalila jinou...
|
|
|
Analýza přestaveb genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory pomocí sekvenování nové generace.
Hašek, Daniel ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Javorková, Eliška (oponent)
Sekvenování DNA je molekulárně genetická metoda, jejímž výstupem je údaj o pořadí a druhu nukleotidů ve vzorku deoxyribonukleové kyseliny (DNA), molekuly nesoucí genetickou informaci. Tento údaj má často klíčovou hodnotu pro mnoho odvětví; výzkum, zdravotnictví, průmysl, kriminalistiku a další. Dlouhou dobu byla k sekvenování používána téměř výhradně metoda vynalezená Frederickem Sangerem v 70. letech minulého století, která využívá upravené nukleotidy, jejichž zařazení do řetězce DNA brání jeho dalšímu prodloužení. Syntéza DNA v jejich přítomnosti dá vznik směsi různě dlouhých fragmentů, které jsou elektroforeticky rozděleny podle délky a z výsledného gelu je odečtena sekvence. Protože s sebou princip této metody nese jistá omezení (m.j. nízký výkon a malé pokrytí cílové oblasti), je v poslední době vynakládáno značné úsilí na vývoj alternativních metod sekvenování. Tyto metody, souhrnně nazývané sekvenování nové generace ("next-generation sequencing" - NGS), využívají rozličné technologie k překonání limitů Sangerova sekvenování. Tato práce pojednává o nejvýznamějších NGS metodách a zaměřuje se na možnosti jejich využití při sekvenování přestaveb genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory, což je oblast se značnou klinickou relevancí v oborech jako je imunologie či hematologie. Powered by TCPDF...
|
|
|
Stanovení genetické příčiny malého vzrůstu jako cesta k pochopení patofyziologických mechanismů ovlivňujících růst člověka
Plachý, Lukáš ; Průhová, Štěpánka (vedoucí práce) ; Zapletalová, Jiřina (oponent) ; Pomahačová, Renata (oponent)
Stanovení genetické příčiny malého vzrůstu jako cesta k pochopení patofyziologických mechanismů ovlivňujících růst člověka Abstrakt Malý vzrůst patří mezi nejčastější poruchy, se kterými se dětský endokrinolog zabývá. Patofyziologické mechanismy vedoucí k růstové poruše jsou komplexní, jednoznačná příčina je ale většinou neznámá. Naše studie je první prací, která se komplexně zabývala etiopatogenezí familiárně malého vzrůstu (FSS). Cílem práce bylo pomocí metod sekvenování nové generace (NGS) objasnit monogenní příčinu poruchy růstu u skupiny rodin s FSS, a přispět tak k pochopení patofyziologických mechanismů vedoucích k této specifické růstové poruše, a následně u vybraných genetických diagnóz popsat fenotyp včetně odpovědi na léčbu GH. V rámci centra pro léčbu GH ve FN Motol jsme sestavili unikátní kohortu 98 rodin s FSS s jednoznačným vymezením výšky <-2 SD u dítěte před léčbou GH i menšího rodiče. Pomocí NGS byla etiologie FSS objasněna u 40/98 (41 %) rodin; 32/40 neslo geneticky podmíněnou poruchu růstové ploténky. V rámci kohorty byly nalezeny tři geneticky homogenní podskupiny rodin (porucha kolagenů růstové ploténky - 10/98 [10,2 %] rodin, deficit proteinu SHOX - 6/98 [6,1 %] rodin a porucha receptoru natriuretického peptidu typu C - 4/98 [4,1 %] rodin). Ve fenotypu všech podskupin dominovala...
|
|
|
Molekulárně genetické příčiny vývojových onemocnění předního segmentu oka
Moravíková, Jana ; Lišková, Petra (vedoucí práce) ; Krulová, Magdaléna (oponent)
V průběhu vývoje oka je klíčová exprese a regulace mnoha genů, přičemž úloha řady z nich, nebyla doposud zcela objasněna. Dysgeneze předního segmentu (DPS) oka jsou geneticky vysoce heterogenní skupinou onemocnění vykazující všechny typy Mendelovské dědičnosti, které se projevují jako variabilní kombinace vrozeného postižení rohovky, duhovky, komorového úhlu anebo čočky. Běžně prováděné testování kódujících úseků známých genů asociovaných s DPS, nevede k nalezení kauzální mutace u více než poloviny probandů. Lze se tedy domnívat, že existují dosud nepopsané příčinné varianty anebo geny. Molekulárně genetické vyšetření 12 českých probandů s DPS oka zahrnovalo analýzu přímým a celoexomovým sekvenováním. U mutací potenciálně narušující sestřih jsme provedli funkční analýzy pomocí metody Exon trappingu. U 4 probandů jsme nalezli v heterozygotním stavu 4 mutace v genu PAX6 c.183C˃G; p.(Tyr61*), c.1032+1G>A, c.1183+1G>T a c.622C>T; p.(Arg208Trp). Další probandka byla složeným heterozygotem v genu FOXE3 pro mutace c.244A>G; p.(Met82Val) a c.541delG; p.(Glu181Lysfs*26). U 7 probandů nebyly ve známých genech asociovaných s výskytem DPS detekovány žádné potenciálně patogenní varianty. Metodou Exon trappingu jsme prokázali, že mutace c.1032+1G>A a c.1183+1G>T narušují sestřih PAX6. Podrobná molekulárně...
|
|
|
Detekce a filtrace chimér v amplikonové sekvenaci
Heřmánková, Kristýna ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Chimérické sekvence jsou častým artefaktem vyskytujícím se v sekvenačních datech po amplifikaci vzorků polymerázovou řetězovou reakcí. Výskyt těchto artefaktů může výrazně znehodnotit výsledky prováděné analýzy. Proto je detekce a následná filtrace chimérických sekvencí nezbytným krokem ve výpočetním zpracování sekvenačních dat. Součástí této práce je vysvětlení mechanismu vzniku těchto artefaktů a také možnosti omezení jejich výskytu. Cílem této práce je realizace algoritmu pro detekci a filtraci chimér v jazyce R a následné testování úspěšnosti algoritmu na vlastních datech poskytnutých Výzkumným ústavem veterinárního lekařství v Brně.
|
|
|
Identifikace dědičných alterací predisponujících ke vzniku karcinomu prsu pomocí "nextgen" sekvenování.
Lhota, Filip
Karcinom prsu je nejčastějším zhoubným nádorovým onemocněním v populaci žen v Evropě. Přibližně 5 - 10% případů připadá na jeho dědičnou formu, která se vyznačuje vysokou penetrancí, časným nástupem, zvýšeným rizikem rekurence a vznikem maligních onemocnění v dalších lokalizacích. Mutační analýzy vysoce rizikových pacientů identifikují kauzální mutaci v některém z nejvíce studovaných predispozičních genů (BRCA1, BRCA2, TP53, ATM, CHEK2, NBS1, PALB2) v méně než jedné třetině případů tohoto onemocnění. V poslední době byla, díky nástupu nových metod masivně paralelního sekvenování, charakterizována řada dalších predispozičních a kandidátních genů, ale výskyt jejich patogenních alterací se v jednotlivých geograficky odlišných populacích často liší. Významná část vysoce rizikových pacientů z rodin s dědičným karcinomem prsu může reprezentovat nosiče populačně specifických nebo i privátních mutací. Většina doposud identifikovaných predispozičních genů, jejichž mutace predisponují ke vzniku karcinomu prsu u vysoce rizikových osob, kóduje proteiny ovlivňující DNA reparační pochody, především pak reparaci dvouřetězcových zlomů DNA. Avšak mutační analýza byla provedena jen ve velmi malé části všech DNA reparačních genů. Lze předpokládat, že v doposud neanalyzovaných genech kódujících DNA reparační proteiny...
|
|
|
Analýza hereditárních genetických variant predisponujících ke vzniku familiární formy karcinomu ovaria.
Lhotová, Klára ; Soukupová, Jana (vedoucí práce) ; Mohelníková Duchoňová, Beatrice (oponent) ; Weinberger, Vít (oponent)
Karcinom ovaria (OC) je závažné nádorové onemocnění s velkým podílem hereditárních forem a častou asociací s karcinomem prsu. Genetické testování umožňuje vytvoření preventivních programů pro nosičky mutací v genech predisponujících ke vzniku karcinomu ovaria a případně dalších malignit. Prevalence dědičných mutací se v jednotlivých predispozičních genech mezi populacemi často liší. V této studii jsme analyzovali 1333 pacientek s karcinomem ovaria a 2278 populačně- specifických kontrol (PSK) pomocí sekvenování nové generace s využitím panelu CZECANCA cílícího na 219 genů. Dohromady byla nalezena patogenní mutace v některém z 18 genů predisponujících k dědičnému karcinomu prsu a/nebo ovaria u 427/1333 (32,0%) OC pacientek a 58/2278 (2,5%) PSK. S vysokým rizikem vzniku karcinomu ovaria (OR>5) byly asociovány mutace v genech BRCA1, BRCA2, RAD51C, RAD51D, BARD1 a v genech účastnících se opravy DNA mechanismem nesprávně spárovaných bazí (MMR). Mutace v genech BRIP1 a NBN byly asociovány se středním rizikem vzniku karcinomu ovaria (OR ≥2- <5). Mutace v genech BRCA1 a BRCA2 byly nejčastější téměř ve všech klinicko-patologických podskupinách, včetně borderline nádorů s nejasným maligním potenciálem (BTO). V rámci dalších 201 analyzovaných genů byly alespoň se středním rizikem vzniku karcinomu ovaria...
|
host ::
RSS.