|
|
Číslicové zpracování rostlinných genomů
Jugas, Robin ; Škutková, Helena (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Práce navazuje na rozvoj v oblasti numerických reprezentací DNA sekvencí v uplynulých letech. Cílem bakalářské práce je zpracovat přehled numerických reprezentací DNA sekvencí a popsat vlastnosti a rozdíly genetického kódu jaderného a mitochondriálního genomu se zaměřením na rostliny. Zakončením je zhodnocení využitelnosti daných signálových reprezentací pro klasifikaci organismů. Teoretická část se zabývá popisem biologických skutečností, přehledem metod konverze DNA sekvence do signálové podoby, metodami klasifikace organismů a algoritmem DTW. Praktická část sestává z vytvoření uživatelské aplikace pro klasifikaci organismů na základě numerických reprezentací a analýza využitelnosti těchto reprezentací pro klasifikaci. Výstupy shlukové analýzy numerických sekvencí jsou srovnány s fylogenetickým stromem
|
|
| |
|
|
Pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu
Svoboda, Matěj ; Kupková, Kristýna (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá problematikou pozitivní a negativní selekce mitochondriálního genomu. Práce je rozdělena na dvě části. První část se věnuje teorii a vysvětlení základních pojmů, konkrétně popisuje mitochondriální genom, nukleotidové mutace, pozitivní a negativní selekci a v neposlední řadě evoluční modely. Druhá část je zaměřena na praktické zpracování mitochondriální DNA a vytvoření funkcí v programovacím prostředí R. Důraz je kladen především na zarovnání sekvencí genů a hledání substitucí. Získané výsledky jsou následně porovnávány s výstupy z programů PAML a KaKs Calculator.
|
|
|
Číslicové zpracování mitochondriálních genomů
Sonnenschein, Jiří ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je vyzkoušet nový a výpočetně méně náročný způsob klasifikace mitochondriálních sekvencí, při kterém je využito převodu symbolické sekvence do numerického zápisu. Úvodní část je věnována popisu nukleových kyselin a mitochondrií. Navazující část se zaměřuje na možnosti numerického vyjádření zápisu biologických sekvencí beze ztráty původní biologické informace. Jsou popsány možnosti fázové a frekvenční analýzy genomických signálů. Je uveden princip shlukové analýzy a metody konstrukce dendrogramu. V praktické části je provedena analýza mitochondriálních genomů, u kterých je vypočtena jejich rozbalená a kumulovaná fáze. Pomocí shlukové analýzy jsou porovnány mitochondriální sekvence a sestrojen dendrogram.
|
|
| |
|
|
Hodnocení mitochondriální produkce superoxidů indukované antibiotiky u adherentních buněk
Ingrová, Kateřina ; Chmelíková, Larisa (oponent) ; Zumberg, Inna (vedoucí práce)
Teoretická část bakalářské práce obsahuje popis vlivu reaktivních kyslíkových radikálů (ROS) na oxidační stres u mitochondrií a následky použití antibiotik při kultivaci buněčných linií. Buněčnou linii studovanou v této bakalářské práci je buněčná linie mezenchymálních kmenových buněk (MSCs). V praktické části je popsán postup provedeného experimentu – pasážování, kultivace a barvení buněk. Navržený experiment byl zopakován s dostatečným počtem opakování. Nasnímané snímky konfokálním mikroskopem byly zpracovány v programovacím prostředí MATLAB.
|
|
|
Úloha mitochondriální DNA v reprodukci
Svobodová, Mariana ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Jelínková, Ladislava (oponent)
Bakalářská práce se zaměřuje na roli mitochondriální DNA (mtDNA) v reprodukci člověka, zejména pak popisuje rozdíly v dynamice mtDNA v oogenezi, spermatogenezi a raném vývoji embrya. Fyziologická funkce mtDNA je doplněna jejími patologiemi a jejich vlivem na fertilitu a schopnost embrya se úspěšně implantovat. Dále je v práci rozvedena možnost využití mtDNA jakožto biomarkeru při hodnocení kvality spermií, vajíček a embryí. Tyto poznatky jsou velmi podstatné zejména při asistované reprodukci, kdy je cílem vybrat nejkvalitnější embryo s vysokou schopností implantace. Práce se také krátce zmiňuje o přítomnosti volné mtDNA v krvi matky a její souvislosti s rozvojem preeklampsie. Klíčová slova: mtDNA, mitochondrie, reprodukce, (ne)plodnost
|
|
|
Developmental, pathobiochemical and molecular aspects of selected inborn errors of metabolism
Kolářová, Hana ; Honzík, Tomáš (vedoucí práce) ; Drahota, Zdeněk (oponent) ; Morava Kozicz, Eva (oponent)
Dědičné poruchy metabolismu představují heterogenní skupinu vzácných onemoc- nění, jež obvykle postihují méně než 1 na 100 000 živě narozených dětí. Vzhledem k jejich nízké prevalenci zůstávají často na okraji zájmu základního i aplikovaného výz- kumu farmaceutických společností. Studium vzácných onemocnění představuje jediný způsob jak zlepšit prognózu pacientů. Předkládaná dizertační práce se věnuje především problematice poruch mitochondriálního metabolismu. Jejím záměrem bylo charakterizovat mitochondriální biogenezi během fetálního období a v průběhu dětského i dospělého věku. Další část se zabývá studiem mitochondriálních neuropatií optiku na klinické, biochemické a molekulárně-genetické úrovni. Tato práce významně podpořila dřívější nález, že 22. gestační týden je kritickou periodou pro viabilitu plodu, což je nutno zvážit především při tvorbě doporučení pro resuscitaci nedonošených novorozenců. Další přínosem byla charakterizace velkého souboru pacientů s neuropatiemi optiku na podkladě mitochondriální dysfunkce. Podařilo se nám charakterizovat více než 200 pacientů na biochemické a molekulárně- genetické úrovni, kteří byli popsáni jak v kazustických sděleních (LHON/MELAS překryvný syndrom), tak i v mezinárodních kohortových studiích (MELAS, DOA, extraokulární příznaky LHON). Hlavním...
|
|
|
The study of mitochondrial energy-metabolism maturation
Křížová, Jana ; Hansíková, Hana (vedoucí práce) ; Pecina, Petr (oponent) ; Rauchová, Hana (oponent)
Během nitroděložního vývoje savců se plod nachází hypoxickém prostředí. Pro umožnění správné postnatální adaptace na vnější podmínky je v tkáních plodu po narození nezbytný rychlý přechod z glykolytického na oxidativní metabolismus zajišťovaný mitochondriemi. Mitochondriální maturace je složitý proces, který je přesně regulován, mimo jiné i na transkripční úrovni. Pomocí technik jako je analýza mikročipů, kvantitativní PCR, měření enzymových aktivit nebo hladiny koenzymu Q jsme v jaterní tkáni a kosterním svalu potkanů popsali akceleraci mitochondriálního metabolismu v perinatálním období a výsledky korelovali s analýzou u člověka. Ze 1546 testovaných mitochondriálních genů jsme u potkana zjistili statisticky významné rozdíly v expresi u 1119 z nich v játrech a u 827 ve svalech. K nejvýznamnější změně v expresi genů došlo v játrech mezi 20. a 22. dnem březosti, což naznačuje, že plod potkana je připraven na přechod do vnějších podmínek nejméně 2 dny před narozením. Změny hladiny koenzymu Q u potkana i člověka ukazují, že množství koenzymu Q je v prenatálním období nízké, po narození se zvyšuje v obou tkáních. Atypickou kinázu Coq8ap jsme popsali jako enzym, jehož exprese se po narození významně zvyšuje. Byla již dříve predikována jako regulátor biogeneze koenzymu Q, ale substráty i mechanismus...
|
|
|
Studium změn struktury a energetického metabolismu mitochondrií u pacientů s Huntingtonovou chorobou a u transgenního modelu miniprasete
Vanišová, Marie ; Hansíková, Hana (vedoucí práce) ; Kalous, Martin (oponent) ; Mühlbäck, Alžbeta (oponent)
Huntingtonova nemoc (HN) je závažné neurodegenerativní onemocnění s autosomálně dominantní dědičností. HN vzniká následkem expanze CAG tripletu v genu pro protein huntingtin (Htt), která vede k poškození a ztrátě funkcí tohoto proteinu. Htt je nezbytný při vývoji nervové soustavy, podílí se na axonálním transportu, regulaci exprese genů mitochondriálního metabolismu nebo spermiogenezi. U HN je nejvýznamněji poškozena nervová tkáň, ale patologické změny spojené s nemocí jsou detekovány v celém organismu. V současné době neexistuje uspokojivá léčba. U pacientů s HN bylo prokázáno, že mitochondriální poškození významně ovlivňuje progresi nemoci, avšak mechanismy vzniku mitopatie a její další rozvoj se všemi dopady na fyziologii tkání u HN dosud nejsou zcela objasněny. Cílem disertační práce bylo studium poškození energetického metabolismu, uspořádání mitochondriální sítě a ultrastruktury mitochondrií u HN ve vybraných tkáních pacientů a u modelového transgenního prasete pro HN (TgHN). Dále bylo snahou nalézt a charakterizovat mitochondriální biomarker HN, který by dobře odrážel patologický obraz momentálního stavu pacienta a v průběhu rozvoje onemocnění. Studovaným materiálem od pacientů s HN byly buňky bukální sliznice, lymfocyty izolované z periferní krve a kultivované kožní fibroblasty. Od TgHN...
|
host ::
RSS.