|
| |
|
|
Proteomická identifikace skořápkových plodů ve vybraných druzích cukroví
Kadeřábková, Lucie ; Kučková, Štěpánka (vedoucí práce) ; Kolář, Karel (oponent)
Předkládaná diplomová práce se věnuje proteomické identifikaci vybraných skořápkových plodů na příkladu svátečního cukroví. Za účelem identifikace přítomných plodů ve vzorcích byly využity dva typy hmotnostní spektrometrie, jejichž výsledky mohou nabídnout vzájemné doplnění i srovnání. Teoretická část se v počátku zaměřuje na nutriční specifika skořápkových plodů. Její významný díl se poté zabývá širokou otázkou falšování a autentizace potravin, kdy je důraz kladen na skořápkové plody. Teoretickou část zakončuje pohled na odbornost tématu didaktickou optikou a jeho případné možnosti zařazení do výuky chemie či dalších oborů. Předmětem analýzy bylo jedenáct druhů skořápkových plodů po vystavení teplot, simulující pečení cukroví, a sedm druhů vánočního cukroví (šest komerčních výrobků a jeden druh "neznámého" cukroví, kde nebylo dopředu známo, z jakého skořápkového plodu bylo připraveno). Využita byla hmotnostní spektrometrie typu MALDI-TOF s následným vyhodnocením pomocí objektově-relačního databázového systému PostgreSQL, a to s cílem získat charakteristické hodnoty m/z pro každý plod po teplotním ošetření a následně porovnat s hodnotami m/z nalezenými ve vzorcích vánočního cukroví. Pomocí nalezených hodnot bylo cílem identifikovat přítomnost deklarovaných plodů a určit, jaký plod byl použit v...
|
|
|
Vývoj nových radikálových sond pro strukturní charakterizaci proteinů
Karpíšek, Michael ; Kukačka, Zdeněk (vedoucí práce) ; Chmelík, Josef (oponent)
Proteiny jsou důležité biomolekuly, které v buňce zastávají nespočet důležitých funkcí. Protože funkce těchto biomolekul často úzce souvisí s jejich strukturou, bylo vyvinuto mnoho technik sloužících ke studiu jejich trojrozměrného uspořádání, z nichž každá má své přednosti, ale také nevýhody. Chemické zesítění v kombinaci s hmotnostní spektrometrií, které využívá výhod hmotnostní spektrometrie ke strukturní charakterizaci analytu, je jednou z těchto metod. Přestože je tato metoda již dlouho známa, dosud nebylo vyvinuto činidlo vázající postranní řetězce všech proteinogenních aromatických aminokyselin. V této práci byla ověřena reaktivita nového síťovacího činidla, které by mělo selektivně modifikovat postranní řetězce aromatických aminokyselin a také aminokyseliny cysteinu. Toto činidlo bylo navrženo na základě prací s takzvanými Togniho činidly, která slouží k trifluoralkylaci aromátů. K optimalizaci vlivu různých podmínek na výtěžek reakce měřením intaktního proteinu elektrosprejovou ionizací byl vybrán apomyoglobin. Přístup zdola nahoru byl využit k nalezení postranních řetězců, na kterých došlo k modifikaci. Pro tento účel byl kromě apomyoglobinu vybrány proteiny RhoA a HSC70, které ve své struktuře obsahují cysteiny, které netvoří disulfidické můstky. Na základě obdržených dat byla potvrzena...
|
|
|
Studium struktury a interakcí proteinů pomocí strukturní hmotnostní spektrometrie
Portašiková, Jasmína Mária ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Vrbacký, Marek (oponent)
Transmembránové kanály a přenášeče z ClC proteinové rodiny se vyskytují napříč všemi živými organismy. Nacházejí se na cytoplasmatických a lysosomálních membránách buněk, kde se podílí na udržování homeostázy iontů. Narušení jejich funkce vede k vážným zdravotním komplikacím. Pro vývoj efektivní léčby těchto onemocnění je potřeba objasnit transportní mechanismus ClC proteinů. Antiporter ClC-ec1 z E.coli je modelovým proteinem celé ClC proteinové rodiny. Tento homodimerní protein, který transportuje proton proti dvěma chloridovým iontům, má transportní dráhu v každé z podjednotek. Na základě krystalové struktury se přepokládá, že během transportu se protein střídavě otevírá na obě strany membrány. Otevření proteinu směrem ven je umožněno protonací tří glutamátů, které se nacházejí v transportní dráze a jsou pro transport iontů klíčové. Pro studium tohoto stavu byl navržen QQQ mutant, který má tyto glutamáty nahrazeny za glutaminy. Dosud se studium transportního mechanismu ClC-ec1 opíralo převážně o studie založené na rentgenové krystalografii. Krystalografie poskytla statické obrázky, které neobsahovaly dostatečné informace o dynamice proteinu. Proto jsme pro studium transportního mechanismu ClC-ec1 zvolili dynamickou metodu - vodík-deuteriovou výměnu spojenou s hmotnostní spektrometrií. Součástí...
|
|
| |
|
|
Proteomické rozlišení obilnin
Nyškovská, Kristýna ; Kučková, Štěpánka (vedoucí práce) ; Kolář, Karel (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá proteomickým rozlišením obilovin (amarantu, ječmene setého, kukuřice seté, merlíku čilského (quinoi), čiroku zrnového, ovsa setého, pšenice seté, pohanky seté, prosa setého, rýže seté, špaldy, žita setého). Obiloviny jsou velkým množství zastoupeny v lidské potravě a jsou jedním z hlavních zdrojů bílkovin a sacharidů. Cílem bylo zjistit, zda je možné mezi sebou rozlišit jednotlivé typy obilovin a porovnat rozdíl mezi obilovinami a pseudoobilovinami na základě bílkovinového složení jejich zrn pomocí hmotnostně- spektrometrické metody MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight). Teoretická část se zabývá seznámením s obilninami, pseudoobilninami a jejich nutričními hodnotami, využitím a analytickou metodou MALDI-TOF MS. Experimentální část se zabývá sběrem jednotlivých druhů obilovin a jejich následnou analýzou. Vzorky byly mechanicky zpracovány a štěpeny za pomoci enzymu trypsinu. Naštěpené peptidy byly změřeny metodou MALDI-TOF MS a získaná spektra byla následně zpracována pomocí programu mMass a PostgreSQL (verze 14.2). Tímto způsobem byly zjištěny specifické hodnoty m/z, které jsou charakteristické pro každou analyzovanou obilovinu. Z těchto hodnot byla sestavena tabulka, která přehledně uvádí tyto charakteristické hodnoty. Díky těmto...
|
|
|
Možnosti identifikace patogenů pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie
Fusková, Lucie ; Strouhalová,, Dana (oponent) ; Šalplachta, Jiří (vedoucí práce)
Předložená bakalářská práce se zaměřuje na využití techniky MALDI-TOF MS k identifikaci rostlinných patogenů, konkrétně k identifikaci plísní rodu Fusarium napadajících obiloviny. Plísně představují vážnou hrozbu pro zemědělství a potravinářský průmysl. Stávající metody identifikace jsou časově náročné a často nedokážou poskytnout přesné výsledky. Hmotnostní spektrometrie nabízí rychlou a spolehlivou alternativu. Identifikace pomocí MALDI je charakteristická svou vysokou přesností, citlivostí a rychlostí ve srovnání s běžně používanými metodami. Práce se věnuje optimalizaci metody na kultivovaných kmenech plísní a identifikaci plísní v napadeném obilí. Výsledky práce ukazují potenciál využití techniky MALDI pro identifikaci rostlinných patogenů.
|
|
|
Analýza perfluorovaných alkylových sloučenin v environmentálních matricích
Šimáková, Anna Marie ; Řezáčová, Veronika (oponent) ; Mravcová, Ludmila (vedoucí práce)
Bakalářská práce pojednává o stále aktuální problematice perfluorovaných a polyfluorovaných látek ve vodním prostředí. V teoretické části je nejprve řešena výroba a využití PFAS, jenž vedlo k rozšíření těchto polutantů do životního prostředí. Dále je zde uvedeno jejich chování v životním prostředí, které kvůli jejich vlastnostem má za následek perzistenci v životním prostředí, schopnost se akumulovat v živých organismech a v případě rozkladu, mít možnost ještě horších dopadů. Následkem expozice může u živých organismů dojít k vzniku karcinogenů, změnám v hormonálním systému a různým druhům toxicity. Závěr teoretické části se zabývá metodami možné extrakce z různých matric a detekcí pomocí vhodné analytické metody. Experimentální část se zabývá optimalizací parametrů pro metodu stanovení a extrakci perfluorovaných a polyfluorovaných látek z vody. Všechny parametry byly optimalizovány za účelem dosažení, co nejvyšších výtěžností s přijatelnou opakovatelností a pro dosáhnutí, co nejnižších limitů detekce a kvantifikace.
|
|
|
Stanovení pesticidů v pevných matricích životního prostředí
Řepková, Michaela ; Komendová, Renata (oponent) ; Mravcová, Ludmila (vedoucí práce)
Bakalářská práce pojednává o stále aktuální problematice pesticidů v půdním prostředí. V teoretické části je nejprve řešen vstup těchto látek do životního prostředí, tedy jejich aplikace v různých formách na zemědělskou půdu, kde jsou na základě určitých faktorů v této půdě zadržovány a z ní následně transportovány do dalších složek životního prostředí. Jelikož se rezidua pesticidů vyskytují i v ostatních složkách životního prostředí, tak představují celosvětový problém kvůli potenciálnímu environmentálnímu a zdravotnímu riziku nejen pro lidskou populaci. Dále se teoretická část věnuje vhodnému způsobu stanovení těchto pesticidních látek v půdní matrici, a to jak vhodné extrakční metodě, tak i vhodné analytické koncovce. Experimentální část se primárně zaměřovala na samotné stanovení těchto perzistentních organických polutantů. Pesticidy z půdy byly extrahovány v současnosti jednou z nejpopulárnějších extrakčních metod, a to metodou QuEChERS. Tato metoda byla důkladně optimalizována za účelem dosažení co nejnižších limitů detekce/kvantifikace, nejvyšších možných výtěžností a dobré opakovatelnosti. Jakožto vhodná analytická koncovka pro stanovení pesticidů ve extraktech půd byla zvolena metoda LC-MS/MS.
|
|
|
Utilization of pulse labelling techniques for studying the dynamics of proteins and protein complexes
Polák, Marek ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Vrbacký, Marek (oponent)
(In Czech) Hmotnostní spektrometrie (MS) se stala častou technikou pro sledování struktury a dynamiky proteinů a proteinových komplexů. I když techniky založené na MS detekci nemohou poskytovat informace s vysokým rozlišením, jako je např. rentgenová difrakce, nukleární magnetická rezonance (NMR), nebo kryo-elektronová mikroskopie (cryo-EM), jsou dobrým nástrojem z hlediska poskytování informaci ohledně dynamiky, struktury a interakcí analytů s dalšími molekulami, např. ligandy. Tato doktorská práce představuje přínos do oblasti strukturní biologie při využití kovalentního značení, tzv. rychlé fotochemické oxidace proteinů (FPOP) a oxidace singletním kyslíkem (1 O2) pro studium struktury, dynamiky a interakcí proteinů a proteinových komplexů s dvoušroubovici DNA.V první části práce byla metoda FPOP využita k studiu struktury komplexu FOXO4-DAF16, která poukázala na možnosti analýzy takového komplexu pomocí přístupů "bottom-up" a "top-down". Dále je zde představena strategie izotopové deplece pro strategii "top- down", kde je demonstrována její výhoda ve spojení s multiCASI-ECD za účelem získaní nejvyšší možné strukturní informace ohledně interakce FOXO4 s IRE. Studie ukazuje, jak mohou informace získané ze strukturní proteomiky vést k vytvoření in-silico modelů protein-DNA komplexů, jejichž...
|
host ::
RSS.