|
|
Utilization of pulse labelling techniques for studying the dynamics of proteins and protein complexes
Polák, Marek ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Vrbacký, Marek (oponent)
(In Czech) Hmotnostní spektrometrie (MS) se stala častou technikou pro sledování struktury a dynamiky proteinů a proteinových komplexů. I když techniky založené na MS detekci nemohou poskytovat informace s vysokým rozlišením, jako je např. rentgenová difrakce, nukleární magnetická rezonance (NMR), nebo kryo-elektronová mikroskopie (cryo-EM), jsou dobrým nástrojem z hlediska poskytování informaci ohledně dynamiky, struktury a interakcí analytů s dalšími molekulami, např. ligandy. Tato doktorská práce představuje přínos do oblasti strukturní biologie při využití kovalentního značení, tzv. rychlé fotochemické oxidace proteinů (FPOP) a oxidace singletním kyslíkem (1 O2) pro studium struktury, dynamiky a interakcí proteinů a proteinových komplexů s dvoušroubovici DNA.V první části práce byla metoda FPOP využita k studiu struktury komplexu FOXO4-DAF16, která poukázala na možnosti analýzy takového komplexu pomocí přístupů "bottom-up" a "top-down". Dále je zde představena strategie izotopové deplece pro strategii "top- down", kde je demonstrována její výhoda ve spojení s multiCASI-ECD za účelem získaní nejvyšší možné strukturní informace ohledně interakce FOXO4 s IRE. Studie ukazuje, jak mohou informace získané ze strukturní proteomiky vést k vytvoření in-silico modelů protein-DNA komplexů, jejichž...
|
|
|
Analýza lignanů vybraných variant semen lnu setého olejného (Linum usitatissimum L.)
DOŠEK, Miroslav
Len setý olejný je jednou z tradičních zemědělských plodin. Semena lnu obsahují mimo ostatní benefitní složky také lignany, což jsou polyfenolické látky, které v rostlině zajišťují její obranu proti biotickému i abiotickému stresu. Hlavním, přirozeně se vyskytujícím, lignanem lnu je secoisolariciresinol diglukosid (SDG). Právě lněné semeno představuje nejbohatší přirozený zdroj lignanů, u nichž bylo pozorováno mnoho pozitivních účinků na lidské zdraví v podobě antioxidačních a dalších biologických aktivit. Jednou z metod, kterou lze použít pro stanovení SDG je vysokoúčinná kapalinová chromatografie s hmotnostní spektrometrií (HPLC-MS), která byla použita v rámci této práce pro kvantitativní analýzu SDG. Stanoven byl i celkový obsah polyfenolů (TPC) a antioxidační aktivita vyjádřená schopností zhašení radikálu DPPH. Pro zjištění vzájemných vztahů mezi studovanými parametry byla provedena korelační analýza. Odrůda i ročník měly významný vliv na všechny tři studované parametry. Nejvyšší průměrný obsah polyfenolů a SDG byl zjištěný u odrůdy Agram, přičemž nejvyšší antioxidační aktivita byla stanovena u odrůdy Floral. Významná pozitivní korelace byla vyhodnocena pouze mezi celkovým obsahem polyfenolů a obsahem SDG. Výsledky této práce dokládají značný vliv odrůdy a podmínek pěstování na obsah lignanů a antioxidační potenciál semen lnu setého, předurčující jeho zdravotní benefity.
|
|
|
Vývoj hmotnostně-spektrometrických metod pro strukturní analýzu mastných kyselin a estolidů
Cudlman, Lukáš
(CZ) Tato disertační práce shrnuje použití moderních hmotnostně-spektrometrických metod pro strukturní identifikaci mastných kyselin a estolidů triacylglycerolů (TG-EST) a jejich následnou charakterizaci v lipidomu novorozeneckého mázku, tj. biofilmu pokrývajícího pokožku lidského plodu během posledního trimestru těhotenství. Novorozenecký mázek je především známý svými antimikrobiálními vlastnostmi a schopností hojení ran a popálenin. První část disertační práce se zaměřuje na rozmanitost mastných kyselin v lipidomu novorozeneckého mázku. Tyto kyseliny tvoří strukturní podjednotky komplexních lipidů, např. hojně zastoupených triacylglycerolů a voskových esterů. Studiem mastných kyselin a jejich strukturních rysů bylo možné v této práci získat cenné poznatky o strukturní variabilitě celého lipidomu novorozeneckého mázku. Bez plného pochopení struktury těchto klíčových podjednotek by bylo v budoucnu nemožné dokončit analýzu tohoto lipidomu. Mastné kyseliny byly v této práci charakterizovány pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie (HPLC) a pokročilých metod hmotnostní spektrometrie, a to fotodisociace ultrafialovým zářením (UVPD) a disociace vyvolané ozonem (OzID). Spojení HPLC a hmotnostní spektrometrie (HPLC-MS) poskytlo jednoznačné informace o polohách a geometrii dvojných vazeb a...
|
|
|
Sledování procesních kontaminantů při pražení kávy pomocí LC-MS
Ilyushchenkova, Alexandra ; Juglová, Zuzana (oponent) ; Diviš, Pavel (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zaměřuje na sledování změn koncentrace procesních kontaminantů při pražení kávy pomocí kapalinové chromatografie s hmotnostní detekcí. Zelená káva byla pražena při teplotě 220 °C během 14 minut s dvouminutovými intervaly. Vzorky pro analýzu byly odebírány od 10. do 24. minuty pražení. Praktické sledování tvorby akrylamidu během pražení kávy nebylo provedeno, neboť se nepodařilo akrylamid v kávě pomocí hmotnostního detektoru detekovat, a to ani po jeho derivatizace kyselinou thiosalicylovou. Příslušná data byla vzata z jiných vědeckých článků, které uvádí lineární narůst koncentrace s dobou pražení až po dosažení maximální hodnoty a následující exponenciální pokles na konci pražení. Sledováním 5-hydroxymethylfurfuralu bylo zjištěno, že během pražení tato látka v kávě postupně díky rozkladu sacharidů vzniká, nicméně s přibývajícím časem pražení dochází k poměrně rychlé degradaci této látky. Koncentrace 5-hydroxymethylfurfuralu byla rovněž stanovena ve vzorcích kávy zakoupených v obchodní síti. Koncentrace 5-hydroxymethylfurfuralu v těchto vzorcích se pohybovala v rozmezí 0,3 až 0,38 mg/kg, což jsou koncentrace srovnatelné s koncentracemi uváděnými v jiných odborných studiích.
|
|
|
Studium využití plodin pro fytoremediaci půdy kontaminované léčivy
Hamplová, Marie ; Zlámalová Gargošová, Helena (oponent) ; Mravcová, Ludmila (vedoucí práce)
Léčiva dostávající se do životního prostředí z odpadní vody a chovů hospodářských zvířat vzbuzují obavy o vliv na ekosystém a lidské zdraví. Rezidua léčiv přítomná v půdě podléhají řadě biotických a abiotických procesů, včetně příjmu, translokace a akumulace rostlinami. Schopnost rostlin akumulovat či degradovat léčiva by mohla mít potenciální uplatnění v procesu tzv fytoremediace, kdy jsou rostliny a s nimi asociované mikroorganismy využívány pro stabilizaci, degradaci či odstranění kontaminantů z životního prostředí. V rámci této diplomové práce byly provedeny experimenty fytoremediace půdy kontaminované léčivy meziplodinou ředkví olejnou (Raphanus sativus L. var. Oleiformis) v kontrolovaných podmínkách. Vzorky půdy byly extrahovány ultrazvukem, vzorky rostlin metodou QuEChERS a samotná analýza léčiv byla provedena pomocí UPLC-MS/MS. Ředkev olejná tvořila velké množství nadzemní biomasy ve srovnání s dvěma dalšími plodinami a přítomnost léčiv neměla na její růst negativní efekt. Stanovené obsahy jednotlivých léčiv v půdě a v plodině ovšem prokázaly nedostatečnou účinnost fytoremediace. Akumulace léčiv plodinou byla nízká s výjimkou reziduí antidepresiva venlafaxinu. Ředkev olejná dle těchto výsledků není vhodnou plodinou pro fytoremediaci půdy kontaminované léčivy. Byly též provedeny experimenty s kořenovou zeleninou, ředkvičkou setou (Raphanus sativus L. var. Sativus) a mrkví obecnou (Daucus carota L.), aby bylo zhodnoceno riziko pro lidské zdraví spojené s akumulací léčiv v kořenech zeleniny. Riziko nebylo z hlediska množství stanovených léčiv v kořenech prokázáno. Ve vyšší míře se akumuloval pouze metabolit kyselina klofibrová a do nadzemních částí plodin se nejvíce translokovalo antibiotikum trimethoprim. Míra příjmu a translokace léčiv rostlinou závisela na mnoha faktorech, jelikož jejich obsah se výrazně lišil mezi jednotlivými skupinami léčiv i mezi částmi a typy plodin.
|
|
|
Studium vlivu přímé a nepřímé aplikace plazmatu na cibuli sazečku
Krejsová, Lenka ; Enev, Vojtěch (oponent) ; Krčma, František (vedoucí práce)
V dnešní době je zemědělství založeno na konvenčních metodách, které zahrnují aplikaci pesticidů, zemědělských chemikálií a hnojiv. Zmíněné látky mají negativní vliv na přírodu a zdraví člověka, proto se hledají ekologičtější metody. Tato diplomová práce se zabývá analýzou vonných látek v cibuli, jež byla před sadbou ošetřena působením plazmatu. Úprava proběhla za účelem zjištění, zda se zlepší růst cibule při zachování nebo zvýšení obsahu vonných látek. Teoretická část se zabývá půdou a jejím způsobům charakterizace, plazmatem, kvantitativními a kvalitativními metodami stanovení těkavých látek. Obsahuje principy UV–VIS spektrometrie, atomové absorpční spektrometrie (AAS), hmotnostní spektrometrie (MS), a také tandemového zapojení plynové chromatografie s hmotnostní spektrometrií (GC–MS). Experimentální část probíhala po dobu tří let na 22 lokalitách. V práci je popsána příprava a analýza půdních vzorků, která byla také vyhodnocena. Dále jsou popsány postupy ošetření cibulek pomocí korónového výboje a plazmatem aktivovanou vodou před sadbou. Dohromady proběhly čtyři varianty ošetření a cibulky z páté varianty nebyly dodatečně ošetřeny. Každá varianta úpravy se vysazovala ve čtyřech opakováních po deseti cibulích. Dvacet vybraných vypěstovaných cibulí z jedné lokality bylo individuálně převedeno na kapalné vzorky a syté páry byly analyzovány pomocí hmotnostní spektrometrie s protonovou ionizací a průletovým analyzátorem (PTR–TOF–MS). Díky této analýze byla zjištěna koncentrace těkavých látek. Některé vzorky byly také analyzovány pomocí plynové chromatografie s hmotnostní spektrometrií pro správnou identifikaci přítomných vonných látek. Následně byla data zpracována a vyhodnocena. Ze získaných výsledků je patrné, že úprava plazmatem může být užitečná pro ošetření cibulí v zemědělství, neboť se potvrdilo zlepšení výnosu při zachování obsahu vonných látek. Je tedy nutné zrealizovat pokusy ve větším měřítku.
|
|
|
Vývoj hmotnostně-spektrometrických metod pro strukturní analýzu mastných kyselin a estolidů
Cudlman, Lukáš ; Cvačka, Josef (vedoucí práce) ; Kozlík, Petr (oponent) ; Lísa, Miroslav (oponent)
(CZ) Tato disertační práce shrnuje použití moderních hmotnostně-spektrometrických metod pro strukturní identifikaci mastných kyselin a estolidů triacylglycerolů (TG-EST) a jejich následnou charakterizaci v lipidomu novorozeneckého mázku, tj. biofilmu pokrývajícího pokožku lidského plodu během posledního trimestru těhotenství. Novorozenecký mázek je především známý svými antimikrobiálními vlastnostmi a schopností hojení ran a popálenin. První část disertační práce se zaměřuje na rozmanitost mastných kyselin v lipidomu novorozeneckého mázku. Tyto kyseliny tvoří strukturní podjednotky komplexních lipidů, např. hojně zastoupených triacylglycerolů a voskových esterů. Studiem mastných kyselin a jejich strukturních rysů bylo možné v této práci získat cenné poznatky o strukturní variabilitě celého lipidomu novorozeneckého mázku. Bez plného pochopení struktury těchto klíčových podjednotek by bylo v budoucnu nemožné dokončit analýzu tohoto lipidomu. Mastné kyseliny byly v této práci charakterizovány pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie (HPLC) a pokročilých metod hmotnostní spektrometrie, a to fotodisociace ultrafialovým zářením (UVPD) a disociace vyvolané ozonem (OzID). Spojení HPLC a hmotnostní spektrometrie (HPLC-MS) poskytlo jednoznačné informace o polohách a geometrii dvojných vazeb a...
|
|
|
Studium produktů nízkoteplotního plazmatu pomocí hmotnostní spektrometrie a jejich vztah k chemii tenkých vrstev
Maršálek, Blahoslav ; Bránecký, Martin (oponent) ; Čech, Vladimír (vedoucí práce)
Cílem této diplomové práce byla analýza a interpretace spekter tetravinylsilanu v závislosti na výkonu výboje plazmatu s cílem najít vztah mezi produkty plazmatu, depozicí vrstvy a chemií tenké vrstvy. Dalším cílem bylo realizovat literární rešerši z oblasti plazmochemické depozice z plynné fáze (PECVD) a hmotnostní spektrometrie. Technologie nízkoteplotního plazmatu na bázi organokřemičitanů umožňuje syntézu specifických materiálů s řízenými chemickými a fyzikálními vlastnostmi. Cílená syntéza povrchů s řízenými vlastnostmi je určena atomárními a molekulárními procesy v plazmatu, které jsou odpovědné za stavbu chemické struktury a výsledného materiálu ve formě tenké vrstvy. V této práci byla pro detekci a kvantifikaci částic produkovaných v procesu PECVD použita hmotnostní spektrometrie, která je jednou z metod umožňující charakterizovat a identifikovat produkty plazmatu. Analýza hmotnostních spekter odhalila, že molekuly, které jsou odpovědné za růst vrstvy, obsahují uhlík a křemík. Rychlost depozice stanovená metodou in situ spektroskopické elipsometrie kvantitativně koreluje s tokem částic uhlíku a křemíku, které jsou chemisorbované na povrchu filmu. Poměr uhlíku a křemíku deponovaného na povrchu také silně koreluje s poměrem toku C/Si výkonově řízených plazmat. Příspěvek křemík obsahujících částic jako stavebních bloků k růstu vrstvy se snižuje s rostoucím výkonem a představuje 20 % (2 W), 5 % (10 W) a pouze 1 % (75 W) z celkového chemisorbovaného podílu. Tento poměr mezi vázanými částicemi obsahujícími křemík a uhlíkovými částicemi ovlivňuje prvkové složení a chemickou strukturu deponovaných vrstev. Vztahy mezi plazmochemickými procesy a adhezí částic na povrchu jsou poměrně složité. Adheze částic křemíku nejprve prudce roste až k maximu při 25 W a poté postupně klesá, což je charakteristické pro tzv. PECVD s nedostatkem prekurzorů. Podobně je tomu s koncentrací vinylových skupin začleněných do deponované vrstvy a podíl sp2 hybridizace uhlíku, které korelují s toky částic příslušného plazmatu. Práce prokázala, že hmotnostní spektroskopie je vhodnou metodou pro studium plazmochemické depozice z plynné fáze (PECVD). Technologie PECVD je perspektivní pro nanášení vrstev s obsahem křemíku, což je technologicky využitelné v mnoha směrech materiálového výzkumu.
|
|
|
Stanovení lineárních syntetických vonných látek v abiotických a biotických matricích
Tulková, Tereza ; Čáslavský, Josef (oponent) ; Vávrová, Milada (vedoucí práce)
Syntetické musk sloučeniny jsou uměle vyrobené organické látky, které svou vůní připomínají pižmo (mošus). Nejnovější, a zároveň i nejméně prostudovanou skupinou jsou lineární musk sloučeniny. Tyto látky jsou přítomné např. v kosmetice, produktech osobní péče, detergentech a nejrůznějších čisticích prostředcích. Vzhledem ke svému širokému použití pronikly tyto sloučeniny do všech složek životního prostředí, zejména pak do hydrosféry. Proto se jim v posledních letech věnuje velká pozornost. Cílem diplomové práce bylo stanovit dvanáct vybraných lineárních musk sloučenin (linalool, 2-cyclohexylethanol, fresco menthe, citronellol, HSA, isobornyl acetát, arocet, aroflorone, allyl cyclohexyl propionát, lilial, isoamyl salicylát a hexylcinnamic aldehyd) ve vzorcích odpadních vod. Vzorky byly odebírány na přítoku a odtoku ze tří ČOV v Jihomoravském kraji s různým počtem ekvivalentních obyvatel (ČOV Brno-Modřice, ČOV Luhačovice a ČOV Hodonín). Nejprve byla provedena optimalizace metody, která byla následně aplikována na reálné vzorky odpadních vod. Pro izolaci analytů ze vzorku byla použita metoda mikroextrakce na tuhou fázi (SPME). Pro identifikaci a kvantifikaci byla použita metoda plynové chromatografie s hmotnostní detekcí (GC/MS).
|
|
| |
host ::
RSS.