Doctoral theses

Latest additions:
2021-11-28
01:00
Dynamics and variability of induced transgene silencing in tobacco cell line BY-2
Čermák, Vojtěch ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Pečinka, Aleš (oponent) ; Lafon Placette, Clément (oponent)
RNA interference (RNAi) je důležitým mechanismem regulace genové exprese u rostlin. RNAi u rostlin je spouštěna přítomností dvouvláknové RNA (dsRNA), která je následně zpracována na malé RNA (sRNA) o délce 21-24 nt. Malé RNA po navázání na protein Argonaut (AGO) jsou schopné rozeznat cílovou molekulu na základě sekvenční komplementarity. Pokud je cílem mRNA, může ji AGO rozštěpit, nebo může blokovat translaci, což vede k posttranskripčnímu umlčení (PTGS). Pokud je cílem DNA, tak může navodit její metylaci, což vede k transkripčnímu umlčení (TGS), pokud dojde k metylaci v promotoru. Jednotlivé komponenty RNAi jsou celkem dobře popsány, ale méně je známo o vlivu odlišných typů dsRNA prekursorů na dynamiku RNAi. Ke studiu těchto aspektů RNAi jsme využili tabákovou buněčnou linii BY-2 s reportérovým genem pro GFP cíleným silencery s inducibilní expresí. Fungování silencerů bylo založeno na třech základních způsobech tvorby dsRNA: transkripcí antisense GFP (AS), GFP bez terminátoru (UT) a GFP v invertované repetici (IR). Tyto tři silencery spouštěly PTGS, čtvrtý silencer byla IR cílící na CaMV 35S promotor a spouštějící TGS. To nám umožnilo studovat RNAi od její iniciace, přes plné umlčení až po obnovení exprese při vysazení induktoru - vše relativně snadno analyzovatelné díky vysoce homogennímu...

Detailed record
2021-11-28
01:00
Contributions to the experimental investigation and numerical description of soil cyclic behavior
Duque Felfle, Jose Alejandro ; Mašín, David (vedoucí práce) ; Herle, Ivo (oponent) ; Wichtmann, Torsten (oponent)
Široká škála geotechnických konstrukcí je vystavena epizodám cyklického zatížení. Mezi nimi můžeme zmínit například základy na pevnině a na moři vystavené zatížení od prostředí, chodníky vystavené dopravnímu zatížení, cykly plnění a vyprazdňování sil a vodních nádrží a mnoho dalších. Pro vývoj konstitutivních modelů nebo numerických nástrojů, které přesně reprodukují chování zeminy při výše uvedených geotechnických problémech, je nutné hluboké porozumění tomu, jak se zemina chová při cyklickém zatížení. Toto chování však není triviální, protože významnou roli hraje nelinearita, tuhost při malých deformačních změnách, degradace tuhosti, cyklická hystereze a nedávná historie napětí. Tato disertační práce představuje některé příspěvky k experimentálním důkazům a numerickému popisu cyklického chování půdy. Začíná rozsáhlou experimentální databází malajského kaolinu a zbraslavského písku. V každé databázi bylo provedeno a analyzováno několik monotónních a cyklických zkoušek s ohledem na širokou škálu počátečních podmínek a zatěžovacích charakteristik. Na malajském kaolinu byl zkoumán zejména vliv amplitudy deviatorického napětí, plasticity zeminy, počátečního poměru napětí, odvodněného cyklického předpětí a posloupnosti balíčků cyklů s různými amplitudami deviatorického napětí. Na zbraslavském písku byl...

Detailed record
2021-11-28
00:59
Eye evolution and development: an insight from jellyfish and mouse
Růžičková, Jana ; Kozmik, Zbyněk (vedoucí práce) ; Jindra, Marek (oponent) ; Markoš, Anton (oponent)
L cfun pnr{,cn zrak je jedním z nejdů|cžitějšlchsmys|ů vyššlch obrgrlovď a u lidl pak pravděpodobnězauj|rnámezi smys|ynisto nejvyšš|.Morfogenczeoěíje @'nětem stdia již dlouhá léq avšatHbcm poslcdnlch dvacai let se vědci sousdsl'cjména na o(ázltu,jakor úlohubrajíjednot|ivégenypři vývoji ďníú seútur. Doeocud sc vědlina aalogd o vývoji o|o a jeho gcmic&én Fogranu opfoelao poznatkyáskanéstudiemoĎratlovot"vposlcdní doběÍán všaknematémnožsM iďormac| poskyt|yvědeckéPrácc zkoumd|c| znlrovéorgáoy áhavct obj'Měn| ftntca jeetotliých gpd náybýchpro vývoj ďí rcdúzy birnaha qstoplaru, uk bqoohyty rfiŤe Íozšířit našoau|osti ýkaj|cl seevoluceavývoje ďl. Jcdnodfuéc|h tétodiscrtrčnÍprtcc|con: l. pops.t g€n kodttjfutnoý krystrlin okamedúzyTripdalia cystoplora a souěasněse pokusitvysrčtlitwoIuoi regulďnich sckveircitobotogeiru; 2. obaakteÍizol.stg€'ty neáytné pro fimkci komomvébooka Ň,zy Iyiúqlia cybphara; 3. zkoumatjakol úlohuhrajekanonickównť}katenin ďenálnídťáhaběb€m vývojc očn|ěočky's vyřit|m novémyší|táňorčspccifickéCre|inic; 4, studovÚ fimkčnlvlastnostiPaxB genumcdúzyTripedaliacystophorcpomocl trasgcnn|homyšíhomodcluexprimujicihoPaxB v o&úěočcca sltnici. 35

Detailed record
2021-11-28
00:59
Quantum and tempo of population ageing process in the twelve countries of the former Soviet Union: Challenges, opportunities and public policies
Mustafina, Marta ; Kučera, Tomáš (vedoucí práce) ; Kalibová, Květa (oponent) ; Sidorenko, Alexandre (oponent)
Rozsah a časování procesu populačního stárnutí ve dvanácti zemích bývalého Sovětského svazu: problémy, příležitosti a veřejné politiky Abstrakt Stárnutí populace je všudypřítomným fenoménem, který s sebou přináší nebývalé výzvy a zároveň příležitosti v oblasti sociálně-ekonomického rozvoje, a zejména pak v oblasti systémům zaměstnanosti, sociálního zabezpečení a veřejného zdravotnictví. Hlavním cílem této dizertační práce je prokázat, že proces demografického stárnutí a jeho dynamika v zemích s relativně mladou populační strukturou jsou aktuálními jevy a že je nutné již nyní přijímat a implementovat odpovídající opatření veřejné politiky, která by vedla ke zmírnění a eliminací negativních důsledků tohoto procesu, stejně jako k využití potenciálních rozvojových příležitostí s tímto procesem spojených. Stárnutí obyvatelstva a jeho důsledkům je odborné literatuře věnována poměrně značná pozornost již několik desetiletí, nicméně země bývalého Sovětského svazu jsou v tomto kontextu poněkud přehlíženy. Stejně tak není věnována odpovídající pozornost otázkám rozsahu a časování procesu stárnutí populace. Doktorský výzkumný projekt, na základě kterého tato práce vznikla, řeší podle našich nejlepších znalostí tyto otázky v daných věcných souvislostech vůbec poprvé. Hlavní metodologický rámec našeho výzkumu...

Detailed record
2021-11-28
00:59
Essays on Fiscal Policy and Productivity Growth
Ambriško, Róbert ; Kejak, Michal (vedoucí práce) ; Lipińska, Anna (oponent) ; Hollmayr, Josef (oponent)
Sjednocujícím tématem této disertační práce je hospodářský růst v širším slova smyslu. Na jedné straně je hospodářský růst ovlivněn růstem produktivity, který má ekonomické důsledky pro konvergující ekonomiky, jež postupně dohánějí ty vyspělejší. Na druhé straně je hospodářský růst ovlivňován fiskální politikou, konkrétně rozhodnutími vlády o daních a vládních výdajích. Tato disertační práce se skládá ze tří samostatných kapitol. V první kapitole se zaměřuji na Balassův-Samuelsonův (dále jen B-S) efekt v kontextu konvergence České republiky k eurozóně. B-S efekt znamená, že vysoce produktivní země mají vyšší inflaci a apreciaci reálného směnného kurzu v důsledku větších rozdílů růstu produktivity mezi obchodovatelnými a neobchodovatelnými sektory ve srovnání s vyspělými ekonomikami. B-S efekt může představovat hrozbu pro konvergující evropské země, které by rády přijaly euro, a to z důvodu omezení, která na vývoj inflace a nominálního směnného kurzu kladou maastrichtská kritéria. Hlavním cílem této studie je zjistit, zda B-S efekt představuje pro Českou republiku relevantní problém při plnění vybraných maastrichtských kritérií před přijetím eura. Za tímto účelem sestavuji a odhaduji dvousektorový DSGE model malé otevřené ekonomiky. Simulace modelu naznačují, že B-S efekt není pro Českou republiku při plnění...

Detailed record
2021-11-28
00:59
Phenotypes of Saccharomyces cerevisiae cells lacking Isw2 chromatin remodelling factor
Frýdlová, Ivana ; Hašek, Jiří (vedoucí práce) ; Janderová, Blanka (oponent) ; Sychrová, Hana (oponent)
1.Abstrakt Protein Isw2 v kvasince Saccharomycescerevisiae tvoří jednu z podjednotekkomplexu,který pomocíenergiezískanéz ATP měnístrukturu chromatinu,a tímhrajedůležitouro|iv regulacitranskripce. NepřítomnostproteinuIsw2seprojevujespecifickyu MATI" buněk,a to změněnou buněčnoumorfologií,která př.ipomíná',shmoo..,a invazivním růstem.Ukáza|i jsme, Že tentofenotypje způsobenderepresía.specifických genův MATu. buňkách a produkcía-faktoru, který nás|edněaktivuje vlastní feromonovou dráhu liw2A MATa buněk. Naše výsledky dá|e ptokazují,že isw2L MATa buňky mohou a-specifickégeny exprimovatdokoncev takové míře'Žejim to umoŽníkonjugovatsjin1ýmibuňkamistejnéhopárovacíhotypu. Invazivní růst liw2Á MATa buněk je nezávis|ý na proteinu Flol 1 a transkripčnímfaktoru Tecl, kerý je normálně důleŽitýpro invazivnírůst. NaopakvyŽadujeproteinyferomonovédráhya powchovýproteinFig2.Těmito vlastnostmi (a také faktem, Že mutantníMÁTa buňky produkují a-faktor) připomínáinvazivnírůstlsw2A buněk invazivitu indukovanouferomonem, která se objevujeu divokých buněk vystavenýchnízkékoncentraciferomonu' Podrobné ana|ýzy ale odhalily rozdí.ly mezi těmito dvěma typy invazivníhorůstu.Invazivitaisw2L buněkzávisína kinázeFus3 íkteránemůže bý zastoupenakinázouKsslp) a na povrchovémproteinuAgal, kterýale není důležitýpro...

Detailed record
2021-11-28
00:59
Evolution of cleptoparasitic behavior in bees (Hymenoptera: Apoidea)
Straka, Jakub ; Vilímová, Jitka (vedoucí práce) ; Zrzavý, Jan (oponent) ; Yanega, Douglas Andrew (oponent)
Souhrn Kleptoparazitickéchováni je mezi včelami(Hymenoptera:Apoidea) širocerozšíienym zpusobem Života,Více neŽ l5% všechvčelpatiímezi obligátníkukaččívčely.Kukaččí chování ale neníjedinym zprisobem kleptoparazitizmu u tétoskupiny hmyzu' aleje zŤejmě nejčastějšíformou. Kleptoparazitizmus muŽe b1itu někten./chdruhťrzcela obligátní,ale i pŤíleŽitostnouŽivotní strategiíu pyl sbírajícíchdruhťrvčel.Nejjednodušší,ale poměrně vzácnou formou kleptoparazitizmu u včelje krádeŽ pylu. Vče|ymohou ukrilst pyl mimo hnízdo,a to prímoz nohoujiné včely,nebo zhnízda jinéhojedince. Pleněníhnízdje obligátníformou kri eŽe py|oq/ch zásob zhnizd4 kterése vyskytuje u někten.fcheusociálníchvčel(Apinae: Meliponini). Usurpace je dalšípŤíležitostnáŽivotnístrategiepyl sbírajícíchvčel.PŤestoŽeje značně pÍeh|ížená,jednáse pravděpodobněo velmi čast'.Íprvek choviiní.Na základě individuálního značeníhnízdícichsamic ajejich chováni v hnízděm Žemerozlišitněko|ikodlišnlch typťt usurpací.Nejčastějšíje usurpacehnízd,která někdy vede k vyčištěníziísobenlch plodovlch komrirek od pŤedchtízejícímajitelky hnizda (hostitelky).V některych pŤípadechje usurpován jen vchod do hnízdaa nov! majitel nenív kontaktu s pŮvodnímizasoben;ilmikomťrrkami. Tento typ je nazyván usurpacehnízdníhoprostoru. Nejvíce studovarr;/typ k|eptoparazitizmuje hnízdníparazitizmus....

Detailed record
2021-11-28
00:59
Řízení enzymatické aktivity molekuly kreatinkinázy změnami její konformace
Horníková, Daniela ; Mejsnar, Jiří (vedoucí práce) ; Amler, Evžen (oponent) ; Kolář, František (oponent)
74 5. ZÁVĚR Práce prokázala adekvátními chemickými a fyzikálními metodami následující vlastnosti myofibrilární kreatinkinázy (EC 2.7.3.2) (CK), vyčistěné z čisté myofibrilární frakce krysího a králičího svalu m. psoas. 1) Sekvenční 2D SDS elektroforéza odhalila tři izoelektrické body v úzkém rozsahu fyziologického pH 7.17, 7.28 a 7.47. Specifická enzymatická aktivita CK byla 82.35 IU/mg. 2) Rychlost výměny fluorescenčně značené CK-IAF mezi M-linií izolovaných myofibril a okolím (nepřímo úměrně vypovídající o síle vazby CK molekuly v M-linii), měřená v rovnovážném stavu metodou FLIP, se zpomaluje okyselováním okolního prostředí v rozmezí pH 6.5 - 7.2. 3) Rychlost výměny CK-IAF molekuly je ovlivněna přítomností substrátů (pH 7.10 - 7.17), když rychlosti CK se substráty (konformace "closed" a "intermediary") jsou průkazně sníženy oproti rychlosti CK bez substrátů (v konformaci "open"). Specifická enzymatická aktivita při těchto pokusech se snižovala podle vazby v myofibrilách až o dva řády k hodnotě 0.40 IU/mg. 4) Měření steady-state fluorescence vnitřních tryptofanových zbytků neznačené CK prokázala a) trojí pokles fluorescence v čase podle vazby substrátů, b) změnu střední doby života lifetime 2.72 ns volné CK, vlivem vazby ATP (2.38 ns) a vazbou ATP+Cr (2.42 ns). 5) Zhášení fluorescence vnitřních...

Detailed record
2021-11-28
00:59
Velikost těla plazů: proximátní mechanismy a ekofyziologické koreláty
Starostová, Zuzana ; Frynta, Daniel (vedoucí práce) ; Gvoždík, Václav (oponent) ; Sedláček, František (oponent)
Souhrn Velikost tšIaje zě.1rllradnímznakem ovlivňujícím řadu morfologicbýc\ fyziologichých a ekologiclcýeh charakteristik kaŽdéhoorganismu Prirce zařazenédo disertačnípráce se zabývají proximátními mechanismy změny ve velikosti těla jďtěrů a ekoýziologickými koreláý velikosti těla' jako je rychlost standardníhometabďisamt nebo vliv teploý prostředí. Disertačnípráce se skládríz krátkéhoúvodua dálLeze čýř publikací zrurc|tžtÍ'tjsoupublikovanénebo ve stádiu přijetí kpub|ikaci a zjednoho rukopisu v recenzním řízení.Pro všechny práce je jednotné to. žs vŽdy berou v potaz příbuzenské vztahy mezi studovanými drulry a vylŽivaji ruzných metď kjejich odfiltrování' První práce ukazuje, že i v rámci skupiny blízce si příbuzných druhů čelediEublepharidae (gekončíkovití)'se velikost červenýchkwinek mezi studovanými druhy výrazně liší a koreluje s velikostí těla. Velikost buněk tedy pravděpodobně sehrála u tétoskupiny důležitouroli při evolučníchzměnáeh ve velikosti těla. Druha práce se zabývá evolučními z:měnami ve velikosti g€nomu u gekončíkůa zkoumá vztahmezi velikostí buněk a velikostí genomu. Změny velikosti genomu dobře odnáží slogenetické vztahy mezi gekončíky,měnily se však neávisle tn zrnénáchvelikosti buněk. Na vyššíchtaxomických škálácb' ale byla opakovaně na|ezsna pozitimí korelace mezi velikostí buněk a...

Detailed record
2021-11-28
00:59
DNA Microarrays and Bioinformatics in Biomedical Research
Ivánek, Robert ; Forejt, Jiří (vedoucí práce) ; Martásek, Pavel (oponent) ; Beneš, Ivan (oponent)
DNA mikročipy představují relativně novou technologii pro kvalitativní i kvantitativní analýu nukleouých kyselin. Využívajl se zejménapro celogenomovéexpresní ana|ýly, komparativnígenomovéhybriďzace, pro studiumregulacegenovéexpresenebo pro detekci polymorÍismůa mutaci. Součrástípřeklrí,danépníce je přehled jednotliých t},půDNA mikročipůa jejich možnéhovyužitív biomedicíně.Zejmén dokumentujejejich přínos v projekteehzaměřenýchna identifikaci genůzpůsobujícíchdědičněpodmÍněníonemocnění (mukopolysacharidózaýpu IIIC' deficit ATP syntrázy)ale takév projektech,jejicbž cílemje objasněníprocesů,kterése odebnívajív poškozenýchbuňkách (např. pň akutnímp|oidní leukémii nebo při zástavě spermatogenezeu jedinců s cbromozomiilaími aberacemi). Prezeirtovanévjsledky demonstn.rjí'že vhodně aplikovaná technologie DNA čipůmůže výraaě urychlit biomedicínskývýzkum.

Detailed record