Disertační práce

Nejnovější přírůstky:
2017-04-25
14:02
New Electrochemical Methods for Determination of Nitro and Oxo Derivatives of Fluorene
Vyskočil, Vlastimil ; Ludvík, Jiří (oponent) ; Barek, Jiří (vedoucí práce)
4. Závěr Tato disertační práce představuje příspěvek k vývoji nových analytických metod aplikovatelných na environmentální a biologické vzorky. Současný stav poznání týkající se vzniku, výskytu a biologické aktivity fluorenu a jeho nitro- a oxoderivátů byl shrnut v kapitole 1. Následná experimentální práce byla zaměřena na použití nových přístupů v detekci studovaných látek. Důraz byl kladen především na nitrofluoreny, fluorenon a nitrofluorenony, jmenovitě na 2-nitrofluoren, 2,7-dinitrofluoren, 9-fluorenon, 2-nitro-9-fluorenon a 2,7-dinitro-9-fluorenon a možnosti jejich stanovení pomocí polarografických a voltametrických metod. Byla zkoumána interakce dsDNA s 2-nitrofluorenem a s 2,7- dinitrofluorenem na DNA/SPCPE a bylo pozorováno poškození DNA za podmínek přímé interakce DNA s analytem, za laboratorní teploty, a poškození bází DNA za podmínek elektrogenerování nestabilních nitroradikálů s krátkou dobou života při teplotě lidského těla. Získané výsledky lze shrnout následovně: ● Moderní polarografické a voltametrické metody na rtuťových elektrodách, vyvinuté pro stanovení stopových množství 9-fluorenonu a 2,7-dinitro-9- fluorenonu (a obecně dalších NPAH) v koncentračních rozmezích 2×10-8 až 1×10-5 mol L-1 (pro 9-fluorenon) a 2×10-9 až 1×10-5 mol L-1 (pro 2,7- dinitro-9-fluorenon), poskytují citlivou,...

Úplný záznam
2017-04-25
14:02
Rozsah a morfologické účinky kvartérního zalednění v severním svahu Jizerských hor
Černá, Barbora ; Balatka, Břetislav (oponent) ; Engel, Zbyněk (vedoucí práce)
UNIVERZITA KARLOVA V PRAZE PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA Katedra fyzické geografie a geoekologie Rozsah a morfologické účinky kvartérního zalednění v severním svahu Jizerských hor Extent and morphological effects of quaternary glaciation in the northern slope of the Jizera Mts. doktorská disertační práce - souhrn PhD. thesis - summary Mgr. Barbora Černá (roz. Janásková) Předkládaná práce je zaměřena především na paleogeografickou rekonstrukci zalednění v Jizerských horách. Předmětem výzkumu se staly dosud nerozřešené otázky týkající se zejména dosahu kontinentálního zalednění a jeho odrazu v dnešní morfologii reliéfu, ale také horského zalednění. Při zpracování tématu maximálního zásahu zalednění se otevřely další otázky týkající se používané metody měření Schmidt hammerem (dále jen SH), a byla proto zpracována i samostatná studie ověřující použitelnost a prohlubující znalosti o této metodě. Cíle práce lze shrnout do několika bodů: - vymezit linii maximálního výškového zásahu kontinentálního zalednění. - zjistit vliv kvartérního zalednění na reliéf, zjistit geomorfologické a sedimentární doklady přítomnosti ledovce. - přispět k vyřešení otázky horského zalednění v Jizerských horách. Předkládaná práce sestává z šesti článků, které byly publikovány v recenzovaných časopisech, případně procházejí recenzním řízením....

Úplný záznam
2017-04-25
14:02
Non - covalent interactions in fundamental biological processes
Klusák, Vojtěch ; Burda, Jaroslav (oponent) ; Rulíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Charles University in Prague Faculty of Science Department of Physical and Macromolecular Chemistry Non-covalent interactions in fundamental biological processes Doctoral Thesis Abstract Mgr. Vojtěch Klusák Supervisor: Mgr. Lubomír Rulíšek, CSc. Institute of Organic Chemistry and Biochemistry AS CR Center for Biomolecules and Complex Molecular Systems Praha 2010 10 Úvod Klíčem k pochopení vlastností a chování biomolekul je porozumění jejich vzájemným interakcím, ať už jde o interakce mezi nimi jako celky či mezi jejich jednotlivými částmi, (např. funkčními skupinami) .Snaha o pochopení vztahu mezi strukturou a funkcí na úrovni atomů či elektronů nás často dovádí za hranice možností či rozlišení experimentálních metod. Moderní nástroje výpočetní chemie nám však často s dostatečnou mírou přesnosti a spolehlivosti umožňují popsat tyto detaily studovaných procesů a doplnit tak naše znalosti a přiřadit k měřitelným veličinám určité strukturní vlastnosti. Za normálních podmínek, za kterých se biomolekuly při buněčných procesech přeskupují a seskupují (například při sbalování proteinů, formování a přeskupování membrán, při buněčné signalizaci) nedochází ke vzniku a zániku kovalentních vazeb. Takovéto procesy jsou z velké míry řízeny nekovalentními interakcemi. Tyto interakce jsou sice poměrně slabé, jejich celkový...

Úplný záznam
2017-04-25
14:02
Z-scan Fluorescence Correlation Spectroscopy Applied in Studies of Model Phospholipid Membranes
Kulakowska, Anna ; Konopásek, Ivo (oponent) ; Hof, Martin (vedoucí práce)
(in Czech) Tato práce je věnována lipidovým dvojvrstvám, které do značné míry určují fyzikální vlastnosti biologických membrán. Jedním z klíčových parametrů je mobilita jednotlivých složek v membráně, která je odpovědná za řadu procesů probíhajících v buňce (vazba povrchových proteinů, aktivita povrchových enzymů, agregace peptidů, buněčná adheze). Protože buněčné membrány jsou komplexní a velmi heterogenní systémy, studium jejich biofyzikálních vlastností je značně obtížné. Právě proto jsem ve své práci využívala modelové membránové systémy se zjednodušeným lipidovým složením. Cíle mé práce jsou zaměřeny na následující základní otázky, vztahující se k fosfolipidovým dvojvrstvám připraveným na pevném povrchu (ang, supported phospholipid bilayrs SPBs): Jaký vliv má pevný povrch na laterální difúzi fluorescenčně značených lipidových analogů v membráně? Jaké je propojení mezi jednotlivými vrstvami v SPBs? (publikace I) Jakým způsobem je možné určit přechod fluorescenčních sond a fluorescenčně značených lipidových analogů mezi jednotlivými vrstvami v rámci SPBs ? (publikace II) Jak je laterální difúze fluorescenčně značeného koagulačního proteinu prothrombinu, který je jen slabě vázán k SPBs, propojena s laterální difúzí fluorescenčně značených lipidových analogů v membráně? (publikace III) V této...

Úplný záznam
2017-04-25
14:02
Catalytic and Electronic Properties of Redox-Active Metalloenzymes and Transition-Metal Complexes: Insights from the Computational Chemistry.
Srnec, Martin ; Himo, Fahmi (oponent) ; Rulíšek, Lubomír (vedoucí práce)
Universita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Obor modelování chemických vlastností bio- a nanostrutkur Katalytické a elektronové vlastnosti "redox-aktivních" metaloenzymů a komplexů přechodných kovů z pohledu výpočetní chemie Autoreferát k disertační práci RNDr. Martin Srnec Školitel: Mgr. Lubomír Rulíšek, CSc. Ústav organické chemie a biochemie AV ČR Centrum biomolekul a komplexních molekulárních systémů Praha 2010 Úvod Kovy a jejich ionty hrají v biochemických procesech významnou úlohu. Jejich přítomnost bývá nepostradatelná například při sbalování (folding) bílkovin a stabilizaci jejich struktur. Bývají běžně hnací silou enzymové aktivity, přeměny energie, či buněčných signálů. Ještě před několika desítkami let byly metaloenzymy považovány za nevýznamnou podskupinu bílkovin. Dnes se však odhaduje, že alespoň jedna třetina všech enzymů obsahuje jeden či více kovových iontů, které jsou pro funkčnost enzymu zásadní. Metaloenzymy obvykle katalyzují energeticky náročné chemické reakce jako například hydroxylaci metanu, rozklad molekulového vodíku na protony a elektrony, štěpení vazby molekulového dusíku a kyslíku atp. Dále se účastní redoxních reakcí, přenosu elektronů či spinově zakázaných reakcí, u nichž jsou nezbytné relativistické efekty, zesílené právě přítomností kovu. Biochemická úloha mnoha...

Úplný záznam
2017-04-25
14:02
Materiálový průzkum barevné vrstvy na uměleckých předmětech
Grünwaldová, Veronika ; Feltl, Ladislav (oponent) ; Hradil, David (vedoucí práce)
Univerzita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Katedra analytické chemie SOUHRN DISERTAČNÍ PRÁCE Materiálový průzkum barevné vrstvy na uměleckých předmětech Studijní program: Analytická chemie Ing. Veronika Grünwaldová Praha 2010 2 Obsah 3 OBSAH Úvod a literární rešerše ................................................................................ 4 Experimentální část ......................................................................................7 1. Rtg prášková mikrodifrakce ....................................................................7 1.1. Analýza fragmentů a nábrusů.............................................................8 1.2. Příprava a analýza mikrotomových řezů .............................................9 2. Mikroskopické metody a obrazová analýza ...........................................10 2.I. Test minimálního nutného rozlišení - modelové tvary a reálné vzorky....11 2.2. Možnosti použití prvkového EDX mapování ........................................13 2.3. Kvalitativní a kvantitativní charakterizace vybraných pigmentů v reálných barevných vrstvách..................................................................................14 3. Mobilní rtg fluorescence...........................................................................18 Pigmenty, minerály a jiné fáze...

Úplný záznam
2017-04-25
14:02
Overcoming drug resistance: The discovery, design and characterization of new nonpeptidic inhibitors of HIV - 1 protease
Kožíšek, Milan ; Majer, Pavel (oponent) ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce)
Doktorská dizertační práce - abstrakt Objev, návrh a charakterizace nových nepeptidových inhibitorů HIV-1 proteázy RNDr. Milan Kožíšek Školitel : Doc. RNDr. Jan Konvalinka, CSc. PPrraahhaa 22001100 Katedra biochemie Přírodovědecká fakulta Karlova univerzita, Praha, Česká republika Ústav organické chemie a biochemie Gilead Sciences & IOCB Research Centre Akademie věd České republiky 3 Abstrakt HIV-1 proteáza je aspártátová proteáza, jejíž aktivita je nezbytná v životním cyklu viru HIV. Je odpovědná za štěpení virových polyproteinů na strukturní proteiny a enzymy během zrání viru. Inhibice tohoto enzymu vede k tvorbě nezralých a tedy neinfekčních virových částic. Uvedení proteázových inhibitorů na trh dramaticky změnilo úspěch léčby retrovirové infekce. Množství viru v krevní plazmě pokleslo pod zjistitelnou úroveň a vývoj nemoci se výrazně zpomalil. Nicméně se začala vyvíjet rezistence k inhibitorům. První proteázové inhibitory vykazovaly nízkou biodostupnost, měly řadu nežádoucích účinků a snadno k nim byla vyvíjena rezistence. Aby se předešlo těmto nežádoucím jevům, byly a jsou stále vyvíjeny inhibitory druhé generace. Pochopení mechanismu, kterým rezistence vůči určitému inhibitoru vzniká, je velmi důležité při vývoji nových antiretrovirotik i při klinické léčbě. Kvůli vznikající rezistenci je stále nutné...

Úplný záznam
2017-04-25
14:02
Mammalian Serine Racemase as a Pharmaceutical Terget
Vaníčková, Jana ; Kotora, Martin (oponent) ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce)
PH.D. DISSERTATION Savčí Serinracemasa jako Cíl Terapeutického Zásahu Jana Jirásková Školitel: Jan Konvalinka Department of Biochemistry Faculty of Science Charles University Institute of Organic Chemistry and Biochemistry Gilead Sciences & IOCB Research Centre Academy of Sciences of the Czech Republic Praha 2010 Úvod Serinracemasa (SR) je pyridoxal-5'-fosfát (PLP)-dependentní enzym odpovídající za produkci D- serinu. D-serin slouží jako neuropřenašeč, a spolu s L-glutamátem působí jako agonista ionotropních N- methyl-D-aspartátových (NMDA) receptorů. NMDA receptory jsou důležité pro nervovou signalizaci. Nedávné studie na myších s nefunkčním genem pro SR (knock-out myši) ukázaly, že SR katalyzuje vznik přibližně 90% veškerého D-serinu v mozku. SR byla poprvé izolována ze souboru 60ti krysích mozků, a to v roce 1999. Orthology SR jsou přítomné jak u savců, tak i u rostlin nebo kvasinek. Savčí serinracemasy vykazují vysokou sekvenční identitu (okolo 90%). Myší a lidská SR si jsou navíc podobné svými enzymovými vlastnostmi, což podtrhuje fakt, že myší model je vhodný pro studium lidské SR. SR se vyskytuje v buněčném cytosolu, a to ve formě dimeru. Monomerní jednotka má velikost přibližně 37kDa. Kromě PLP potřebuje pro plnou aktivitu divalentní ionty, například Ca2+ nebo Mg2+ , nukleotidy, jako je ATP, a...

Úplný záznam
2017-04-25
14:02
Studies of NK cell receptors and other proteins using recombinant expression and mass spectrometry
Kavan, Daniel ; Tučková, Ludmila (oponent) ; Bezouška, Karel (vedoucí práce)
Univerzita Karlova v Praze P írodov decká fakultař ě Katedra biochemie Studium receptor NK bun k a jinýchů ě protein pomocí rekombinantní expreseů a hmotnostní spektrometrie Autoreferát dizertační práce Daniel Kavan Školitel: Prof. RNDr. Karel Bezouška, DSc. Praha 2010 Daniel Kavan Úvod Úvod NK bu ky a jeden z jejich receptor CD69ň ů P irození zabiječi (NK bu ky) jsou subpopulacíř ň velkých granulárních lymfocyt , kterým na bun čnémů ě povrchu schází receptory charakteristické pro B a T bu ky.ň Jsou nicmén charakterizovány p ítomností NKp46 a NKp30ě ř [Moretta L. et. al. 2002]. Pojmenování bun k p irozeníě ř zabiječi vzniklo podle funkce v organismu, protože nepot ebují žádnou p edchozí aktivaci a p esto jsou schopnyř ř ř eliminovat nenormální (tedy infikované nebo transformované) bu ky z tkánň ě [Kiessling R. et. al. 1975]. Tato funkčnost je založena na kontrole MHC molekul I. T ídyř okolních bun k. Výsledná akce (zničení nebo nezničeníě cílové bu ky) je výsledkem rovnováhy aktivačních aň inhibičních signál zprost edkovanými povrchovýmiů ř receptory a p evedenými na konkrétní signální dráhyř [Raulet D. H. et. al. 2001]. Specifita NK bun k není závislá na jediném druhuě receptoru, jako je tomu u B a T bun k, ale je dánaě r znorodostí jejich povrchových receptor [Lanier L. L.ů ů 2005]. Tyto receptory pak...

Úplný záznam
2017-04-25
14:02
Characterization of recombinant human serine racemase
Hoffman, Hillary Elizabeth ; Křen, Vladimír (oponent) ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce)
6 Brief Abstract The pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme serine racemase (SR) is responsible for the biosynthesis of D-serine in the mammalian central nervous system. D-serine acts as a neurotransmitter and coagonist, together with L-glutamate, of ionotropic N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs). Excitotoxic D-serine levels have been implicated in neuropathologies including Alzheimer's disease and amyotrophic lateral sclerosis. SR inhibitors offer a novel and potentially highly specific approach for attenuation of NMDAR-mediated glutamate excitotoxicity and for further study of the pathway. Many of the SR inhibitors described to date are small, naturally occurring compounds, and novel structures capable of influencing SR's activity are highly sought after. Moreover, structural information about this enigmatic enzyme is lacking, and suitable animal models need to be identified for inhibitor studies. This thesis presents the first published biochemical comparison of mouse and human SR orthologs, validating, at least in part, the use of mouse models in SR research. Additionally, hydroxamic acids are introduced as a novel class of SR inhibitors. While the experimentally determined structure of a mammalian SR remains elusive, random and site-directed mutagenesis experiments in combination with multiple...

Úplný záznam