Disertační práce

Nejnovější přírůstky:
2017-05-18
14:08
Accurate Quantum Mechanical Calculations on Noncovalent Interactions: Rationalization of X-ray Crystal Geometries by Quantum Chemistry Tools
Hostaš, Jiří ; Hobza, Pavel (vedoucí práce) ; Burda, Jaroslav (oponent) ; Jurečka, Petr (oponent)
Spolehlivá a jednoduše aplikovatelná pravidla jsou potřebná v oblasti biochemie, supramolekulární chemie i materiálových vědách. Zároveň množství informací, které můžeme získat z rentgenových krystalových struktur o povaze rozpoznávacích procesů, je omezené. Lepší pochopení nekovalentních interakcí, které hrají nejdůležitější roli, je potřebné pro přezkoumání univerzálních pravidel, řídících jakékoliv rozpoznávací procesy. V této práci je prezentován systematický vývoj a studium přesnosti výpočetních metod, doplněný aplikacemi na systémech bílkovina DNA a hostitel host. Ne-empirické kvantově mechanické nástroje (metody DFT-D, MP2.5, CCSD(T) atd.) byly využity v několika projektech. Našli a potvrdili jsme existenci unikátních nízko ležících interakčních energií, vzdálených od zbývajících distribucí v několika párech aminokyselina−báze, které otevírají cestu k univerzálním pravidlům řídícím selektivní navázání jakékoliv sekvence DNA. Dále byly v několika případech provedeny predikce a ověřeny změny Gibbsovy energie (ΔG) a jejich komponentů a nakonec byly pečlivě porovnány s experimenty. Stanovili jsme, že molekula cholinu (Ch+) je vázána o 2.8 kcal/mol silněji (vypočtením ΔG) než acetylcholin (ACh+) v samo-uspořádané tří helikální rigidní kleci, odpovídající K(Ch+)/K(ACh+) = 109, což je v poměrně...

Úplný záznam
2017-05-18
14:08
Essays on Natural Resource Richness, Economic Growth and Institutional Quality
Zeynalov, Ayaz ; Horváth, Roman (vedoucí práce) ; Janda, Karel (oponent) ; Frensch, Richard (oponent) ; Hartwell, Christopher (oponent)
Charles University in Prague Faculty of Social Sciences Institute of Economic Studies DISSERTATION THESIS Essays on Natural Resource Richness, Economic Growth and Institutional Quality Ayaz Zeynalov Abstrakt Tato práce se skládá ze tří empirických papírů o přírodním zdroji, hospodářském růstě a institucionální kvalitě. První dokument analyzuje možné publikačního zkreslení a důvod pro navzájem si odporujících zjištění v literatuře o přírodních zdrojů, druhý dokument zkoumá vliv vývozu přírodních zdrojů na výrobu výkonu v 15 zemích bývalého Sovětského svazu a poslední dokument adresuje zda li podoby ve velikosti příjmů země a na institucionálních úrovnich podporují zvýšené množství bilaterálnícho obchodu mezi zeměmi. Úvodní kapitola staví tyto tři dokumenty v perspektivu. V prvním dokumentu ja analyzuji 43 studií, které poskytují 605 různých regresní zadávací dokumentace a zjistil, že přibližně 40% dokumentů hlasí negativní a statisticky významný vliv, další 40% dokumentů hlasí žádný účinek, a zbývajících 20% dokumentů hlasí pozitivní a statisticky významný vliv přírodních zdrojů na ekonomický růst. Výsledky ukazují, že vzájemné působení mezi přírodními zdroji a institucionální kvalitou, řízení na úrovni investiční aktivity, rozlišovaní mezi různými druhy přírodních zdrojů a odlišování zdrojů závislostí a...

Úplný záznam
2017-05-18
14:08
Host-virus interactions of mammalian endogenous retroviruses
Farkašová, Helena ; Elleder, Daniel (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Mělková, Zora (oponent)
Endogenní retroviry (ERV) vznikají retrovirovou infekcí zárodečné linie a následným přenosem do dalších generací podle pravidel Mendelovy dědičnosti. Až na pár výjimek jsou všechny druhy savčích ERV evolučně staré a fixované v populaci svých hostitelských druhů. O některých skupinách retrovirů se předpokládálo, že nejsou schopny vytvářet endogenní kopie. Objevili jsme další příklad endogenního Lentiviru a první endogenní Deltaretrovirus. Obě tyto skupiny byly dříve považovány za neschopny vytvářet endogenní kopie. Endogenní lentiviry byly objeveny pouze nedávno a stale se považují za velmi vzácné. Toto jsou stále jen minoritní důkazy z kterých nemůžeme získat celkový obraz o průběhu virové endogenizace. Popsali jsme nový endogenní Lentivirus v genomu letuchy malajské (Galeopterus variegatus) a nazvali ho ELVgv (endogenous Lentivirus of G. variegatus). Na základě několika analýz jsme dokázali, že se jedná o nejstarší dosud objevený Lentivirus, a potvrdili jsme jeho přítomnost v jediném jiném současném druhu Dermopter - Cynocephalus volans. Endogenní deltaretroviry byly poslední retrovirovou skupinou bez nalezeného endogenního člena. Našli jsme zbytky endogenního Deltaretroviru v genomu netopýra létavce natalského (Miniopterus natalensis). Tato retrovirová sekvence byla přítomna v genomu pouze v jedné kopii....

Úplný záznam
2017-05-18
14:08
Generation and analysis of mutant mouse models to study pathophysiological roles of KLK5 and KLK7 in epidermis
Kašpárek, Petr ; Sedláček, Radislav (vedoucí práce) ; Stopka, Pavel (oponent) ; Machoň, Ondřej (oponent)
Peptidázy příbuzné kallikreinu (KLK) představují rodinu vzájemně spřízněných serinových proteáz, které jsou kódovány geny umístěnými v jediném chromozomálním lokusu. Jejich exprese byla popsána v mnoha tkáních a řada experimentů in vitro naznačuje významnou roli KLK v mnoha fyziologických i patologických procesech. Přesto jsou skutečné úlohy KLK v živém organismu stále ne zcela objasněny, což je způsobeno zejména nedostatkem vhodných zvířecích modelů pro jejich studium. Přestože genově-deficientní myší modely pro některé KLK již byly vytvořeny, jejich význam pro objasnění rolí těchto proteáz v komplexním prostředí živého organismu byl jen omezený. Jednou z hlavních překážek je částečný funkční překryv mezi některými KLK. Inaktivace jednoho genu tudíž často nevede ke změně fenotypu v důsledku funkční kompenzace mezi jednotlivými proteázami. Zdá se tedy, že klasické myší modely deficientní pro jeden gen jsou ne zcela vhodným nástrojem pro studium KLK in vivo. V této práci jsme použili TAL efektor nukleázy (TALENy) pro přípravu několika nových mutantních myších linií, které umožňují analýzu komplexních proteolytických sítí tvořených KLK a studium jejich role ve zdravém organismu i během chorobných procesů. Připravili jsme nový model pro Nethertonův syndrom (NS), autosomálně recesivní kožní chorobu způsobenou...

Úplný záznam
2017-05-18
14:08
Nano-structured multicomponent plasma polymers for controlled immobilization of biomolecules
Melnichuk, Iurii ; Shukurov, Andrey (vedoucí práce) ; Čech, Vladimír (oponent) ; Pavlík, Jaroslav (oponent)
Název práce: Nanostrukturované plazmové polymery pro řízenou imobilizaci biomolekul Autor: Iurii Melnichuk Katedra/Ústav: Katedra Makromolekulární Fyziky/Univerzita Karlova Vedoucí doktorské práce: Doc. Ing. Andrey Shukurov, Ph.D. Abstrakt: V této práci studujeme možnosti aplikace nanostruktur při funkcionalizaci povrchů pro interakce s biomolekulami. V první části práce zkoumáme vznik a počáteční stadia růstu tenkých nano- strukturovaných polymerních vrstev nanášených metodou vakuové termální depozice. Růst polyethylenových (PE) ostrůvků je diskutován jak z hlediska kinetických rovnic, tak pomocí teorie dynamického škalování. Druhá část práce je věnována imobilizaci proteinů prostřednictvím kovalentního navázáni na nano- strukturované povrchy aktivované bariérovým výbojem. Diskutujeme jak ovlivňuje morfologie povrchu a přítomnost tropoelastinu proces přežívání buněk na takových površích. Ultra-tenké hydrokarbonové vrstvy schopné imobilizace proteinů jsou vytvořeny metodou plazmové polymerace. Mezi hlavní výsledky práce patří stanovení kritického rozměru ostrůvků a objasnění průběhu nukleace v počáteční fázi jejich růstu. Ošetření PE nanostruktur atmosférickým nízko-teplotním plazmatem vede k jednoduché a účinné kovalentní imobilizaci proteinů na povrchu. Chování buněk na takových površích je závislé na...

Úplný záznam
2017-05-18
14:08
Ultra tenké vrstvy nanášené magnetronovým naprašováním a jejich charakterizace
Petr, Martin ; Kylián, Ondřej (vedoucí práce) ; Straňák, Vítězslav (oponent) ; Tichý, Milan (oponent)
Práce je zaměřena na depozici tenkých a ultratenkých vrstev plazmových polymerů, jejich charakterizaci a přípravu nanokompozitů kov/plazmový polymer. Charakterizace vrstev byla částečně prováděna in-situ bez vystavení vzorků okolní atmosféře - metodou spektrální elipsometrie byla měřena tloušťka vrstev, metodou XPS pak chemická struktura vrstev. Po přípravě vzorků byla ex-situ měřena morfologie vrstev i jejich optické vlastnosti. Ukazuje se, že v počátečních stádiích růstu vlastnosti vrstev plazmových polymerů závisí na jejich tloušťce i na materiálu substrátu. Pro připravené nanokompozity kov/plazmový polymer byla rozvinuta celá řada aplikací: mohou sloužit jako superhydrofobní povrchy, gradientní povrchy, substráty pro Ramanovu spektroskopii nebo jako antibakteriální vrstvy. Velká pozornost byla věnována také speciálním optickým vlastnostem připravených nanokompozitních vrstev. Práce má experimentální charakter.

Úplný záznam
2017-05-18
14:08
Three Essays on Labor Market Institutional Environment
Fialová, Kamila ; Schneider, Ondřej (vedoucí práce) ; Münich, Daniel (oponent) ; Brada, Josef (oponent) ; Dybczak, Kamil (oponent) ; Janáček, Kamil (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Fakulta sociálních věd Institut ekonomických studií Three Essays on Labor Market Institutional Environment Dizertační práce Kamila Fialová Praha 2012 Abstrakt Dizertační práce se skládá ze tří článků zabývajících se institucionálním prostředím trhu práce. První článek "Instituce trhu práce a jejich vliv na výkon trhu práce v nových členských zemích EU" odhaduje vliv institucí trhu práce na různé indikátory výkonu trhu práce (nezaměstnanost, dlouhodobá nezaměstnanost, zaměstnanost, ekonomická aktivita) v evropských zemích. Výsledky potvrzují, že vysoké daně zvyšují nezaměstnanost, zatímco aktivní politiky zaměstnanosti ji naopak snižují. Článek také ukazuje, že přísná legislativa chránící zaměstnance, vysoké daně a větší ekonomické zatížení představované minimální mzdou snižuje zaměstnanost a ekonomickou aktivitu. Druhý článek "Instituce trhu práce a jejich dopad na šedé ekonomiky v Evropě" analyzuje roli institucí trhu práce při vysvětlení vývoje šedé ekonomiky v Evropě za použití různých alternativních měřítek šedého sektoru. Výsledky naznačují, že jedna instituce, která jednoznačně zvyšuje produkci i zaměstnanost v šedé ekonomice, je legislativa chránící zaměstnanost. Ostatní instituce mají méně přímočarý a statisticky robustní efekt a jejich dopady se často liší v nových a...

Úplný záznam
2017-05-18
14:08
Language practice of Bulgarian speakers in Czech linguistic environment
Dabova, Vesela ; Gladkova, Hana (vedoucí práce) ; Rangelová, Albena (oponent) ; Tisheva, Yovka (oponent)
v češtině Tato práce se skládá z pěti kapitol: z teoretické části, v níž je konkretizováno teoretické východisko práce (zejm. pojmy spjaté s bilingvismem a jazykovým kontaktem), z metodologické části, v níž se specifikují cíle a metody terénní práce (stanovení cílové skupiny, předmět zkoumání, kvalitativní a kvantitativní metody, technická stránka výzkumu), z historické části pojednávající o vzniku a životě bulharské menšiny v České republice, dále ze sociolingvistické části, která nabízí analýzu sociolingvistických vlivů češtiny na bulharský jazyk, a z jazykové části, v níž je obsažena analýza interferencí z hlediska jazykové struktury. Cílem této práce je sociolingvistická a jazyková analýza řečového chování rodilých mluvčích bulharštiny v českém jazykovém prostředí, která by ukázala,, jaký vliv má cizí jazyk - čeština (E2) na mateřský jazyk - bulharštinu (E1) v promluvách, vedených v jazyce E1; jaké faktory způsobují vznik vlivu a jak se tento vliv projevuje v promluvách bilingvních mluvčích . Vliv E2 na E1 zkoumáme zpočátku ze sociolingvistického hlediska s přihlédnutím ke všem sociolingvistickým faktorům, které se promítají do promluv jednotlivců. Po této analýze následuje jazyková analýza a konkrétní strukturní rozbor interferovaných jednotek. Pro účely studie byly zpracovány...

Úplný záznam
2017-05-18
14:08
Studium farmakologie a funkce vazebných míst nikotinových acetylcholinových receptorů
Kaniaková, Martina ; Krůšek, Jan (vedoucí práce) ; Chaloupka, Roman (oponent) ; Zemková, Hana (oponent)
Název práce: Studium farmakologie a funkce vazebných míst nikotinových acetylcholinových receptorů Autor: Mgr. Martina Kaniaková Katedra / Ústav: Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Vedoucí disertační práce: RNDr. Jan Krůšek, CSc., Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Abstrakt: Nikotinové acetylcholinové receptory (nAChR) jsou ligandem otevírané iontové kanály. Jejich funkční vlastnosti a možnosti farmakologického ovlivnění jsme studovali prostřednictvím techniky terčíkového zámku (patch-clamp) v konfiguraci měření proudu z celé buňky. Zkoumali jsme vlastnosti neuronálních receptorů heterologně exprimovaných v linii COS buněk a svalových receptorů přirozeně exprimovaných buněčnou linií TE671. Lobelin, rostlinný alkaloid s dlouholetou historií terapeutického využití, je schopen přímé interakce s nikotinovými acetylcholinovými receptory ve vazebném místě pro agonistu. Zjistili jsme, že výsledný účinek této interakce je závislý na aplikované koncentraci lobelinu, přítomnosti dalšího agonisty, časovém schématu aplikace a v neposlední řadě na podtypu receptoru. Souhrnně lze lobelin označit za velmi slabého parciálního agonistu nAChR s výraznou schopností desensitizovat některé podtypy receptorů. V kombinaci s jinými agonisty lobelin účinkuje buď jako kompetitivní antagonista nebo koagonista. Pomocí bodových mutací jsme...

Úplný záznam
2017-05-18
13:55
Analýza rychlostních a tlakových polí kapaliny, využitím křivočarých souřadnic
Stejskal, Jiří ; Pochylý, František (vedoucí práce)
Tato práce představuje zcela novou metodu návrhu hydraulického tvaru lopatek odstředivého čerpadla. Metoda je založena na geometrickém přístupu vycházejícím z křivočarých souřadnic, ve kterých je formulován jak model proudění v bezlopatkovém prostoru meridiálního řezu, tak finální model proudění v oběžném kole, který bere v úvahu kompletní 3D tvar lopatky. Řešení tohoto modelu pak přímo poskytuje vodítko pro tvarování lopatky oběžného kola, které vede k potlačení sekundárního proudění a tím pádem ke zvýšení jeho účinnosti, což je demonstrováno na konkrétním návrhovém příkladu. Parciální diferenciální rovnice popisující proudění v oběžném kole čerpadla se řeší numericky po jednotlivých proudoplochách, což navíc vede k významné úspoře výpočetního času.

Úplný záznam