|
|
Mapování pohybových artefaktů ve fMRI
Nováková, Marie ; Kremláček, Jan (oponent) ; Jan, Jiří (vedoucí práce)
Tato práce shrnuje princip magnetické rezonance a metodu funkční magnetické rezonance. Je zaměřena na projevy pohybových artefaktů ve fMRI datech a na metody předzpracování snímků, především jejich zarovnání. Zabývá se možností využití pohybových parametrů získaných při procesu zarovnání funkčních skenů k vytvoření map projevu pohybových artefaktů. V práci jsou navrženy, implementovány a testovány tři metody sloužící k vytvoření pravděpodobnostních, výkonových a statistických skupinových map ukazujících místa typicky postižená pohybovým artefaktem.
|
|
|
Synchronizace textu a audia
Šuba, Adam ; Hradiš, Michal (oponent) ; Szőke, Igor (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá výzkumem nástroje pro synchronizaci textu a audia na úrovni jednotlivých grafémů a fonémů. V práci jsou také diskutovány možné přístupy k synchronizaci a případná omezení a problémy, kterým je třeba čelit. Zkoumaný nástroj využívá přístup vycházející z grapheme-to-phoneme konverze s použitím joint-sequence modelů. Pro experimenty jsou použity data z televizního vysílání, která byla převzata z Multi-Genre Broadcast Challenge 2015.
|
|
| |
|
|
Aplikace pro zarovnávání částí DNA
Kašpárek, Tomáš ; Žák, Jakub (oponent) ; Rozman, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá metodami zarovnání sekvenci DNA se zaměřením na rychlost prováděného úkonu a jeho optimálnost. Výsledkem práce je několik programů, které předvádějí zarovnávací algoritmy a jejich verze programované za použití knihoven OpenCL, které jsou optimalizované na rychlost výpočtu. Text této práce seznamuje čtenáře s problematikou zarovnání DNA a jejím významem v biologii. Dále jsou zde prezentovány algoritmy pro zarovnání DNA a možnosti jejich paralelizace za použití knihoven pro paralelní zpracování dat jako jsou CUDA či OpenCL.
|
|
|
Automatické zarovnání CT skenu hlavy
Karmazinová, Inna ; Kolář, Radim (oponent) ; Jakubíček, Roman (vedoucí práce)
Práce se zabývá automatickým zarovnáním CT skenu hlavy. V současné době je zarovnávání prováděno manuálně zaškoleným personálem, tento proces je však časově náročný, a tak existuje snaha o zautomatizování tohoto procesu. V prostředí MATLAB byly navrženy a implementovány dvě metody pro zarovnání CT skenu hlavy v axiální a koronální rovině využívající bilaterální symetrie hlavy. Dále byla vytvořena metoda pro zarovnání sagitální roviny s využitím CG-TOB referenční přímky pro detekci rotačního úhlu. Tyto přístupy byly otestovány a validovány na databázi manuálně anotovaných CT skenů hlavy.
|
|
|
Techniky pro získávání dat v genomice
Jaša, Petr ; Křivka, Zbyněk (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tato práce si v první řadě klade za cíl představit některé běžné techniky pro získávání dat v genomice a v další řadě naimplementovat vlastní algoritmus vycházející z originální verze algoritmu BLAST jako zástupce zmíněných technik. Práce se konkrétně zaměřuje na DNA sekvence, které v sobě uchovávají genetickou informaci, jež je předlohou živých organismů. Pro rozluštění této informace se používá řada technik. Tento text popisuje algoritmus Fasta a algoritmy rodiny BLAST. Pomocí těchto algoritmů je možné získat o sekvencích DNA, u kterých je známá pouze jejich primární struktura, mnoho důležitých informací. Princip algoritmů spočívá v zarovnání jedné vzorové sekvence DNA, ze které chceme získat informace, s mnoha sekvencemi uloženými v databázi. Ze zarovnání je pak možné u vzorové sekvence, na základě míry její podobnosti se sekvencemi databáze, stanovit s určitou pravděpodobností mnoho různých vlastností.
|
|
|
Předpovídání struktury proteinů
Tuček, Jaroslav ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Práce popisuje prostorovou strukturu molekul bílkovin a databází uchovávajících representace této struktury, či její hierarchické klasifikace. Je poskytnut přehled současných metod výpočetní predikce struktury bílkovin, přičemž největší pozornost je soustředěna na komparativní modelování. Tato metoda je rovněž v základní podobě implementována a na závěr její implementace analyzována.
|
|
|
Automatická tvorba slovníků z překladových textů
Sumbalová, Lenka ; Kouřil, Jan (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce bylo vytvořit systém pro automatickou tvorbu slovníků z překladových testů. Je popsána implementace systému, který generuje česko-anglický slovník ze zarovnaného paralelního korpusu a shrnut výsledek práce. Dále je analyzován paralelní korpus CzEng, který byl použit jako zdroj dat pro slovníky a vysvětleny teoretické pojmy související s touto problematikou.
|
|
|
Grafická reprezentace genomických a proteomických sekvencí
Pražák, Ondřej ; Kolářová, Jana (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Úprava sekvencí DNA a jejich vhodné zobrazení je důležitou součástí analýzy, porovnání a dalšího zpracování. Úkolem této práce je seznámení s vlastnostmi genomických a proteomických sekvencí a nalezení metod pro jejich zobrazení. Z důvodu velkého množství postupů a jejich dělení, je v této práci uvedeno pouze několik zástupců. Všechny metody popsané v textu jsou dle zadání naprogramovány v prostředí Matlab. Pomocí krátkých sekvencí DNA několika živočichů jsou vyzkoušeny a porovnány s originálním výzkumem. Některé metody obsahují, vedle grafického zobrazení, i příklad dalšího zpracování, převážně podobnostní analýza. Závěrem práce je porovnání výsledků analýzy a vybrat nejvhodnější metodu.
|
|
|
Hardwarová akcelerace algoritmu pro hledání podobnosti dvou DNA řetězců
Nosek, Ondřej ; Kořenek, Jan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Metody pro zarovnání různých typů bioinformatických sekvencí jsou klíčovou součástí výzkumu v této oblasti. Úlohy jsou časově velmi náročné, a proto má smysl vytvořit hardwarovou platformu pro urychlení těchto výpoětů. Cílem této práce je navržení obecné architektury založené na FPGA technologii, která dokáže pracovat s několika různými druhy sekvencí. Metody, které bude navržená akcelerační karta používat budou především dynamické algoritmy Needleman-Wunsch a Smith-Waterman.
|
host ::
RSS.