|
|
Příprava a charakterizace modifikovaných virových částic odvozených od myšího polyomaviru pro přepravu genů za účelem zvýšení účinnosti transdukce
Škvára, Petr ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Sýkora, Michal (oponent)
Virové částice odvozené od myšího polyomaviru mohou být potenciálně využity pro dopravu terapeutických genů či léčiv do cílových buněk. Tato práce se zabývá přípravou a charakterizací polyomavirových částic modifikovaných pomocí peptidů, které penetrují membrány s cílem vytipovat vhodné přístupy pro zvýšení efektivity transdukce reportérového genu do lidských buněk. V práci je analyzován transdukční potenciál virových částic tvořených hlavním kapsidovým proteinem VP1 v kombinaci s minoritním kapsidovým proteinem VP2 a s modifikovaným minoritním strukturním proteinem VP3, který je fúzován s oktaargininem, peptidem LAH4 nebo transdukční doménou adenovirového proteinu VI. Tato práce současně sleduje vliv modifikace na schopnost částic enkapsidovat heterologní DNA. Na základě testování účinnosti transdukce reportérového genu pro luciferázu pomocí modifikovaných částic se ukázalo, že žádná varianta připravených částic významně nezvýšila, ale naopak snížila efektivitu transdukce reportérového genu ve srovnání s nemodifikovanými částicemi. Práce tak přispívá svými poznatky k pochopení role minoritních kapsidových proteinů polyomaviru při přenosu genů a k návrhu nových strategií pro modifikaci částic odvozených od myšího polyomaviru pro jejich využití v nanomedicíně. Klíčová slova: myší polyomavirus,...
|
|
|
Genome editing using programmable endonucleases
Hanečková, Radmila ; Sedláček, Radislav (vedoucí práce) ; Sýkora, Michal (oponent)
Programovatelné endonukleázy jsou proteiny schopné rozpoznat specifické sekvence nukleotidů a následně v rozpoznané sekvenci štěpit obě vlákna DNA. Zinc-finger nukleázy jsou široce využívaným nástrojem v genomové editaci, metodě zavádění změn do genomů buněčných liní nebo celých organismů za účelem studia funkce genů. Nedávno se objevily nové typy programovatelných endonukleáz v podobě transcription activator-like effector (TALE) nukleáz a CRISPR/Cas systému. Tyto systémy se od sebe liší z pohledu mechanizmu funkce, dostupnosti, selektivity, frekvence off- targetů a cytotoxicity. V této práci zinc-finger nukleázy, TALE nukleázy a CRISPR/Cas systém porovnáváme a zkoumáme jejich aktuální a možné budoucí využití v široké oblasti výzkumu, který sahá od vývoje geneticky modifikovaných organismů až po genovou terapii. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Časová působnost trestních zákonů a některé její vybrané problémy v praxi
Sýkora, Michal ; Šámal, Pavel (vedoucí práce) ; Císařová, Dagmar (oponent)
Závěr Roky 2009 a 2010 přinesly s novým trestním zákoníkem i celou řadu situací, které je třeba v praxi denně řešit. Některé z nich se týkají i časové působnosti nového kodexu, tedy principů, které mají za to, že jsou stále konfrontovány dva rozsáhlé kodexy trestního práva, ačkoliv jeden z nich již není platný, ale díky své příznivosti pro pachatele trestných činů, spáchaných za jeho účinnosti, je stále "udržován při životě". Z pohledu teorie časové působnosti je zásadní vymezení doby spáchání trestného činu, která je s konečnou platností stanovena okamžikem, kdy pachatel jednal a nikoliv následkem, odpadly tak neshody, které se vykytovaly jak v teorii, tak v praxi. Samostatnou otázkou roku 2009 pak byl přístup k tzv. "zanikajícím" trestným činům, který ještě před počátkem účinnosti nového zákona znamenal od některých orgánů činných v trestním řízení snahu o specifický přístup k nim při snaze o respekt jak názoru zákonodárce o tom, že tyto činy by již neměly býti trestné, tak zároveň i jeho jiného názoru, že po dobu legisvakance je stále nutno je stíhat. I když si problematika stíhání "zanikajících" trestných činů nevysloužila tak velkou mediální pozornost jako například v případě hromadného propouštění vězňů drobných krádeží, přesto mám za to, že snaha o nalezení způsobů zrychlení, zefektivnění a především...
|
|
|
Umělé fosfolipidové membrány - metody přípravy, vlastnosti a využití
Hryzáková, Klára ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Sýkora, Michal (oponent)
Heterogenita biologických membrán vedla ke vzniku širokého spektra zjednodušených modelových systémů, jejichž uspořádání, velikost a tvar se dají přizpůsobovat různým aktuálním požadavkům. Existují dva rozdílné přístupy k vytváření umělých fosfolipidových membrán. První z nich je založen na vzniku membrán ve vodném prostředí. Do této skupiny patří černé lipidické membrány, dvojvrstvy na pevném podkladu, dvojvrstvy vzniklé z monovrstev na rozhraní vody a vzduchu a liposomy. Ve druhém případě vznikají dvojvrstevné membrány v množství organické fáze metodou dvojvrstev na kapičkovém rozhraní. Každý typ umělých membrán má své experimentální výhody a nevýhody, což se používá ke studiu různých problémů sahajících od chování jednotlivých fosfolipidů a proteinů až po fúze membrán. Umělé fosfolipidové membrány jsou vhodným nástrojem pro elektrickou charakterizaci dvojvrstev a nebo membránových proteinů. Tato práce je ucelený přehled nejpoužívanějších metod vhodných pro vznik umělých fosfolipidových membrán. Klíčová slova: membrána, lipid, fosfolipidová dvojvrstva, liposom, černá lipidová membrána, dvojvrstvy na pevném podkladu, dvojvrstva na kapičkovém rozhraní Abstract The heterogeneity of biological membranes has led to development of a wide spectrum of simplified model systems whose composition, size and...
|
|
| |
|
|
Katalytická funkce DNA dependentních RNA polymeráz
Sýkora, Michal ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
DNA dependentní RNA polymeráza je vysoce organizovaný proteinový komplex, který je zodpovědný za genovou expresi a její regulaci. Vícepodjednotková RNA polymeráza se svými několika katalytickými aktivitami je zodpovědná za transkripci genů do RNA kopií u všech buněčných organismů. Při transkripci podstupuje RNA polymeráza značné konformační změny v závislosti na podmínkách v konkrétní buňce. RNA polymeráza ve stavu označovaném jako elongační komplex prochází opakovanými cykly přidání nukleotidu k rostoucímu řetězci RNA. Aktivní centrum RNA polymerázy obsahuje dva hořečnaté ionty, které koordinují reaktivní skupiny substrátů. Dále aktivní centrum obsahuje strukturní prvky, jež se účastní vazby substrátu, správné orientace substrátu vůči templátovému vláknu a translokace RNA polymerázy. Nejdůležitější z těchto pohyblivých strukturních prvků jsou mostový helix a spouštěcí smyčka, jejichž konformační změny cyklus přidání nukleotidu doprovázejí. Pokroky v strukturní a biochemické charakterizaci RNA polymerázy otevírají nové možnosti v porozumění transkripčního mechanismu, jeho přesnosti a kontroly.
|
|
|
Fenomény ovlivňující chování české šlechty v husitské revoluci na pozadí života Hanuše z Kolovrat
Sýkora, Michal ; Foltýn, Dušan (vedoucí práce) ; Charvátová, Kateřina (oponent)
Diplomová práce se zaměří na faktory ovlivňující chování české šlechty (především panstva) během husitské revoluce. Fenomény jako rodina, ekonomické a regionální vztahy, stavovská příslušnost či aktuální vojenská situace budou konfrontovány s životem Hanuše z Kolovrat. Hanuš z Kolovrat byl pro tento účel vybrán z několika důvodů. Jako člen plzeňského landfrýdu byl po dlouhou dobu spojencem Zikmunda Lucemburského. Pro nás bude zajímavé sledovat, jak se Hanuš z Kolovrat podílel na sekularizaci církevních statků, jakým strategickým způsobem budoval své panství a jakým způsobem ho tlak kališnických radikálů přinutil přestoupit do opačného věroučného tábora. Výzkum bude završen rokem 1448, kdy Jiří z Poděbrad dobyl Prahu a Hanuš z Kolovrat se jako poražený stáhl z politické scény. Různé teorie o chování české šlechty budou konfrontovány nejen s životem Hanuše z Kolovrat, ale i s dalšími příklady významných předáků husitské revoluce. Práce se pokusí odpovědět na otázku, zda je možné najít jakousi jednotící teorii o chování české šlechty v první polovině 15. století, nebo se takováto teorie detailním prozkoumáním osudů jednotlivce nutně rozbije.
|
|
|
The project of Boris Akunin - an example of literary strategy at the turn of XX-XXI centuries
Volkova, Natalia ; Glanc, Tomáš (vedoucí práce) ; Janáček, Pavel (oponent) ; Sýkora, Michal (oponent)
This work deals with the literaturary project "B. Akunin", which was defined by it's creator G. Chkhartishvili as a "quality literature for the mass reader". When they wish to characterise the project, critics emphasize the use of an adventure plot combined with interesting style and intertextual play. We see a tendency to place the project in the "middle level", which in their hierarchy is somewhere between the literature created for the "happy few" and consumer fiction. However convergence of mass and elite culture is too general a trend in postmodernist literary strategy to be sufficiently characteristic of a concrete author. Our research covers all the texts published to the present day under the names of both G. Chkhartishvili and B. Akunin. It was the part of the extratextual strategy of the author to construct an image of himself as a writer of serious, almost scientific prose, who began to write detective stories for his own and his readers' enjoyment. The author generally uses mass clichés whenever he describes his heroes and action scenes in the story. He uses a great many simple references to the other literaturary works in his texts which should be understandable by every reader. At the same time we find other, more complicated references requiring knowledge of a wider literary "encyclopedia"....
|
|
|
Charakterizace nekanonické RNA polymerázy kódované lineárními plasmidy kvasinek
Sýkora, Michal
Transkripce je hlavním kontrolním bodem genové exprese. Tento proces závisí na proteinovém komplexu vícepodjednotkových RNA polymeráz, které jsou mimořádně konzervované mezi všemi buněčnými organismy. U mimochromozomálních dědičných elementů, jako jsou organely, viry a plasmidy, je transkripce závislá na RNA polymerázách buněk hostitelských organismů, nebo tyto elementy kódují RNA polymerázu vlastní. Předpokládaná nekanonická RNA polymeráza, skládající se ze dvou podjednotek, je kódována také lineárními cytoplasmatickými plasmidy kvasinky Kluyveromyces lactis a velmi pravděpodobně přepisuje pouze geny těchto plasmidů. Kromě dvou podjednotek RNA polymerázy kódují lineární plasmidy Kluyveromyces lactis ještě další dvě předpokládané komponenty transkripčního aparátu, a to capping enzym přidávající čepičku na 5' konce mRNA, a předpokládanou DExD/H box helikázu. Charakterizace unikátního a nepříliš probádaného transkripčního aparátu plasmidů Kluyveromyces lactis byla hlavní náplní této práce. Cílem bylo především: 1) objasnit evoluční původ transkripčního aparátu lineárních plasmidů; 2) popsat architekturu transkripčního komplexu lineárních plasmidů in vivo se zaměřením na předpokládané vazebné partnery RNA polymerázy; 3) odhalit mechanismy iniciace a terminace transkripce kvasinkových lineárních...
|
|
|
Changes of sensory active substances during ripening of selected type of natural cheese
Sýkora, Michal ; Buňková, Leona (oponent) ; Gregor,, Tomáš (oponent) ; Buňka, František (vedoucí práce)
The presented dissertation is a study focused on the characterization of sensory quality, especially the flavour of model samples of natural cheeses. Attention is aimed to the composition and content of volatile (sensory active) substances as important markers of flavour and free/bound fatty acids as their precursors. The headspace solid phase microextraction in conjunction with gas chromatography with mass spectrometry was used to determine volatiles. For the determination of fatty acids, the lipids were isolated from the sample with a solvent mixture of diethyl ether and petroleum ether, followed by esterification using a methanolic solution of boron trifluoride as a catalyst and final analysis by gas chromatography with flame ionization detection. The experimental part was divided into two experiments; in experiment I, Moravský bochník type cheeses (45 % fat in dry matter., 60 % dry matter) were analysed, in experiment II, Edam type cheeses (45 % fat in dry matter, 50 % dry matter). Model samples of cheeses were made at Tomas Bata University in Zlín. For all samples, a classical mesophilic culture containing Lactococcus spp. and Leuconostoc spp. was used, this was always supplemented with a suitable monoculture of thermophilic bacteria; in the case of Moravský bochník cultures of Streptococcus thermophilus and Lactobacillus helveticus and in the case of Edam cheeses Lactobacillus casei and Lactobacillus plantarum. The essence of both experiments was to assess the influence of the used microbial cultures on the above-mentioned parameters, at the same time their changes during the ripening of the cheeses were monitored. The results showed that the addition of thermophilic cultures, as well as the maturation process did not affect the number of fatty acids or volatiles, but significant differences were found in their content. The content of bound fatty acids decreased during cheese ripening due to ongoing lipolytic changes while increasing the content of free fatty acids and their subsequent degradation to volatile substances, which ultimately contribute to the taste and aroma of the cheese. Ketones and acids were the most quantitatively present in all samples. During maturation, contrary to expectations, the content of identified volatiles also decreased. The addition of the thermophilic cultures didn’t have a clear effect and varied depending on the maturation phase. In the first phase, although they showed more pronounced lipolytic activity, the subsequent metabolic processes - the breakdown of free fatty acids into volatile substances, compensated for these differences. These results confirm a significant share of the basic mesophilic culture in the formation of volatile substances, in particular the flavour of cheeses.
|
host ::
RSS.