|
|
Řízení procesů s dynamickou optimalizací rozvrhu zdrojů
Šinkora, Jan ; Kočí, Radek (oponent) ; Janoušek, Vladimír (vedoucí práce)
Práce se zabývá mezioborovou problematikou na pomezí informačních technologií a~optimalizace procesů. Jsou zde využity a rozšířeny dříve navržené postupy pro modelování projektů a~zdrojů pomocí objektově orientovaných Petriho sítí. Dále se rozebírají možnosti použití genetických algoritmů pro optimalizaci rozvrhů zdrojů, které určují jejich přiřazení k~jednotlivým aktivitám v~dynamických systémech. Je popsána třída rozvrhovacích problémů s omezenými zdroji a způsob, jakým lze tyto projekty implementovat. Také je ukázáno, jak lze vytvořit složitější model výroby inspirovaný reálnými výrobními procesy. Dále je navržen řídící agent, který sleduje běžící výrobní systém a~umožňuje jeho dynamickou optimalizaci. Celý systém je implementován v prostředí Squeak Smalltalk za využití nástroje PNtalk, který je experimentální implementací objektově orientovaných sítí.
|
|
|
Výpočet atributů pro předpověď důsledku mutace na funkci proteinu
Šinkora, Jan ; Filák, Jakub (oponent) ; Jaša, Petr (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá problematikou z oblasti bioinformatiky, algoritmů a datových typů a strojového učení. Základem práce jsou již existující aplikace Caver a Deleterious, na jejichž vývoji se podíleli studenti Fakulty informatiky Masarykovy univerzity a Fakulty informačních technologíí Vysokého učení technického v Brně. Aplikace Deleterious slouží k získávání a výpočtu atributů proteinů důležitých k predikci vlivu mutace proteinu na jeho výslednou funkci a Caver je program pro hledání tunelů v prostorovém modelu proteinu. Výsledkem má být rozšíření těchto aplikací o výpočet nových atributů, které mohou přispět ke zlepšení přesnosti predikce. Přidané atributy souvisí s hledáním a měřením kapes proteinu.
|
|
|
Moderní matematické metody ve studiu imunitní rekonstituce a imunodeficiencí
Stuchlý, Jan ; Kalina, Tomáš (vedoucí práce) ; Šinkora, Jiří (oponent) ; Štěpánek, Ondřej (oponent)
V této práci p edstavujeme nové metody anal˝zy a integrace cytometrick˝ch dat ze öirokého spektra problém se vztahem k imunodeficiencím a poruchám krvetvorby. CVID 6 (respektive 8) barevná pr toková cytometrie je pouûita k imnuno- fenotypizaci rozsáhlé kohorty (88) CVID pacient . Automatická anal˝za "pro- bability binning" ukazuje stabilitu a vnit ní provázanost imunofentotypu CVID pacient . Definovali jsme podskupinu CVID pacient , která vykazuje v˝raznou senescenci, aktivaci imunitního systému a podobn˝ klinick˝ obraz (trombocyto- penie, plicní fibróza a bronchiektázie), kter˝ kvantitativn koreluje s imunofeno- typem. Anal˝za bun ného proteomu Vytvo ili jsme techniky, které umoû ují multiplexní (tisíce protilátek najednou) anal˝zu lidského proteomu pomocí afi- nitní proteomiky, rychlou anal˝zu a zpracování dat. Tyto techniky jsme apliko- vali na anal˝zu zm n proteomu lidsk˝ch bun n˝ch linií a charakterizaci prote- omu akutních leukemií. Ukazujeme dosud nepopsanou stabilitu proteomu v rámci subcelulárních lokalizací a prezentujeme teoretick˝ a praktick˝ základ pro stan- dardizaci a validaci protilátek pro pouûití v afinitní proteomice. Topologická anal˝za cytometrick˝ch dat Multiparametrická hmotnostní cytometrie umoû uje popsat sloûité topologické vztahy bun k v r zn˝ch v˝vo- jov˝ch stádiích....
|
|
|
Výpočet atributů pro předpověď důsledku mutace na funkci proteinu
Šinkora, Jan ; Filák, Jakub (oponent) ; Jaša, Petr (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá problematikou z oblasti bioinformatiky, algoritmů a datových typů a strojového učení. Základem práce jsou již existující aplikace Caver a Deleterious, na jejichž vývoji se podíleli studenti Fakulty informatiky Masarykovy univerzity a Fakulty informačních technologíí Vysokého učení technického v Brně. Aplikace Deleterious slouží k získávání a výpočtu atributů proteinů důležitých k predikci vlivu mutace proteinu na jeho výslednou funkci a Caver je program pro hledání tunelů v prostorovém modelu proteinu. Výsledkem má být rozšíření těchto aplikací o výpočet nových atributů, které mohou přispět ke zlepšení přesnosti predikce. Přidané atributy souvisí s hledáním a měřením kapes proteinu.
|
|
|
Řízení procesů s dynamickou optimalizací rozvrhu zdrojů
Šinkora, Jan ; Kočí, Radek (oponent) ; Janoušek, Vladimír (vedoucí práce)
Práce se zabývá mezioborovou problematikou na pomezí informačních technologií a~optimalizace procesů. Jsou zde využity a rozšířeny dříve navržené postupy pro modelování projektů a~zdrojů pomocí objektově orientovaných Petriho sítí. Dále se rozebírají možnosti použití genetických algoritmů pro optimalizaci rozvrhů zdrojů, které určují jejich přiřazení k~jednotlivým aktivitám v~dynamických systémech. Je popsána třída rozvrhovacích problémů s omezenými zdroji a způsob, jakým lze tyto projekty implementovat. Také je ukázáno, jak lze vytvořit složitější model výroby inspirovaný reálnými výrobními procesy. Dále je navržen řídící agent, který sleduje běžící výrobní systém a~umožňuje jeho dynamickou optimalizaci. Celý systém je implementován v prostředí Squeak Smalltalk za využití nástroje PNtalk, který je experimentální implementací objektově orientovaných sítí.
|
|
|
Prenatal deverlopment of the intestinal and extraintestinal T cell receptor repertoire: identical, dominant TCRDV3 transcripts are present in different fetal piglets
Holrmeier, W. ; Geisel, W. ; Bernert, K. ; Butler, J. ; Šinkora, Marek ; Šinkora, Jiří ; Caspary, W. F.
Specimens from the small andf large intestine, spleen, thymus, liver, bone marrow and PBMC were obtained from fetal piglets between 38 and 114 days of gestation.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.