|
|
Bioinformatic analysis of single nucleotide polymorphisms in the 1000 Genomes Project database
Parobková, Viktória ; Roy, Sudeep (referee) ; Provazník, Ivo (advisor)
Sekvenovanie celého ľudského genómu a nájdenie jeho variácii bolo výzvou počas mnohých rokov. Znalosť všetkých genetických variácií je pozoruhodne prospešná pri výskume chorôb. Táto práca je zameraná na genetické variácie človeka a ich dva hlavné výskumné projekty, The HapMap Project a The 1000 Genomes Project, ktoré pomohli v analýze chorôb. Prvá časť práce je venovaná teoretickému popisu projektov. V nasledujúcej časti práce sú popísané štruktúry databáz u oboch projektov a taktiež je predstavený online nástroj umožňujúci prehľadávanie a sťahovanie ich dát. Následne je prevedená štatistická, populačná a bioinformatická analýza štrukturálnych variácií produkovaných 3 fázou 1000 Genomes projektu.
|
|
|
Time Frequency Analysis of ERP Signals
Bartůšek, Jan ; Provazník, Ivo (referee) ; Černocký, Jan (advisor)
Tato práce se zabývá vylepšením algoritmu pro sdružování (clustering) ERP signálů pomocí analýzy časových a prostorových vlastností pseudo-signálů získaných za pomocí metody analýzy nezávislých komponent (Independent Component Analysis). Naším zájmem je nalezení nových vlastností, které by zlepšily stávající výsledky. Tato práce se zabývá použitím Fourierovy transformace (Fourier Transform), FIR filtru a krátkodobé Fourierovy transformace ke zkvalitnění informace pro sdružovací algoritmy. Princip a použitelnost metody jsou popsány a demonstrovány ukázkovým algoritmem. Výsledky ukázaly, že pomocí dané metody je možné získat ze vstupních dat zajímavé informace, které mohou být úspěšně použity ke zlepšení výsledků.
|
|
|
Biometric system for retina and iris recognition
Hájek, Josef ; Derawi, Mohammad (referee) ; Provazník, Ivo (referee) ; Drahanský, Martin (advisor)
Tato disertační práce se zabývá biometrickým a medicínským zařízením pro simultánní snímání duhovky a sítnice oka v jednom kroku. V případě biometrického zaměření je práce rozšířena o vzájemnou fúzi těchto dvou biometrik do jedné šablony, kdy multimodální systém vykazuje mnohem lepší parametry než systém unimodální, a to především ve větší unikátnosti, univerzálnosti a velmi obtížně proveditelnému útoku (až téměř nemožnému) na senzor. V případě medicínského využití práce dále rozvíjí detekci a klasifikaci nemocí pro základ expertního systému pro oftalmologické účely, který bude umožňovat pomoc lékaři při stanovení diagnózy nálezu v obrazu sítnice (či duhovky) oka.
|
|
|
Methods for Comparative Analysis of Metagenomic Data
Sedlář, Karel ; Vinař,, Tomáš (referee) ; Lexa, Matej (referee) ; Provazník, Ivo (advisor)
Moderní výzkum v environmentální mikrobiologii využívá k popisu mikrobiálních komunit genomická data, především sekvenaci DNA. Oblast, která zkoumá veškerý genetický materiál přítomný v environmentálním vzorku, se nazývá metagenomika. Tato doktorská práce se zabývá metagenomikou z pohledu bioinformatiky, která je nenahraditelná při výpočetním zpracování dat. V teoretické části práce jsou popsány dva základní přístupy metagenomiky, včetně jejich základních principů a slabin. První přístup, založený na cíleném sekvenování, je dobře rozpracovanou oblastí s velkou řadou bioinformatických technik. Přesto mohou být metody pro porovnávání vzorků z několika prostředí podstatně vylepšeny. Přístup představený v této práci používá unikátní transformaci dat do podoby bipartitního grafu, kde je jedna partita tvořena taxony a druhá vzorky, případně různými prostředími. Takový graf plně reflektuje kvalitativní i kvantitativní složení analyzované mikrobiální sítě. Umožňuje masivní redukci dat pro jednoduché vizualizace bez negativních vlivů na automatickou detekci komunit, která dokáže odhalit shluky podobných vzorků a jejich typických mikrobů. Druhý přístup využívá sekvenace celého metagenomu. Tato strategie je novější a příslušející bioinformatické nástroje jsou méně propracované. Hlavní výzvou přitom zůstává rychlá klasifikace sekvencí, v metagenomice označovaná jako „binning“. Metoda představená v této práci využívá přístupu zpracování genomických signálů. Tato unikátní metodologie byla navržena na základě podrobné analýzy redundance genetické informace uložené v genomických signálech. Využívá transformace znakových sekvencí do několika variant fázových signálů. Navíc umožňuje přímé zpracování dat ze sekvenace nanopórem v podobě nativních proudových signálů.
|
|
|
Methods of processing Oxford Nanopore sequencing data for metagenomics
Barilíková, Lujza ; Provazník, Ivo (referee) ; Kupková, Kristýna (advisor)
The revolutionary sequencing technology introduced by Oxford Nanopore Technologies – MinION holds a great promise in the field of metagenomics. Low cost, produced long reads and portability, due to its small dimensions, represents only one of the many advantages of this technology. Despite the benefits, there is a lack of available computational tools for handling the produced data. The theoretical part of the thesis first introduces current sequencing technologies with main focus on the third-generation sequencing and especially on nanopore sequencing. The recent possibilities of metagenomic data visualization are introduced. The main purpose of the bachelor thesis is to make an algorithm for binning of metagenomic samples based on use of dimensionality reduction techniques straight on raw data produced by nanopore sequencing.
|
|
| |
|
|
Measurement of Reaction Time and Attention
Oravová, Pavlína ; Provazník, Ivo (referee) ; Sekora, Jiří (advisor)
The semesters thesis is focused on Measurement of Reaction Time and Attention. Part of this work is a definition of reaction time and factors influencing reaction time. Measuring reaction time in context of the theory of intelligence C-H-C is described together with this theory. There are included related tests, specifically Stroop test, Flanker test, Go/No-go test and N-back test. Next there is mentioned online problematics containing hardware and software delays and diagnostic and measuring of the network. The last part of the work is dedicated to a practical part.
|
|
| |
|
|
RNA secondary structure prediction
Hadwigerová, Michaela ; Provazník, Ivo (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor)
Since the time RNA has been discovered by the nature scientist Miescher the structure and function of it has been forgotten for a long time. The prime role in science had always DNA. An increase of interest in RNA came with the discovery of the tRNA structure and its catalytic and enzymatic properties. These discoveries led to a great development wave of bioinformatics and structure and function analysis of RNA.
|
|
|
ECG Wave Delineation
Trnová, Kateřina ; Provazník, Ivo (referee) ; Kozumplík, Jiří (advisor)
This thesis deals with the detailed measurement one cycle of the ECG signal from the known beginning and end of each major wave of this cycle of the values listed in the database TESPRO. Another objective of this work is to find a representative cycle. The text describes the basic types of measurement intervals, principles of multiple methods of measurement and description of the program, which was implemented. Algorithm for Measurement of function-al units cycle of ECG signal, which was designed based on the detection of trend growth in the field of signal using first differences. Functionality was tested on a standard database CSE.
|
guest ::
