Original title: Metody zpracování sekvenačních dat technologie Oxford Nanopore pro účely metagenomiky
Translated title: Methods of processing Oxford Nanopore sequencing data for metagenomics
Authors: Barilíková, Lujza ; Provazník, Ivo (referee) ; Kupková, Kristýna (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2018
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Revolučná technológia sekvenovania od spoločnosti Oxford Nanopore Technologies – MinION, predstavuje veľkú nádej v oblasti metagenomiky. Nízka cena, produkovanie dlhých čítaní a prenosnosť, vďaka malým rozmerom, predstavuje len jednu z mnohých výhod tejto technológie. Napriek týmto benefitom je tu však nedostatok dostupných výpočtových nástrojov, ktoré by nám umožnili plne zaobchádzať s produkovanými dátami. V úvode tejto bakalárskej práce sú predstavené terajšie sekvenačné technológie so zameraním sa na technológie tretej generácie, predovšetkým na spomínané nanopórové sekvenovanie. V práci sú uvedené aj súčasné možnosti vizualizácie metagenomických dát. Hlavným cieľom tejto práce je vytvoriť algoritmus, ktorý za pomoci aplikácie metód redukcie dimenzionality priamo na surové dáta, produkované nanopórovým sekvenovaním, bude realizovať tzv. binning metagenomických vzoriek. The revolutionary sequencing technology introduced by Oxford Nanopore Technologies – MinION holds a great promise in the field of metagenomics. Low cost, produced long reads and portability, due to its small dimensions, represents only one of the many advantages of this technology. Despite the benefits, there is a lack of available computational tools for handling the produced data. The theoretical part of the thesis first introduces current sequencing technologies with main focus on the third-generation sequencing and especially on nanopore sequencing. The recent possibilities of metagenomic data visualization are introduced. The main purpose of the bachelor thesis is to make an algorithm for binning of metagenomic samples based on use of dimensionality reduction techniques straight on raw data produced by nanopore sequencing.
Keywords: dimensionality reduction; Metagenomics; nanopore sequencing; Oxford Nanopore; Metagenomika; nanopórové sekvenovanie; Oxford Nanopore; redukcia dimenzií

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/82545

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-378615


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses