|
Kryptosporidiové infekce drůbeže
KURAL, Vladimír
V letech 2011 a 2012 byl sledován výskyt Cryptosporidium spp. ve 20 chovech kura domácího (Gallus gallus f. domestica). Z celkového počtu 270 vzorků byla pomocí specifického barvení oocyst kryptosporidií anilin-carbol-methyl violetí zjištěna přítomnost oocyst u 5 vzorků pocházejících z jednoho chovu. Celková DNA byla izolována z pozitivních i negativních vzorků. Pomocí nested PCR amplifikující gen kódující malou ribozomální podjednotku (SSU rRNA) byla detekována přítomnost specifické DNA kryptosporidií v 8 vzorcích. Sekvenční PCR analýza prokázala ve všech 8 případech přítomnost zatím nepopsaného genotypu, pracovně nazvaného Cryptosporidium hen genotyp, který je na základě fylogenetických analýz nejblíže příbuzný druhu C. bovis původně popsaného ze skotu.
|
|
Skrytá diverzita volně žijících trichomonád a jejich postavení v rámci skupiny Parabasalia
Céza, Vít ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Trichomonády (Parabasalia) jsou skupinou anaerobních jednobuněčných eukaryot. V současné době jsou řazeny do říše Excavata, přičemž toto zařazení bylo provedeno pouze na základě molekulárních analýz. Mezi trichomonády patří přes 400 převážně endobiotických druhů, z nichž zhruba 80 % žije v termitech. Volně žijících trichomonád bylo zatím popsáno pouhých šest druhů (Pseudotrichomonas keilini, Ditrichomonas honigbergii, Monotricho- monas carabina, Honigbergiella sp., Tetratrichomonas undula a Lacusteria cypriaca) tvoří- cích čtyři nezávislé fylogenetické linie. Z toho nám se podařilo popsat nový rod a druh Lacusteria cypriaca. Všechny tyto linie jsou sekundárně volně žijící, to znamená, že se v rámci trichomonád vyvinuly ze svých endobiotických předků. Podařilo se nám také publikovat první dvě sekvence příslušející druhu Pseudotrichomonas keilini, morfologicky popsaného již v roce 1935. Na základě našich dat jsme přesunuli Pseudotrichomonas keilini ze skupiny Honigbergiellidae do čeledi Trichomonadidae (řád Trichomonadida). Vedle těchto již publikovaných výsledků jsme získali dalších sedm nových kmenů volně žijících trichomonád (GOU23, CK, GR8, LAGOS2M, VAV1A1, E2NT, LAGOS2D), ze všech těchto kmenů jsme získali sekvenci genu pro SSU rRNA a provedli fylogenetickou analýzu. Tyto kmeny se rozpadly do...
|
|
Kryptosporidiové a mikrospordidiové infekce ve chovech prasat
HANZLÍKOVÁ, Dagmar
Kryptosporidie a mikrosporidie jsou celosvětově rozšíření oportunní paraziti. Vzhledem k jejich širokému hostitelskému spektru a zootickému potenciálu přestavují významné riziko pro imunodeficitní jedince, zejména AIDS pacienty. Přirozené kryptosporidiové infekce u prasat jsou rozšířené, ale zpravidla apatogenní. Celkem bylo vyšetřeno 411 vzorků trusu, 39 prasnic, 127 selat, 122 odstavených selat a 123 selat z předvýkrmu ze 3 farem na kryptosporidiové infekce použitím anilin-karbol-methyl-violeť barvící metodou a pozitivní vzorky molekulárně charakterizované (sekvenování části genu malé podjednotky). Celkově, infekce byly potvrzeny v 84 ze 411 zvířat (20 %), s nejvyšší výskytem u kategorie odstav (27 %). Všechny pozitivní vzorky byly genotypizovány na základě sekvenční analýzy malé podjednotky. Nalezeny byly C.suis, Cryptosporidium pig genotype II a C. muris. Mikrosporidiové infekce u prasat jsou velmi časté. Prasata byla často infikována E. biuneusi. Spory byly nalezeny v 258 vzorcích ze 342 (75 %). Nejvyšší prevalence byla u kategorie předvýkrm (86 %). Genotypizací založenou na stanovení ITS části rRNA genu bylo stanoveno, že prasata jsou nejčastějji nakažená genotypem F, zatímco u dvou zvířat byl identifikován zoonotický genotyp D a u dalších dvou zvířat genotyp Peru 9.
|
|
Variabilita polymorfizmu v genu FABP3 a jeho asociace s ukazateli kvality masa u prasat
Boleslavová, Štěpánka
Cílem diplomové práce bylo studium variability genu FABP3 v populaci prasat plemene české bílé ušlechtilé. Analyzovat jejich asociaci s ukazateli produkce vepřového masa. Gen FABP3 patří do multigenové rodiny FABP (proteiny vázající mastné kyseliny mající vliv na přepravě dlouhých řetězců mastných kyselin). Studovaný polymorfizmus se nachází na pozici X98558:g.1321G>C v 5'UTR oblasti. Relativní frekvence genotypů byly: HH = 0,87, Hh = 0,13. Genotyp hh nebyl u sledovaných jedinců zjištěn. Hodnoty relativních frekvencí alel byly: H = 0,93 a h = 0,07. Na základě asociační analýzy byl prokázán statisticky průkazný rozdíl mezi genotypy pro kyselinu stearovou a linolovou. Vysoce statisticky průkazný rozdíl byl prokázán u kyseliny palmitové.
|
|
Studium SNP genu DGAT1 jako kandidátního genu pro kvalitu vepřového masa
Tomášková, Marie
Tato práce byla zaměřena na studium variability genu DGAT1 v populaci prasat plemene české bílé ušlechtilé. Následně byla prováděna asociační analýza tohoto genu a jednotlivými produkčními ukazateli kvality vepřového masa. Zkoumaný polymorfizmus se nacházel v pozici 103 intronu 2 na chromozomu 4. Gen DGAT1 má hlavní roli při syntéze tryacylglycerolů a může mít vliv na ukládání tuků v těle. Relativní genotypové frekvence byly: AA = 0,4222; AG = 0,4889; GG = 0,0889. Hodnoty relativních frekvencí alel byly následující: A = 0,6666 a G = 0,3334. Na základě asociační analýzy nebyly prokázány žádné statisticky průkazné rozdíly.
|
|
Mutations in MLH1 gene and MSI status as molecular characteristics of sporadic colorectal cancer
Čaja, Fabián ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Kadlecová, Jitka (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) je jedním z nejrozšířenějších maligních onemocnění v České republice. Obecně existují dvě molekulární dráhy vedoucí k CRC: první je dráha chromozomální nestability, druhá pak souvisí s poruchou reparace chybně zpárovaných bází DNA (MMR). Gen MutH homologue 1 (MLH1) je jedním z členů genové rodiny opravy chybného párování bazí (MMR) a představuje klíčovou součást systému MMR, zodpovědného ve spolupráci s dalšími významnými proteiny za opravu poruch párování v DNA, vzniklých během replikace. Jak vyplývá z literatury, somatické mutace v MMR genech, včetně genu MLH1, jsou atributem sporadické formy CRC s deficientním MMR systémem. Cílem této práce byla analýza somatických změn v MLH1 genu a stanovení statutu mikrosatelitové nestability (MSI) v souboru 99 DNA vzorků od 96 pacientů s diagnózou sporadické formy CRC. Mutace byly detekovány pomocí HRM techniky. Pozitivní vzorky byly následně ověřovány automatickým sekvenováním. V genu MLH1 byly nalezeny především genové varianty: Identifikovali jsme dvě nové varianty, jednu v exonu 2 na pozici c.. 204 C>G, p. Ile68Met (98 C/C, 1C/G) a druhou v exonu 11 na pozici c. 973 C>T, p. Arg325Trp (98 C/C, 1 C/T). Pouze varianta c.. 204 C>G byla stanovena jako somatická, všechny další varianty byly tzv. "germ line" (varianty zárodečné...
|
|
Larvae of flesh fly Neobellieria bullata as a source for novel antimicrobial peptides
Neubauerová, Tereza ; Macková, Martina ; Macek, Tomáš ; Šanda, Miloslav ; Voburka, Zdeněk
The antibiotic resistant strains of microorganisms are increasing threat for public health. Antimicrobial peptides from natural sources display a wide spectrum of activity. In our laboratory, several peptide fractions with antimicrobial acivity against gram-positive and gramnegative bacteria and fungi were isolated from larvae of flesh fly Neobellieria bullata. The presence of peptides was proved by tricine electrophoresis, molecular weights and sequences determination by MS and Edman sequencing, respectively. In comparison with database sequences we obtained structures present mainly in insect and amphibian antimicrobial peptides, but total matches were not higher than in 36%. Upon the obtained sequence motifs we designed structures of several synthetic peptides. These were synthetised on the Rink amide MBHA resin. Synthesis was performed according Fmoc/PyBOP-DIEA protocol. Antimicrobial activity of these peptides was determined.
|
| |
|
Design of stable antimicrobial peptides through hydrocarbon stapling
Chapuis, Hubert Jean ; Slaninová, Jiřina ; Monincová, Lenka ; Bednárová, Lucie ; Čeřovský, Václav
From the venom of wild bee Lasioglossum laticeps we have recently isolated novel antimicrobial peptides named lasioglossins. One of them, LL-III (VNWKKILGKIIKVVK-NH2), is an amphipathic α-helical peptide which shows strong antimicrobial properties and a low hemolytic activity. We anticipated that the incorporation of an all-hydrocarbon staple (bridge) into the LL-III sequence could increase its propensity to form an α-helix and lead to an improvement of its proteolytic stability as well as increase the antimicrobial activity. LL-III analogs featuring olefinic side chains in various positions were prepared by solid phase peptide synthesis. Ring closing olefin metatheses catalyzed by Grubbs-I catalyst were carried out on the solid support, either between i and i+4 positions or between i and i+7 positions.
|
|
Control Techniques of Grid Connected PWM Rectifiers under Unbalanced Input Voltage Conditions
Bejvl, Martin ; Šimek, Petr ; Škramlík, Jiří ; Valouch, Viktor
Current-controlled voltage source converters are widely used in grid-connected applications,for example at ac drives with indirect frequency converters.The structure and parameters of the PLL are developed and proposed in order to cope with the grid containing both the positive and the negative sequence component, and minimize the wrong frequency transients during phase angle steps and also in the start-up stage. The DSC technique was realised. There is also necessary to compensate the negative sequence component in the grid voltage. The negative sequence component of the grid voltage causes ripple of the dc voltage in the intermediate circuit. Several sophisticated topologies of converter current controller were developed, simulated and tested for this purpose. Results of simulation and experimental tests are provided to evaluate different current control schemes and phase locked loop techniques.
|
host ::
