|
|
Comparative Analysis of Silk Proteins and Discovery of Novel Sericin Gene in Lepidopteran Moths
WU, Bulah Chia-Hsiang
This thesis focuses on the silk components of the Mediterranean moth, Ephestia kuehniella, and the discovery of a novel silk gene, P150/ser6, in the silkworm, Bombyx mori. We analyzed and described the cocoon silk components in both species. In the first publication, we combined transcriptomic, genomic, and proteomic approaches to identify silk proteins in E. kuehniella. In the second publication, we described the discovery of gene P150/sericin6 in B. mori based on microsynteny analysis.
|
|
|
Transcriptomics and developmental plasticity of sensory systems in fishes
Lupše, Nik ; Musilová, Zuzana (vedoucí práce) ; Reichard, Martin (oponent) ; Barluenga, Marta (oponent)
Organismy využívají smyslové soustavy k vnímání svého prostředí a tím ke svému přežití, kompetici i rozmnožování. Zrak klíčovým smyslem pro mnoho obratlovců včetně paprskoploutvých ryb (Actinopterygii). Světločivným orgánem zraku je sítnice, která se skládá z čípkových a tyčinkových fotoreceptorů, z nichž každý je charakterizován svou vlastní sadou opsinových proteinů, které spolu s chromoforem tvoří fotosenzitivní pigment. Vidění je energeticky velmi nákladné, a proto se zrak často rychle přizpůsobuje konkrétním světelným podmínkám, aby co nejlépe odpovídal dostupným vlnovým délkám světla. Tato dizertační práce se zaměřuje na evoluci a vývoj (=ontogenezi) exprese opsinových genů u paprskoploutvých ryb, tedy jejím hlavním cílem je prozkoumat, jak souvisí ontogenetické rozdíly zraku u různých fylogenetických skupin ryb s ekologickými podmínkami prostředí. U některých druhů je známo, že ekologické změny během ontogeneze mohou ovlivnit jejich fyziologii, včetně funkce zraku. V této práci se zaměřuji právě na molekulární podstatu zraku a jeho rozdíly mezi jednotlivými vývojovými stádii, zejména tedy mezi larvami a dospělci. První kapitola mojí práce je zaměřena na vývojové změny u hlubokomořských ryb, tedy jedinečné skupiny organismů, u které se v evoluci vyvinuly adaptace k maximalizaci zachycení...
|
|
|
Exploration of the tick-Borrelia molecular interactions by employing the transcriptomic approaches
MAHMOOD, Sazzad
Along with climate change and increased sharing of habitat, ticks are coming into more frequent contact with humans. The hard tick Ixodes scapularis and Ixodes ricinus are known disease vectors in Northern America and Europe, respectively. Along with many other pathogenic microorganisms, these ticks spread Borrelia sp. by ectoparasitic blood feeding. Borrelia afzelii is the major European Lyme disease pathogen spread by I. ricinus. Our study focuses on differential gene expression in I. ricinus salivary gland and midgut, induced in the nymphal stage by B. afzelii infection. Tick genes upregulated by infection are considered to play essential roles for the acquisition, persistence, and transmission of Borrelia. We have determined 32,897 full length sequences of tick mRNA from B. afzelii infected/noninfected tick salivary glands and the whole body. In addition, we have obtained MACEseq (Massive Analysis of cDNA Ends) from both midgut and salivary glands while the nymphs were non-infected or infected with B. afzelii during three different phases of blood-feeding. From the MACE database, we obtained 250-500 bp 3'-end sequences with raw quantitative expression values. Total reads, unique sequences and protein coding tick genes from midgut samples were 38,199,641, 88,825 and 24,276, and from salivary gland were 74,651,134, 93,096 and 26,179, respectively. After filtering, using several criteria, expression was validated by qPCR. Hence, the validated genes may most likely interact with Borrelia in its acquisition, persistence, or transmission to the vertebrate host. In our study, RNA interference approaches and vaccination were implemented in order to investigate the impact of upregulated tick midgut and salivary gland genes on Borrelia transmission to C3H mice.
|
|
|
De novo transcriptomics and its use in non-model organisms
Čalounová, Tereza ; Pluskal, Tomáš (vedoucí práce) ; Svatoňová, Petra (oponent)
Rozvoj sekvenování druhé generace umožnil studium nemodelových organismů. Bez nutnosti mít referenční genom k dispozici, de novo transkriptomika umožňuje studium funkčních elementů genomů. Díky tomu je možné zkoumat komplexitu nemodelových organismů. Tato práce poskytuje ucelený přehled kroků de novo studia transkriptomů z pohledu bioinformatiky. Důraz byl kladen na teoretické základy i na praktické přístupy. Práce rovněž představí nové metody de novo transkriptomiky, které mohou v blízké budoucnosti začít dominovat. Praktická část práce představuje transXpress - pipeline pro de novo sestavování transkriptomů a jejich anotaci. Jeho použití je ukázáno na nemodelové rostlině pepřovníku dlouhém (Piper longum), který má medicinální potenciál. Klíčová slova: transkriptomika, de novo transkriptomika, transkriptom, RNA-Seq, nemodelový organismus, assembly
|
|
|
Virulence of Bordetella pertussis from an Omics Perspective
Novák, Jakub ; Šebo, Peter (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Novák, Petr (oponent)
Gram-negativní aerobní kokobacilus Bordetella pertussis je jedním z nemnoha výhradně lidských patogenů a hlavním původcem respiračního onemocnění zvaného pertuse, nebo také černý kašel. Navzdory globálním vakcinačním programům představuje pertuse stále významný problém pro veřejné zdraví - ročně padne za oběť tomuto onemocnění po celém světě na sto tisíc dětí a celkové počty hlášených případů dosahují desítek milionů. Také proto je výzkumu mechanismů působení faktorů virulence bakterie B. pertussis věnována významná pozornost. Navzdory tomu však zůstává biologie interakcí této bakterie se svým lidským hostitelem z velké části neznámá nebo jen málo prozkoumaná. Evoluce, genetika a adaptace B. pertussis komplexnímu prostředí lidského nosohltanu spolu s procesy umožňujícími této bakterii obejít hostitelské obranné mechanismy, ať už vrozené, tak i získané imunity, jsou doposud jen částečně popsány a pochopeny. V tomto kontextu představují omics přístupy velmi cenné nástroje k odhalení doposud neznámých aspektů interakcí mezi hostitelem a patogenem a otevírají tak cestu detailnější analýze regulace virulence pomocí mechanistických studií. V této práci představuji výsledky tří omics projektů věnovaných biologii B. pertussis, postavených alespoň zčásti na tzv. high-throughput proteomických přístupech. V...
|
|
| |
host ::
RSS.