|
|
Těsnění hřídele a hřídelové ucpávky čerpadel
Pluskal, Tomáš ; Dobrovolný, Martin (oponent) ; Štefan, David (vedoucí práce)
Čerpadla jsou nedílnou součástí průmyslu, zemědělství, ale také běžného života. Jedním z hlavních prvků, které mají vliv na správnou funkci a spolehlivost těchto strojů jsou hřídelové ucpávky a těsnění. Tato práce se v první části zabývá jednotlivými druhy hřídelových ucpávek a těsnění, jejich konstrukčním provedením, aplikací, funkcí a používanými materiály. V druhé části je dimenzována vhodná ucpávka pro vybrané čerpadlo.
|
|
|
Řešení proudění a vznik vírových struktur za samostatně stojícím pilířem
Pluskal, Tomáš ; Pochylý, František (oponent) ; Fialová, Simona (vedoucí práce)
Nestabilita proudění a vznik vírů při obtékání samostatně stojících pilířů je již dlouhodobě řešená problematika. Ve většině inženýrských problémů se jejich vliv snažíme minimalizovat. Některé novější aplikace ovšem vyžadují jejich maximalizaci. Tato diplomová, se zabývá studií těchto vlivů na lampu veřejného osvětlení pomocí počítačového modelování v programu Ansys Fluent a jejich využití k výrobě elektrické energie. Takto získané informace jsou pak využity pro návrh vibračního generátoru, který slouží pro transformaci energie mechanického kmitání na energii elektrickou.
|
|
| |
|
|
Terpene discovery combining in silico and molecular biology approaches
Smrčková, Helena ; Pluskal, Tomáš (vedoucí práce) ; Hodek, Petr (oponent)
Terpenoidy představují rozsáhlou a chemicky i strukturně rozmanitou skupinu metabolitů, což z nich činí významný zdroj potenciálních terapeutik. Terpenoidy jsou běžně využívány v potravinářství, farmacii, kosmetice či jako paliva. Výchozí látky pro biosyntézu terpenů jsou kondenzované a v některých případech cyklické uhlovodíky syntetizované z lineárních isoprenyl pyrofosfátů enzymy terpensynthasami. Tato rozsáhlá proteinová rodina sdílí společné motivy a domény určující funkci, které lze použít jako matrici pro hledání homologů mezi proteiny s dosud neznámou funkcí. Potenciál necharakterizovaných proteinů produkovat dosud nepopsané terpenové struktury byl hodnocen in silico pomocí metody vyvinuté v laboratoři Mgr.Tomáše Pluskala, Ph.D. na Ústavu organické chemie a biochemie Akademie věd ČR. Devět proteinů pocházejících z rostlin, bakterií a hub bylo podrobeno heterologní expresi v upravených kvasinkových kmenech JWY501 a ZX178-08, které nadměrně produkují nezbytné isoprenyl pyrofosfátové prekurzory. Výsledné extrakty kvasinkových kultur byly analyzovány pomocí plynové chromatografie-hmotnostní spektrometrie a kapalinové chromatografie- hmotnostní spektrometrie, přičemž pět z devíti proteinů vykazovalo terpensynthasovou aktivitu. Bylo zjištěno, že dva seskviterpeny produkované houbovým enzymem...
|
|
|
Development and analysis of a database of reactions catalyzed by cytochrome P450 enzymes for machine learning applications
Komorníková, Natália ; Pluskal, Tomáš (vedoucí práce) ; Berka, Karel (oponent)
Cytochromy P450 jsou hemoproteiny vykazující mimořádnou rozmanitost reakcí, které katalyzují. Vyvinuli jsme databázi obsahující všechny potřebné údaje, abychom poskytli komplexní zdroj dat o reakcích katalyzovaných en- zymy cytochromu P450. Tato data zahrnují především informace o substrá- tech, produktech charakterizovaných reakcí a sekvenci těchto enzymů. Data- báze byla vytvořena shromážděním údajů ze spolehlivých databází proteinů a reakcí, jako jsou UniProt a RHEA. Práce představuje hloubkovou ana- lýzu vytvořené databáze reakcí katalyzovaných enzymy cytochromu P450. Tato databáze může být v budoucnu využita pro přístupy strojového učení k předpovídání funkce necharakterizovaných cytochromů P450.
|
|
|
Differential discovery of protein features using tandem mass spectrometry
Wybitul, Evžen ; Kratochvíl, Miroslav (vedoucí práce) ; Pluskal, Tomáš (oponent)
Disulfidické můstky hrají důležitou roli při skládání proteinů a mají velký vliv na jejich funkci. K určování polohy disulfidických můstků v proteinech se často používá tandemová hmotnostní spektrometrie v kombinaci s manuální nebo výpočetní interpretací výsledků. V této práci představujeme progam Dibby, který má za cíl charakterizovat disulfidické můstky v proteinu. Dibby identifikuje proteinové fragmenty ve fragmentačních spektrech a s jejich po- mocí určuje, kde v proteinu se disulfidické můstky nacházejí. Použitý iden- tifikační algoritmus zvládá identifikovat i komplexní fragmenty s několika disulfidickými můstky, kterých si jiné metody často nevšimnou. Abychom při identifikaci fragmentů zmenšili vyhledávací prostor, využíváme metodu rozděl a panuj a metodu větví a mezí. Pomocí evaluace na naměřených i na uměle vygenerovaných datasetech jsme ověřili, že Dibby jen s minimálními manuálními zásahy správně rozpozná velkou část přítomných disulfidických můstků. 1
|
|
|
De novo transcriptomics and its use in non-model organisms
Čalounová, Tereza ; Pluskal, Tomáš (vedoucí práce) ; Svatoňová, Petra (oponent)
Rozvoj sekvenování druhé generace umožnil studium nemodelových organismů. Bez nutnosti mít referenční genom k dispozici, de novo transkriptomika umožňuje studium funkčních elementů genomů. Díky tomu je možné zkoumat komplexitu nemodelových organismů. Tato práce poskytuje ucelený přehled kroků de novo studia transkriptomů z pohledu bioinformatiky. Důraz byl kladen na teoretické základy i na praktické přístupy. Práce rovněž představí nové metody de novo transkriptomiky, které mohou v blízké budoucnosti začít dominovat. Praktická část práce představuje transXpress - pipeline pro de novo sestavování transkriptomů a jejich anotaci. Jeho použití je ukázáno na nemodelové rostlině pepřovníku dlouhém (Piper longum), který má medicinální potenciál. Klíčová slova: transkriptomika, de novo transkriptomika, transkriptom, RNA-Seq, nemodelový organismus, assembly
|
|
|
Těsnění hřídele a hřídelové ucpávky čerpadel
Pluskal, Tomáš ; Dobrovolný, Martin (oponent) ; Štefan, David (vedoucí práce)
Čerpadla jsou nedílnou součástí průmyslu, zemědělství, ale také běžného života. Jedním z hlavních prvků, které mají vliv na správnou funkci a spolehlivost těchto strojů jsou hřídelové ucpávky a těsnění. Tato práce se v první části zabývá jednotlivými druhy hřídelových ucpávek a těsnění, jejich konstrukčním provedením, aplikací, funkcí a používanými materiály. V druhé části je dimenzována vhodná ucpávka pro vybrané čerpadlo.
|
host ::
RSS.