|
|
Molecular logic of the Notch ligands in development and disease
Trampotová, Eliška ; Mašek, Jan (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent)
Signální dráha Notch je jednou z klíčových forem transdukce signálu v embryonálním vývoji všech metazoa. U savců se kanonické signalizace na čtyřech Notch receptorech účastní pět ligandů lišících se mezi sebou svou strukturou i funkcí. Zásadní význam této signalizační dráhy v embryonálním vývoji odráží vrozené vady způsobené mutacemi receptorů či ligandů. Ukázkovým příkladem takovéto vrozené poruchy je Alagillův syndrom - vzácné multisystémové onemocnění způsobené v 94 % případů mutacemi Notch ligandu Jagged1. Podstatná část dosavadního výzkumu byla směřována k Notch receptorům za účelem osvětlení jejich funkcí, nicméně je nasnadě tvrdit, že regulace aktivity dráhy ligandy může mít v signalizaci dokonce větší význam. Tato práce si proto klade za cíl komplexní srovnání pěti savčích ligandů dráhy Notch, jejich struktur a funkcí ve vývojových procesech. Práce se zaměřuje na variabilitu interakcí ligand-receptor a biofyzikální mechanismy signalizace, přičemž zdůrazňuje význam intracelulárních domén Notch ligandů v těchto interakcích.
|
|
|
New leukocyte membrane adaptor proteins
Králová, Jarmila ; Brdička, Tomáš (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Šedivá, Anna (oponent)
Membránové adaptorové proteiny nemají samy o sobě žádnou enzymatickou aktivitou. Je však pro ně typická přítomnost různých interakčních domén umožňujících vazbu na další proteiny a buněčné membrány. Jejich funkcí je spojovat receptory nebo jiné adaptory s proximálními signalizačními molekulami. Zda jejich vliv na přenos signálu bude aktivační nebo inhibiční závisí zejména na povaze efektorových molekul, které váží. Jedním z membránových adaptorových proteinů, kterými se zabývá tato práce je adaptor SCIMP. Je exprimován v buňkách prezentujících antigen a zesiluje signalizaci MHCII v B buňkách. Tato dizertační práce se zabývá analýzou funkce proteinu SCIMP v primárních myších B lymfocytech a v dalších buňkách prezentujících antigen. Její hlavní součástí je podrobná analýza SCIMP deficientních myší. I přesto, že změny v zastoupení imunitních buněčných populací u SCIMP deficientních myší nebyly signifikantní, podařilo se nám najít funkci proteinu SCIMP v dendritickách buňkách, kde se uplatňuje jako signalizační adaptor v dráze receptoru DECTIN-1 důležitého pro antifungální imunitu. Data prezentovaná v této práci popisují signalizaci zprostředkovanou adaptorem SCIMP v pozdních časových bodech aktivace receptoru DECTIN-1, která je také důležitá pro produkci anti-fungálních cytokinů. Dalším zajímavým...
|
|
|
Involvement of Asthma-associated Protein ORMLDL3 in Mast Cell Signalling
Eitler, Jiří ; Dráber, Petr (vedoucí práce) ; Konvalinka, Jan (oponent)
5 Abstrakt Žírné buňky působí v mnoha imunologických procesech, avšak nejvíce jsou známy v kontextu alergie a astmatu. Jelikož astma a alergie jsou závažné choroby s rozšiřující se tendencí v posledních desetiletích, žírné buňky jsou předmětem intenzivního výzkumu. Studium signálních drah v žírných buňkách může přispět k pochopení vzniku těchto chorob a navržení účinných léčebných strategií. Hledání genů zodpovědných za astma je v současné době umocněno širokospektrými genomovými studiemi. ORMDL3 (Orosomucoid1-like) protein byl pomocí těchto metod rozpoznán jako velmi významný faktor zodpovědný za astma. ORMDL3 je členem evolučně konzervované rodiny ORMDL, která u savců zahrnuje také ORMDL2 a ORMDL1 proteiny. Role těchto proteinů v buněčných procesech je málo známa, navíc doposud nebyly studovány v žírných buňkách. Rozhodli jsme se tedy studovat ORMDL proteiny v žírných buňkách. Lentivirový systém byl zoptimalizován k produkci primárních žírných buněk se sníženou expresí proteinů ORMDL, tzv. ORMDL KD (z angl. knock-down). Exprese ORMDL genů byla měřena s použitím vylepšené qPCR (quantitative PCR) směsi. Všechny tři geny jsou v žírných buňkách exprimovány, přičemž nejvíce ORMDL3, pak ORMDL2 a ORMDL1. Zkoumali jsme vliv ORMDL proteinů na signalizaci v žírných buňkách. ORMDL3 KD vykazoval sníženou degranulaci...
|
|
|
New leukocyte membrane adaptor proteins
Králová, Jarmila ; Brdička, Tomáš (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Šedivá, Anna (oponent)
Membránové adaptorové proteiny nemají samy o sobě žádnou enzymatickou aktivitou. Je však pro ně typická přítomnost různých interakčních domén umožňujících vazbu na další proteiny a buněčné membrány. Jejich funkcí je spojovat receptory nebo jiné adaptory s proximálními signalizačními molekulami. Zda jejich vliv na přenos signálu bude aktivační nebo inhibiční závisí zejména na povaze efektorových molekul, které váží. Jedním z membránových adaptorových proteinů, kterými se zabývá tato práce je adaptor SCIMP. Je exprimován v buňkách prezentujících antigen a zesiluje signalizaci MHCII v B buňkách. Tato dizertační práce se zabývá analýzou funkce proteinu SCIMP v primárních myších B lymfocytech a v dalších buňkách prezentujících antigen. Její hlavní součástí je podrobná analýza SCIMP deficientních myší. I přesto, že změny v zastoupení imunitních buněčných populací u SCIMP deficientních myší nebyly signifikantní, podařilo se nám najít funkci proteinu SCIMP v dendritickách buňkách, kde se uplatňuje jako signalizační adaptor v dráze receptoru DECTIN-1 důležitého pro antifungální imunitu. Data prezentovaná v této práci popisují signalizaci zprostředkovanou adaptorem SCIMP v pozdních časových bodech aktivace receptoru DECTIN-1, která je také důležitá pro produkci anti-fungálních cytokinů. Dalším zajímavým...
|
|
|
Evoluce regulačních mechanismů aktivace EGF receptoru
Trávníčková, Květa ; Stříšovský, Kvido (vedoucí práce) ; Koudelková, Lenka (oponent)
Signalisace prostřednictvím EGF receptoru je klíčová pro správný průběh ontogenetického vývoje i udržování homeostasy v tělech organismů. Jsou skrze ni regulovány procesy jako proliferace, migrace či diferenciace buněk. Na příkladu tří dobře probádaných organismů, C. elegans, D. melanogaster a H. sapiens sapiens, jsou v této práci vyloženy principy regulace EGF receptoru a na jejich základě poté vyvozeny trendy, které se při jejich evoluci uplatnily. Zvláštní pozornost je přitom věnována proteinům z rodiny rhomboidů, jejichž činnost je se signalisací EGF receptoru pevně spjata. Narušení regulace EGF receptoru významně přispívá k projevům některých onemocnění, předně mnohých typů rakovin, ale také schizofrenie, lupénky a kardiovaskulárních chorob. Proto mají výsledky výzkumu na tomto poli potenciál uplatnit se při vývoji nových léčebných prostředků.
|
|
| |
|
|
Model signální transdukce v čichovém senzorickém neuronu obratlovců s difúzí a analýzou citlivosti
Beneš, Martin ; Zápotocký, Martin (vedoucí práce) ; Jelínek, Jan (oponent)
Cílem tohoto práce je vytvoření a implementace kvalitativního modelu signální dráhy čichového senzorického neuronu včetně zpětné vazby s důrazem na difuzi látek, který by umožňoval další simulace pro porozumění dynamice této dráhy. Předpokládané použití modelu je i pro simulaci ovlivňování při aktivaci dvou receptorů v předem definované vzdálenosti. Model byl vytvořen a následně implementován v programovacím jazyku Python s použitím knihovny STEPS. Následně na modelu byla provedena analýza citlivosti metodou Morris OAT a optimalizace pomocí změn jednotlivých parametrů s velkým významem na výstup modelu. Model podává dobré a i biologicky srovnatelné výsledky, pokud je na počátku dráhy aktivování 10-100 receptorů. Při nižším počtu bohužel výsledky nejsou validní, a tak model nelze použít pro simulaci ovlivňování dvou aktivovaných receptorů. I přesto je ale hlavním přínosem práce model signální transdukce celé signální dráhy se zahrnutou zpětnou vazbou a důrazem na difuzi. Dalším přínosem je i soubor skriptů pro analýzu citlivosti metodou Morris OAT a optimalizaci.
|
|
|
Phosphoinositides and their effectors in regulation of the Wnt signalling pathway
Knop, Filip ; Macůrková, Marie (vedoucí práce) ; Krausová, Michaela (oponent)
Fosfoinositidy představují pouze malou část celkového množství lipidů v buněčných membránách. Přesto je jejich činnost zprostředkovaná proteinovými efektory nezbytná pro buněčnou signalizaci, vezikulární transport, pohyb buňky a jiné důležité procesy v životě buňky. Tato bakalářská práce popisuje funkci fosfoinositidů ve Wnt signální dráze. Při Wnt signalizaci je mnoho momentů kdy je nezbytná spolupráce s fosfoinositidy. Retrográdní transport Wntless molekuly (Wls) z plazmatické membrány zpět do Golgiho aparátu nebo internalizace Wnt receptorů v buňkách citlivých vůči Wnt signalizaci jsou pouze dva příklady. Oba procesy jsou přísně regulovány a poruchy funkce enzymů zpracovávajících fosfoinositidy může způsobit deregulaci těchto procesů, eventuálně deregulaci Wnt signální dráhy. Jelikož je deregulace Wnt signální dráhy známá příčina vážných nemocí včetně rakoviny, pochopení interakcí mezi fosfoinositidy a Wnt signalizací může pomoci vývoji nových strategií v léčbě těchto chorob.
|
|
|
Molekulární mechanismy přenosu extracelulárních signálů dráhou ERK.
Bráborec, Vojtěch ; Rösel, Daniel (oponent) ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce)
Signální MAPK (mitogen-activated protein kinase) kaskáda představuje evolučně konzervovaný mechanismus, který buňkám umožňuje vnímat extracelulární signály a vhodným způsobem na tyto signály reagovat. Nejlépe prostudovaným členem MAPK rodiny je proteinkináza ERK (extracellular signal-regulated kinase), která spolu s proteiny Raf a MEK (MAPK/ERK kinase) tvoří prototypickou signální dráhu regulující široké spektrum biologických dějů jako je kupříkladu proliferace, diferenciace, buněčný pohyb, adheze či apoptóza. Aby mohla jedna signální dráha regulovat množství různých odpovědí, vyvinuly si buňky modulační mechanismy, mezi které patří odlišná síla a doba trvání signálu, různá lokalizace proteinů, komunikace s ostatními signálními drahami, rozdíly ve výběru substrátů i to, jakým způsobem si signalizační molekuly dané spektrum interakčních partnerů vybírají. Uvedené mechanismy jsou ve velké míře ovlivňovány proteiny s neenzymatickými funkcemi, jako jsou tzv. scaffold proteiny, proteinové inhibitory a proteinové kotvy. Tyto proteiny usměrňují signály vedoucí k dosažení konkrétní buněčné odpovědi a jsou tedy klíčovými články signální transdukce. I přes rostoucí význam proteinových modulátorů v buněčné signalizaci, není jejich fyziologická role často známá. Částečnou výjimku představují dva fyziologické děje -...
|
|
| |
host ::
RSS.