|
|
Profilování přestaveb T-buněčného receptoru ve výzkumu diabetu 1. typu a celiakie
Obermaierová, Anna ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Volejníková, Jana (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá detekcí přestaveb T-lymfocytárních receptorů (TCR) pomocí sekvenačních metod nové generace (NGS) a jejím využití u autoimunitních onemocnění diabetes 1. typu (T1D) a celiakie. V první polovině je pozornost věnována seznámení se s metodami pro sekvenování TCR a průlomu, jaký přinesl nástup NGS. V druhé části pak práce popisuje způsoby využití těchto metod v medicíně. Speciální pozornost je věnována snaze najít biomarkery pro dvě úzce související autoimunitní choroby: T1D a celiakii.
|
|
|
Dashboard pro hodnocení výsledků metatranskriptomické analýzy nástroji bioBakery
Hýl, Jan ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Metatranskriptomická analýza poskytuje informaci o právě exprimovaných genech organismu v době odebrání analyzovaného vzorku. Rozmach zkoumání genů přišel s vývojem sekvenačních technologií a technologickým pokrokem. Tato práce pojednává o nukleových kyselinách a jejich významu v genetice. Zabývá se pojmy metatranskriptom, metagenom a mikrobiom. Popisuje metodu sekvenování od značky Illumina a představuje software vhodný pro metatranskriptomickou analýzu. Následně práce zahrnuje vytvoření testovacího datasetu, vytvoření dashboardu pro vizualizaci dat a vyzkoušení tohoto dashboardu na testovacím datasetu.
|
|
|
Využití hybridního mapování pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech
Pražáková, Martina ; Vítková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá využitím hybridního mapování pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech. Začátek práce je věnován teorii, nejprve jsou popsány jednotlivé sekvenační technologie s větším zaměřením na platformu Illumina a sekvenování nanopórem. Dále jsou pak uvedeny způsoby skládání sekvencí a seznámení s bakteriálním genomem. V druhé části práce je postup zpracování nanopórových dat a návrh postupu pro stanovení přítomnosti plazmidů v NGS datech s jeho následovnou realizací.
|
|
|
Simulátor čtení pro bakteriální RNA-Seq
Fialová, Adéla ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Tato práce se zaměřuje na analýzu bakteriálního genomu, měření jeho exprese především prostřednictvím technologie RNA-Seq a na simulaci RNA-Seq dat. První část práce poskytuje teoretický základ o struktuře bakteriálního genomu, jeho expresi a metodách jejího studia, včetně moderních sekvenačních technik. Pozornost je věnována i několika vybraným simulátorům RNA-Seq dat. V druhé části je představena vlastní implementace simulátoru, navržená pro zohlednění charakteristik bakteriálního genomu, zejména přítomnosti operonů.
|
|
|
Komparativní a fylogenetická analýza virů ve FN Brno
Švestková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Práce je věnovaná koronaviru SARs-CoV-2 souvisejícím s těžkým akutním respiračním syndromem, který byl poprvé prokázán v roce 2019. Tento koronavirus zapříčinil pandemii, která ovlivnila takřka celý svět. Znalost genetické informace je potřebná pro vývoj vakcíny, zjištění nakažlivosti a pro predikci vývoje variant SARs-CoV-2. Pro získání genetických informací je třeba osekvenovat RNA a tyto genomové sekvence sestavit. Při porovnání sestavených genomů lze zjistit, v které části daný organismus mutoval. Na základě souhlasnosti či rozdílnosti v sestavených genomech je provedena fylogenetická analýza, která poukazuje na vývoj daného organismu a znázorňuje evoluční příbuznost s ostatními organismy. Praktická část je zaměřena na sestavení genomů ze vzorků od pacientů z FN Brno a vyhodnocení kvality sestavení. Po sestavení genomů je dalším cílem vyhodnocení variability a následná fylogenetická analýza.
|
|
|
Identifikace nekódující RNA u Clostridium beijerinckii NRRL B-598 pomocí RNA-Seq dat
Pomykalová, Barbora ; Sedlář, Karel (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce obsahuje stručný úvod do problematiky nekódujících malých RNA u bakterií (sRNA). Zaměřuje se na jejich vlastnosti a funkce v organismu a to konktrétně pro bakterii Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Dále obsahuje popis laboratorních metod pro stanovení genové exprese a navrhuje postup pro identifikaci malých nekódujících RNA z dat získaných metodou RNA-Seq, pro zkoumanou bakterii Clostridium beijerinckii NRRL B-598. V neposlední řadě dochází k implementaci navrženého postupu v prostředí MATLAB a zhodnocení výsledků získaných touto metodou.
|
|
|
Číslicové zpracování elektroforetogramů
Ondroušek, Lukáš ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Cílem této práce je seznámení s elektroforetickými metodami a jejich využitím, popis několika základních filtračních metod, které jsou vhodné pro zpracování elektroforetogramů. A následné využítí v programu, který je vytvořen v grafickém prostředí programu Matlab, a zpracovává elektroforetogramy. Funkčnost programu bude vyzkoušena na Sangerových obrázcích.
|
|
|
Vlastnosti proudových signálů při sekvenaci nanopórem
Plocková, Veronika ; Nykrýnová, Markéta (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Technologie Oxford Nanopore přinesly novou a revoluční technologii v oblasti sekvenování DNA. Jejich sekvenační zařízení měří změny elektrického proudu protékajícího póry spolu s DNA. Tato práce si klade za cíl popsat rozdíly mezi nezpracovanými signály produkovanými různými sekvenačními soupravami a průtokovými komůrkami při sekvenování několika různých bakterií. K analýze různých statistických parametrů, které by byly vhodné pro popis signálů získaných z nanopórů, byly použity dva soubory dat kombinující pět různých organismů, dva sekvenační kity a dva typy průtokových kyvet. Následně byly vzorky klasifikovány pomocí algoritmu k-means a výsledky byly diskutovány.
|
|
|
Detekce CNV v bakteriálních genomech
Lacinová, Michaela ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá rozborem strukturní variability genomu a metodami jeho sekvenování napříč všemi generacemi. Součástí rozboru je popis variability počtu kopií a možnosti její detekce. Praktická část práce je zaměřena na návrh algoritmu pro detekci CNV na základě analýzy a testování simulovaných genomických dat podle nerovnoměrného pokrytí v genomovém sestavení, proměnlivého zastoupení GC obsahu a vzdálenosti sekvenčních čtení. Tento algoritmus je následně otestován na genomických datech bakterie Klebsiella pneumoniae.
|
|
|
Vliv léčby inhibitory TNF-α na složení mikrobioty a imunitní odpověď u pacientů s nespecifickými střevními záněty
Mihula, Martin ; Jirásková Zákostelská, Zuzana (vedoucí práce) ; Grobárová, Valéria (oponent)
Inhibitory TNF-α jsou jednou z nejčastěji používaných terapií v léčbě nespecifických střevních zánětů (IBD). Avšak až jedna třetina pacientů s IBD na tuto terapii po nějakém čase z neznámých důvodů přestane odpovídat. Doposud neexistuje ideální biomarker, který by byl schopný předpovědět dlouhodobou odpověď pacienta na tuto terapii. Vzhledem k tomu, že změna ve složení střevní mikrobioty je úzce spjata s patogenezí IBD, tak jsem se v rámci této studie pokusil zjistit, zda dochází ke změnám v jejím složení i v důsledku terapie inhibitory TNF-α. Dále jsem se pokusil popsat, zda v průběhu terapie dochází ke změnám v produkci sérových biomarkerů spojených s poškozením střevní bariéry a imunitní odpovědí v důsledku mikrobiální translokace. Také jsem se zaměřil na imunitní odpověď pacientů s IBD na antigeny běžně se vyskytujících střevních komenzálních bakterií během terapie inhibitory TNF-α. Za tímto účelem jsme v průběhu naší studie odebrali vzorky krve či stolice od 46 pacientů v době před začátkem terapie a v 38. týdnu od zahájení terapie a 39 zdravých kontrol. Zjistil jsem, že v 38. týdnu terapie TNF-α inhibitory u pacientů s IBD dochází ke zvýšení bakteriální druhové rozmanitosti (α-diverzity) i ke změnám v druhovém složení mezi sledovanými skupinami pacientů (β-diverzity) ve srovnání se vzorky...
|
host ::
RSS.