|
|
Diversity of European freshwater cyclopoid species: phylogeny, morphology and ecology
Krajíček, Martin ; Černý, Martin (vedoucí práce) ; Brancelj, Anton (oponent) ; Wyngaard, Grace (oponent)
Buchanky jsou spolu s vznášivkami a plazivkami součástí největší a velmi druhově bohaté skupiny korýšů a patří mezi nejpočetnější živočichy ve světových vodách vůbec. Historie jejich výzkumu sahá až do počátku 19. století, kdy byly popsány první druhy. Od té doby se začala jejich taxonomie pomalu vyvýjet, přibývaly nové metody výzkumu, jakož i taxonomické znaky, které ale mohly být i do jisté míty nejednoznačné či matoucí. Během posledních desetiletí se staly dostupnými molekulárně genetické techniky sekvenování DNA, které nabídly taxonomům novou nezávislou metodu. Tato práce obsahuje studie týkající se morfologie, taxonomie, ekologie, možností kolonizace a rozšíření buchanek, přičemž jednotícím prvkem těchto prací je právě využití molekulárních metod. Kapitola 1 shrnuje základní znalosti o taxonomii, morfologii a biologii buchanek a tvoří tím úvod pro následující části obsahující čtyři studie představené formou samostatných publikací. Taxonomie buchanek rodu Cyclops je založena převážně na morfologických znacích, které však někdy mohou být nejednoznačné. Zároveň se zde vyskytují některé problematické skupiny druhů. Kapitola 2 tak představuje unikátní výsledky první rekonstrukce fylogenetických vztahů patnácti druhů buchanek rodu Cyclops, která ja založena na rozsáhlém souboru sekvenčních dat šesti...
|
|
|
Příprava mutantů enzymu methioninsulfoxidreduktasy a jejich využití pro přípravu chirálních sulfoxidů
Havelka, Václav ; Míšek, Jiří (vedoucí práce) ; Hlouchová, Klára (oponent)
Chirální sulfoxidy jsou důležité sloučeniny ve farmaceutickém a chemickém průmyslu, nicméně jejich enantioselektivní syntéza poskytující pouze jeden žádaný enantiomer není zcela zvládnuta. Některé přirozené enzymy mohou být využity pro biokatalytickou přípravu chirálních sulfoxidů. Jedním z takových enzymů je methioninsulfoxidreduktasa. Methioninsulfoxidreduktasa je enzym omezující následky reaktivních kyslíkových radikálů v organizmu vznikajících v důsledku kyslíkového metabolismu. Její funkce je redukce methioninsulfoxidu v proteinech na methionin. Existují dva typy methioninsulfoxidreduktas, methioninsulfoxidreduktasa A redukující pouze (S)-methioninsulfoxid a methioninsulfoxidreduktasa B redukující (R)-methioninsulfoxid. Methioninsulfoxidreduktasa B je vhodná k přípravě (S)-sulfoxidů, nicméně její katalytická aktivita není dostatečná pro praktické využití. Využitím technik rekombinantní DNA a mutagenní PCR byla připravena knihovna mutantů methioninsulfoxidreduktasy B a byla určena míra a charakter zavedených mutací. Tato knihovna bude sloužit jako výchozí bod pro řízenou evoluci enzymu pro získání klonů se zvýšenou aktivitou a sníženou substrátovou specifitou.
|
|
|
Diversity of European freshwater cyclopoid species: phylogeny, morphology and ecology
Krajíček, Martin
Buchanky jsou spolu s vznášivkami a plazivkami součástí největší a velmi druhově bohaté skupiny korýšů a patří mezi nejpočetnější živočichy ve světových vodách vůbec. Historie jejich výzkumu sahá až do počátku 19. století, kdy byly popsány první druhy. Od té doby se začala jejich taxonomie pomalu vyvýjet, přibývaly nové metody výzkumu, jakož i taxonomické znaky, které ale mohly být i do jisté míty nejednoznačné či matoucí. Během posledních desetiletí se staly dostupnými molekulárně genetické techniky sekvenování DNA, které nabídly taxonomům novou nezávislou metodu. Tato práce obsahuje studie týkající se morfologie, taxonomie, ekologie, možností kolonizace a rozšíření buchanek, přičemž jednotícím prvkem těchto prací je právě využití molekulárních metod. Kapitola 1 shrnuje základní znalosti o taxonomii, morfologii a biologii buchanek a tvoří tím úvod pro následující části obsahující čtyři studie představené formou samostatných publikací. Taxonomie buchanek rodu Cyclops je založena převážně na morfologických znacích, které však někdy mohou být nejednoznačné. Zároveň se zde vyskytují některé problematické skupiny druhů. Kapitola 2 tak představuje unikátní výsledky první rekonstrukce fylogenetických vztahů patnácti druhů buchanek rodu Cyclops, která ja založena na rozsáhlém souboru sekvenčních dat šesti...
|
|
|
Bakteriální populace ve sliznicích myši domácí
Ptáčníková, Aneta ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Mikrobiota se v posledních letech stává důležitým předmětem biologického výzkumu. Ukazuje se, že významně ovlivňuje široké spektrum funkcí různých organismů. Tato diplomová práce se zabývá bakteriální složkou mikrobioty nacházející se ve vybraných sliznicích u samců a samic divoké populace myši domácí (Mus musculus musculus). Zkoumané vzorky obsahovaly výplachy z nosní sliznice, ústní dutiny, moč, výplachy vaginální sliznice a trus. Cílem této práce bylo detekovat kvantitativní a kvalitativní změny bakteriálních populací mezi sliznicemi a taktéž mezi fázemi estrálního cyklu ve vaginální sliznici. Další cíl byl zaměřen na detekci pohlavních rozdílů týkající se bakterií v jednotlivých sliznicích. S využitím qPCR byla odhadnuta bakteriální abundance a následnou sekvenací variabilní oblasti genu pro 16S rRNA byla detekována bakteriální diverzita sliznic. Výsledky prokázaly, že sliznice se odlišují v odhadovaném množství bakterií a také hodnotami alfa diverzity. Zatímco trus byl místem s největším počtem bakterií, nosní sliznice a moč obsahovaly bakterií nejméně. Taktéž nejvyšší alfa diverzita byla detekována ve vzorcích trusu, naopak nejnižší hodnotu alfa diverzity měly vzorky moči. Dále bylo prokázáno, že každá sliznice je specifická svým bakteriálním složením, dokonce i na rodové úrovni. Signifikantní...
|
|
|
Příprava mutantů enzymu methioninsulfoxidreduktasy a jejich využití pro přípravu chirálních sulfoxidů
Havelka, Václav ; Míšek, Jiří (vedoucí práce) ; Hlouchová, Klára (oponent)
Chirální sulfoxidy jsou důležité sloučeniny ve farmaceutickém a chemickém průmyslu, nicméně jejich enantioselektivní syntéza poskytující pouze jeden žádaný enantiomer není zcela zvládnuta. Některé přirozené enzymy mohou být využity pro biokatalytickou přípravu chirálních sulfoxidů. Jedním z takových enzymů je methioninsulfoxidreduktasa. Methioninsulfoxidreduktasa je enzym omezující následky reaktivních kyslíkových radikálů v organizmu vznikajících v důsledku kyslíkového metabolismu. Její funkce je redukce methioninsulfoxidu v proteinech na methionin. Existují dva typy methioninsulfoxidreduktas, methioninsulfoxidreduktasa A redukující pouze (S)-methioninsulfoxid a methioninsulfoxidreduktasa B redukující (R)-methioninsulfoxid. Methioninsulfoxidreduktasa B je vhodná k přípravě (S)-sulfoxidů, nicméně její katalytická aktivita není dostatečná pro praktické využití. Využitím technik rekombinantní DNA a mutagenní PCR byla připravena knihovna mutantů methioninsulfoxidreduktasy B a byla určena míra a charakter zavedených mutací. Tato knihovna bude sloužit jako výchozí bod pro řízenou evoluci enzymu pro získání klonů se zvýšenou aktivitou a sníženou substrátovou specifitou.
|
|
|
Diversity of European freshwater cyclopoid species: phylogeny, morphology and ecology
Krajíček, Martin
Buchanky jsou spolu s vznášivkami a plazivkami součástí největší a velmi druhově bohaté skupiny korýšů a patří mezi nejpočetnější živočichy ve světových vodách vůbec. Historie jejich výzkumu sahá až do počátku 19. století, kdy byly popsány první druhy. Od té doby se začala jejich taxonomie pomalu vyvýjet, přibývaly nové metody výzkumu, jakož i taxonomické znaky, které ale mohly být i do jisté míty nejednoznačné či matoucí. Během posledních desetiletí se staly dostupnými molekulárně genetické techniky sekvenování DNA, které nabídly taxonomům novou nezávislou metodu. Tato práce obsahuje studie týkající se morfologie, taxonomie, ekologie, možností kolonizace a rozšíření buchanek, přičemž jednotícím prvkem těchto prací je právě využití molekulárních metod. Kapitola 1 shrnuje základní znalosti o taxonomii, morfologii a biologii buchanek a tvoří tím úvod pro následující části obsahující čtyři studie představené formou samostatných publikací. Taxonomie buchanek rodu Cyclops je založena převážně na morfologických znacích, které však někdy mohou být nejednoznačné. Zároveň se zde vyskytují některé problematické skupiny druhů. Kapitola 2 tak představuje unikátní výsledky první rekonstrukce fylogenetických vztahů patnácti druhů buchanek rodu Cyclops, která ja založena na rozsáhlém souboru sekvenčních dat šesti...
|
|
|
Phylogenetic Studies in the Polyploid Genus Curcuma L.
Záveská, Eliška ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Schmickl, Roswitha Elisabeth (oponent) ; de Boer, Hugo (oponent)
1 Fylogenetické studie polyploidního rodu Curcuma L. SOUHRN Tato práce je souhrnem mých dosavadních molekulárních studií rodu Curcuma, které probíhaly od roku 2007, a je těsně propojena s dříve započatými studiemi tohoto rodu z hlediska jeho taxonomie a nomenklatury (Jana Leong-Škorničková, od roku 2000). Rod Curcuma patří díky své obrovské genetické rozmanitosti mezi nejproblematičtější rody v rámci čeledi Zingiberaceae. Velká část této rozmanitosti vznikla díky speciačním procesům jako je hybridizace či polyploidizace. Neboť z povahy hybridizačních (ale i polyploidizačních) procesů jsou druhy rodu Curcuma často provázány síťovitými vztahy (narozdíl od běžných allopatrických speciačních procesů, kdy jeden druh vzniká pozvolným vylišením z jednoho předka), tyto vztahy lze zpětně odhalit zejména za použití tzv. molekulárních markerů. Náplní této práce je odhalení genetických vztahů v rámci rodu Curcuma a v rámci jeho jednotlivých vývojových linií, za účelem objasnění dlouhodobě nevyřešených taxonomickych otázek. První část práce je věnována obecnému úvodu shrnujícímu současný stav poznání rodu Curcuma a předchází části druhé, ve které jsou prezentovány čtyři případové studie. Jsou zde popsány základní charakteristiky rodu Curcuma, zejména znaky morfologické a cytologické, současné geografické rozšíření, či...
|
|
|
Diversity of European freshwater cyclopoid species: phylogeny, morphology and ecology
Krajíček, Martin ; Černý, Martin (vedoucí práce) ; Brancelj, Anton (oponent) ; Wyngaard, Grace (oponent)
Buchanky jsou spolu s vznášivkami a plazivkami součástí největší a velmi druhově bohaté skupiny korýšů a patří mezi nejpočetnější živočichy ve světových vodách vůbec. Historie jejich výzkumu sahá až do počátku 19. století, kdy byly popsány první druhy. Od té doby se začala jejich taxonomie pomalu vyvýjet, přibývaly nové metody výzkumu, jakož i taxonomické znaky, které ale mohly být i do jisté míty nejednoznačné či matoucí. Během posledních desetiletí se staly dostupnými molekulárně genetické techniky sekvenování DNA, které nabídly taxonomům novou nezávislou metodu. Tato práce obsahuje studie týkající se morfologie, taxonomie, ekologie, možností kolonizace a rozšíření buchanek, přičemž jednotícím prvkem těchto prací je právě využití molekulárních metod. Kapitola 1 shrnuje základní znalosti o taxonomii, morfologii a biologii buchanek a tvoří tím úvod pro následující části obsahující čtyři studie představené formou samostatných publikací. Taxonomie buchanek rodu Cyclops je založena převážně na morfologických znacích, které však někdy mohou být nejednoznačné. Zároveň se zde vyskytují některé problematické skupiny druhů. Kapitola 2 tak představuje unikátní výsledky první rekonstrukce fylogenetických vztahů patnácti druhů buchanek rodu Cyclops, která ja založena na rozsáhlém souboru sekvenčních dat šesti...
|
host ::
RSS.