|
|
Benchmark of the Computational Tools for the Prediction of the Effect of Mutations on Protein Stability
Berezný, Matej ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Musil, Miloš (vedoucí práce)
Protein design necessitates understanding how mutations influence their stability. Numerous online predictors exist for this aim, but it is challenging to compare them or to use them collectively. For that purpose I developed BenchStab, a console application/Python package designed for the swift and straightforward operation of 18 predictors, gathering results from a series of mutants. Benchstab is freely available on GitHub and can be expanded to include more predictors. To avoid potential dataset bias towards some predictors, I have constructed a new unique dataset, sourced from FireProtDB. I utilized this dataset to assess 24 distinct prediction methods from the three different perspectives.
|
|
|
Odlišnosti ve stravování u fitness cvičenců a lidí, kteří se fitness cvičení nevěnují
HRNČÍŘOVÁ, Iveta
Fitness centra jsou v současné době často navštěvovaná a nabývají na oblibě. S pravidelným pohybem je potřeba řešit také otázku stravy, přičemž bychom mohli předpokládat, že ti, kteří se fitness věnují budou mít dobré znalosti výživy, budou klást důraz na stravu apod. Velmi často je diskutován příjem bílkovin. Ve své bakalářské práci jsem se snažila zmapovat, jaké jsou rozdíly mezi lidmi, kteří navštěvují aktivně fitness centra a kteří nikoli. Cílem bylo zjistit odlišnosti ve stravování u těchto dvou skupin, frekvence jídel a výběr potravin. Zajímalo mě, zda v dnešní době, kdy se hodně lidí věnuje fitness také dbají na kvalitu jídel a volbu potravin. Zda se jejich běžná strava odlišuje od stravy běžné populace, která do fitness center nechodí či zda dbají více i na celkové složení jednotlivých jídel. Pro naplnění cílů jsem zvolila kvantitativní výzkumné šetření. Sběr dat byl uskutečněný dotazníkem vlastní tvorby, který obsahoval 48 otázek. Celkem bylo vyhodnoceno 236 dotazníků a analyzováno 10 zápisů týdenních jídelníčků pomocí programu Nutriservis. Výzkumný soubor tvořili dospělé osoby ve věku 20-35 let. Fitness cvičenci dle výsledků více dbají na dostatečný příjem bílkovin a častěji suplementují protein. V jejich jídelníčcích se také méně objevují potraviny, které jsou méně plnohodnotné. Na dostačený příjem ovoce a zeleniny více dbají fitness cvičenci než lidé, kteří fitness centra nenavštěvují. Vyšší příjem sacharidů byl zpozorován u lidí, kteří se fitness cvičení nevěnují. Fitness cvičenci dbají více na složení jejich jídel a stravují se v průměru víckrát za den. Pravidelnost ve stravování se u obou skupin výrazně neliší. .
|
|
|
Možnosti využití zdrojů rostlinných bílkovin při výrobě paštik
Kmeť, Jan ; Svoboda, Zdeněk (oponent) ; Mikulíková, Renata (vedoucí práce)
Tato diplomová práce řeší možnosti přídavku rostlinné náhražky masa do játrových paštik. Cílem bylo optimalizovat recepturu a následně připravit paštiky, u kterých byla část masa (25 % hmotnosti) nahrazena pomocí arašídů, cizrny nebo ječných krup. Optimalizované vzorky byly připraveny v kořeněné a nekořeněné sadě. Vliv rostlinné vložky na výsledný produkt byl hodnocen pomocí senzorické analýzy a stanovení vybraných nutričních charakteristik. Obsah hrubé bílkoviny byl stanoven pomocí Kjeldahlovy metody, obsah tuku a profil mastných kyselin byl analyzován pomocí GC-FID. Získaná data ze senzorické analýzy byla statisticky zpracována. Hned po standardním vzorku byl pro hodnotitele nejpřijatelnější kořeněný vzorek s přídavkem cizrny. Oba vzorky s přídavkem krup pak byly posuzovány jako méně chutné. Paštiky s přídavkem arašídů byly obsahem tuků a hrubé bílkoviny srovnatelné se standardním vzorkem. Vzorky s přídavkem arašídů a s cizrnou jsou vhodné z nutričního hlediska díky vyššímu zastoupení nenasycených mastných kyselin. Shrnutím všech výsledků se kořeněné vzorky s přídavkem cizrny nebo arašídů a nekořeněný vzorek s cizrnou jeví jako atraktivní alternativa k čistě masové paštice.
|
|
|
Development and characterization of new dairy products with increased fiber and protein content
Smatana, Igor ; Punčochářová, Lenka (oponent) ; Pořízka, Jaromír (vedoucí práce)
The bachelor thesis was focused on the production and characterization of new dairy products with increased protein and fiber content. Ground wheat bran was used as the fiber source and wheat bran protein extract was used as the protein source. From an ecological point of view, it would be ideal if 100% of the raw material was used and nothing was left as waste. We tried to approach this by using the waste (by-product) that arises during the production of flour as an additive to dairy products. The theoretical part focused on the characterization of fermented and unfermented dairy products and their production, the nutritional value of proteins and fiber and the composition and benefits for human health of wheat bran, protein isolation from wheat bran and common analytical methods to determine rheological properties, viable cell numbers. water binding and sensory acceptability. Two basic dairy products were created, one fermented and one unfermented, and subsequently fortified with a source of fiber (wheat bran) and a source of protein (protein concentrate from wheat bran). All products were subsequently characterized for characterization. Water binding, rheological and sensory properties were determined. The fermented dairy product was also subjected to cytometric analysis to determine the number of viable cells. The experimental part describes the methods we use to prepare and characterize new products. After evaluating the measured data, options for optimizing the acceptability of products by consumers were proposed. The results showed that the organoleptic properties were negatively affected by the addition of wheat bran and protein concentrate.
|
|
|
Analýza genomických dat s využitím algoritmu BLAST
Křížová, Martina ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Jaša, Petr (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá analýzou genomických dat s využitím algoritmu BLAST. V teoretické části popisuje genetické informace, jejich význam a strukturu. Dále zde naleznete popis algoritmu BLAST, Smith-Waterman a Needleman-Wunsch a s algoritmem BLAST spojenou Karlin-Altschul statistiku. Tato práce také pojednává o typech databází jako prostorové, deduktivní a relační, které ukládají genomické informace. Druhá část se zabývá návrhem a implementací aplikace, která využívá zmíněné algoritmy a databázi Oracle 10g R2. Součástí práce je i testování či srovnání výstupů algoritmů.
|
|
|
Vliv proteinů na tření umělé kloubní chrupavky
Plachý, Tomáš ; Nečas, David (oponent) ; Rebenda, David (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vlivem složení synoviální kapaliny na součinitel tření umělé kloubní chrupavky. V práci je pozorován vliv koncentrace proteinů a jejich kombinací s ostatními složkami synoviální kapaliny na součinitel tření CD hydrogelu simulující umělou chrupavku. Veškeré experimenty byly prováděny při konstantním zatížení 10 N, rychlosti 10 mm/s, teplotě 37°C. Při experimentech, kde se zkoumal vliv kombinace kyseliny hyaluronové a fosfolipidů spolu s proteiny, byly použity koncentrace odpovídající zdravému jedinci. V experimentech kde se zkoumal vliv samotných proteinů a jejich vlastních kombinací byly použity koncentrace odpovídající jak zdravému jedinci tak pacientům s pokročilou osteoartrózou nebo pacientů s aseptickým uvolněním náhrady. V práci je prokázáno, že při použití samotných proteinů, nebo jejich vzájemné kombinaci dochází s rostoucí koncentraci ke snižování koeficientu tření. Avšak přidá-li se k proteinu samotná kyselina hyaluronová, nebo samotné fosfolipidy dojde ke zvýšení koeficientu tření. K opětovnému snížení dojde až po přidání kombinace kyseliny a fosfolipidu.
|
|
|
Shlukování biologických sekvencí
Kubiš, Radim ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Jedním z hlavních důvodů, proč se proteinové sekvence shlukují, je predikce jejich struktury, funkce a evoluce. Mnoho současných nástrojů má nevýhodu ve velké výpočetní náročnosti, protože zarovnává každou sekvenci s každou. Pokud některý nástroj pracuje výrazně rychleji, nedosahuje oproti ostatním takové přesnosti. Další z nevýhod je zpracování na vyšších mírách podobnosti, ale homologní proteiny si mohou být podobné i méně. Proces shlukování také bývá ukončen při dosažení určité podmínky, která však nezohledňuje dostatečnou kvalitu shluků. Diplomová práce se zabývá návrhem a implementací nového nástroje pro shlukování proteinových sekvencí. Nový nástroj by měl být výpočetně nenáročný, se zachováním požadované přesnosti, a produkovat kvalitnější shluky. Práce dále popisuje testování navrženého nástroje, zhodnocení dosažených výsledků a možnosti dalšího rozvoje.
|
|
|
Barley Proteomic Studies Related to Beer Production
Benkovská, Dagmar ; Márová, Ivana (oponent) ; Ehrenbergerová, Jaroslava (oponent) ; Zdráhal, Zbyněk (oponent) ; Bobáľová, Janette (vedoucí práce)
This work is focused on barley proteomic studies in relation to the beer production. Barley belongs between the most important crops in the world and its greatest use is for malting purposes, most commonly for the brewing industry. Studies of barley proteins during malting and brewing provide information about changes in protein composition or their post translational modifications. Since the protein composition and their modifications are essential for the quality of malt and beer, barley proteomic studies have a potential to improve the malting and brewing process. The main goal of this thesis is to investigate barley water-soluble proteins and their changes that occur during the malting and brewing process. The differences in protein composition were investigated using gel electrophoresis, reversed phase and size exclusion liquid chromatography, and MALDI-TOF mass spectrometry. The amount of some proteins is increasing and some new proteins are created in the germinated grain during the malting process. Contrary, many proteins are decomposed during the brewing process due to the high temperature and enzymatic activity of some proteases. Only some proteins belonging to the family of pathogenesis related proteins resist these harsh conditions and pass into the beer where they can influence several important quality properties. Furthermore, various barley varieties and their differences were investigated. Varieties allowed for the production of certified Czech beer were compared to one variety with well proven malting properties and one non-malting barley variety. In addition, alcohol soluble barley proteins and their changes during the malting process were investigated as well. A special attention was paid to selected post-translational modifications of proteins, namely glycosylations. Non-enzymatically glycosylated barley proteins (or glycated proteins) are formed during the malting process considering the large amount of glucose released from the starch degradation, and influence the protein stability as well as the beer quality, especially foaming properties. Enzymatic N-glycosylation represents the most frequently studied post translational modification in plants because glycoproteins play a key role in various biological functions. Since glycoproteins are often present in a small amount, their enrichment from a complex mixture is required for their analysis. Lectin concanavalin A affinity chromatography was used for barley glycoproteins investigation. Moreover, the analysis of the carbohydrate part of glycoproteins was optimized. This doctoral thesis brings important information about barley proteins, their modifications and analysis that are useful for further studies.
|
|
|
Evoluční strategie v úloze predikce vlivu aminokyselinových mutací na stabilitu proteinu
Pavlík, David ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá otázkou predikce změn stability proteinů v důsledku aminokyselinových mutací. Cílem je vytvořit meta-klasifikátor, který bude využívat výsledky predikcí vybraných nástrojů, použít evoluční strategii pro přiřazení vah jednotlivým nástrojům a dosáhnout tak větší úspěšnosti predikce než při použití nástrojů samostatně. Bylo vybráno celkem pět dostupných nástrojů, jejichž výsledky predikcí byly váhovány. Jsou zde zkoumány a porovnávány dvě odlišné metody evoluční strategie. První je evoluční strategie s pravidlem 1/5 a druhou je evoluční strategie s autoevolucí řídících parametrů typu 2. Pro trénování a následné ověření úspěšnosti navrženého meta-klasifikátoru byly vytvořeny dvě nezávislé sady mutací. Z provedených experimentů a dosažených výsledků byl zjištěn možný přínos evoluční strategie, ovšem za podmínek pečlivého výběru sady nástrojů a datových sad pro trénování a testování.
|
|
|
Využití rozptylových technik při studiu denaturace proteinů
Köbölová, Klaudia ; Kalina, Michal (oponent) ; Sedláček, Petr (vedoucí práce)
Táto bakalárska práca je zameraná na overenie využitia rozptylových techník na štúdium denaturácie proteínov. Teoretická časť je venovaná proteínom a ich vlastnostiam, popisu procesu denaturácie a zoznámenie sa s technikami rozptylu svetla. V experimentálnej časti práce boli skúmané denaturačné účinky štyroch vybraných denaturačných činidiel – močoviny, guanidínium hydrochloridu, dodecylsíranu sodného, síranu meďnatého – na dvoch modelových enzýmoch: lipáza a lyzozým. Denaturačné účinky týchto denaturantov boli študované metódou dynamického rozptylu svetla (DLS). Na opis zmeny vo veľkosti častíc počas denaturácie bol používaný Z-priemer, objemový stred a intenzitná distribúcia, ktoré boli stanovené touto metódou. Všetky testované chemické látky vyvolávali zmenu vo veľkosti enzýmoch. Táto zmena je predpokladaná ako známka denaturácie proteínov. So zvyšujúcou koncentráciou denaturantov sa zvýšil aj účinok denaturácie. Čím viac boli rozvinuté polypeptidové reťazce, tým viac rástla ich intenzita rozptylu. DLS je vďaka svojej citlivosti na odlišné veľkosti častíc vhodnou metódou na stanovenie degradačných zmien v proteíne.
|
host ::
RSS.