|
|
Predicting local structural properties from antibody sequence
Beňo, Roman ; Příhoda, David (vedoucí práce) ; Hoksza, David (oponent)
Predikce lokálních strukturních vlastností protilátek na reziduální úrovni je hodně důležitá pro detekci přítomnosti posttranslačních modifikací (PTM), které často indukují strukturální změny v protilátce, negativně ovlivňují její dlouhodobou skladovatelnost a vedou ke ztrátě jejího terapeutického potenciálu. V této práci predikujeme u jednotlivých reziduí relativní povrchovou dostupnost pro rozpouštědla (RSA). Tato vlastnost je spolu s typem dotyčné aminokyseliny klíčovým indikátorem přítomnosti oxidací methioninu a dalších typů PTM. Díky konzervovanosti struktury protilátek jsme zjistili, že různé třídy predikčních metod produkují téměř zaměnitelné výsledky - celková průměrná absolutní chyba (MAE) 5,64 procentních jednotek RSA pro nejvýkonnější z odzkoušených metod založených na strojovém učení, ve srovnání s hodnotou 5,96 naměřenou pro nejvýkonnější statistickou metodu. Výrazné zlepšení kvality predikce pozorované ve srovnání s metodou náhodné predikce s MAE 35,996 lze také připsat zachování struktury sekvence. V CDR oblastech je předpovědět hodnoty RSA obtížnější. Přestože metody a postupy, které v této práci používáme, zdaleka nejsou schopny poskytnout komplexní předpověď struktury, můžou se stát modulárním nástrojem s vysokou propustností pro návrh vhodných terapeutických protilátek. Klíčová slova:...
|
|
| |
|
|
Structural mass spectrometry of Bordetella virulence factors
Jurnečka, David
Bakterie rodu Bordetella jsou aerobní gramnegativní kokobacily, které osidlují dýchací trakt u řady savců a tím způsobují různé druhy respiračních onemocnění. Bakterie produkují velké množství adhesivních molekul a toxinů, které se výrazně podílejí na rozvoji infekce a potlačení hostitelského imunitního systému. Mezi hlavní zástupce patří filamentózní hemaglutinin (FHA), který zajišťuje přilnutí bakterie k řasinkovému epitelu hostitele, a adenylát cyklázový toxin (CyaA), který je schopen potlačit baktericidní aktivitu fagocytů. CyaA, společně s α-hemolysinem (HlyA) z Escherichia coli a RtxA cytotoxinem z druhu Kingella kingae, patří do rozsáhlé skupiny takzvaných Repeats-in-toxin (RTX) cytolysinů/hemolyzinů, které jsou post-translačně modifikovány pomocí acylace konzervovaných lyzinových zbytků. Cílem této práce je strukturně-funkční charakterizace FHA molekul a analýza post-translačních modifikací u RTX toxinů a jejich hybridních variant pomocí hmotnostní spektrometrie. Za prvé, diferenciální izotopické značení 16O/18O odhalilo, že C- koncové aminokyseliny vysoce homologních FHA proteinů z Bordetella pertussis a Bordetella bronchiseptica jsou štěpeny na různých místech, a to v pozici 2348 pro B. pertussis a v pozici 2479 pro B. bronchiseptica. Za druhé, proteomická analýza tryptických fragmentů...
|
|
|
Structural mass spectrometry of Bordetella virulence factors
Jurnečka, David
Bakterie rodu Bordetella jsou aerobní gramnegativní kokobacily, které osidlují dýchací trakt u řady savců a tím způsobují různé druhy respiračních onemocnění. Bakterie produkují velké množství adhesivních molekul a toxinů, které se výrazně podílejí na rozvoji infekce a potlačení hostitelského imunitního systému. Mezi hlavní zástupce patří filamentózní hemaglutinin (FHA), který zajišťuje přilnutí bakterie k řasinkovému epitelu hostitele, a adenylát cyklázový toxin (CyaA), který je schopen potlačit baktericidní aktivitu fagocytů. CyaA, společně s α-hemolysinem (HlyA) z Escherichia coli a RtxA cytotoxinem z druhu Kingella kingae, patří do rozsáhlé skupiny takzvaných Repeats-in-toxin (RTX) cytolysinů/hemolyzinů, které jsou post-translačně modifikovány pomocí acylace konzervovaných lyzinových zbytků. Cílem této práce je strukturně-funkční charakterizace FHA molekul a analýza post-translačních modifikací u RTX toxinů a jejich hybridních variant pomocí hmotnostní spektrometrie. Za prvé, diferenciální izotopické značení 16O/18O odhalilo, že C- koncové aminokyseliny vysoce homologních FHA proteinů z Bordetella pertussis a Bordetella bronchiseptica jsou štěpeny na různých místech, a to v pozici 2348 pro B. pertussis a v pozici 2479 pro B. bronchiseptica. Za druhé, proteomická analýza tryptických fragmentů...
|
|
|
Structural mass spectrometry of Bordetella virulence factors
Jurnečka, David ; Bumba, Ladislav (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent) ; Řehulka, Pavel (oponent)
Bakterie rodu Bordetella jsou aerobní gramnegativní kokobacily, které osidlují dýchací trakt u řady savců a tím způsobují různé druhy respiračních onemocnění. Bakterie produkují velké množství adhesivních molekul a toxinů, které se výrazně podílejí na rozvoji infekce a potlačení hostitelského imunitního systému. Mezi hlavní zástupce patří filamentózní hemaglutinin (FHA), který zajišťuje přilnutí bakterie k řasinkovému epitelu hostitele, a adenylát cyklázový toxin (CyaA), který je schopen potlačit baktericidní aktivitu fagocytů. CyaA, společně s α-hemolysinem (HlyA) z Escherichia coli a RtxA cytotoxinem z druhu Kingella kingae, patří do rozsáhlé skupiny takzvaných Repeats-in-toxin (RTX) cytolysinů/hemolyzinů, které jsou post-translačně modifikovány pomocí acylace konzervovaných lyzinových zbytků. Cílem této práce je strukturně-funkční charakterizace FHA molekul a analýza post-translačních modifikací u RTX toxinů a jejich hybridních variant pomocí hmotnostní spektrometrie. Za prvé, diferenciální izotopické značení 16O/18O odhalilo, že C- koncové aminokyseliny vysoce homologních FHA proteinů z Bordetella pertussis a Bordetella bronchiseptica jsou štěpeny na různých místech, a to v pozici 2348 pro B. pertussis a v pozici 2479 pro B. bronchiseptica. Za druhé, proteomická analýza tryptických fragmentů...
|
|
| |
|
|
Wnt signaling in intestinal homeostasis and tumorigenesis
Janečková, Lucie ; Kořínek, Vladimír (vedoucí práce) ; Macůrek, Libor (oponent) ; Truksa, Jaroslav (oponent)
Kanonická signální dráha Wnt je jednou z nejdůležitějších drah řídících buněčnou proliferaci a diferenciaci. Je evolučně vysoce konzervovaná a hraje důležitou roli nejen během embryonálního vývoje, ale také v obnově tkání v dospělém organismu. Naopak nefyziologická aktivace této dráhy Wnt způsobuje vznik různých typů lidských onemocnění. Ve střevě je signalizace Wnt úzce spojena s regulací životního cyklu a dělením střevních kmenových buněk a s celkovou obnovou střevního epitelu. Konstitutivní aktivace signální dráhy Wnt vedoucí k rozvoji neoplázie a nádorů stojí za naprostou většinou případů rakoviny tlustého střeva, která je třetím nejčastějším nádorovým onemocněním v rozvinutých částech světa. Cílem této práce bylo odhalit nové aspekty regulačních mechanismů signální kaskády Wnt a také nalézt nové specifické inhibitory této dráhy včetně potvrzení jejich účinku v pokusných myších. Výsledky práce jsou shrnuty ve čtyřech publikacích. První studie se zabývá buněčným zpracováním a posttranslačními modifikacemi myších proteinů Wnt. Tyto procesy jsou nezbytné pro sekreci těchto bílkovin z buňky a jejich následnou signální aktivitu. Další publikace je zaměřená na gen Troy, který jsme popsali jako inhibitor signalizace Wnt. TROY je cílovým genem dráhy Wnt, který byl identifikován chromatinovou...
|
|
|
Optimization of N-glycopeptides analysis methods and their preliminary application to barley proteins study
Benkovská, Dagmar ; Flodrová, Dana ; Bobálová, Janette ; Laštovičková, Markéta
N-glycosylation is the most frequently studied plant protein post-translational modification. The analysis of Nglycopeptides after protein proteolytic digestion offers information about the structure of both oligosaccharide and peptide moiety. However, this method has so far been less commonly used. Since glycopeptides hardly ionize during MS analysis in the presence of non-glycosylated peptides, they need to be separated from the complex peptide mixture. In this study, the glycopeptides enrichment, purification and analysis methods were successfully optimized on two standard N-glycoproteins. Concanavalin A (ConA) lectin tips were used for glycopeptide capturing, and obtained fractions were purified on carbon tips and analyzed using MALDI-TOF mass spectrometry. The differences in the CID fragmentation of certain types of glycopeptides were found. This technique was then applied to glycopeptide analysis of barley grain and malt proteins. Several barley glycopeptides were found, however, their identification was very difficult. More proteins separation techniques will be required before this enrichment procedure in further studies.
|
host ::
RSS.