|
|
Predicting local structural properties from antibody sequence
Beňo, Roman ; Příhoda, David (vedoucí práce) ; Hoksza, David (oponent)
Predikce lokálních strukturních vlastností protilátek na reziduální úrovni je hodně důležitá pro detekci přítomnosti posttranslačních modifikací (PTM), které často indukují strukturální změny v protilátce, negativně ovlivňují její dlouhodobou skladovatelnost a vedou ke ztrátě jejího terapeutického potenciálu. V této práci predikujeme u jednotlivých reziduí relativní povrchovou dostupnost pro rozpouštědla (RSA). Tato vlastnost je spolu s typem dotyčné aminokyseliny klíčovým indikátorem přítomnosti oxidací methioninu a dalších typů PTM. Díky konzervovanosti struktury protilátek jsme zjistili, že různé třídy predikčních metod produkují téměř zaměnitelné výsledky - celková průměrná absolutní chyba (MAE) 5,64 procentních jednotek RSA pro nejvýkonnější z odzkoušených metod založených na strojovém učení, ve srovnání s hodnotou 5,96 naměřenou pro nejvýkonnější statistickou metodu. Výrazné zlepšení kvality predikce pozorované ve srovnání s metodou náhodné predikce s MAE 35,996 lze také připsat zachování struktury sekvence. V CDR oblastech je předpovědět hodnoty RSA obtížnější. Přestože metody a postupy, které v této práci používáme, zdaleka nejsou schopny poskytnout komplexní předpověď struktury, můžou se stát modulárním nástrojem s vysokou propustností pro návrh vhodných terapeutických protilátek. Klíčová slova:...
|
|
|
Enzyme optimization using sequence homology and machine learning
Neitzert, Gesa-Maret ; Příhoda, David (vedoucí práce) ; Hoksza, David (oponent)
Ve farmaceutickém výzkumu a vývoji hrají enzymy důležitou roli při syntéze léků a molekul souvisejících s léky. Pro vyšší účinnost a zvýšenou produkci je důležité optimalizovat výtěžek těchto enzymů, což je úkol často řešený proteinovým inženýrstvím a designem. Tento proces optimalizace enzymu se však může stát zdlouhavým s obrovskými možnostmi mutací pro každý jednotlivý protein. Ke zlepšení procesu optimalizace enzymů lze použít sekvenční homologii a metody strojového učení. Ty výrazně snižují manuální úsilí při přepracování proteinů a mohou pomoci při hledání nejvhodnějšího enzymu pro daný úkol, čímž se zvyšuje efektivita celého procesu vývoje léčiv. S ohledem na tento cíl tato práce shrnuje výběr existujících metod a jejich možné aplikace při optimalizaci enzymů. Testování dvou prediktivních modelů s různou složitostí na 4 souborech dat ve snaze optimalizovat absorpci, enantioselektivitu, nebo teplotní stabilitu zjistilo pouze mírnou korelaci mezi skutečnými cílovými hodnotami a jejich předpokládanými hodnotami: průměr Pearsonova R 0,20775 a 0,5188. Porovnání pravděpodobnostních vzorů vložení proteinových sekvencí vedlo ke korelačnímu skóre 0,815 se substituční maticí BLOSUM62, což potvrzuje intuici jazykového modelu o přirozené frekvenci různých typů mutací. Zatímco výsledky prediktivních...
|
|
|
Postavení proprezidentské strany v politickém a stranickém systému Ruské federace
Příhoda, David ; Mlejnek, Josef (vedoucí práce) ; Žídková, Markéta (oponent)
Diplomová práce se zabývá pozicí proprezidentských stran v ruském politickém a stranickém systému. Práce vychází z předpokladu, že exekutiva, především pak prezident, je nejvýznamnější součástí politického systému. Proprezidentské strany jsou zakládány exekutivou a jejich úkolem je získat ve volbách takový výsledek, který by zajistil proprezidentskou většinu ve Státní dumě. Jde tedy o strany zakládané shora. Práce je rozdělena do tří částí. První část je věnována exekutivě. Je zde popsáno postavení prezidenta a vlády a vztahy mezi jednotlivými exekutivními orgány. Druhá část je věnována politickým stranám a stranickému systému. Napřed představuje příčiny slabého postavení politických stran, poté se věnuje periodizaci vývoje stranického systému. Druhá část je zakončena představením základních stranických rodin. Třetí část je věnována konkrétním příkladům proprezidentských stran. Napřed je zde definován koncept proprezidentské strany. Poté následují proprezidentské strany budované za prezidenta Jelcina. Tato část je zakončena představením stran, které vznikaly za prezidenta Putina. V postoji k proprezidentským stranám se Jelcinovo i Putinovo prezidentství odlišovalo.
|
|
| |
|
|
Postavení strany Jednotné Rusko v politickém systému Ruské federace
Vondráčková, Dominika ; Příhoda, David (vedoucí práce) ; Romancov, Michael (oponent)
Na přelomu tisíciletí se začaly zásadně měnit politické poměry v Rusku. Výrazně se snížil počet politických stran a v roce 2001 vzniklo Jednotné Rusko, které se brzy stalo nejsilnější stranou. Od tohoto období probíhá centralizace politického systému a celkově se poměry v zemi mění - pro menší strany je těžší dostat se do parlamentu, média jsou ještě méně svobodná a neziskovým organizacím s určitými politickými názory je znemožňována činnost. V tomto prostředí působí Jednotné Rusko - proprezidentská strana, která nepůsobí jako platforma pro politickou diskuzi, nýbrž jako nástroj Kremlu, který je vstupní branou k místu ve společnosti, kde se soustřeďují elity všeho druhu, prostředky a moc. V úvodní, teoretické části, text hovoří o soutěživých a nesoutěživých stranických systémech, a zařazuje současný stranický systém Ruské federace mezi stranické systémy s pragmatickou hegemonickou stranou. Dále text následuje vývoj a změny stranického systému a reforem od roku 1999 do současnosti. Poté se soustřeďuje na ideologickou rovinu Ruska v mezinárodním prostředí a na ideologickou rétoriku Jednotného Ruska - i přes deklarovanou ideologii ukazuje, že Jednotné Rusko neuznává zakořeněné hodnoty, ale pouze kopíruje momentální politiku Kremlu.
|
|
|
Jednotné Rusko a upevňování vlivu v Ruské federaci
Vondráčková, Dominika ; Příhoda, David (vedoucí práce) ; Romancov, Michael (oponent)
Práce se zabývá Jednotným Ruskem, proprezidentskou stranou Ruské federace a způsoby, kterým strana posiluje svůj vliv ve státě. Těmito způsoby jsou především volební reformy, ovlivňování médií, ovlivňování volebního chování prostřednictvím regionů a vychovávání nové generace. Text je rozdělen do tří částí - teoretické, historické a názorné. První kapitola pojednává o teorii politických stran, o typu proprezidentské strany a o stranických systémech s převládající stranou. Tato kapitola poskytuje teoretický rámec a dokládá tvrzení, že pokud hegemonická strana nemá být nahrazena přirozenou názorovou pluralitou společnosti, musí různými prostředky udržovat svůj vliv. Druhá kapitola je historická a ukazuje širší souvislosti tradice politických stran v Rusku. Tradičně strany měly slabé postavení a byly často zakládány státem, nikoli společností. Tato kapitola hovoří o dlouhodobých faktorech, které přispívájí k posilování vlivu proprezidentských stran v Rusku. Třetí a poslední část hovoří o konkrétních způsobech posilování vlivu Jednotného Ruska od jeho vzniku v roce 2001 do současnosti (2016). Na konkrétních příkladech demonstruji sféry posilování vlivu strany - například jak přesně strana měnila volební systém ve svůj prospěch nebo jak probíhá ovlivňování volebního chování na úrovni regionů. Dále práce...
|
|
|
Postavení strany Jednotné Rusko v potitickém systému Ruské federace
Vondráčková, Dominika ; Příhoda, David (vedoucí práce) ; Romancov, Michael (oponent)
Práce pojednává o současné ruské proprezidentské straně - o Jednotném Rusku. Strana vznikla za účelem konkurovat jiné straně ve volbách 1999, v kterých nakonec uspěla s poměrně vysokým počtem hlasů. Téměř od začátku jsme mohli být svědky propojení s kandidátem na prezidenta, Vladimirem Putinem. Potom, co byl v roce 2000 zvolen prezidentem, začaly pobíhat změny v zákonech o politických stranách a charakter stranického systému se spolu s těmito změnami začal měnit. Cílem mé práce je ukázat, jakou roli má strana v systému a jakým způsobem Kreml ovlivňuje její postavení. V první části práce se zaměřuji na klasifikaci stranických systémů, nejprve na Sartoriho a jeho obecnou klasifikaci méně soutěživých systémů a dále také uvádím další specifika a pojmy používané v souvislosti s Jednotným Ruskem. Dále přecházím ke stranickému vývoji a reformám po nástupu Putina na prezidentský úřad, které nám názorně ukazují reformy a změny, které ve stranickém systému probíhaly. Na konci práce hovořím o Jednotném Rusku jako takovém a o tom, jak distribuuje svůj vliv.
|
|
|
Postavení proprezidentské strany v politickém a stranickém systému Ruské federace
Příhoda, David ; Mlejnek, Josef (vedoucí práce) ; Romancov, Michael (oponent)
Rigorózní práce se zabývá pozicí proprezidentských stran v ruském politickém a stranickém systému. Práce vychází z předpokladu, že exekutiva, především pak prezident, je nejvýznamnější součástí politického systému. Proprezidentské strany jsou zakládány exekutivou a jejich úkolem je získat ve volbách takový výsledek, který by zajistil proprezidentskou většinu ve Státní dumě. Jde tedy o strany zakládané shora. Práce je rozdělena do tří částí. První část je věnována exekutivě. Je zde popsáno postavení prezidenta a vlády a vztahy mezi jednotlivými exekutivními orgány. Druhá část je věnována politickým stranám a stranickému systému. Nejprve představuje příčiny slabého postavení politických stran, poté se věnuje periodizaci vývoje stranického systému. Druhá část je zakončena představením základních stranických rodin. Třetí část je věnována konkrétním příkladům proprezidentských stran. Nejdřív je zde definován koncept proprezidentské strany. Poté následují proprezidentské strany budované za prezidenta Jelcina. Tato část je zakončena představením stran, které vznikaly za prezidenta Putina. V postoji k proprezidentským stranám se Jelcinovo i Putinovo prezidentství odlišovalo.
|
|
|
Postavení proprezidentské strany v politickém a stranickém systému Ruské federace
Příhoda, David ; Mlejnek, Josef (vedoucí práce) ; Žídková, Markéta (oponent)
Diplomová práce se zabývá pozicí proprezidentských stran v ruském politickém a stranickém systému. Práce vychází z předpokladu, že exekutiva, především pak prezident, je nejvýznamnější součástí politického systému. Proprezidentské strany jsou zakládány exekutivou a jejich úkolem je získat ve volbách takový výsledek, který by zajistil proprezidentskou většinu ve Státní dumě. Jde tedy o strany zakládané shora. Práce je rozdělena do tří částí. První část je věnována exekutivě. Je zde popsáno postavení prezidenta a vlády a vztahy mezi jednotlivými exekutivními orgány. Druhá část je věnována politickým stranám a stranickému systému. Napřed představuje příčiny slabého postavení politických stran, poté se věnuje periodizaci vývoje stranického systému. Druhá část je zakončena představením základních stranických rodin. Třetí část je věnována konkrétním příkladům proprezidentských stran. Napřed je zde definován koncept proprezidentské strany. Poté následují proprezidentské strany budované za prezidenta Jelcina. Tato část je zakončena představením stran, které vznikaly za prezidenta Putina. V postoji k proprezidentským stranám se Jelcinovo i Putinovo prezidentství odlišovalo.
|
|
|
Ekologická dopravní politika ve městech
PŘÍHODA, David
Tato práce se snaží popsat prostřednictvím legislativních zákonů ekologickou dopravní politiku. Konkrétně ve vybraných českých městech. Dále se zde rozebírá ekologická doprava v evropském státu Nizozemsku. Pomocí těchto poznatků budou vytvořeny návrhy na zlepšení stávající situace.
|
host ::
RSS.