|
|
Metody detekce selekce v DNA sekvencích
Procházka, Ondřej ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tématem diplomové práce jsou metody detekce selekce v DNA sekvencích. V úvodu se popíše molekulární evoluce. Uvedeme, čím je způsobena a jak se projevuje. Dále budou popsány genové mutace a mechanismy šíření a fixace. Rozebereme si podrobně selekci a obecné matematické vztahy pro selekční tlak. Definujeme pozitivní, negativní a neutrální selekci. Práce se zaměří na výpočetní metody evolučních vzdáleností synonymních a nesynonymních substitucí. Budou popsány tři metody pro výpočet selekčního tlaku – Nei-Gojobori, Li-Wu-Luo a Comeron. Popíšeme veškeré modely matematickými vztahy. Pro statistické vyhodnocení jednotlivých selekcí budou zavedeny statistické testy – využívat se bude z-test. V praktické části budou informace o vytvořeném softwaru, který ze sekvencí z veřejných databází ve formátu GenBank vypočítá selekční tlak a zobrazí oblasti selekce na základě statistického testu. Program bude využit na dva datové sety dvou různých genových kódů. Jejich výsledky budou porovnávány. Zhodnotíme všechny tři metody výpočtu selekčního tlaku a vlivu vstupních parametrů.
|
|
|
Evoluční význam polymorfismu receptorů vrozené imunity
Bainová, Zuzana ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Zajícová, Alena (oponent)
Interakce hostitele s jeho parazity je důležitým zdrojem evolučních změn na obou stranách. Adaptační přizpůsobení na straně hostitele vzhledem k parazitům lze nalézt především v imunitním systému a obzvláště v jeho receptorovém aparátu, který se dostává do přímého kontaktu se strukturami parazitů. Mezi receptory vrozené imunity se řadí tzv. pattern recognition receptory (pattern recognition receptors, PRRs). PRRs detekují struktury parazita (tzv. pathogen-associated molecular patterns; PAMPs, například lipopolysacharidy, flagelin, peptidoglykany) či poškozené tkáně hostitele (damage-associated molecular patterns; DAMPs, například proteiny teplotního šoku, heat shock proteins). Přestože jsou tyto molekuly značně evolučně konzervativní, ukazuje se, že se jedná o poměrně polymorfní receptory a to na mezidruhové i vnitrodruhové úrovni. I minoritní alely se mohou vyskytovat v populacích v poměrně vysokých frekvencích. Byly prokázány asociace jednotlivých alel různých PRRs s rozmanitými infekčními i autoimunitními chorobami. Právě vztah daného polymorfního receptoru k různým chorobám by mohl představovat hnací sílu evoluce těchto receptorů. Zájem o studium polymorfismu PRRs v posledních letech rychle roste. Většina prací se ale omezuje pouze na studium lidských populací, nebo na laboratorní či hospodářská...
|
|
|
Botanika v Čechách na přelomu 19. a 20. století: teoretické aspekty díla Josefa Velenovského
Kaiprová, Sofie ; Čermáková, Lucie (vedoucí práce) ; Janko, Jan (oponent)
Abstakt Náplní práce je literární rešerše na téma teoretické a evoluční koncepty v botanice v českém prostředí v období přelomu 19. a 20. století se zaměřením na dílo Josefa Velenovského (1858-1949). Práce mapuje dobový kontext Velenovského díla, pojednává proměny Velenovského představ o evoluci a nejzajímavější aspekty jeho teoretických úvah týkajících se biologie. Na začátku Darwinovu teorii plně uznává, v pozdním věku zastává zcela protikladnou teorii. Klíčová slova: dějiny botaniky, Josef Velenovský, evoluční teorie, přírodní výběr, altruismus
|
|
|
Recepce Darwina v biologických vědách
Richter, Jiří ; Markoš, Anton (vedoucí práce) ; Flegr, Jaroslav (oponent)
Recepce Darwina v biologických vědách je historickým nahlédnutím do příběhu evoluční biologie, metodicky soustředěným na různorodost vnímání díla Charlese Darwina jeho následovníky. Neobvyklý vliv, který Darwinovy myšlenky měly na široké pole biologických věd, vedl k ustanovení unikátní tradice, jinde ve vědě málo vídané. Každých padesát let, počínaje datem vydání Původu druhů, se přírodovědci po celém světě srocují k oslavám Charlese Darwina - jako myslitele i jako osobnosti. V současné době existuje neuvěřitelný objem darwinovské literatury, proto tato jubilejní setkání poskytují dobré záchytné body pro zorientování se v otázkách, které v evoluční biologii vyvstávaly a vyvstávají. Takto k darwinovským oslavám přistupuje i Recepce Darwina v biologických vědách.
|
|
|
Evoluční význam polymorfismu receptorů vrozené imunity
Bainová, Zuzana ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Zajícová, Alena (oponent)
Interakce hostitele s jeho parazity je důležitým zdrojem evolučních změn na obou stranách. Adaptační přizpůsobení na straně hostitele vzhledem k parazitům lze nalézt především v imunitním systému a obzvláště v jeho receptorovém aparátu, který se dostává do přímého kontaktu se strukturami parazitů. Mezi receptory vrozené imunity se řadí tzv. pattern recognition receptory (pattern recognition receptors, PRRs). PRRs detekují struktury parazita (tzv. pathogen-associated molecular patterns; PAMPs, například lipopolysacharidy, flagelin, peptidoglykany) či poškozené tkáně hostitele (damage-associated molecular patterns; DAMPs, například proteiny teplotního šoku, heat shock proteins). Přestože jsou tyto molekuly značně evolučně konzervativní, ukazuje se, že se jedná o poměrně polymorfní receptory a to na mezidruhové i vnitrodruhové úrovni. I minoritní alely se mohou vyskytovat v populacích v poměrně vysokých frekvencích. Byly prokázány asociace jednotlivých alel různých PRRs s rozmanitými infekčními i autoimunitními chorobami. Právě vztah daného polymorfního receptoru k různým chorobám by mohl představovat hnací sílu evoluce těchto receptorů. Zájem o studium polymorfismu PRRs v posledních letech rychle roste. Většina prací se ale omezuje pouze na studium lidských populací, nebo na laboratorní či hospodářská...
|
|
|
Úloha hnízda při reprodukci rákosníka velkého
Jelínek, Václav ; Procházka, Petr (vedoucí práce) ; Krist, Miloš (oponent) ; Trnka, Alfréd (oponent)
6 Abstrakt Ptačí hnízda poskytují ochranu vejcím a mláďatům, umožňují rodičům bezpečně opustit potomstvo a zase se k němu vrátit, jejich termoregulační vlastnosti snižují energetické náklady na inkubaci vajec a zahřívání mláďat, a jsou tedy klíčovými strukturami v reprodukci drtivé většiny druhů ptáků. Díky svému významu by tedy měla podléhat přírodnímu výběru. Bylo proto navrženo několik hypotéz, které popisují selekční tlaky, jež na velikost hnízda samého nebo některých jeho částí působí. Ve své dizer- tační práci jsem testoval platnost několika z nich u rákosníka velkého (Acrocephalus arundinaceus) - otevřeně hnízdícího druhu pěvce, jehož hnízda jsou k tomu velmi vhodná, neboť vykazují značnou ve- likostní variabilitu. K tomuto účelu jsem využil jak rozsáhlého datového souboru několika set změře- ných hnízd tohoto druhu, tak i experimentů, při kterých jsem s velikostí rákosničích hnízd aktivně ma- nipuloval. Ve shodě s předchozími studiemi se nám nepodařilo prokázat, že by velikost hnízda rákosníka velkého měla vliv na pravděpodobnost jeho parazitace kukačkou obecnou (Cuculus canorus). Ta byla ovšem ovlivněna několika jinými faktory, a to načasováním hnízdění, hustotou rákosového porostu v blízkosti hnízda, a především jeho viditelností z nejbližšího potenciálního místa, ze kterého kukačky hostitelská...
|
|
|
Metody detekce selekce v DNA sekvencích
Procházka, Ondřej ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tématem diplomové práce jsou metody detekce selekce v DNA sekvencích. V úvodu se popíše molekulární evoluce. Uvedeme, čím je způsobena a jak se projevuje. Dále budou popsány genové mutace a mechanismy šíření a fixace. Rozebereme si podrobně selekci a obecné matematické vztahy pro selekční tlak. Definujeme pozitivní, negativní a neutrální selekci. Práce se zaměří na výpočetní metody evolučních vzdáleností synonymních a nesynonymních substitucí. Budou popsány tři metody pro výpočet selekčního tlaku – Nei-Gojobori, Li-Wu-Luo a Comeron. Popíšeme veškeré modely matematickými vztahy. Pro statistické vyhodnocení jednotlivých selekcí budou zavedeny statistické testy – využívat se bude z-test. V praktické části budou informace o vytvořeném softwaru, který ze sekvencí z veřejných databází ve formátu GenBank vypočítá selekční tlak a zobrazí oblasti selekce na základě statistického testu. Program bude využit na dva datové sety dvou různých genových kódů. Jejich výsledky budou porovnávány. Zhodnotíme všechny tři metody výpočtu selekčního tlaku a vlivu vstupních parametrů.
|
|
|
Umění jako evoluční adaptace
LATUROVÁ, Martina
Náplní této bakalářské práce je představení základního konceptu evoluční estetiky. Ta k objasnění původu umění využívá myšlenky vycházející z adaptačních teorií Charlese Darwina. Pokouší se hájit přesvědčení, že umění je schopné poskytnout v oblasti přírodního a pohlavního výběru nějaké výhody k přežití či reprodukci. Tato práce se bude především opírat o současné estetické teorie Denise Duttona a Geoffrey Millera.
|
|
|
Lze při výuce biologie a přírodopisu demonstrovat selekci? Simulace přírodního výběru na modelovém organismu.
MARVANOVÁ, Aneta
Tato bakalářská práce se zabývá vlivem přírodního výběru na rychlost vývoje hladinatky pobřežní (Microvelia reticulata). Přírodní selekce je nedílnou součástí evoluční biologie. Hlavním úkolem bylo zjistit, jestli se selekce na rychlost vývoje projeví na změně délky vývoje. Vybraní jedinci byli chováni ve stejných podmínkách od nakladení vajíček až po dospělost v celkem třech replikacích v linii selektované na rychlý vývoj, pomalý vývoj a v linii kontrolní. Mezi jednotlivými replikacemi nedošlo k výrazným odchylkám. U všech kontrolních linií došlo mezi zakládající a první generací k výraznému zkrácení délky vývoje, v dalších generacích se potom vývoj zase zpomaloval. Podobná situace nastala u linií selektovaných na pomalý vývoj. Počáteční výrazně zrychlený vývoj nastal i u linií selektovaných na rychlý vývoj, tam však buá posléze nedošlo k opětovnému zpomalení vývoje, anebo toto zpomalení nebylo tak výrazné. Vzhledem k nepříliš přesvědčivým výsledkům a značné časové i prostorové náročnosti tohoto výzkumu je nereálné provádět podobný dlouhodobý pokus ve školních podmínkách. Výzkum byl podpořen projektem GAČR P505/10/0096.
|
host ::
RSS.