|
|
Diverzita vrbovek (rod Epilobium) a metody studia jejich hybridizace
Kuchyňková, Lenka ; Kaplan, Zdeněk (vedoucí práce) ; Šemberová, Kristýna (oponent)
Vrbovka (Epilobium) patří mezi rody, na jehož evoluci se významně podílí mezidruhová hybridizace. Tento proces sice generuje evoluční novinky a může vést ke speciaci, může však mít za následek i genetickou erozi a extinkci. Tato práce se věnuje především zástupcům rodu Epilobium, které jsou mezidruhovou hybridizací potenciálně ohroženi. Z české květeny je to především skupina vzácných horských vrbovek zahrnující E. nutans, E. alsinifolium a E. anagallidifolium. Kromě časté mezidruhové hybridizace pak komplikuje situaci v této skupině i minuciéznost rozlišovacích znaků. Rešerše také shrnuje dostupné metody, které mohou být ke studiu mezidruhové hybridizace využity v rámci navazující diplomové práce.
|
|
|
Metabarcoding and environmental sequencing projects
Kandaurova, Ekaterina ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Poláková, Kateřina (oponent)
Práce se zaměřuje na využití metabarcodingu v projektech odhalujících biologickou diverzitu a jeho aplikace v různých biologických oborech. Práce shrnuje principy a představuje základní pracovní postup v metabarcodingu, včetně výběru konkrétních molekulárních markerů pro různé skupiny organismů a bioinformatického zpracování dat. Práce rovněž diskutuje limity metabarcodingu, jako jsou nedostatečná standardizace, "primer bias" nebo cílení na metabolicky neaktivní organismy, a potenciální strategie pro překonání těchto překážek. Praktické využití metabarcodingu je demonstrováno na příkladech projektů zaměřených na sekvencování, jako jsou Human Microbiome Project nebo expedice TARA Oceans. Potenciál využití metabarcodingu pro výzkumné účely je diskutován z pohledu paleontologie, analýzy stravy a ochrany přírody. Celkově se práce zaměřuje na posouzení potenciálu metabarcodingu jako efektivního nástroje a mohla by sloužit jako počáteční vodítko pro ty, kteří mají zájem využít metabarcodingu pro svou vědeckou práci. Klíčová slova: metabarcoding, eDNA, molekulární markery, NGS, bioinformatika, biodiverzita.
|
|
|
Characterization of different differentiation protocols of H9c2 cardiomyoblasts
Gardianová, Anna ; Jirkovský, Eduard (vedoucí práce) ; Macháček, Miloslav (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakológie a toxikológie Študentka: Anna Gardianová Školiteľ: PharmDr. Eduard Jirkovský, Ph.D. Názov diplomovej práce: Charakterizácia rôznych diferenciačných protokolov H9c2 kardiomyoblastov Bunková diferenciácia je bežný proces vo vývoji mnohobunkového organizmu, kedy dochádza k zmene bunkového vzhľadu a funkcie. Proces diferenciácie zohráva významnú úlohu aj pri oprave poškodených tkanív. Niektoré chemické látky môžu negatívne ovplyvniť tieto procesy, a tým ovplyvniť i ľudské zdravie. V tejto práci sme sa zamerali na charakterizáciu procesu diferenciácie bunkovej línie H9c2 použitím rôznych publikovaných diferenciačných protokolov, a popísali v čase zmeny v morfológii (výskyt viacjadrových a predĺžených buniek) a expresii mRNA vybraných markerov typických pre fenotyp srdcového (cTnT, Hand2, GATA4) alebo kostrového (myogenín) svalu. Proces diferenciácie sme sledovali po dobu 15 dní a jednotlivé protokoly sa líšili prídavkom fetálneho hovädzieho séra (FBS, 1 % alebo 10 %) a all-trans-retinovej kyseliny (ATRA, 10 nmol/L) do kultivačného média Dulbecco's Modified Eagle's Medium. Z pozorovaných výsledkov môžeme povedať, že všetky použité protokoly viedli k diferenciácii buniek, ktorá sa ale kvantitatívne i kvalitatívne menila a...
|
|
|
Stanovení genetické distance výchozích šlechtitelských materiálů řepky ozimé
Papanová, Michaela
Bakalářská práce je sestavená jak z literárního přehledu, tak z praktické části.První zmíněná část obsahuje pojednání o brukvi řepce olejce a jejím hlavním využití. Pozornost je také věnována metodám a historii šlechtění této plodiny. Nedílnou součástí je i seznámení s pojmem genetické vzdálenosti a s důležitostí genových bank. Druhá část pak obsahuje informace o samotném výzkumu zaměřeném na stanovení genetické vzdálenosti u vybraných vzorků brukve řepky olejky pomocí metody ISSR. Výsledky analýzy byly použity pro identifikaci možných duplicit v kolekci této plodiny, stejně jako pro stanovení genetické eroze vzorků. Stejně tak lze výsledky použít i při samotném šlechtění, a to především při výběru rodičovských komponent.
|
|
|
Hodnocení genetického polymorfismu kmenů \kur{Beauveria bassiana }na základě analýzy mikrosatelitů
PUDIL, Jiří
Mikrosatelity jsou tandemově se opakující repetice o délce 2-6 párů bazí DNA. Mikrosatelity byly objeveny v každém organismu, včetně entomopatogenních hub. Jsou vysoce polymorfní, a proto jsou účinnými genetickými markery, které nám dovolují zkoumat různé aspekty těchto hub. Cílem diplomové práce je provést analýzu mikrosatelitů a popsat genetické závislosti mezi jednotlivými kmeny a monosporovými izoláty, které byly z těchto kmenů odvozeny a zhodnotit tak míru genetického polymorfismu kmenů \kur{Beauveria bassiana} odebraných při monitoringu v lokalitě Černá Hora na Šumavě. Dále se ve své práci snažím optimalizovat metodu izolace DNA a metodu analýzy mikrosatelitů. Celkem bylo analyzováno 44 kmenů \kur{Beauveria bassiana} izolovaných z lýkožrouta smrkového \kur{(Ips typographus)} za použití čtyř primerů. Celkově lze říci, že výsledky, které jsem získal při řešení diplomové práce ukazují na vysokou podobnost hodnocených kmenů a tedy nízkou hladinu polymorfismu. Pro další práci by bylo vhodné zvětšit lokalitu, ze které budou vzorky odebírány a zařadit do analyzované sady kmeny, které byly získány z různých vývojových stádií hostitele, stejně tak jako další referenční kmeny entomopatogenních hub získané z jiných lokalit s podobnými podmínkami. Pro detailnější vnitropopulační studii by bylo vhodné využít analýzu ribosomální DNA. Takto vybraná a hodnocená populace pravděpodobně poskytne věrnější obraz kmenové diverzity na daném území.
|
|
|
Metody izolace jednotlivých subpopulací neurálních kmenových buněk
Zelený, Martin ; Zíková, Martina (vedoucí práce) ; Vargová, Ingrid (oponent)
Kmenové buňky mají obrovský léčebný potenciál, no zatím nejsou prozkoumané dost na to, aby se dali využít v klinické praxi. Proto je důležitý jejich další výzkum. Jedním z typů kmenových buněk jsou neurální kmenové buňky, které dávají vzniknout neurálním a gliovým buňkám v mozku. Neurální kmenové buňky jsou v dospělém organizmu přítomny na dvou místech, v subventrikulární zóně předního mozku a v subgranulární zóně hipokampu. Neurální kmenové buňky nejsou jedním specifickým typem buněk, ale skupinou různých subpopulací s odlišnou genovou expresí. V mé bakalářské práci jsem se zaměřil na metody, které se používají na výzkum těchto subpopulací, a to konkrétně na jejich izolaci a charakterizaci jejich exprese. Klíčové slova: neurální kmenové buňky, neurogenní zóny, molekulární markery
|
|
|
Využití molekulárních markerů pro studium vlivu globálních změn na společenstva hub
Faltysová, Julie ; Baldrian, Petr (vedoucí práce) ; Koukol, Ondřej (oponent)
Houby jsou nezbytnou součástí života na Zemi. Mimo svou hlavní roli v rozkladu organické hmoty patří také mezi významné symbiotické organismy a podílí se na poskytování celé řady ekosystémových služeb důležitých pro člověka jako je například primární produkce rostlin a s tím spojená dostupnost potravin, či regulace půdní vody. Pro studium distribuce hub se často využívá metody tzv. DNA metabarcodingu, která kombinuje využití specifických molekulárních markerů, nejčastěji univerzálního houbového ITS, a masivně paralelního sekvenování. Význam této metody v současné době měnícího se prostředí roste, a pomáhá nám sledovat změny v houbových společenstvech vlivem globálních změn. Ukazuje se, že především klimatické faktory jako je oteplování, změny ve srážkovém režimu a depozice dusíku, významně ovlivňují složení společenstev a zastoupení jednotlivých funkčních skupin hub. Tyto změny pak mohou mít následně vliv na fungování celých ekosystémů, a může být tak ohrožena jejich rovnováha. Klíčová slova: molekulární markery, DNA metabarcoding, společenstva hub, oteplování, změna klimatu, depozice dusíku
|
|
|
Differentiation of keratinocytes: molecular markers and potential of influencing them in vitro
Ondrúšková, Denisa ; Filová, Elena (vedoucí práce) ; Porubská, Bianka (oponent)
Keratinocyty sú najviac zastúpené kožné bunky nachádzajúce sa v pokožke - epidermis. Delia sa na bazálne proliferujúce kmeňové bunky, ktoré sú v úzkom kontakte s bazálnou membránou a na suprabazálne diferencujúce bunky. Bazálne keratinocyty exprimujú keratíny K5 a K14 a prostredníctvom delaminácie alebo asymetrickým delením dávajú vznik postupne diferencujúcim vrstvám. Ako prvá vzniká stratum spinosum exprimujúca keratíny K1 a K10 a involukrín, následne prechádza v stratum granulosum, v ktorej bunky exprimujú lorikrín a profilagrín a poslednú vrstvu tvorí stratum corneum, tvorená korneocytmi, ktoré sa postupne odlupujú. Keratinocyty sa podieľajú na procese regenerácie kože a je možné ich izolovať a kultivovať. Ich kultivácia môže byť ovplyvnená rôznymi faktormi, ako sú výber vhodného materiálu (nanovlákna/gél) a vhodného kultivačného média, ktoré môže byť obohatené o rastové faktory, doštičkový lyzát, vitamíny a ďalšie látky. Pri ich kultivácii taktiež záleží na tom, či sú keratinocyty úplne ponorené v médiu alebo rastú na rozhraní voda/vzduch. Pre priblíženie sa in vivo podmienkam a na štúdium interakcií medzi bunkovými populáciami sú keratinocyty častokrát pestované v ko-kultúrach s rôznymi bunkami, ako sú fibroblasty, endotelové bunky, monocyty a ďalšie. Keratinocyty kultivované in vitro sa...
|
|
|
Možnosti šíření sladkovodních plžů
Buďová, Jana ; Černý, Martin (vedoucí práce) ; Juřičková, Lucie (oponent)
Sladkovodní plži (Mollusca: Gastropoda) patří do dvou tradičních taxonomických skupin: předožábří (Prosobranchia) a plicnatí (Pulmonata). Většina těchto plžů je charakteristická nízkou vagilitou, a proto se spoléhají především na pasivní dispersi. Jejich nejčastějšími vektory jsou ptáci a voda. Ţivočichové můžou plže přenášet jak externě, tak interně. Šíření můžeme sledovat pomocí metod přímých (metody zpětných odchytů, radiové sledování) a genetických. Pro genetické studie můžeme využít celou řadu markerů, z nichž v současnosti nejpoužívanější jsou mikrosatelity. Z výsledků studií z poslední doby vyplývá, že disperse sladkovodních plžů zřejmě není tak častá a rozšířená, jak se dříve předpokládalo. Klíčová slova: sladkovodní plži, disperse, vektory disperse, capture - mark - recapture, molekulární markery, populační genetika
|
|
|
Molekulární charakterizace a hodnocení genetické diverzity genových zdrojů máku
STARÁ, Martina
Tato diplomová práce se zabývá studiem genových zdrojů máku setého (Papaver somniferum L.) pomocí SSR analýzy. Celkem bylo hodnoceno 85 vzorků. DNA byla izolována ze sušeného, směsného vzorku vypěstovaného z osiva, poskytnutého VÚO Opava, pomocí modifikované metody CTAB podle Doyle and Doyle (1990). Pro analýzu bylo vybráno šest SSR primerů, vizualizace probíhala pomocí čipové elektroforézy. Byla provedena optimalizace PCR reakce s fluorescenčně značeným primerem pro fragmentační analýzu. Data z čipové elektroforézy byla vyhodnocena v programu MVSP za použití PCO analýzy. Nadále byla vypočtena matice podobnosti, ze které bylo zřejmé, že vzorky vykazují vysokou genetickou variabilitu. Výsledky matice podobnosti byly poskytnuty šlechtitelům jako podklad pro další šlechtění.
|
host ::
RSS.