|
|
The role of cytochalasins in cancer cell migration and invasiveness
Brož, Alexandr ; Brábek, Jan (vedoucí práce) ; Bašta, Miroslav (oponent)
Přestože metastázování způsobuje většinu úmrtí souvisejících s rakovinou, čistě migrastatické léky byly v klinickém výzkumu opomíjeny. Tento trend se v posledních letech mění a do popředí zájmu se dostávají látky schopné metastázování předcházet, tzv. migrastatika. Cytochalasiny jsou velkou skupinou metabolitů hub s vlivem na aktin, které se často používají pro studium cytoskeletu a protinádorový výzkum. Protože aktinový cytoskelet hraje významnou roli při invazi a migraci nádorových buněk, procesů nedílně spojených s metastázováním, tak je možné, že cytochalasiny mají budoucnost jako migrastatika. Většina výzkumu týkajícího se cytochalasinů se věnuje cytochalasinu B a ještě účinnějšímu cytochalasinu D, a proto jsou oba hlavním tématem této práce, ačkoli méně zkoumané cytochalasiny A, E, H, Q a další jsou rovněž zmíněny. U cytochalasinů B a D bylo prokázáno, že inhibují migraci a invazi nádorových buněk, přičemž liposomová formulace výrazně snižuje vedlejší účinky, možná dostatečně pro zmírnění jedné z hlavních obav spojených s léčbou cytochalasiny, a to možnosti toxicity. Ačkoli bylo prokázáno, že i další cytochalasiny inhibují buněčnou motilitu, je vzhledem k nedostatku relevantního výzkumu obtížné vyvozovat jakékoli závěry ohledně jejich užitečnosti jako migrastatik.
|
|
|
Glykolytické enzymy a jejich inhibice v invazivitě nádorových buněk
Martinková, Eliška ; Peltanová, Barbora (vedoucí práce) ; Raudenská, Martina (oponent)
Glykolýza je zásadní metabolická dráha sloužící k získání energie z přijaté glukózy. Všech deset enzymů, které jsou součástí glykolytické dráhy, může být zapojeno do procesů ovlivňujících pohyb a schopnost nádorových buněk pronikat do okolních tkání, což úzce souvisí s tvorbou metastáz. Vzhledem k tomu, že úmrtí většiny pacientů s diagnostikovanými solidními nádory je způsobeno právě komplikacemi spojenými s metastázováním primárního nádoru, je studium tohoto fenoménu velmi aktuální. Úkolem této práce je shrnout poznatky o vztahu glykolytických enzymů a invazivity nádorových buněk. Jsou zde popsány různorodé role enzymů spojené s invazivitou, migrací a metastázováním nádorových buněk od vlivu na angiogenezi přes regulaci tvorby cytoskeletu a stabilizaci mRNA a proteinů až po ovlivňování různých signálních kaskád. Prostor je věnován nejen příslušným mechanismům na molekulární úrovni, ale také dosavadním výsledkům výzkumu zaměřeného na terapii. Práce rovněž přináší přehled vybraných inhibitorů glykolytických enzymů, které mají vliv na invazivitu nádorových buněk. Klíčová slova: invazivita, migrace, metastáze, glykolytické enzymy, inhibice, EMT, Warburgův efekt
|
|
|
Analýza časového vývoje léčených nádorů páteře v CT datech
Nohel, Michal ; Jan, Jiří (oponent) ; Jakubíček, Roman (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá časovým vývojem léčených nádorů páteře v CT datech. V teoretické části se zabývá anatomií, fyziologií a patofyziologií páteře a těl obratlů. Dále popisuje diagnostické a terapeutické možnosti detekce a léčby nádorů páteře. Její součástí je přehled současného stavu využití časové analýzy v onkologii. Jsou diskutovány problémy dostupných anotací a jsou vytvořeny nové databáze pro následnou analýzu. Dále je navržena metodologie časové analýzy podle tvarové charakterizace a velikosti postižení obratle. Na vytvořené databáze jsou aplikovány navržené metodické přístupy extrakce příznaků. Jejich volba a vhodnost je diskutována, včetně jejich potenciálu pro případné využití pro klinickou praxi sledování vývoje a odvozování charakteristických závislostí příznaků na prognóze pacienta.
|
|
|
Metody detekce, segmentace a klasifikace obtížně definovatelných kostních nádorových lézí ve 3D CT datech
Chmelík, Jiří ; Flusser,, Jan (oponent) ; Kozubek, Michal (oponent) ; Jan, Jiří (vedoucí práce)
Cílem této práce byl vývoj algoritmů pro detekci, segmentaci a klasifikaci obtížně definovatelných kostních metastatických nádorových lézí v oblasti páteře z obrazových CT dat. Pro tyto účely byla vytvořena pacientská databáze anotovaná lékařskými experty. Postupně byly navrženy tři metody, z nichž první je založena na přepracování a kombinaci metod dostupných z předchozího řešení projektu, druhá je velmi rychlá varianta založená na fuzzy k-means shlukové analýze, třetí metoda využívá moderních metod strojového učení, konkrétně hluboké učení konvolučních neuronových sítí. Dále byla navržena modifikace upřesňující výsledky následnou meta-analýzou nalezených kandidátů lézí pomocí náhodného lesa. Dosažené výsledky byly objektivně vyhodnoceny a porovnány s výsledky algoritmů publikovaných jinými autory. Pro hodnocení byly použity dva přístupy: technický, voxelově založený a klinický, objektově založený. Dosažené výsledky byly následně zhodnoceny a diskutovány.
|
|
|
Biofyzikální interpretace kvantitativního fázového zobrazení s využitím koherencí řízené holografické mikroskopie
Šuráňová, Markéta ; Rösel,, Daniel (oponent) ; Vomastek, Tomáš (oponent) ; Veselý, Pavel (vedoucí práce)
Dizertační práce pojednává o biofyzikální interpretaci kvantitativního fázového zobrazování (QPI – Quantitative Phase Imaging) získaného pomocí koherencí řízené holografické mikroskopie (CCHM – Coherence-Controlled Holographic Microscopy) v provedení Q-PHASE mikroskop, Telight, Brno). Teoretická část této práce se zabývá charakteristikou kvantitativního fázového zobrazení, které poskytuje neinvazivní metodou informace o aktivitě živých buněk in vitro. Hlavní část práce spočívá ve vytvoření koncepce a ověření nové metody primárního kritického ohodnocení léků pro očekávaný anti-migrační/metastatický potenciál (PAMP – Primary Assessment of Migrastatic Potential). Výsledek této metody je prvním třídícím hodnocením při zvažování konkrétních migrastatických látek pro budoucí komplexní onkologickou léčbu. Hodnotí nejen růst nádorových buněk, rychlost pohybu buněk, ale i odhalení rizika nebezpečných invazivních fenotypů. Dále je navržena metoda korelační mikroskopie mezi Q-PHASE mikroskopem a laserovým skenovacím konfokálním mikroskopem (LSCM) pro účel hodnocení chování buněk a výskytu fokálních adhezí po aplikaci léčiv. Kvantitativní fázové zobrazení získané pomocí Q-PHASE mikroskopu je srovnáno s kvantitativním fázovým zobrazením z HoloMonitoru (PHI AB, Švédsko), na kterém je následně ověřena metody PAMP.
|
|
|
Studium vlivu migrastatik na dynamiku migrace nádorových buněk pomocí koherencí řízeného holografického mikroskopu
Muchová, Nikola ; Netíková,, Irena Štenglová (oponent) ; Veselý, Pavel (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá propojením koherencí řízeného holografického mikroskopu s výzkumem vlivu migrastatik na dynamiku migrace rakovinných buněk. Teoretická část stručně popisuje historii holografické mikroskopie a vývoj holografického mikroskopu na FSI VUT v Brně ve spolupráci s firmou Telight. Zahrnuje náhled do konstrukce a principu funkce koherencí řízeného holografického mikroskopu. Následně se zabývá stručným popisem současné onkologické léčby a představením kandidátů na nová léčiva označená jako migrastatika. Stěžejní částí je navržení experimentálního postupu pozorování, zaznamenání a zpracování obrazových dat pomocí techniky hiQPI. V poslední části diplomové práce je následná analýza vlivu vybraných léčiv na rakovinné buňky a porovnání získaných výsledků s již existujícími studiemi. Pro zahájení protokolu „Rychlé vyšetření růstu a migrace buňky in vitro“ byla porovnána vhodnost objektivů se zvětšením 4x a 10x.
|
|
|
Analysis of brain tumors based on line of interest
Širůčková, K. ; Solár, P. ; Marcoň, P.
Due to the high resolution of soft tissue, magnetic resonance imaging plays a crucial role in the diagnosis and therapy planning in the neurosurgery field whereas it is necessary to determine which pathology in the brain tissue is involved. Glioblastoma multiforme, metastatic tumors and abscesses are examined in detail from magnetic resonance images. In clinical practice, all mentioned pathologies are diagnosed through invasive methods in the form of biopsy followed by histology of the affected tissue. This work is focused on an alternative non-invasive method of tumor diagnosis. The method is based on the data analysis from defined curves (drawn into the apparent diffusion images) that lead from the tumor area. The analysis of curves could lead to non-invasive diagnostics of the pathological tissue.
|
|
|
Charakterizace perinukleárních aktinových vláken a jejich funkce v buněčné migraci
Hlaváčková, Tereza ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Binarová, Pavla (oponent)
Fyziologické a patologické jevy jako je hojení ran, embryonální vývoj, imunitní odpověď nebo rozsev nádorových buněk primárního nádoru, úzce souvisí s buněčnou migrací. Tento děj je spojený s procesy polarizace buňky, translokace jádra a přestavby buněčného cytoskeletu. Významnou roli zde hraje aktinový cytoskelet. Součástí aktinového cytoskeletu, zatím s málo prozkoumanou funkcí, jsou perinukleární aktinová vlákna tvořící nad jádrem strukturu aktinové čepičky. Vlákna jsou nad jádrem asociována s LINC komplexem a přichycena na obou koncích fokálními adhezemi, čímž tvoří nad jádrem kopulovitou strukturu. Předpokládá se, že tato vlákna mohou generovat síly regulující pohyb jádra při buněčné migraci. Cílem práce bylo objasnění mechanizmu, který se podílí na přichycení perinukleárních aktinových k LINC komplexu a jádru a reguluje tak vznik perinukleární aktinové čepičky. Dalším cílem bylo zavedení metody pro kvantifikaci perinukleárních aktinových vláken pomocí nově vyvinutého digitálního nástroje. Pro experimenty byly využité potkaní fibroblasty, protože obsahují dobře vyvinutá perinukleární vlákna. Inaktivací genů pro specifické proteiny nespriny, které jsou součástí LINC komplexu, jsme chtěli lépe porozumět buněčné migraci s absencí perinukleární aktinové čepičky. Nicméně se ukázalo, že inaktivace...
|
|
|
Drug repurposing for the inhibition of invasiveness and metastasis of cancer cells
Turchyna, Kateryna ; Brábek, Jan (vedoucí práce) ; Jakubek, Milan (oponent)
Metastázování je primární příčinou úmrtí na rakovinu. Současný nedostatek účinných léků proti metastazování činí tento problém aktuálním a vede k intenzívnímu hledání molekul, které mohou potenciálně inhibovat invazivitu nádorových buněk, a tak zabraňovat i šíření metastáz. Repurposing léků je identifikace nových použití schválených léků, které jsou mimo rámec jejich původní lékařské indikace. Cílem této práce je shrnout poznatky o proti- metastatickém potenciálu vybraných skupin léčiv s důrazem na molekulární mechanismy jejich působení. Práce je zaměřena zejména na vybraná antipsychotika, antidepresiva, beta-blokátory a statiny, u kterých byly indikovány schopnosti inhibovat invazivitu nádorových buněk.
|
|
|
Studium vlivu migrastatik na dynamiku migrace nádorových buněk pomocí koherencí řízeného holografického mikroskopu
Muchová, Nikola ; Netíková,, Irena Štenglová (oponent) ; Veselý, Pavel (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá propojením koherencí řízeného holografického mikroskopu s výzkumem vlivu migrastatik na dynamiku migrace rakovinných buněk. Teoretická část stručně popisuje historii holografické mikroskopie a vývoj holografického mikroskopu na FSI VUT v Brně ve spolupráci s firmou Telight. Zahrnuje náhled do konstrukce a principu funkce koherencí řízeného holografického mikroskopu. Následně se zabývá stručným popisem současné onkologické léčby a představením kandidátů na nová léčiva označená jako migrastatika. Stěžejní částí je navržení experimentálního postupu pozorování, zaznamenání a zpracování obrazových dat pomocí techniky hiQPI. V poslední části diplomové práce je následná analýza vlivu vybraných léčiv na rakovinné buňky a porovnání získaných výsledků s již existujícími studiemi. Pro zahájení protokolu „Rychlé vyšetření růstu a migrace buňky in vitro“ byla porovnána vhodnost objektivů se zvětšením 4x a 10x.
|
host ::
RSS.