|
|
Izolace DNA z probiotických druhů baktérií mléčného kvašení v potravinových doplňcích
Tvrdíková, Jana ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
V této práci byly testovány magnetické nosiče funkcionalizované streptavidinem při selektivní izolaci DNA. Metoda selektivní izolace DNA byla testována s využitím DNA probiotického kmene Lactobacillus paracasei subsp. paracasei CCDM 211/06. Na nosiče s navázaným streptavidinem byl imobilizován biotinylovaný oligonukleotid a využit jako DNA sonda pro izolaci komplementárního řetězce DNA pomocí DNA/DNA hybridizace. Jako DNA sonda byl testován primer R 5´ bio a biotinylovaný denaturovaný PCR produkt specifický pro druh Lb. paracasei. Byly optimalizovány následující experimentální podmínky selektivní izolace DNA: teplota a doba hybridizace, množství DNA, eluce DNA z mikročástic. Izolace DNA byla ověřena pomocí PCR s rodově specifickými primery. Byl amplifikován rodově specifický PCR produkt o velikosti 250 bp, který byl prokázán pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Použitý postup byl úspěšně použit při selektivní izolaci DNA Lactobacillus z komplexního vzorku doplňku stravy (BIFI pangamin).
|
|
|
Analýza DNA Lactobacillus s využitím PCR v reálném čase a HRM analýzy
Aksamitová, Dagmar ; Illková, Kateřina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
K rychlé a přesné identifikaci bakterií rodu Lactobacillus, které jsou významnou součástí běžné gastrointestinální mikroflóry a fermentovaných mléčných výrobků, jsou v současné době využívány především amplifikační metody. Cílem práce bylo analyzovat možnost rozlišení vybraných bakteriálních kmenů rodu Lactobacillus pomocí metody polymerázové řetězové reakce v reálném čase v kombinaci s vysokorozlišovací analýzou křivek tání (qPCR-HRM). Celkem bylo testováno 5 primerů navržených pro qPCR HRM analýzu bakterií mléčného kvašení. Specifita použitých primerů byla současně ověřena i pomocí bioinformatické analýzy. Na základě analýzy DNA byly pro rozlišení testovaných kmenů rodu Lactobacillus jako nejvhodnější vybrány primery P1V1/P2V2, V3F/V3R a V6F/V6R. Vhodnost primerů V3F/V3R a V6F/V6R byla ověřena i na komplexním vzorku doplňku stravy, ze kterého byla DNA izolována pomocí magnetických částic. U DNA z těchto vyizolovaných buněk byla provedena vysokorozlišovací analýza křivek tání, pomocí které byla prokázána přítomnost bakterií rodu Lactobacillus. Získané výsledky se shodovaly s údaji uvedenými výrobcem.
|
|
|
Izolace DNA z probiotických výrobků s využitím pevných nosičů
Bonczek, Ondřej ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Mikrobiální DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk rodu Lactobacillus a z probiotických výrobků. Bylo využito reverzibilní adsorpce DNA na neporézní magnetické částice poly(2-hydroxyethyl methacrylát-co-glycidyl methacrylát) - P(HEMA-co-GMA) pokryté karboxylovými skupinami a nanočástice manganatého Perovskitu, pokrytého silikagelem. DNA byla adsorbována na povrch částic v prostředí 16% PEG 6000 a 2M NaCl. Adsorbovaná DNA byla z částic uvolněna v nízkoiontovém TE pufru (pH= 8,0). Kvalita a koncentrace izolované DNA byla ověřena spektrofotometricky a amplifikací v PCR. Vzorky DNA izolované magnetickými částicemi a metodou fenolové extrakce (kontrola) byly amplifikovány v PCR. DNA izolovaná z hrubých lyzátů buněk probiotických výrobků byla kvantifikována s využitím kvantitativní PCR v reálném čase.
|
|
|
Využití PCR pro druhovou identifikaci a pro vyhledávání vybraných genů laktobacilů
Diado, Aleksandra ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Probiotické potravinové výrobky - doplňky stravy obsahuji různé druhy probiotických bakterii. Správná druhova identifikace kmenů a jejich charakteristických vlastností je velmi důležitá z hlediska kvality výrobků. K tomu se využívají metody DNA diagnostiky. V této práci byla izolovaná DNA ze 4 probiotických výrobků. Pomocí amplifikace DNA metodou PCR byla ve 3 výrobcích prokázaná přítomnost bakterii rodu Lactobacillus a druhu L. acidophillus, L. casei, L. plantarum, L. rhamnosus v souladu s údaji uvedenými výrobci. Při druhově identifikaci byly pro každý druh použity dvě sady primerů. S využitím dalších primerů byly v DNA izolované z výrobků prokázané sekvence následujících genů: bsh, lai a odc. Byly zjištěny rozdíly mezi výrobky, týkající se detekce lai genu L. acidophillus.
|
|
|
Studium růstových a metabolických vlastností vybraných mikroorganismů
Hudečková, Helena ; Šupinová, Petra (oponent) ; Babák, Libor (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce bylo studium růstu a produkce vybraných metabolitů mikroorganismy, konkrétně Lactobacillus casei a Saccharomyces cerevisiae. Mikroorganismy byly kultivovány v Erlenmeyerových baňkách za použití médií doporučených pro jejich růst a byly stanoveny růstové křivky z hodnot optické hustoty a koncentrace sušiny biomasy. Dále byl ve vzorcích analýzou na HPLC stanoven obsah glukosy a ethanolu u S. cerevisiae a obsah glukosy a kyseliny mléčné u L. casei.
|
|
|
Identifikace probiotických druhů rodu Lactobacillus
Vystavělová, Růžena ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Bakterie rodu Lactobacillus jsou součástí střevní mikroflóry, jejíž složení ovlivňuje zdravotní stav hostitele. Vzhledem k tomu, že u některých druhů Lactobacillus byly prokázány klinické účinky (např. posílení imunitního systému, prevence průjmových onemocnění a další), jsou laktobacily často používány k přípravě fermentovaných mléčných výrobků a jsou součástí potravinových doplňků pro své probiotické účinky. Bakterie rodu Lactobacillus a bakterie různých druhů Lactobacillus můžeme identifikovat metodami PCR, které jsou založeny na amplifikaci specifických fragmentů DNA. Celková bakteriální DNA Lactobacillus rhamnosus byla izolovaná metodou fenolové extrakce. Rodově specifickou PCR byla ve vzorcích prokázána přítomnost bakterií rodu Lactobacillus; druhově specifickou PCR byla prokázána přítomnost bakterií druhu Lactobacillus rhamnosus.
|
|
|
Studium podmínek aerobní kultivace vybraných kmenů rodu Lactobacillus
Šupinová, Petra ; Burdychová, Radka (oponent) ; Babák, Libor (vedoucí práce)
Cíl práce byl zaměřen na studium podmínek růstu kmenů Lbc. paracasei subsp. paracasei CCDM 211, Lbc. paracasei CCDM 212, Lbc. paracasei subsp. paracasei CCDM 213 a Lbc. salivarius CCDM 216 v médiích s různým obsahem zdroje uhlíku (glukóza, laktóza a syrovátka). Další část experimentu se zabývala studiem podmínek růstu bakterií při stresových podmínkách (nízké pH). Kontrola čistoty bakteriální kultury byla ověřena křížovým roztěrem. Čistota DNA izolované z bakterií byla ověřena agarózovou gelovou elektroforézou, koncentrace DNA byla stanovena spektrofotometricky. Přítomnost bakterií rodu Lactobacillus byla ověřena pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) s rodově specifickými primery.
|
|
|
Identifikace probiotických laktobacilů v mléčných výrobcích
Dofková, Květoslava ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Bakterie rodu Lactobacillus jsou součástí střevní mikroflóry, jejíž složení ovlivňuje zdravotní stav hostitele. Vzhledem k tomu, že u některých druhů Lactobacillus byly prokázány klinické účinky (např. posílení imunitního systému, prevence průjmových onemocnění a další), jsou laktobacily často používány k přípravě fermentovaných mléčných výrobků nebo farmakologických preparátů. Pro identifikaci bakterií rodu Lactobacillus v mléčných výrobcích byla vyvinuta metoda PCR, která je založena na amplifikaci fragmentu DNA představující oblast mezi geny kódující 16S a 23S rRNA. Celková DNA izolovaná metodou fenolovou extrakce z výrobku Actimel Natur byla v této práci amplifikována rodově specifickou PCR. Detekcí specifického PCR produktu byla prokázána přítomnost bakterií rodu Lactobacillus ve výrobku. Provedením druhově specifické PCR byla ve výrobku Actimel Natur detekována přítomnost probiotického druhu Lactobacillus casei (ve výrobku Actimel Natur) v množství, které se přibližně shodovalo s deklarovaným údajem.
|
|
|
Produkce a možnosti aplikace antimikrobiálních látek produkovaných probiotickými bakteriemi
Utíkalová, Kristýna ; Dzurická, Lucia (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá produkcí antimikrobiálních látek vybraných bakterií mléčného kvašení rodu Lactobacillus, Pediococcus a Bifidobacterium, u kterých byla na základě provedené rešerše předpokládána produkce bakteriocinů. Bakteriociny jsou antimikrobiální látky peptidové povahy s potenciálem být hojně využívané především jako biokonzervanty v potravinářství. Teoretická část bakalářské práce se věnuje především antimikrobiálním látkám produkovaným probiotickými bakteriemi se zaměřením na bakteriociny produkované vybranými bakteriálními druhy a jejich dosavadní výzkum a aplikace v průmyslu. V experimentální části byla testována antimikrobiální aktivita připravených izolátů z probiotických bakterií na vybraných gramnegativních a grampozitivních bakteriích. Konkrétně se jednalo o agarovou difúzní metodu, bujónovou diluční metodu a test viability buněk pomocí resazurinu. Bylo také stanoveno množství kyseliny mléčné a octové v jednotlivých izolátech pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie s reverzní fází, což umožnilo dále pojednávat o jejich vlivu na antimikrobiální aktivitu izolátů. U všech izolátů byla zjištěna silná antimikrobiální aktivita proti indikátorovým bakteriím. U některých izolátů byla dokonce vyšší než antimikrobiální aktivita samotné kyseliny mléčné v koncentraci, ve které se v izolátu dle měření vyskytuje, což je významným podnětem pro další zkoumání těchto probiotických izolátů především pak izolátu L. acidophilus a L. plantarum. Bylo například zjištěno, že testovaný izolát z L. acidophilus vykazoval při koncentraci 20,47 mg/ml inhibiční aktivitu proti S. epidermidis 90,76 % a proti E. coli 81,62 %. S izolátem z bakterie L. acidophilus byla následně provedena aplikace na polymerní obalový materiál s potenciálem být používány v potravinářství a byla pozorována antimikrobiální aktivita tohoto izolátu proti kontaminujícím mikroorganismům.
|
|
|
Využití PCR pro druhovou identifikaci a pro vyhledávání vybraných genů laktobacilů
Diado, Aleksandra ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Probiotické potravinové výrobky - doplňky stravy obsahuji různé druhy probiotických bakterii. Správná druhova identifikace kmenů a jejich charakteristických vlastností je velmi důležitá z hlediska kvality výrobků. K tomu se využívají metody DNA diagnostiky. V této práci byla izolovaná DNA ze 4 probiotických výrobků. Pomocí amplifikace DNA metodou PCR byla ve 3 výrobcích prokázaná přítomnost bakterii rodu Lactobacillus a druhu L. acidophillus, L. casei, L. plantarum, L. rhamnosus v souladu s údaji uvedenými výrobci. Při druhově identifikaci byly pro každý druh použity dvě sady primerů. S využitím dalších primerů byly v DNA izolované z výrobků prokázané sekvence následujících genů: bsh, lai a odc. Byly zjištěny rozdíly mezi výrobky, týkající se detekce lai genu L. acidophillus.
|
host ::
RSS.