|
|
The Effect of Potassium Oxide K2O on the Purity of C3A
Jančíková, Andrea ; Ravaszová, Simona ; Dvořák, Karel ; Křištof, Michal
The article is devoted to the study of the preparation and stabilization of pure cubic phase of tricalcium aluminate C₃A. The findings from the literature and several experimental trials have been summarized. Based on these findings, the synthesis of C₃A was realized, and high purity of this mineral was achieved. Furthermore, the influence of foreign ions, mainly in the form of potassium oxide K₂O combined with Na₂O in the form of sodium oxide on the crystal structure was investigated. The transformation of the cubic phase of C₃A into an orthorhombic phase was observed when the amount of these ions in the structure was changed.
|
|
|
Studium růstu metastabilních tenkých vrstev fcc Fe na Cu/Si(100) substrátech
Horký, Michal ; Cháb, Vladimír (oponent) ; Urbánek, Michal (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá přípravou epitaxně narostlých metastabilních paramagnetických vrstev Fe legovaných Ni na Cu/Si(100) substrátech za RT. Na povrch H-Si(100) bez nativního SiO2, který byl odstraněn leptáním v roztoku HF, anebo termální úpravou, byla pomocí molekulární svazkové epitaxe (MBE) provedena depozice Cu(100). Pravidelně uspořádané vrstvy mědi o tloušťce od 50 nm do 130 nm pak sloužily jako vhodný substrát pro depozici 44 ML paramagnetického Fe78Ni. Růst vrstev železa probíhal v CO atmosféře umožňující společně s niklem stabilizaci paramagnetických vrstev. Povrch požadovaných Fe-Ni struktur byl poté pomocí dopadu svazku iontů strukturně transformován a vlastnosti těchto ozářených vrstev byly poté charakterizovány pomocí MOKE. Dále pak byly elektronovou litografií na Si(100) vyrobeny specifické vzory, které po odstranění oxidu sloužily jako vhodná matrice pro tvorbu měděné mezivrtvy a pak i paramagnetického Fe78Ni22. Připravený Si(100), globálně i lokálně narostlé kovové vrstvy byly zkoumány pomocí technik LEED, XPS, AFM, AES, SEM a STM. Zaznamenané výsledky dokazují možnost přípravy paramagnetických vrstev na H-Si(100), na kterých lze po ozáření specifickou dávkou iontů vytvořit libovolné feromagnetické vzory na paramagnetickém pozadí.
|
|
|
Studium organických molekulárních látek pomocí rentgenového záření.
Stejkora, Jakub ; Richtera, Lukáš (oponent) ; Salyk, Ota (vedoucí práce)
Deriváty diketopyrrolopyrrolu jsou barevné pigmenty potencionálně využitelné v oblasti organických polovodičových struktur. Jejich elektronické vlastnosti jako vodivost, fotovodivost a elektroluminescence souvisí s jejich krystalografickou strukturou, která určuje transportní cestu náboje látkou. Práce se zabývá stanovením této struktury pomocí rentgenové difraktometrie. Na základě známé krystalografické struktury diketo-dipyridyl-pyrrolo-pyrrolu je pomocí dostupného programového vybavení modelován difraktogram a zpětně naměřený difraktogram je použit pro modelování struktury. Tato metoda je použita i na jiné příbuzné deriváty o neznámé krystalografické struktuře.
|
|
|
Nové molekulární materiály pro optické aplikace - syntéza a studium solí 5-aminotetrazolu
Pospíšil, Stanislav ; Zábranský, Martin (vedoucí práce) ; Tyrpekl, Václav (oponent)
Název práce: Nové molekulární materiály pro optické aplikace - syntéza a stu- dium solí 5-aminotetrazolu Autor: Stanislav Pospíöil Katedra: Katedra anorganické chemie Vedoucí bakalá ské práce: Mgr. Martin Zábransk˝, Ph.D., Katedra anorga- nické chemie Konzultanti: Prof. RNDr. Ivan N mec, Ph.D., RNDr. Irena Matulková, Ph.D. Abstrakt: Nelineární optika je v sou asnosti d leûit˝m oborem pro rozvoj oblastí jako je nap íklad laserová fyzika nebo telekomunikace, jejíû pochopení je zásad- ní pro v˝voj nov˝ch technologií. K jejímu rozvoji m ûe napomoci i zkoumání vybran˝ch krystalick˝ch materiál , jako jsou nap íklad soli obsahující kationty a anionty odvozené od polarizovateln˝ch organick˝ch molekul, které mohou vykazo- vat zásadní vlastnosti pro nelineární optiku. Tato bakalá ská práce je na p ípravu krystalick˝ch forem t chto slou enin zam ena. Jedná se o soli 5-aminotetrazolu s jednoduch˝mi, na dusík bohat˝mi bázemi. Biguanidium 5-aminotetrazolát, gua- nidinium 5-aminotetrazolát a aminoguanidinium 5-aminotetrazolát byly p ipra- veny a dále charakterizovány. Na tyto slou eniny, jiû d íve popsané v literatu e, byly aplikovány metody vibra ní spektroskopie dopln né o nukleární magnetic- kou rezonanci a práökovou difrakci. Pro dv posledn jmenované soli, byla nov vy eöena jejich struktura z dat difrakce rtg. zá ení...
|
|
|
Development of pharmacophore-guided molecular docking protocol for design of SARS-CoV-2 main protease inhibitors
Klenor, Mikuláš ; Lepšík, Martin (vedoucí práce) ; Riedlová, Kamila (oponent)
Covid-19 je vysoce nakažlivé onemocnění, jehož původcem je koronavirus SARS-CoV-2. Tato nemoc způsobila globální pandemii a mezi lety 2020 a 2022 si vyžádala přes 6 milionů lidských životů. Vedle očkování proti SARS-CoV-2 přispívajícímu k prevenci vážných průběhů onemocnění představuje použití antivirotik důležitý přístup k léčbě Covid-19. Ověřeným terapeutickým cílem vývoje antivirotik je hlavní proteáza viru SARS-CoV-2 označovaná jako Mpro . Ačkoli bylo navrženo mnoho inhibitorů, z nichž jeden (prodávaný jako Paxlovid) se již používá v klinické praxi, stále přetrvává potřeba vývoje nových výpočetních metodologií pro učinnější návrh nových látek. Tato práce používá pro návrh inhibitorů tzv. farmakofory. Nejprve jsme prozkoumali 298 struktur komplexů Mpro s inhibitory, které byly získány z databáze proteinových struktur (Protein Data Bank; PDB). Definovali jsme 6 skupin látek vázajících se do aktivního místa proteinu odlišnými vazebnými módy. Na základě těchto skupin jsme vytvořili 6 unikátních farmakoforových hypotéz. Ty jsme využili při molekulárním dokování, jehož účinnost byla kvantifikována měřením směrodatné odchylky (angl. root-mean-square deviation, RMSD) generovaných konformací vůči nativním konformacím. Prezentovaný protokol zachytil 177 z 213 ligandů, které se přirozeně vázaly do...
|
|
|
Příprava a charakterizace krystalických materiálů - soli N-guanylglycinia a guanidinia
Skopalík, Jiří ; Matulková, Irena (vedoucí práce) ; Zákutná, Dominika (oponent)
Obsahem předkládané bakalářské práce je příprava a studium nových solí vznikajících v systémech N-guanylglycin - anorganická kyselina a guanidin - kyselina amidosírová jako nových materiálů s potenciálním využitím v nelineární optice. Přípravené krystalické soli, tj. chlorid, dvojice hydrogenfosforitanů a dihydrát síranu N-guanylglycinia spolu s amidosíranem guanidinia byly charakterizovány metodami vibrační spektroskopie (infračervená a Ramanova) a RTG difrakce (monokrystalová i prášková). Pro předběžný odhad nelineárních optických vlastností a pro interpretaci vibračních projevů N-guanylglycinia byly provedeny kvantově-chemické výpočty. Na závěr byla u připravených necentrosymetrických hydrogenfosforitanů N-guanylglycinia měřena účinnost generování druhé harmonické frekvence na práškových vzorcích.
|
|
|
Molekulární krystaly pro nelineární optiku - soli dusíkatých bází s kyselinou seleničitou a kyselinou fosfornou
Němcová, Tereza ; Matulková, Irena (vedoucí práce) ; Tyrpekl, Václav (oponent)
V rámci předkládané bakalářské práce byly studovány systémy kyseliny seleničité a kyseliny fosforné se šesti organickými bázemi (2-aminopyrimidin, 3-amino-1,2,4-triazol, 4-amino-1,2,4-triazol, 3,5-diamino-1,2,4-triazol, 2-aminoguanidin a biguanid) s ohledem na přípravu nových materiálů pro nelineární optiku. Šest nově vzniklých krystalických sloučenin bylo identifikováno a charakterizováno pomocí vibrační spektroskopie a RTG difrakce. Bohužel všechny z připravených látek mají ve své struktuře střed symetrie, a tudíž žádná z nich není vhodná pro generování druhé harmonické frekvence.
|
|
|
Parazitární cystatiny jako inhibitory cysteinových proteas: strukturní aspekty funkční specifity a evoluce
Buša, Michal ; Mareš, Michael (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent) ; Kukačka, Zdeněk (oponent)
Proteiny z rodiny cystatinů jsou důležitými inhibitory cysteinových proteas typu katepsinů a účastní se řady patologií. Parazitární cystatiny jsou atraktivní cílové molekuly pro regulaci parazitů, ale je o nich dosud málo informací. Tato práce se zaměřuje na cystatiny dvou významných krevsajících parazitů: klíštěte obecného (Ixodes ricinus) jako hlavního vektoru lymské boreliózy a klíšťové encefalitidy, a motolice jaterní (Fasciola hepatica), původce fasciolózy. Byla provedena funkční a rentgenostrukturní charakterizace čtyř nových cystatinů, která umožnila určit strukturní příčiny inhibiční specifity a vysvětlit je v kontextu evoluce cystatinů a jejich fyziologické role. Cystatin FhCyLS-2 z F. hepatica má širokou inhibiční specifitu a hraje pravděpodobně duální roli při regulaci proteolytických systémů v tkáni hostitele a ve střevu parazita. FhCyLS-2 kombinuje unikátním způsobem charakteristiky dvou podrodin cystatinů a představuje modelového zástupce nové evoluční skupiny cystatinů identifikované u několika řádů parazitických motolic. Ricistatin a iristatin jsou cystatiny ze slin I. ricinus, jejichž imunomodulační působení na hostitele je způsobeno výjimečně úzkou inhibiční specifitou. Ta byla vysvětlena strukturními modifikacemi ve vazebných segmentech inhibitorů. Modifikace mají jiný charakter u...
|
|
|
Structure and Function of the C-terminal Domain of the HsdR Subunit from the Type I Restriction-Modification System EcoR124
GRINKEVICH, Pavel
The Type I restriction-modification enzyme EcoR124 is a pentameric complex consisting of one specificity subunit, two methylation subunits and two motor subunits (HsdR) that can recognize specific DNA sequences and perform double-stranded DNA cleavage and modification. The HsdR subunit is responsible for ATP-dependent DNA translocation and DNA cleavage. Even though the first crystal structure of HsdR was obtained ten years ago, a large part of the C-terminus has not been resolved in any HsdR structures to date. This dissertation aims to elucidate its role within the HsdR subunit and the whole pentameric complex by solving the structure of the C-terminus by means of X-ray diffraction crystallography and explore its function using biochemical, microbiological, bioinformatical and computational methods.
|
|
|
Soli 2-aminoethanolu a ferrocenových kyselin
Zábranský, Martin ; Štěpnička, Petr (vedoucí práce) ; Němec, Ivan (oponent)
Pro výstavbu krystalové struktury pevných látek byla využita kombinace kompaktního ale flexibilního ferrocenového skeletu s intermolekulárním vazebným potenciálem a konformační variabilitou (2-hydroxyethyl)amoniového strukturního motivu. Krystalizace v systémech kyselin ferrocenkarboxylové, 2-ferrocenyloctové, 3-ferrocenylpropionové, 3-ferrocenylakrylové, 3-ferrocenylpropiolové, ferrocen-1,1'-dikarboxylové a ferrocen- sulfonové s 2-aminoethanolem poskytly krystaly příslušných solí. Získané krystalické produkty byly charakterizovány obvyklými metodami (1 H jaderná magnetická rezonance, infračervená spektroskopie, elementární analýza) a byla určena jejich krystalová struktura rentgenovou difrakcí na monokrystalu. Krystalové struktury získaných solí obsahují složité dvojrozměrné sítě elektrostaticky podporovaných silných vodíkových vazeb. Za účelem studia potenciálně jednodušších systémů silných vodíkových interakcí byly provedeny krystalizace v systémech ferrocenkarboxylové kyseliny s 2-(methylamino)ethanolem a 2-(dimethylamino)ethanolem. Tyto experimenty však kromě jednoduché soli s prvním jmenovaným aminem poskytly i adukty solí obou bází s výchozí kyselinou v poměru 1:1. I krystalové struktury těchto látek mají vrstevnatý charakter. Ukázalo se však, že podléhají rozkladným procesům za zvýšené...
|
host ::
RSS.