|
|
Role acetylace proteinů v životním cyklu Polyomavirů
Dostalík, Pavel ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
Virová částice myšího polyomaviru je složená ze 3 strukturních proteinů: majoritní strukturní VP1 a minoritní strukturní ů ci řady proteinů mohou ovlivňovat jejich posttranslační modifikace. Tato práce se zaměřuje na to jaký dopad mají acetylace strukturních proteinů na replikační cyklus MPyV. První část této práce se zabývá acetylací proteinu VP1. Podařilo se nám prokázat, ž tento protein acetylovaný ve virové čá é to, že proces acetylace je závislý na přítomnosti minoritních proteinů aké se nám podařilo prokázat, že pro infektivitu viru je důležitá HDAC6 ejí nadprodukce snižuje infektivitu viru, stejný efek é u viru izolovaného z HDAC6 KO buněk. Naše data naznačují že VP1 protein je substrátem HDAC6. Podařilo se nám zjistit, že VP1 protein viru izolovaného z HDAC6 KO buněk íce acetylovaný ve srovnání s původním vire Ve druhé čá ěřili na N' terminální acetylace proteinu na jeho N' konci byla už dříve popsána a jeho mutace zabraňující této acetylaci vede tomu, že e takový MPyV neinfekční. Proto jsme chtěli zjistit, zda je N' terminální důležitá pro stabilitu VP3 proteinu. Naše předběžné výsledky naznačují, že N' terminálně acetylovaný VP3 divokého typu je stabilnější ve srovnání s Klíčová slova: Myší polyomavirus, HDAC6, acetylace, strukturní proteiny, posttranslační
|
|
|
Příprava ethyl 2-acetoxypropanoátu
Kučerová, Eliška ; Pospíšilová, Aneta (oponent) ; Figalla, Silvestr (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá přípravou ethyl 2-acetoxypropionátu, jako potencionálního nepolárního biorozpouštědla. Zvolená příprava by měla poskytovat výtěžek v co největší shodě s teoretickým. K tomuto účelu byl zpracován teoretický přehled možných syntéz, kdy byl kladen důraz na syntézy vycházející z acetylace ethyl laktátu. Experimentální část práce potom detailněji zaměřuje na možnosti izolace ethyl 2-acetoxypropanoátu z reakční směsi. Izolace produktu byla ověřena metodou frakční destilace a extrakčním způsobem. U izolovaného produktu byly stanoveny základní fyzikální vlastnosti a změřeno spektrum pomocí infračervené spektrometrie s Fourierovou transormací. Dále byla zkoumána hydrolytická stabilita ethyl 2-acetoxypropanoátu a provedena série kalorimetrických měření. Na základě těchto měření byl posouzen vliv reakční teploty na rychlost reakce a konverzi produktu a vliv přítomnosti katalyzátoru.
|
|
|
Interakce vybraných flavonoidů s N-acetyltransferasami
Veselá, Šárka ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Bořek Dohalská, Lucie (oponent)
Flavonoidy jsou přírodní látky syntetizované v rostlinách jako sekundární metabolity. Vzhledem k široké škále jejich biologických účinků, z nichž můžeme zmínit například účinky antioxidační, hepatoprotektivní či antibakteriální, jsou v současné době stále více používány jako složka potravních doplňků. Kromě pozitivních účinků byly ovšem pozorovány i účinky nežádoucí, zejména mutagenní a pro-oxidační vliv. Velmi podstatným dějem, který je ovlivňován flavonoidními sloučeninami, je biotransformace. Interakce flavonoidů s biotransformačními enzymy, a to jak v I. fázi biotransformace, tak i ve fázi druhé, jsou zcela zásadní pro metabolismus léčiv a v této souvislosti také pro procesy karcinogenese. V této bakalářské práci byl studován vliv vybraných flavonoidů myricetinu a dihydromyricetinu na aktivitu N-acetyltransferasy 1 a 2, enzymů II. fáze biotranfsormace. Především byl zkoumán mechanismus tohoto působení. Experimentálně byla ověřena inhibice lidské rekombinantní N-acetyltransferasy 1 i 2 působením jak myricetinu, tak dihydromyricetinu. Hlubším studiem interakcí N-acetyltransferasy 1 a 2 s těmito vybranými flavonoidy bylo prokázáno, že zvýšení koncentrace druhého substrátu (p-aminobenzoová kyselina, sulfamethazin) nevede k potlačení inhibičního efektu. Je tedy velmi pravděpodobné, že oba flavonoidy...
|
|
|
The relationship between splicing and posttranslational modifications of chromatin in Saccharomyces cerevisiae
Kovaľová, Libuša ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Protein Prp45, kvasinkový ortholog lidského transkripčního koregulátoru SNW1/SKIP, byl v literatuře doposud spojován pouze s regulací sestřihu pre-mRNA. Naše laboratoř odhalila, že protein Prp45 geneticky interaguje nejen s proteiny zahrnutými v sestřihu pre-mRNA, ale také s faktory důležitými pro elongaci transkripce a enzymy katalyzujícími chromatínové modifikace. Naše výsledky a rovněž i poznatky o lidském orthologovi SNW1/SKIP naznačují, že by Prp45 mohl sloužit jako regulátor propojující sestřih, transkripci a stav chromatínu u S. cerevisiae. Hlavním cílem diplomového projektu bylo zjistit, zda protein Prp45, který je nezbytný pro kotranskripční sestavování spliceozomu, ovlivňuje posttranslačné modifikace chromatínu na transkribovaných genech. Pomocí chromatinové imunoprecipitace nicméně nebyl potvrzen vliv mutace prp45(1-169) na profil trimethylace histonu H3 na lyzinu 4 a acetylace histonu H3 na lyzínech 9, 14 a 18 na lokusech transkripčně aktívních genů. Naším cílem také bylo průtokovou cytometrií analyzovat chování buněk synchronizovaných pomocí α-faktoru. Bylo ukázáno, že mutace prp45(1-169) vede k prodloužení buněčného cyklu. V rámci diplomového projektu byl pro účely sledování dynamiky nukleozomů v kmenech S. cerevisiae zaveden systém indukované exprese značeného histonu H3. Výsledky...
|
|
|
Posouzení kvality lepení kombinovaných masivních materiálů na bázi dřeva
Ženatý, Petr
Myšlenka této práce vznikla po kontaktu firmou MATRIX a.s. z Rychnova nad Kněžnou ohledně výzkumu použití vhodných materiálů a lepidel pro dřevěné okenní rámy. Cílem mé práce bylo zjistit pevnost lepeného spoje různých kombinací dřev (buk, dub, modřín, smrk a acetylovaná borovice) a 3 druhů polyuretanových lepidel. Výzkum byl z části orientován na chování, dnes stále méně známé dřeviny, acetylované borovice a její experimentální výsledky v kombinaci s další dřevinou. Je to modifikovaný druh dřeva (borovice Radiata Pine), který díky chemickému procesu zvaném acetylace se stává velmi kvalitním, odolným a trvanlivým materiálem. Praktickou částí bylo tahové namáhání zkušebních tělísek na smyk s 3 typy PUR lepidel. Mým úkolem bylo najít ideální kombinaci dřeva a lepidla, které budou mít dostatečnou pevnost a současně splňují odolnost externích podmínek (vlhkost, vítr, sluneční záření).
|
|
|
Vliv posttranslačních modifikací minoritních proteinů a acetylace mikrotubulů na průběh infekce myším polyomavirem
Mariničová, Zuzana ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
Virion myšího polyomaviru (MPyV) je složen z hlavního kapsidového proteinu VP1 a minoritních kapsidových proteinů VP2 a VP3. Minoritní proteiny nejsou nutné pro sestavení kapsidy, jsou ale klíčové pro infektivita virových částic. Tato práce se v první části zabývá modifikacemi VP2 a VP3, deamidací Asn na pozici 253 VP2 (137 VP3) a N-koncovou acetylací Ala VP3, které by mohly být důvodem dvojitých proužků VP2 a VP3 na SDS- PAGE. V minulosti byly připraveny mutantní genomy MPyV N253D (Asn nahrazen Asp) a N253E (Asn nahrazen Glu) simulující deamidaci a A117V (Ala nahrazen Val) se sníženou acetylací. Připravili jsme mutantní viry ve třech izolacích a potvrdili jsme, že deamidace je příčinou dvojitých proužků. Mutantní viry byly porovnány s divokým typem z hlediska efektivity infekce, vliv deamidace se ale nepodařilo prokázat. Virus s mutací A117V je neinfekční, důvodem může být snížení acetylace nebo aminokyselina na této pozici. Dále se tato práce zabývá vlivem acetylace -tubulinu na průběh infekce MPyV. Acetylace - tubulinu je studována z hlediska virové infekce z důvodu vývoje nových antivirových strategií. Po infekci MPyV se acetylace zvyšuje, není to ale důsledek změny exprese mRNA acetylačního (TAT1) nebo deacetylačního enzymu tubulinu (HDAC6). Inhibice HDAC6 pomocí tubacinu, specifického...
|
|
|
Characterisation of the mechanisms regulating 53BP1 nuclear transport
Liďák, Tomáš ; Macůrek, Libor (vedoucí práce) ; Brábek, Jan (oponent)
Protein 53BP1 se významně podílí na buněčné odpovědi na poškození DNA a udržování integrity genomu. Nedávno bylo popsáno, že je transportován do jádra prostřednictvím importinu ß. Cílem této práce bylo identifikovat jaderný lokalizační signál proteinu 53BP1, a to s využitím metod fluorescenční mikroskopie a imunoprecipitace. Získané výsledky ukázaly, že protein 53BP1 váže importin ß prostřednictvím svých dvou úseků bohatých na bazické aminokyseliny (1667-KRK-1669 a 1681-KRGRK- 1685). Tyto úseky byly rovněž nutné pro jeho vstup do jádra. Krátký polypeptid zahrnující tyto dva úseky vázal importin ß a umožnil transport GFP do jádra. Dále jsem se zaměřil na testování vlivu fosforylace serínu 1678 na transport proteinu 53BP1 do jádra. Mutanta 53BP1-S1678D, která mimikuje fosforylovaný serín na pozici 1678, měla výrazně sníženou schopnost vázat importin ß a byla hůře transportována do jádra. Nicméně žádné změny v transportu proteinu 53BP1 do jádra nebyly pozorovány, a tak se zdá, že fosforylace serínu 1678 cyklin-dependentními kinázami nebude významně regulovat jeho transport. Závěrem lze konstatovat, že protein 53BP1 má klasický bipartitní jaderný lokalizační signál. I když se transport proteinu 53BP1 do jádra nezdá být regulován v průběhu buněčného cyklu, může být regulován v odpovědi na jiné podněty....
|
|
|
The role of acetylation in the RNA recognition motif of SRSF5 protein
Icha, Jaroslav ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Šenigl, Filip (oponent)
Acetylace je významná posttranslační modifikace, která byla nalezena u několika tisíc proteinů jak u eukaryot, tak u prokaryot. Globální proteomické studie odhalily, že acetylace reguluje mnoho procesů např. metabolizmus, genovou expresi, buněčný cyklus, stárnutí a mnohé další. V této práci jsem studoval roli acetylace sestřihového faktoru SRSF5 pomocí mutací v jeho acetylačním místě. Testoval jsem hypotézu, že acetylace ovlivňuje vazbu SRSF5 na RNA. V HeLa buňkách jsem exprimoval mutované proteiny SRSF5, jednak mutanta napodobujícího acetylovanou formu (Q) a také neacetylovatelného mutanta (R) a zjišťoval jsem jejich interakci s RNA pomocí RNA imunoprecipitace a také in vitro měřením fluorescenční anizotropie. Výsledky obou metod se shodly na tom, že oba mutanty interagují s RNA méně než přirozená forma proteinu a Q mutant se vázal na RNA slaběji než R mutant. Mutanty se naopak od přirozené formy SRSF5 nelišily v lokalizaci a dynamice v buňce. Rozdíly ve vazbě na RNA byly pravděpodobně překryty dalšími faktory, které ovlivňují chování SRSF5, nejspíše protein-proteinovými interakcemi. Mutantní SRSF5 také neměly dominantní efekt na sestřih alternativního EDB exonu fibronektinu. Získané výsledky poskytují nepřímý důkaz pro hypotézu, že acetylace má vliv na vazbu SRSF5 na RNA. Mutant napodobující acetylovanou...
|
|
|
Preparation of organocatalysts derived from monosaccharides
Nekvinda, Jan ; Veselý, Jan (vedoucí práce) ; Trnka, Tomáš (oponent)
This bachelor thesis is focused on the synthesis of organocatalysts derived from monosaccharides, in particular D-glucose and D-glucosamine, with various protecting groups. Synthesis of various thiourea catalysts and the attempt to prepare new squaramide catalysts is described. ABSTRAKT Tato bakalářská práce je zaměřena na syntézu organokatalyzátorů odvozených od monosacharidů, zejména z D-glukózy a D-glukosaminu, s různými chránícími skupinami. Dále je popsána syntéza různých thiomočovinových katalyzátorů a pokus o přípravu katalyzátoru obsahující derivát kyseliny čtvercové.
|
|
|
Rozdíly v acetylaci histonů v normoxii a hypoxii
Čepek, Pavel ; Poljaková, Jitka (vedoucí práce) ; Eckschlager, Tomáš (oponent)
Histony a jejich N a C konce podléhají kovalentním modifikacím, které regulují transkripci genů. Mezi histonové modifikace patří methylace, ubikvitinylace, SUMOylace, ADP- ribosylace, fosforylace, prolinová izomerace, deiminace a acetylace. Acetylace histonů je regulována histonacetyltransferasami (HATs) a histondeacetylasami (HDACs). Rovnováha mezi acetylací/deacetylací histonů ovlivňuje kompaktnost chromatinu a podílí se na regulaci genové exprese. U řady lidských nádorů je acetylační rovnováha porušena a může přispívat k rozvoji maligních onemocnění. Inhibitory histondeacetylas (HDACi) umožňují tuto porušenou acetylační rovnováhu vyrovnávat. Jeden z těchto inhibitorů je kyselina valproová (VPA), již používaná k léčbě epilepsie. V několika studiích bylo prokázáno, že VPA vykazuje protinádorové účinky. U nádorových neuroblastomových linií byla zaznamenána např. snížená exprese n-myc onkoproteinu, inhibice buněčného růstu či angiogeneze. Ačkoliv je přesný mechanizmus účinku VPA na nádorové buněčné linie stále nejasný, za jeden z důležitých protinádorových účinků je povážována hyperacetylace histonů H3 a H4. V této práci je ukázáno, že kyselina valproová zvyšuje acetylaci histonů H3 a H4 v lidských neuroblastomových buněčných liniích UKF-NB-3 a SK-N-AS. Nejvyšší acetylace histonu H3 byla v hypoxii...
|
host ::
RSS.