|
|
The relationship between chromatin organization and RNA splicing
Icha, Jaroslav ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Valentová, Anna (oponent)
Je známo, že RNA sestřih a další úpravy pre-mRNA probíhají kotranskripčně. Nedávno bylo velmi nečekaně zjištěno, že některé vlastnosti chromatinu se liší mezi introny a exony, což sestřih přímo propojuje i s organizací chromatinu. Tato práce shrnuje všechny články, které popisují tyto odlišnosti ve struktuře chromatinu a diskutuje body, ve kterých se rozcházejí. V těchto studiích bylo nalezeno více nukleozomů na exonech v porovnání s okolními introny. Na exonech byly častější i specifické modifikace histonů a také metylace DNA. Tyto lokální odlišnosti v uspořádání chromatinu byly evolučně konzervované mezi savci (člověk a myš) a háďátkem C. elegans a octomilkou D. melanogaster. Výsledky těchto studií naznačují, že hlavní funkcí odlišností v uspořádání chromatinu je napomáhat rozpoznávání exonů. Zatím byly navrženy dva mechanismy, jak může chromatin ovlivňovat sestřih. První je vliv chromatinu na rychlost elongace RNA polymerázy II a druhý je specifická vazba sestřihových faktorů na chromatin. V blízké budoucnosti můžeme očekávat studie, které budou hledat konkrétní příklady obou mechanismů a zhodnotí, jak je který mechanismus důležitý. Opravdu bylo velmi nedávno zjištěno, že H3K36me3 reguluje alternativní sestřih druhým zmíněným mechanismem.
|
|
|
The role of acetylation in the RNA recognition motif of SRSF5 protein
Icha, Jaroslav ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Šenigl, Filip (oponent)
Acetylace je významná posttranslační modifikace, která byla nalezena u několika tisíc proteinů jak u eukaryot, tak u prokaryot. Globální proteomické studie odhalily, že acetylace reguluje mnoho procesů např. metabolizmus, genovou expresi, buněčný cyklus, stárnutí a mnohé další. V této práci jsem studoval roli acetylace sestřihového faktoru SRSF5 pomocí mutací v jeho acetylačním místě. Testoval jsem hypotézu, že acetylace ovlivňuje vazbu SRSF5 na RNA. V HeLa buňkách jsem exprimoval mutované proteiny SRSF5, jednak mutanta napodobujícího acetylovanou formu (Q) a také neacetylovatelného mutanta (R) a zjišťoval jsem jejich interakci s RNA pomocí RNA imunoprecipitace a také in vitro měřením fluorescenční anizotropie. Výsledky obou metod se shodly na tom, že oba mutanty interagují s RNA méně než přirozená forma proteinu a Q mutant se vázal na RNA slaběji než R mutant. Mutanty se naopak od přirozené formy SRSF5 nelišily v lokalizaci a dynamice v buňce. Rozdíly ve vazbě na RNA byly pravděpodobně překryty dalšími faktory, které ovlivňují chování SRSF5, nejspíše protein-proteinovými interakcemi. Mutantní SRSF5 také neměly dominantní efekt na sestřih alternativního EDB exonu fibronektinu. Získané výsledky poskytují nepřímý důkaz pro hypotézu, že acetylace má vliv na vazbu SRSF5 na RNA. Mutant napodobující acetylovanou...
|
|
|
The role of acetylation in the RNA recognition motif of SRSF5 protein
Icha, Jaroslav ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Šenigl, Filip (oponent)
Acetylace je významná posttranslační modifikace, která byla nalezena u několika tisíc proteinů jak u eukaryot, tak u prokaryot. Globální proteomické studie odhalily, že acetylace reguluje mnoho procesů např. metabolizmus, genovou expresi, buněčný cyklus, stárnutí a mnohé další. V této práci jsem studoval roli acetylace sestřihového faktoru SRSF5 pomocí mutací v jeho acetylačním místě. Testoval jsem hypotézu, že acetylace ovlivňuje vazbu SRSF5 na RNA. V HeLa buňkách jsem exprimoval mutované proteiny SRSF5, jednak mutanta napodobujícího acetylovanou formu (Q) a také neacetylovatelného mutanta (R) a zjišťoval jsem jejich interakci s RNA pomocí RNA imunoprecipitace a také in vitro měřením fluorescenční anizotropie. Výsledky obou metod se shodly na tom, že oba mutanty interagují s RNA méně než přirozená forma proteinu a Q mutant se vázal na RNA slaběji než R mutant. Mutanty se naopak od přirozené formy SRSF5 nelišily v lokalizaci a dynamice v buňce. Rozdíly ve vazbě na RNA byly pravděpodobně překryty dalšími faktory, které ovlivňují chování SRSF5, nejspíše protein-proteinovými interakcemi. Mutantní SRSF5 také neměly dominantní efekt na sestřih alternativního EDB exonu fibronektinu. Získané výsledky poskytují nepřímý důkaz pro hypotézu, že acetylace má vliv na vazbu SRSF5 na RNA. Mutant napodobující acetylovanou...
|
|
|
The relationship between chromatin organization and RNA splicing
Icha, Jaroslav ; Valentová, Anna (oponent) ; Staněk, David (vedoucí práce)
Je známo, že RNA sestřih a další úpravy pre-mRNA probíhají kotranskripčně. Nedávno bylo velmi nečekaně zjištěno, že některé vlastnosti chromatinu se liší mezi introny a exony, což sestřih přímo propojuje i s organizací chromatinu. Tato práce shrnuje všechny články, které popisují tyto odlišnosti ve struktuře chromatinu a diskutuje body, ve kterých se rozcházejí. V těchto studiích bylo nalezeno více nukleozomů na exonech v porovnání s okolními introny. Na exonech byly častější i specifické modifikace histonů a také metylace DNA. Tyto lokální odlišnosti v uspořádání chromatinu byly evolučně konzervované mezi savci (člověk a myš) a háďátkem C. elegans a octomilkou D. melanogaster. Výsledky těchto studií naznačují, že hlavní funkcí odlišností v uspořádání chromatinu je napomáhat rozpoznávání exonů. Zatím byly navrženy dva mechanismy, jak může chromatin ovlivňovat sestřih. První je vliv chromatinu na rychlost elongace RNA polymerázy II a druhý je specifická vazba sestřihových faktorů na chromatin. V blízké budoucnosti můžeme očekávat studie, které budou hledat konkrétní příklady obou mechanismů a zhodnotí, jak je který mechanismus důležitý. Opravdu bylo velmi nedávno zjištěno, že H3K36me3 reguluje alternativní sestřih druhým zmíněným mechanismem.
|
host ::
RSS.