|
|
Detekce CNV v sekvenačních datech
Pleskačová, Barbora ; Škutková, Helena (oponent) ; Jugas, Robin (vedoucí práce)
Detekci variability počtu kopií v prokaryotických organismech je v současné době věnováno čím dál více pozornosti, a to zejména díky souvislosti CNV s patogenitou a antibiotickou rezistencí bakterií. Algoritmus navržený v této práci využívá k odhalování CNV segmentů detekci extrémů v signálu s hloubkou pokrytí. Pokrytí čtení je běžně získáno mapováním osekvenovaných čtení jednoho jedince, k již známé referenční sekvenci jiného jedince stejného druhu. Dva jedinci se však vždy budou v určitém množství genů lišit, vznikají tak nenamapovaná čtení, která jsou zbytečně zahozena. Tato práce proto předpokládá, že biologická přesnost detekce CNV se dá zvýšit použitím nové reference, která je vytvořena ze stejného setu čtení jako čtení k této referenci mapovaná. Pro ověření tohoto tvrzení je využito sekvenačních čtení jedinců bakterie Klebsiella pneumoniae.
|
|
|
Detekce CNV v bakteriálních genomech
Lacinová, Michaela ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá rozborem strukturní variability genomu a metodami jeho sekvenování napříč všemi generacemi. Součástí rozboru je popis variability počtu kopií a možnosti její detekce. Praktická část práce je zaměřena na návrh algoritmu pro detekci CNV na základě analýzy a testování simulovaných genomických dat podle nerovnoměrného pokrytí v genomovém sestavení, proměnlivého zastoupení GC obsahu a vzdálenosti sekvenčních čtení. Tento algoritmus je následně otestován na genomických datech bakterie Klebsiella pneumoniae.
|
|
| |
|
|
Patologické nálezy u dětských pacientů detekované metodou array-CGH
Šlégrová, Sandra ; Krkavcová, Miroslava (vedoucí práce) ; Panczak, Aleš (oponent)
Diplomová práce se z velké části zaměřuje na zjišťování dosud neobjasněných příčin patologických fenotypových projevů pacientů, u kterých klasickou cytogenetickou metodou nebyly prokázány žádné změny v genetickém materiálu. U všech vzorků byla použita čipová metoda array-CGH (komparativní genomová hybridizace na čipech), která detekuje aberantní místa bez předešlé znalosti jejich umístění v genomu. V některých případech byla metoda použita k ověření nebo upřesnění nálezu, který byl detekován již během předchozího genetického laboratorního vyšetření. Vyšetření pacientů touto metodou bylo provedeno v akreditované genetické laboratoři GENvia, s.r.o., v roce 2013 a částečně i v roce 2014. Teoretická část práce probírá úlohu klasického cytogenetického vyšetření a jeho diagnostické možnosti. Dále je zde popsán základní princip metody array-CGH a její využití v prenatální a postnatální diagnostice. Praktická část práce uvádí výsledky všech skupin vyšetřených pacientů. Převážně se však soustředí na pacienty v dětském věku, u kterých byl detekován nález související s jejich klinickými projevy. Veškeré patologické výsledky byly ověřeny další metodou pro konkrétní nález. Některé nálezy byly ověřeny metodou FISH (fluorescenční in situ hybridizace), jiný způsob ověření nálezů je vysvětlen. Celkem bylo nalezeno 8...
|
|
|
Morphological and Genomic Profiling of Circulating Tumor Cells in Metastatic Colorectal Cancer
Thiele, Jana-Aletta ; Pitule, Pavel (vedoucí práce) ; Mohelníková Duchoňová, Beatrice (oponent) ; Kasimir-Bauer, Sabine (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) je celosvětově třetím nejčastějším nádorovým onemocněním - je odpovědný za téměř 10 % všech nově diagnostikovaných nádorů a je druhou nejčastější příčinou úmrtí spojeného s nádory v Evropě. Paleta biomarkerů použitelných pro výběr vhodné terapie, cílené léčby a pro prognózu přežívání je stále omezená. Vzhledem k tomu, že CRC je heterogenní onemocnění, různé části nádoru mohou mít odlišné molekulární charakteristiky, které se mohou měnit během léčby nebo progrese onemocnění. Tyto místní nebo časové rozdíly není možné efektivně monitorovat prostřednictvím klasické biopsie. Pro umožnění detekce nádorové evoluce je potřebný neinvazivní a opakovaně dostupný biomarker. Tento biomarker mohou představovat cirkulující nádorové buňky (CTC), jelikož reprezentují solidní nádor v krevním řečišti. Bylo prokázáno, že EpCAM pozitivní CTC mají prognostický efekt u pacientů s CRC, ale jejich plný potenciál nebyl dosud prozkoumán. S využitím metody HD-SCA jsme mohli analyzovat celé spektrum CTC a klasifikovat je jako běžné CTC (HD-CTC), CTC s menším jádrem (CTC-Small), CTC s nízkou expresí epiteliálního znaku cytokeratinu (CTC-LowCK) a CTC podstupující apoptózu a tedy uvolňující DNA (CTC-cfDNA produkující). Navíc jsme detekovali a analyzovali CTC clustery (CTCC). Analýza zahrnovala nejen...
|
|
|
Detekce CNV v sekvenačních datech
Pleskačová, Barbora ; Škutková, Helena (oponent) ; Jugas, Robin (vedoucí práce)
Detekci variability počtu kopií v prokaryotických organismech je v současné době věnováno čím dál více pozornosti, a to zejména díky souvislosti CNV s patogenitou a antibiotickou rezistencí bakterií. Algoritmus navržený v této práci využívá k odhalování CNV segmentů detekci extrémů v signálu s hloubkou pokrytí. Pokrytí čtení je běžně získáno mapováním osekvenovaných čtení jednoho jedince, k již známé referenční sekvenci jiného jedince stejného druhu. Dva jedinci se však vždy budou v určitém množství genů lišit, vznikají tak nenamapovaná čtení, která jsou zbytečně zahozena. Tato práce proto předpokládá, že biologická přesnost detekce CNV se dá zvýšit použitím nové reference, která je vytvořena ze stejného setu čtení jako čtení k této referenci mapovaná. Pro ověření tohoto tvrzení je využito sekvenačních čtení jedinců bakterie Klebsiella pneumoniae.
|
|
|
Detekce CNV v bakteriálních genomech
Lacinová, Michaela ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá rozborem strukturní variability genomu a metodami jeho sekvenování napříč všemi generacemi. Součástí rozboru je popis variability počtu kopií a možnosti její detekce. Praktická část práce je zaměřena na návrh algoritmu pro detekci CNV na základě analýzy a testování simulovaných genomických dat podle nerovnoměrného pokrytí v genomovém sestavení, proměnlivého zastoupení GC obsahu a vzdálenosti sekvenčních čtení. Tento algoritmus je následně otestován na genomických datech bakterie Klebsiella pneumoniae.
|
|
|
Morphological and Genomic Profiling of Circulating Tumor Cells in Metastatic Colorectal Cancer
Thiele, Jana-Aletta ; Pitule, Pavel (vedoucí práce) ; Mohelníková Duchoňová, Beatrice (oponent) ; Kasimir-Bauer, Sabine (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) je celosvětově třetím nejčastějším nádorovým onemocněním - je odpovědný za téměř 10 % všech nově diagnostikovaných nádorů a je druhou nejčastější příčinou úmrtí spojeného s nádory v Evropě. Paleta biomarkerů použitelných pro výběr vhodné terapie, cílené léčby a pro prognózu přežívání je stále omezená. Vzhledem k tomu, že CRC je heterogenní onemocnění, různé části nádoru mohou mít odlišné molekulární charakteristiky, které se mohou měnit během léčby nebo progrese onemocnění. Tyto místní nebo časové rozdíly není možné efektivně monitorovat prostřednictvím klasické biopsie. Pro umožnění detekce nádorové evoluce je potřebný neinvazivní a opakovaně dostupný biomarker. Tento biomarker mohou představovat cirkulující nádorové buňky (CTC), jelikož reprezentují solidní nádor v krevním řečišti. Bylo prokázáno, že EpCAM pozitivní CTC mají prognostický efekt u pacientů s CRC, ale jejich plný potenciál nebyl dosud prozkoumán. S využitím metody HD-SCA jsme mohli analyzovat celé spektrum CTC a klasifikovat je jako běžné CTC (HD-CTC), CTC s menším jádrem (CTC-Small), CTC s nízkou expresí epiteliálního znaku cytokeratinu (CTC-LowCK) a CTC podstupující apoptózu a tedy uvolňující DNA (CTC-cfDNA produkující). Navíc jsme detekovali a analyzovali CTC clustery (CTCC). Analýza zahrnovala nejen...
|
|
|
Patologické nálezy u dětských pacientů detekované metodou array-CGH
Šlégrová, Sandra ; Krkavcová, Miroslava (vedoucí práce) ; Panczak, Aleš (oponent)
Diplomová práce se z velké části zaměřuje na zjišťování dosud neobjasněných příčin patologických fenotypových projevů pacientů, u kterých klasickou cytogenetickou metodou nebyly prokázány žádné změny v genetickém materiálu. U všech vzorků byla použita čipová metoda array-CGH (komparativní genomová hybridizace na čipech), která detekuje aberantní místa bez předešlé znalosti jejich umístění v genomu. V některých případech byla metoda použita k ověření nebo upřesnění nálezu, který byl detekován již během předchozího genetického laboratorního vyšetření. Vyšetření pacientů touto metodou bylo provedeno v akreditované genetické laboratoři GENvia, s.r.o., v roce 2013 a částečně i v roce 2014. Teoretická část práce probírá úlohu klasického cytogenetického vyšetření a jeho diagnostické možnosti. Dále je zde popsán základní princip metody array-CGH a její využití v prenatální a postnatální diagnostice. Praktická část práce uvádí výsledky všech skupin vyšetřených pacientů. Převážně se však soustředí na pacienty v dětském věku, u kterých byl detekován nález související s jejich klinickými projevy. Veškeré patologické výsledky byly ověřeny další metodou pro konkrétní nález. Některé nálezy byly ověřeny metodou FISH (fluorescenční in situ hybridizace), jiný způsob ověření nálezů je vysvětlen. Celkem bylo nalezeno 8...
|
|
|
Analýza klinických parametrů pacientů s autismem a mentální retardací indikovaných na vyšetření metodou SNP array
Petříková, Nikola ; Vlčková, Markéta (vedoucí práce) ; Panczak, Aleš (oponent)
Práce se zabývá analýzou klinických parametrů pacientů trpících poruchou autistického spektra vyšetřených pomocí DNA mikročipů. Teoretická část je zaměřena na definování autismu a jeho jednotlivých podtypů, dále na dosud známé genetické příčiny této pervazivní vývojové poruchy a nakonec na možnosti laboratorní diagnostiky jejích genetických příčin. Mezi příčiny autismu se řadí varianty počtu kopií různých částí genomu, které leze efektivně diagnostikovat vyšetřením pomocí DNA čipů. Náš soubor čítal celkem 98 pacientů s diagnostikovaným autismem či s autistickými rysy. U všech pacientů byla provedena analýza pomocí mikročipů HumanCytoSNP-12 od firmy Illumina. U všech pacientů ze souboru byla následně provedena retrospektivní analýza několika sledovaných klinických parametrů dostupných ve zdravotnické dokumentaci. Všechna získaná data byla statisticky zpracována s cílem zjistit případné závislosti. K další podrobnější analýze pak byly vybrány dvojice parametrů, u kterých již byla určitá korelace v minulosti popsána v literatuře, nebo jsme u nich závislost očekávali. V některých případech se naše výsledky shodovaly s údaji udávanými v literatuře, v některých nikoliv. Dále bylo zkoumáno, zda existuje významný rozdíl mezi skupinou pacientů, u kterých byla zjištěna aberace, která s vysokou pravděpodobností...
|
host ::
RSS.