|
|
Cytokinové sítě a jejich dopad na imunitní profil pacientů s akutní myeloidní leukémií (AML)
Ptáček, Antonín ; Musil, Jan (vedoucí práce) ; Fišer, Karel (oponent)
Akutní myeloidní leukémie (AML) je maligní hematologické onemocnění projevující se expanzí blastů v kostní dřeni a do periferní krve. Imunitní systém chrání tělo před leukémií odstraňováním transformovaných buněk. V AML jsou ale schopnosti imunitních buněk ovlivněny jak přímým kontaktem mezi leukemickými a efektorovými buňkami, tak cytokiny, metabolity a dalšími solubilními proteiny, které spolu s buňkami tvoří specifické mikroprostředí AML. Efekty cytokinů a dalších solubilních molekul v mikroprostředí AML nejsou zatím dostatečně popsány. Tato práce měla za cíl optimalizovat a zavést panel pro multiparametrickou průtokovou cytometrii pro měření buněčných populací a zavést multiparametrické testy hladin cytokinů, chemokinů a dalších solubilních proteinů v plazmě. Dalším cílem pak bylo pomocí těchto metod charakterizovat frekvence a funkční fenotyp buněčných populací a hladiny solubilních proteinů v mikroprostředí AML a popsat jejich vliv na závažnost onemocnění a celkové přežití pacientů. Pokusili jsme se také nalézt nové biomarkery imunitního úniku leukemických buněk. U pacientů jsme pozorovali supresivní mikroprostředí s aberantními hladinami solubilních receptorů a dalších proteinů. Toto mikroprostředí pak bylo odlišné v jednotlivých prognostických skupinách, do kterých byli pacienti rozděleni....
|
|
|
Bioorthogonal labelling of surface receptors on living lymphocytes
Paldusová, Kateřina ; Cebecauer, Marek (vedoucí práce) ; Benda, Aleš (oponent)
Buněčný povrch vykazuje vysokou heterogenitu na chemické I geometrické úrovni. Abychom porozuměli funkci buněk, musíme věnovat pozornost morfologickým znakům vytvořeným na plazmatické membráně. Pro studium buněčného povrchu s molekulární specifitou existuje spousta zobrazovacích metod, počínaje konvenční wide-field mikroskopií, přes konfokální mikroskopii, konče super-rezoluční fluorescenční mikroskopií a elektronovou mikroskopií. Studie využívající super-rezoluční mikroskopii prováděné na fixovaných buňkách poskytují podrobná steady-state data o nanoskopické organizaci buněčného povrchu a distribuci molekul v rámci morfologických struktur. Protože jsou však buňky součástí živých organismů a neustále mění své vlastnosti v čase a prostoru, informace o dynamice buněčných struktur a pohyblivosti molekul zůstávají při použití tohoto přístupu skryty. Ke studiu dynamických změn na úrovni jedné molekuly jsou nutné metody kompatibilní s životaschopností buněk. V této studii se zaměřujeme na distribuci a dynamiku molekul CD2 a CD4 exprimovaných na povrchu nestimulovaných T buněk. Hlavním cílem této práce bylo vyvinout novou metodu pro zobrazování živých buněk a sledování jednotlivých molekul membránově-vázaných protein ve 3D a s nanometrovou přesností. Pomocí takového nástroje lze zkoumat dynamiku...
|
|
|
The role of the interaction of LCK with CD4/CD8 coreceptors
Cesneková, Michaela ; Štěpánek, Ondřej (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
LCK kináza zásadne reguluje T bunkovú signalizáciu a interaguje s CD4 a CD8 koreceptormi, ktoré sú nevyhnutné pre vývoj T buniek a diferenciáciu na ich dve základné línie. Úloha koreceptorov, rovnako ako úloha ich väzby na LCK je stále diskutabilná, napriek tomu, že je študovaná už desaťročia. Cieľom tejto diplomovej práce je objasniť dôležitosť väzby LCK s koreceptormi v signalizácii a vývoji CD8+ T buniek a adresovať význam serínových aminokyselinových zbytkov v endocytóze CD4 sprostredkovanej kinázou LCK. Na skúmanie tejto problematiky sme použili rôzne varianty LCK s mutáciami na mieste väzby s koreceptormi alebo v katalytickej doméne, exprimované v myšiach a v bunkových líniách. Ako prvé sme testovali kinázovú aktivitu LCK. V druhej časti sme ukázali, že CD8 má ako závislú tak nezávislú funkciu od väzby s LCK. Potom sme skúmali neskorú fázu vývoja CD8+ T buniek a zistili sme, že neprítomnosť LCK-CD8 interakcie sa na fenotype buniek prejavuje len veľmi málo. Ovplyvňuje totiž len CD8+ tymocyty po pozitívnej selekcii a len ich odpoveď na nízkoafinitný antigén. Nakoniec sme ukázali, že CD4 koreceptor s troma mutáciami serínových zbytkov na alanínové je rovnako závislý na väzbe s LCK ako prirodzená forma CD4. Naša práca vrhá nové svetlo na problematiku väzby LCK s koreceptormi a podčiarkuje jej...
|
|
|
Role of CD8- and CD4-Lck interactions in the signaling and development of T cells.
Horková, Veronika
Adaptivní imunitní odpověď hraje klíčovou roli v udržení rovnováhy organismu. T buňky díky obrovskému repertoáru T-buněčných receptorů (TCR) velice citlivě rozlišují mezi tělu vlastními a cizími antigeny. Ačkoliv již máme celkem dobrou představu o tom, jak T buňky získávají optimální TCR repertoár a jak funguje jejich signální aparát, mnoho aspektů těchto procesů je stále nejasných. Cílem této disertační práce je rozšíření znalostí o fungování T-buněčné signalizace, se zaměřením na úlohu interakce TCR koreceptorů s kinázou LCK, která se specificky vyskytuje v lymfocytech. Předchozí výzkum ukázal, že interakce koreceptorů s LCK kinázou reguluje mnohé aspekty vývoje a signalizace T buněk. V první části této práce jsme pozorovali dynamickou změnu stechiometrie této interakce v průběhu vývoje T lymfocytů. Tato dynamika se překvapivě výrazně liší u CD4 a CD8 koreceptoru. Naše výsledky naznačují, že odlišná dynamika koreceptor-LCK interakce vyústí v selekci více auto-reaktivního TCR repertoáru u CD8+ T buněk. Když se navíc vysoko auto-reaktivní T buňky dostanou do periferie, v důsledku silných homeostatických signálů diferencují do více tolerogenního fenotypu, podobného paměťovým T buňkám. Abychom jednoznačně prokázali roli interakce koreceptoru s LCK, vyvinuli jsme myší genetický model s LCK neschopnou...
|
|
|
The role of structural motifs in the localisation of T-cell plasma membrane proteins
Glatzová, Daniela ; Cebecauer, Marek (vedoucí práce) ; Brábek, Jan (oponent) ; Rozbeský, Daniel (oponent)
Plasmatická membrána T buněk obsahuje různé druhy receptorů a dalších povrchových molekul nezbytných pro správnou imunitní odpověď. Mnoho studií ukázuje, že lokalizace proteinů v buňce není náhodná a jejich mislokalizace jak v rámci plasmatické mebrány, tak i v rámci nesprávného sortingu v rámci buňky, může vést ke špatné funkci proteinů a v důsledku tak i k nesprávné T buněčné odpovědi. V mém prvním Ph.D. projektu jsme se zaměřili na roli složení a délky transmembránové domény, jejích proximálních sekvencí a přítomnosti palmitoylace nebo extracelulární domény na lokalizaci transmembránových adaptorových molekul LAT, PAG a NTAL v T buňkách. Ukázali jsme, že v membránové lokalizaci PAGu a NTALu hraje roli jeho transmembránová doména a že je tato lokalizace nezávislá na palmitoylaci. Na základě našich pozorování tvrdíme, že je membránová lokalizace NTALu usnadněná asymetrií jeho transmembránové domény i přes to, že je její délka je suboptimální. Mezi zkoumanými adapterovými proteiny nás zaujal zejména LAT. Konkrétně kombinace závislosti jeho membánové lokalizace na přítomnosti palmitoylace s neobvyklým složením jeho transmembránové domény nás přivedla na myšlenku zpracovat toto téma v separátním projektu. Můj prvoautorský projekt se zabývá právě objasněním role vysoce konzervovaných prolinů a glycinu v...
|
|
|
Role of CD8- and CD4-Lck interactions in the signaling and development of T cells.
Horková, Veronika ; Štěpánek, Ondřej (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Hons, Miroslav (oponent)
Adaptivní imunitní odpověď hraje klíčovou roli v udržení rovnováhy organismu. T buňky díky obrovskému repertoáru T-buněčných receptorů (TCR) velice citlivě rozlišují mezi tělu vlastními a cizími antigeny. Ačkoliv již máme celkem dobrou představu o tom, jak T buňky získávají optimální TCR repertoár a jak funguje jejich signální aparát, mnoho aspektů těchto procesů je stále nejasných. Cílem této disertační práce je rozšíření znalostí o fungování T-buněčné signalizace, se zaměřením na úlohu interakce TCR koreceptorů s kinázou LCK, která se specificky vyskytuje v lymfocytech. Předchozí výzkum ukázal, že interakce koreceptorů s LCK kinázou reguluje mnohé aspekty vývoje a signalizace T buněk. V první části této práce jsme pozorovali dynamickou změnu stechiometrie této interakce v průběhu vývoje T lymfocytů. Tato dynamika se překvapivě výrazně liší u CD4 a CD8 koreceptoru. Naše výsledky naznačují, že odlišná dynamika koreceptor-LCK interakce vyústí v selekci více auto-reaktivního TCR repertoáru u CD8+ T buněk. Když se navíc vysoko auto-reaktivní T buňky dostanou do periferie, v důsledku silných homeostatických signálů diferencují do více tolerogenního fenotypu, podobného paměťovým T buňkám. Abychom jednoznačně prokázali roli interakce koreceptoru s LCK, vyvinuli jsme myší genetický model s LCK neschopnou...
|
|
|
Quantitative fluorescence microscopy techniques to study three-dimensional organisation of T-cell signalling molecules.
Chum, Tomáš ; Cebecauer, Marek (vedoucí práce) ; Lánský, Zdeněk (oponent) ; Brameshuber, Mario (oponent)
11 SOUHRN Proteiny patří mezi základní stavební jednotky všech organismů. Proto je pochopení jejich funkce na molekulární úrovni jedním z klíčových cílů současného biologického, biochemického a biofyzikálního výzkumu. Je důležité charakterizovat aspekty ovlivňující lokalizaci bílkovin do vnitrobuněčných částí se specifickými funkcemi a jejich samotnou dynamickou strukturu, včetně multiproteinových komplexů. Jakékoliv narušení těchto proteinových vlastností může vést ke vzniku různých onemocnění. Většina proteomických studií je dnes prováděna pomocí biochemických přístupů, které nám umožňují studovat mnohobuněčný organismus nebo tkáň najednou. Nevýhodou těchto metod je složitá příprava vzorku a potřeba velkého počtu buněk. Tato kombinace vede ke ztrátě informací z jednotlivých buněk na molekulární úrovni. Oproti tomu mikroskopické techniky mohou poskytnout poměrně podrobné informace o sledovaných bílkovinách, navíc z jednotlivých buněk. Pro studium lokalizace proteinů v různých částech lidských lymfocytů jsme vybrali trans-membránové adaptorové proteiny (TRAPy). Kombinací metod DNA manipulace a fluorescenční mikroskopie jsme sledovali i jejich nanoskopickou organizaci na plazmatické membráně. Jako zástupci byly vybrány tyto proteiny: "linker of activation of T lymphocytes" (LAT), "phosphoprotein associated...
|
|
| |
host ::
RSS.